镜鲤碱性磷酸酶和酸性磷酸酶QTL 定位分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

尹森  于倩  郑先虎  于彬彬  张晓峰  曹顶臣  匡友谊  鲁翠云  李超  孙效文 《上海海洋大学学报》2012,21(3):351-357

磷酸酶普遍存在于动物的各组织中,对磷酸单酯键具有水解活性,是机体生长代谢、保持内环境稳定和维持机体健康所必需的酶。以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系190个个体为材料,用992对微卫星(SSR)标记进行基因组扫描,采用区间作图法,对肠组织的碱性磷酸酶和酸性磷酸酶进行了QTL定位分析。QTL检测显示:5个QTL区间与酸性磷酸酶活性相关,其中3个QTL为99%染色体水平显著性,分别位于LG2(CA2049-CA2371)、LG25(HLJ2941-HLJ3946)和LG28(CA2263-HLJ2873),另外两个QTL区间为95%染色体水平显著性,位于LG14(HLJ3275-CA174)和LG14(CA1276-CA2208),解释表形变异率范围为8.1%～38.9%;2个与碱性磷酸酶相关的QTL区间均为95%染色体水平显著性,分别位于LG8和LG13,可解释变异率分别为7.3%和7.0%。  相似文献   

微卫星分子标记指导镜鲤群体选育   总被引：2，自引：0，他引：2  

鲁翠云  金万昆  李超  孙效文  杨建新 《水产学杂志》2011,24(3):29-34,47

本文用26个扩增效果好的微卫星分子标记分析了镜鲤（Cyprinus carpio L.）养殖亲本群体的遗传结构,指导其群体选育。本研究共检测到153个等位基因,片段大小为108~400 bp,平均等位基因数（A）5.8846个,平均有效等位基因数（Ne）2.8625个,平均观察杂合度（Ho）0.5063,平均期望杂合度...  相似文献   

利用SSR﹑EST-SSR、SNP标记对鲤食物转化率、体厚、体质量3种性状的分析     

王宣朋  张晓峰  李文升  张天奇  孙效文 《中国水产科学》2011,18(3):565-573

利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对鲤(Cyprinus carpio L.)F2群体进行单标记定位分析.用91个SSR标记、33个EST标记、364个SNP标记对鲤进行全基因组扫描,结果得到与食物转化率、体厚、体质量3个性状显著相关(P＜0.05)的标记,分别为27、35、27个,其中与食物转化率相关的标记SNP0041、SNP0044,其相关性达到极显著水平(P＜0.001),贡献率分别达到15%、16%.这些标记可作为分子标记辅助育种的参考标记.将得到的与食物转化率显著相关的EST座位HLJEl4、HLJE253和与体质量显著相关的HLJE253座位在NCBI上进行BLAST比对,结果显示HLJE253与斑马鱼上编码ORF2结构蛋白的基因相关,相关程度达61%.将得到的与3种性状相关的SNP标记在NCBI上进行序列查找,通过Blast比对找到相关的基因,并对可能的功能作了注释.  相似文献   

鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究     

耿波  关云涛  孙效文  匡友谊 《水产学杂志》2011,24(4):50-53

本文利用生物信息学软件分析了鲤（Cyprinus carpio）基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明：鲤与斑马鱼（Danio rerio）的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑（Salmo salar）等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛（Callorhinch...  相似文献   

基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析   总被引：4，自引：2，他引：2  

周盼  张研  徐鹏  鲁翠云  孙效文 《中国水产科学》2011,18(5):1011-1020

选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。  相似文献   

[01]牙鲆基因组 (CAG)n微卫星 DNA 特征分析     

王蕾  刘继红  张立冬  孙效文 《中国水产科学》2009,16(6)

鲤与生长性状相关的EST-SSRs标记筛选   总被引：4，自引：0，他引：4  

顾颖  曹顶臣  张研  常玉梅  李鸥  张晓峰  鲁翠云  孙效文 《中国水产科学》2009,16(1)

以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测.利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法对符合拟测交分离的70个EST-SSRs标记进行单标记回归分析,检测出8个与鲤体长、体高、体厚性状相关的标记.对同一标记不同基因型个体间生长性状进行显著性比较,通过t检验,找到与生长性状相关的基因型.将上述8个EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,有3条EST序列与蛋白库中已知功能的序列高度同源.其中HLJE225与编码斑马鱼(J9enio rerio)冷诱导基因RNA结合蛋白的基因同源性水平高达97%,HLJE222与编码斑马鱼DAZ相关蛋白1基因同源性水平也高达97%,HLJE599与编码斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)核糖体蛋白L6基因的同源水平为87%.本研究鉴定的与鲤生长性状相关的功能基因及有利用价值的基因型,为鲤重要生长性状的QTL(数量性状基闪座)定位和分子标记辅助育种提供了一定的依据.[中国水产科学,2009,16(1):15-22]  相似文献   

鲤头长、体厚、体高性状的QTL定位及遗传效应分析   总被引：2，自引：2，他引：0  

王宣朋  李文升  孙效文  张天奇  张晓峰 《水产学报》2010,34(11):1645-1655

用174个SSR、41个EST、345个SNP标记对以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包构建遗传连锁图。利用MapQTL5.0区间作图法(interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQM mapping,MQM)进行QTL检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在对体高、头长、体厚的区间定位中,共检测到6个与体高性状相关的QTLs区间,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG10(HLJE469-SNP1491)、LG12(SNP0922-HLJ1316)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG25(SNP1041-HLJ594)、LG35(SNP1425-SNP0389)等6个连锁群上,解释表型变异范围为20.0%～43.3%。其中,SNP1339-SNP1490区间LOD值最大为3.64,解释表型变异35.4%。6个与头长相关的QTLs,分布在LG1(SNP1339-SNP1490)、LG12(HLJ071-HLJ336)、LG13(SNP0937-HLJ328)、LG24(SN...  相似文献   

微卫星标记对红鳍东方鲀繁殖的指导应用及遗传分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

谷晶晶  朱迎军  孟雪松  孙效文 《水产科学》2010,29(9)

利用已有设计的20个具有多态性的微卫星标记对16尾红鳍东方鲀亲鱼(10尾♂,6尾♀)的有效等位基因数、观望杂合度、期望杂合度、多态信息含量、遗传相似性系数、遗传距离等进行了检测.据此设计了10对亲鱼配组,获得10个子代家系.其中母本中16和8号的平均有效等位基因数和平均期望杂合度较其他亲本高,将其分别与3个父本配组,其他则参照遗传距离进行配组.于次年,对F110个家系的体质量、体长均值进行了比对,发现16♀与11♂配组得到的子代体质量、体长均值为最大.8♀和10♂配组得到的子代体质量、体长均值最小.结果表明,红鳍东方鲀子代杂种优势与亲本个体差异有关.  相似文献   

四大家鱼种质资源的研究进展   总被引：2，自引：0，他引：2  

毛瑞鑫  张雅斌  郑伟  杜晓燕  孙效文 《水产学杂志》2010,23(3)

四大家鱼是我国淡水养殖和捕捞的主要对象,本文从种质资源鉴定、保护、种质标准的角度出发,简要介绍了目前我国四大家鱼种质资源的现状,以及遗传标记在四大家鱼种质资源中研究进展,并就目前普遍存在的四大家鱼遗传衰退的原因进行分析,比较详细的提出了四大家鱼种质资源保护的目的、策略和措施。  相似文献