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1.
2007年在广东某发病鸽群中分离到一株鸽禽Ⅰ型副黏病毒（GM01）．经测定,其鸡胚平均死亡时间（MDT）为76h,鸡脑内接种致病指数（ICPI）为1．3,在鸡和鸡胚上为中等毒力病毒。应用RT—PCR对F基因片段进行扩增并测序,结果表明该F蛋白裂解位点处氨基酸序列为112R—R—Q—K—R—F 117,是典型的强毒株序列。用DNASTAR软件对GM01株F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明GM01株与Chicken／Gx／14／2005株的核苷酸和氨基酸相似性分别为98．6％和98．4％;与Pigeon-Gxp40毒株核苷酸和氨基酸相似性分别为98．5％和98．7％,在遗传进化树中位于同一个分支,同属于基因Ⅶ型;与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸相似性分别为84．1％和86．5％及86．3％和88．0％。 相似文献
2.
猪源鹦鹉热衣原体外膜主蛋白编码基因的克隆和序列测定 总被引：4，自引：0，他引：4
运用PCR技术扩增3株猪源鹦鹉热衣原体的外膜主蛋白（MOMP）编码基因，将扩增产物连接到pMD 18-T载体克隆，经酶切鉴定，PCR鉴定并分析其序列，3菌株的MOMP核苷酸序列的同源性为98．4％－99．0％，氨基酸序列的同源性为97．5％－98．1％，他们之间的差异很小，属于同一血清型，与国外发表的GPIC株及Mn株的MOMP比较，核苷酸序列的同源性分别为79．5％－80．4％和70．9％－71．3％，氨基酸序列的同源 分别为84．2％－84．7％和80．2％－80．5％，同时发现3菌株与GPIC株具有相似的基因可变区，而与Mn株的差异较大。 相似文献
3.
新城疫病毒广西分离株F基因的克隆和序列分析 总被引：4，自引：1，他引：4
根据GenBank中登录的新城疫病毒(NDV)F基因序列设计了2对引物，对从广西分离的10株NDV毒株的F基因进行了分段扩增和序列测定，其基因序列全长均为1662bp，编码553个氨基酸，均有6个潜在的糖基化位点。将其F基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与已发表的10株NDV参考株的F基因序列进行了比较。结果表明，核苷酸序列的同源性为82．6％～98．1％，氨基酸的同源性为87．7％～98．7％。这10株NDV广西分离株在裂解位点的氨基酸序列(^112R—R—Q—K／R—R—F^117)与NDV强毒株特征相符合。系统发育树、酶切位点分析和基因分型结果表明，10株NDV广西分离株中GX1／00、GX2／00、GX4／00、GX6／02、GX7／02、GX9／03、GX10／03和GX11／03为基因Ⅶd亚型，GX3／00和GX5／00为基因Ⅲ型。 相似文献
4.
鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株S1基因5''端的变异 总被引：3，自引：0，他引：3
对自海南海省、广西省发生鸡传染性支气管炎（IB）鸡群分离的4株IBV分离株（HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98、GX－2／98）的主要免疫原纤突蛋白S1基因经RT－PCR扩增其5'端的1．2kb的目的片段，将其插入载体pMD 18-Tk ,在大肠杆菌中实现目的的基因的克隆。对克隆的目的基因经限制性酶切分析及PCR鉴定后，以双脱氧链终止法测定其核苷酸序列，并与GenBank中的参考毒株（H120、SD－1／97和Holte）相应序列作比较，分析其同源性。结果表明，HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98及SD－1／97与疫苗株H120的核苷酸序列同源性分别为99．5％、99．2％、97．9％和99．5％，其推导氨基酸序列同源性分别为99．1％、98．9％、96．9％和99．2％。GX－2／98与Holte株的核苷酸序列同源率为99．0％，其推导的氨基酸序列同源性为98．6％，而与其他中国分离株的核苷酸序列的同源性仅为70％左右，氨基酸序列的同源性仅为68％左右。 相似文献
5.
利用RT-PCR技术对番鸭源新城疫病毒FP1/02株的F蛋白基因进行分段扩增、定向克隆到pMD 18-T Simple Vector质粒载体，然后制定其核苷酸序列，拼接出F基因全序列．并推导出其相应的氨基酸序列。FP1／02株的F蛋白基因全长1690bp．编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为^112R-R-Q-K-R-F^112．具有强毒蛛特有的氨基酸序列结构特征。核苷酸序列分析结果表明，FP1／02株与其他不同源新城疫病毒毒株之间的核苷酸序列同源性为87.2%～93.3%. 相似文献
6.
克隆了猪流行性腹泻病毒（PEDV）青海株（PEDV-QH）的M基因。经序列分析，PEDV-QH株编码膜蛋白M的开放阅读框（ORF）全长为681bp，包含154A（22．61％），160G23．49％），217T（31．86％），150C（22．03％），编码226aa，分子质量约为25ku。PEDV-QH株的M基因与CV777、JMe2、Br1／87、JS2004-2、KPEDV-9株核苷酸序列的同源性分别为98．5％、98．4％、98．4％、98．2％和97．9％，推导的氨基酸序列同源性分别为99．1％、99．19／6、98．7％、98．2％、97．8％；M基因推导的氨基酸序列分析显示，M蛋白3次跨膜，有1个潜在的原核膜脂蛋白脂结合位点，3个潜在的N糖基化位点，4个潜在的丝氨酸或苏氨酸连接的蛋白激酶C或酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。与CV777及Br1／87核苷酸序列以及氨基酸遗传衍化关系分析显示，PEDV-QH株M基因的变异主要属于同义突变。 相似文献
7.
猪O型口蹄疫病毒强弱毒株VP1基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
本研究根据口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因的序列，设计并合成了1对用于扩增整个VP1基因的引物（5P、P6）。从细胞培养液或组织中提取总RNA，通过PT－PCR扩增，从F29株O3I3株和T509株中均获得了1条约740bp的DNA电泳带。将PCR产物双酶切后电泳回收，插入到相应双酶切的pUC18质粒中，获得了重质粒。通过PCR鉴定，证明重组质粒pUCVP1/F29,pUCVP1/0313,pUCVP1/T509均插入了VP1基因。对上述3个重线质粒进行测序后分析，F29强毒株与O313、T509弱毒株相比，其核苷酸序列同源性分别为98．75％和99．06％；因F29株核苷酸发生3个碱基缺失与1个碱基替换，故推导的氨基酸序列同源性分别仅为44．13％和41．32％，而T509和O3I3株相比，其核苷酸、氨基酸序列同源性分别为99．37％和95．31％。通过序列分析发现，本研究的3个毒株与国内大多数毒株（包括1997年台湾暴发FMDV所分离的毒株，除O／A／58株外）均属同一基因型，核苷酸序列同源性为85％－94％；而与国外毒株相比，属不同的基因型，核苷酸序列同源性仅为81％－82％，其推本研究的3个毒株与国内分离的大多数毒株的VP1基因的氨基酸序列同源性高达87％－95％，本项研究对猪O型FMDV的强弱毒株VP基历进行克隆与序列分析，将进一步丰富我国FMDV毒株VP1基因资料库，为更加科学地防制FMD提供分子水平依据。 相似文献
8.
新城疫病毒（青岛株）F蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：7，自引：1，他引：6
参考新城疫病毒（NDV）长春株的F基因序列设计了1以特异性引物，应用RT－PCR对NDV青岛株（野毒）的F基因进行了扩增，扩增产物克隆后测序，扩出的F基因核苷酸长度为792bp，编码261个氨基酸，包括完整的F2片段和部分F1片段，裂解位点区（112－117aa）氨基酸序列为Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe，与国外发表的强毒株序列相符，正明青岛株为强毒株，根据该基因推导的所基酸序列，与国内外发表的NDVF蛋白氨基酸序列相比，同源性为88．1％－94．3％。 相似文献
9.
新城疫病毒广东分离株HN基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
用RT-PCR方法从6个新城疫病毒(NDV)广东分离株中扩增HN基因cDNA片段。并将其克隆至pGEM-T Easy载体进行核苷酸序列测定。结果表明，6个NDV分离株HN基因片段长度均为1704bp，编码568个氨基酸；彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为96．0％～99．8％和98．6％～100％，与其他基因Ⅶ型毒株的氨基酸序列同源性为96．8％～98．4％；但与其他基因型毒株如D26、Ulster/67、B1、LaSota以及GB Texas的氨基酸同源性较低，为88．2％～91．0％。 相似文献
10.
本试验采用RT-PCR方法对NDV Lasota株的全长F基因进行了扩增与克隆，并对其进行测序。扩出的F基因核苷酸长度为1664bp，单一的开放阅读框编码553个氨基酸的长肽，序列中有6个糖基化位点，13个半胱氨酸残基，包括完整的F1片段和完整的F2片段。裂解位点区(112-117aa)氨基酸序列为Gly-Arg-Gin-Gly-Arg-Leu，与所有弱毒株在这一区域的序列(Gy-Arg／Lys-Gin-Gly／Ser-Arg-Leu)相符。同源性分析表明，Lasota株F基因与已发表的其它NDVF基因相比，核苷酸序列同源性在88％-99％之间，推导的氨基酸序列同源性在90％～99％之间。 相似文献
11.
新城疫病毒鹌鹑分离株融合蛋白基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究以一株从自然发生新城疫病死的鹌鹑中所分离到的新城疫病毒（QNDV／89）为研究对象,用反转录一聚合酶链式反应（RT-PCR）对QNDV／89株的F全基因进行分段扩增、定向克隆到pUC119载体后,采用Sanger’s双脱氧末端终止法测定其核苷酸序列,并推导出相应氨基酸序列。QNDV／89株F基因全长1662bp,单一的开放阅读框编码553个氨基酸的多肽,其裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-R-R-F117,是NDV强毒株所特有的序列结构,这与其生物学特性及致病性实验结果是相一致的。序列分析结果表明,QNDV／89株与F48E9株的核苷酸同源率高达99.22％,氨基酸的同源率为98.37％;而与弱毒株LaSota的核苷酸同源率为88.93％,氨基酸的同源率为90.42％。本研究首次报道了流行于我国鹌鹑中的新城疫强毒融合蛋白基因序列,并与其它新城疫病毒进行了同源性比较,证明QNDV／89株核苷酸的变异引起了其蛋白质二级结构的部分改变。 相似文献
12.
用RT-PCR方法扩增从野鸭体内分离到的3株新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)(JS-1/06/wd、JS-2/06/wd和JS-3/06/wd)F基因,并对其序列进行了测定和分析。结果表明该分离株的F基因长1 662 bp,编码553个氨基酸;F基因裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合NDV强毒株的特征。这些毒株间核苷酸同源性为99.8%~99.9%,与鹅源NDV QY971株和ZJ1株的核苷酸同源性也高达96.7%~97.5%;氨基酸同源性为96.8%~97.5%;而与我国标准强毒株F48E9及疫苗株LaSota的核苷酸同源性分别为86.9%和84.5%;氨基酸同源性分别为94.5%和87.0%。系统发育树分析结果表明,野鸭源NDV与鹅源NDV的遗传关系较近,同属于基因Ⅶ型。 相似文献
13.
根据从GenBank上查到的PMV-2型Yucaipa株F基因序列——D13977序列，设计特异性引物，从禽副粘病毒2型Yueaipa标准株成功地克隆了F基因全编码序列。所测的核苷酸序列大小为1654bp，编码一个含536个氨基酸残基的多肽(未加工前)，分子量约为55．75kDa。裂解位点在F基因的第98和第99个氨基酸残基之间，F2蛋白羧基端裂解位点区的氨基酸残基序列为Lys-Pro-Ala-Ser-Arg。F基因序列同源性比较结果表明本研究所测的序列是PMV-2型F基因序列，并进一步证实了副粘病毒2型与分离自猴的Murayama病毒在系统进化上有非常紧密的关系。 相似文献
14.
鹅副粘病毒F蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：35，自引：7，他引：28
鹅副粘病毒分离株ＹＧ９７经１０日龄鸡胚增殖后纯化,提取病毒的基因组ＲＮＡ,采用ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出与预期设计的１．７ｋｂ大小相符的特异性条带。将扩增产物提纯后克隆入ｐＣＥＭ＾Ｒ载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,初步获得了含鹅副粘病毒Ｆ基因的阳性克隆。将所获得的阳性重组质粒进一步进行了序列鉴定。序列分析表明扩增的Ｆ基因片段的长度为１６９５ｂｐ,共编码５３３个氨基酸,Ｆ蛋白裂解位点的氨基酸顺序为＾１１２Ｒ－Ｒ－Ｑ－Ｋ－Ｐ－Ｆ＾１１７,与ＮＤＶ强毒株特征相符,同时也与鹅副粘病毒分离株致病性实验结果相符,同源性分析表明,与国内标准强毒株Ｆ４８Ｅ９的核苷酸同源性为８６％,与国内外其它毒株的核苷酸同源性在８２％～８９％之间,表明该毒株相对于经典的ＮＤＶ在Ｆ片段上发生了较大的变异。 相似文献
15.
半番鸭源禽1型副粘病毒FM01株的分离鉴定与F蛋白基因分析 总被引：5，自引：0，他引：5
从表现类似新城疫症状的病死半番鸭中分离到1株病毒FM01株，经血凝及血凝抑制试验证实为禽1型副粘病毒、以SPF鸡胚测定其平均致死时间为113，4h，对1d雏鸡脑内接种致病指数为0．23，表明为温和型毒株。利用RT-PCR技术一次性扩增其F蛋白全基因，克隆到pMD 18-T质粒载体，测序后获得F基因全序列，并推导出其相应的氨基酸序列。FM01株的F蛋白基因完整的编码区全长1662bp，编码553个氨基酸，其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117，具有温和型毒株特有的氨基酸序列结构．与常见新城疫毒株的核苷酸同源性在88．4％～99.6％之间，氨基酸同源性在89．2％～99.1％之间。 相似文献
16.
为了解1株圈养小熊猫源犬瘟热病毒（CDV）GD-1的遗传变异情况,通过RT-PCR方法对该株CDV进行H、F基因的克隆、测序及序列分析。结果显示：该分离株的H基因序列与GenBank中丹麦报道的登录号为GU266280的犬源CDV毒株的核苷酸序列相似性最高,为96%;F基因序列与巴西报道的登录号为KY057355的犬源CDV的核苷酸序列相似性最高,为95.7%。下载CDV代表毒株序列进行遗传演化、氨基酸序列比对及分子特征分析。结果显示：H蛋白共有8个潜在的N-糖基化位点,分别位于19、149、309、391、422、456、587、603位点;H蛋白的SLAM受体结合位点氨基酸序列与欧亚野生型毒株一致,与疫苗株相比,530、549位氨基酸不同,与其他CDV参考毒株H蛋白相比还存在24、41等9处氨基酸位点发生明显变异,与标准强毒株A75/17的氨基酸相似性为95.2%,与Onderstepoort、Convac等5株疫苗株的氨基酸序列相似性为88.2%~89.3%;F蛋白共有6个N-糖基化位点,分别位于62、108、141、173、179、517位,与Onderstepoort等疫苗株氨基酸相似性为89.1%~89.7%;与其他参考毒株相比还存在115、130等11处氨基酸发生变异;构建基于H、F基因的遗传进化树,结果显示：该毒株位于Asia-4型的一个小的进化分支,这与目前我国流行毒株主要位于Asia-1型存在明显不同。本研究首次报道了小熊猫源的Asia-4基因型CDV野毒株,并对毒株的H及F基因进行了序列分析,对于了解我国CDV流行株的遗传变异情况、流行病学调查、疾病防控及疫苗研发等具有重要意义。 相似文献
17.
应用RT-PCR方法从鸭源Ⅰ型副黏病毒DP1/02株中扩增F基因并克隆入pMD18-T载体,经序列测定、分析,DP1/02株F基因与鸡新城疫病毒（NDV）国家标准强毒F48E9株的核苷酸、氨基酸序列同源性均达到99%。随后将F基因克隆入真核表达载体pCI-neo,构建真核表达质粒pCI-F,将阳性质粒体外转染Vero细胞,通过间接免疫荧光对真核质粒的表达进行鉴定,利用pCI-F质粒进行动物试验。结果表明构建的真核表达质粒pCI-F能够在Vero细胞中表达,雏鸭免疫14d后在体内可检测到特异性抗体,二次免疫雏鸭后,对NDV强毒的攻毒保护率为73%。本试验为利用F基因构建的核酸疫苗提供了重要的技术支持。 相似文献
18.
从山东济南某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒株（ShD-5—06）,研究其生物学特性表明,该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。从该分离株扩增出其F和HN基因,并与标准株进行同源性比较,为探讨NDV是否发生变异提供理论依据。本试验通过RT—PCR法特异性地扩增出F和HN基因全基因序列,并对其与已经发表的序列进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,ShD-5—06株的F和HN基因开放性阅读框架（ORF）为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84．1％～88．7％之间,氨基酸同源性在88．1％～93．3％之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82．19,5～87．4％之间,氨基酸同源性在88．6％～90．9%之间;F蛋白裂解位点区（112～117）氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株（ShD-5—06）为新城疫强毒株。 相似文献
19.
根据发表的鹅副粘病毒SF02株全基因组序列,分别设计合成一对引物和二对引物,分别采用RT-PCR方法和RT-套式PCR扩增出与预期设计大小相符的F基因和HN基因特异性条带.将扩增出的DNA片段克隆到pMD18-T载体中,转化TGI感受态细胞,经AMP/IPTG/X-Gal平板筛选,酶切鉴定,获得阳性重组质粒.对重组质粒进行序列测定,结果表明:鹅副粘病毒JS/1/97/Go株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸残基;F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符.HN基因全长1716bp,编码571个氨基酸残基.将F基因插入到原核表达质粒pGEX-6P-1的EcoR Ⅰ、Xho I多克隆位点之间,转化到TGI感受态细胞中,获得了表达F基因的阳性亚克隆重组质粒;将HN堪因插入原核表达质粒pProEX HTb的XBaⅠ、XhoⅠ多克隆位点之间,转化到TGI感受态细胞中,获得了表达HN基因的阳性亚克隆重组质粒. 相似文献