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随着测序技术的发展,基于单核苷酸多态性(SNP)分子标记的遗传力估计比传统法准确性更高,已被广泛应用于动植物育种中。本研究对不同地理仿刺参(Apostichopusjaponicus)群体的疣足数量进行重测序全基因组水平的SNP遗传力估计,结果显示,次等位基因频率(Minorallele frequency,MAF)>0.05时,在50K SNP基础上均匀抽样,不同SNP密度的仿刺参疣足数量SNP遗传力估计均值范围为(0.566±0.022)~(0.612±0.003);MAF>0.1时,SNP遗传力估计均值范围为(0.586±0.015)~(0.615±0.016),说明50K低密度SNP标记足够捕获数量性状基因座(QTL)大效应和小效应;同时,染色体水平SNP遗传力估计值显示,单个染色体对遗传力的贡献和其长度显著相关,暗示仿刺参疣足数量是一个复杂的数量性状,与该性状相关的基因效应位点散布在各染色体,并由多基因共同作用。本研究结果可为海参低密度SNP芯片的设计开发及海参遗传参数评估提供一定的理论依据。 相似文献
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仿刺参的微卫星标记 总被引:12,自引:5,他引:12
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因,每个位点平均获得4.4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.1733,平均期望杂合度(He)为0.4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高,为0.8500。 相似文献
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提取成熟光棘球海胆(Strongylocentrotus nudus)性腺中的RNA做模板,根据NCBI数据库中已知海胆(编号:AB097218、AB192414、AY090112)主要卵黄蛋白MYP cDNA保守序列设计引物,用LA PCR方式分段扩增并测序得到了光棘球海胆MYP cDNA的全序列。扩增的cDNA全长4 061 bp,包含4 047 bp的开放阅读框,共编码1 349个氨基酸。用CluxtalX1.83对光棘球海胆与其他几种已知海胆MYP cDNA及推导的氨基酸序列进行比对,用Mega3.01计算遗传距离及构建进化树,结果表明,光棘球海胆与其他7种海胆的MYP具有高度的同源性。从氨基酸水平上看,光棘球海胆与红海胆(Pseudocentrotus depressus)亲缘关系最近,遗传距离为0.069±0.01;与同科的马粪海胆(Hemicentrotus pulcher-rimus)、紫球海胆(S.purpuratus)、中间球海胆(S.intermedius)的遗传距离分别是0.095±0.012、0.098±0.011和0.101±0.012;与白棘三列海胆(Tripneustes gratilla)、拟球海胆(Paracentrotus lividus)及绿海胆(Lytechinus variega-tus)亲缘关系相对较远,遗传距离分别是0.216±0.017、0.218±0.017和0.535±0.028。获得光棘球海胆MYP cDNA序列可为进一步研究MYP基因的功能和系统的进化分析奠定基础 相似文献
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采用人工授精和组织切片技术对大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)受精过程进行细胞学观察。大菱鲆成熟卵处于第二次成熟分裂的中期。精子入卵后,卵子被激动,第二次成熟分裂继续进行,同时发生皮层反应;受精后15min出现精子星光;受精后20min雄原核早于雌原核形成,然后两性原核逐渐靠拢;受精后30min两原核相互靠拢,结合线清晰;受精后40min两原核结合线逐渐消失联合成合子核,之后合子核核膜消失;受精后50min合子核处于第一次有丝分裂中期;受精后60min第一次卵裂完成。[中国水产科学,2006,13(4):555—560] 相似文献
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应用高分辨率熔解曲线技术对栉孔扇贝转录组来源的单核苷酸多态性位点进行验证分型和多态性分析.根据栉孔扇贝转录组单核苷酸多态性位点序列信息,对其中150个位点设计引物和探针,在4个栉孔扇贝野生群体中进行验证分型.其中,103对引物扩增出目的产物,76个位点成功分型,58个多态位点中51个是二等位多态性单核苷酸多态性(34.0%).进一步在荣成野生群体中对51个二态单核苷酸多态性位点进行多态性验证和群体遗传学分析,其中49个位点呈现多态性,且均为二态,最小等位基因频率为0.0610~0.5000,观测杂合度和期望杂合度分别为0.0833~0.8889和0.0833~0.5833.经Boferroni校正,有2个位点(C1630S115_AG和C19848S286_CA)在该群体中偏离Hardy-Weinberg平衡.各位点之间未检测到连锁不平衡.这些多态单核苷酸多态性位点可用于栉孔扇贝连锁图谱构建、分子标记辅助育种以及数量性状的基因定位等遗传学研究. 相似文献
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在1994年山东地区对虾暴发性流行病研究中,在未检出杆状病毒的中国对虾样品中首次发现1种球形病毒,电镜下观察到该病毒外有囊膜,直径200nm左右,在细胞质中形成球形包涵体,以宿主肝胰腺和心脏为主要靶器官;受其感染的肝胰腺细胞的细胞器出现一系列病理变化:线粒体从增生、肿胀、内嵴溶解到出现纤维化,最后崩解;糙面内质网也明显增生、脱颗粒、排列紊乱,严重感染时,肿胀成泡状,甚至分解;细胞核出现病变较晚且较轻。人工感染实验证明该病毒可引起中国对虾暴发性流行病的症状,13d累积死亡率可达90%。 相似文献
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竞争ELISA检测猪呼吸与繁殖综合征病毒抗体研究 总被引:5,自引:0,他引:5
应用抗PRRSN蛋的单克隆抗体建立了竞争ELISA检测技术,与美国IDEXX公司的间接ELISA检测试剂盒对比检测了30份SPF猪血清,29头SPF猪人工接种呼吸与繁殖综合征病毒后于5d、12d、29d采集的猪血清共87份,临床血清95份,以及其他相关病毒的阳性血清。实验证明,竞争ELISA的检测阴阳性限值为30%,检测特异性为100%,在人工攻PRRSV病毒第五天的猪血清中,可检测到抗PRRSVN蛋白抗体,12dpi,阳性检出率为93%,29dpi,阳性检出率为100%,与IDEXXPRRSVELISA试剂盒进行比对,结果表明,二种检测方法检测美洲株PRRSV抗体的符合率为90%以上,但检测欧洲株抗体符合率较低。建立的竞争ELISA检测技术对于PRRSV美洲株抗体的早期诊断有非常重要的意义。 相似文献
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为了比较3种扇贝血液中的K+、Na+、Ca2+和Cl-浓度,血氧(pO2)和血二氧化碳(pCO2)气体分压及血液酸碱度(pH)的差异情况,实验利用血气分析仪对栉孔扇贝、虾夷扇贝和海湾扇贝的血液生理指标进行测定。结果显示,扇贝的血液生理指标呈现显著的物种差异,其中栉孔扇贝血液的K+浓度[(15.74±1.47) mmol/L]、Na+浓度[(388.07±11.38)mmol/L]、Cl-浓度[(462.43±6.88) mmol/L]和p O2[(140.13±15.35) mmHg]最高。此外,栉孔扇贝和虾夷扇贝的Ca2+浓度和pCO2含量较高,而海湾扇贝的pH最高。对相同月龄不同大小栉孔扇贝血液指标进行比较,发现栉孔扇贝的血液pH值与其壳高呈正相关(r=0.611),而生理指标与壳高呈负相关。随着温度的升高,栉孔扇贝血液的Ca2+浓度显著增加,而pO2显著下降,K<... 相似文献
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使用体外标记技术可对仿刺参(Apostichopus japonicus)进行种群和个体尺度上的时空行为学研究、种群动态研究、良种繁育、高效采捕方法的研究。由于仿刺参体壁柔软, 排异能力较强, 使得传统的侵入式标记方法留存率较低; 且传统标记对体壁的破坏会导致伤口溃烂, 影响仿刺参的正常生活。为研发非侵入性的仿刺参识别技术, 本研究利用深度学习中的卷积神经网络模型, 对仿刺参图像进行特征提取, 该特征能够表征个体独特的体表纹理模式。对 50 d 内连续拍摄的仿刺参图像进行特征提取并训练分类器后, 发现分类器在测试集上最高可达到 0.996±0.011 的精度; 而传统的侵入式标记方法最高只能达到约 0.75 的精度。对实验仿刺参个体进行个体识别跟踪, 使用前 25 d 的仿刺参图像进行特征提取并训练模型, 对后 25 d 的图像进行预测, 可达到 0.946±0.058 的精度。实验结果表明, 使用 ResNet50 卷积神经网络可有效地对仿刺参进行预测, 并在时间追踪任务中取得优于传统标记方法的精度。 相似文献