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1.
参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP6基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1.4 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP6基因全长1320 bp,含有一个1194bp的开放阅读框,编码397个氨基酸。与国内外已知的11个毒株VP6基因的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较,同源性分别为76.5%-95.6%和88.7%-99.2%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD毒株与轮状病毒JL94,CN86,OSU毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
2.
《中国兽医杂志》2019,(10)
为了掌握华东地区猪轮状病毒(PRV)的流行情况,通过对华东地区猪轮状病毒流行病学的调查,分析临床猪轮状病毒对应的2个抗原序列VP7和VP4的基因型,进而丰富VP7和VP4基因库。采集2017-2018年华东地区包括江苏、浙江、上海、山东、安徽等省(市),部分猪场猪的粪便拭子共201份,PCR检测PRV阳性52份,阳性率25.9%。选择5个阳性样本进行VP7和VP4基因全长扩增并克隆测序,应用DNASTAR、MEGA5等生物学软件对其进行比对分析。结果显示:5个VP7核苷酸序列全长均为1 062 bp,5个VP4序列全长均为2 362 bp。VP7与2008年分离的G9型代表毒株NMTL的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为93.2%～95.2%和97.2%～97.5%。VP4与OSU毒株的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为98.5%～98.7%和99.3%～99.4%。表明这5株猪轮状病毒的基因型鉴定为G9P7。与参考毒株相比,VP7氨基酸第100、122、180、309位有突变,但无插入和缺失现象,VP4氨基酸在第30、137、686、774位有突变,但无插入和缺失。 相似文献
3.
参考GenBank中发表PRV OSU毒株VP6序列ORF两端保守区,设计1对特异引物,以PRVJS株反转录cDNA为模板,通过PCR方法获得约1.3 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:获得了VP6的1 320 bp全基因序列;将其ORF与国内外9株PRV VP6基因的ORF进行核苷酸和氨基酸同源性比较,核苷酸同源性在77.1%~91.1%之间,氨基酸的同源性在89.7%~99.5%之间;在氨基酸系统发育进化树中,JS毒株与A131、OSU、CN86毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
4.
A群猪轮状病毒JS株vp7基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已发表的猪轮状病毒OSU毒株vp7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计一对特异引物,以猪轮状病毒JS毒株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1000 bp目的片段。将其进行T-A克隆、序列测定和分析。结果表明,vp7基因全长1062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与已知的15个毒株vp7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,同源性分别为74.5%～78.5%和75.2%～83.1%,核苷酸系统发育进化树结果表明,JS毒株与轮状病毒G9型参考毒株ICB2185、O-1亲缘关系较近,分为一个群,表明JS毒株血清型为G9型。目前,我国尚未见猪及其它动物轮状病毒G9型流行株的报道。 相似文献
5.
对禽脑脊髓炎病毒(AEV)陕西分离株SX株VP1基因进行克隆和序列分析,了解VP1基因的分子生物学特征。根据发表的AEV VP1基因序列,设计并合成一对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出AEVSX分离株的VP1基因,将其克隆到pMD18-T载体上,进行序列测定后与已知的AEV毒株序列进行比较分析。结果表明,获得的AEV SX分离株VP1基因的全长为810bp,编码270个氨基酸残基;SX株与参考毒株VP1基因的核苷酸同源性为91.5%～99.4%,推导的氨基酸同源性为88.5%～98.9%;在1～7、19～25、149～155处有3个潜在抗原位点。系统进化树表明,SX株与1143、L2Z参考毒株的亲缘关系较近。 相似文献
6.
根据GenBank登录的猫细小病毒（CU-4）VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
7.
猫细小病毒CC 1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
8.
猫细小病毒CC-1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
9.
利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群. 相似文献
10.
为了研究伪狂犬病病毒（pseudorabies virus,PRV）立即早期180基因（immediate early 180,IE180）及其功能,试验采用设计的特异性引物通过PCR法对IE180基因进行扩增,并成功构建了IE180克隆载体,经序列测定后,用DNAStar软件对该序列和已发表的7个PRV参考株的IE180基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比对分析。结果表明,HB-98株IE180基因编码区大小为4425 bp,编码1474个氨基酸,与GenBank中登录的参考株的IE180基因核苷酸同源性为98.4%～99.1%,氨基酸同源性为97.8%～98.4%。系统进化树分析结果表明,该毒株与毒株TNL(登录号：AF352564.2）的亲缘关系较近。 相似文献
11.
番鸭细小病毒和鹅细小病毒广东株VP1基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
参考GenBank中的MDPV FM株和GPV B株全基因序列,设计并合成一对引物,分别对MDPV GD株和GPV GD株的结构蛋白基因(VP1)进行PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体,筛选到重组质粒并测序.通过对MDPV GD株和GPVGD株的VP1基因的核苷酸序列分析,这两种病毒VP1基因大小均为2 199 bp,核苷酸序列同源性为87%,而位于VP1基因上的VP2至VP3基因起始密码子之间的核苷酸序列的差异较大,同源性仅为64%.另外对MDPV GD株和GPV GD株与各地方毒株的VP1和VP3基因核苷酸序列的同源性比较,显示它们之间差异较小. 相似文献
12.
根据GenBank已发表的猪轮状病毒VP7基因保守序列,设计特异性引物扩增猪轮状病毒L1株VP 7全基因序列并进行序列测定及分析。结果显示, L1株猪轮状病毒VP 7基因全长为1062 bp,包含一个982 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸,与G5型参考毒株核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为88．8％～93．7％和93．3％～94．2％,系统进化树分析结果亦显示L1株与G5型参考毒株处于同一个群,由此确定L1株为G5型。与我国近几年流行的G9型毒株NMTL进行抗原表位分析结果显示,两个毒株在 aa25～aa29、aa86～aa102、aa142～aa152、aa211～aa226、aa263～aa286等区域存在明显差异,可能对其免疫保护性存在一定的影响。 相似文献
13.
根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。 相似文献
14.
PRV LA株gD基因的序列测定及其重复高变区的发现 总被引：4，自引：2，他引：2
对猪伪狂犬病病毒鲁A株(PRVLA株)gD基因进行了克隆和序列测定，结果表明：在测序的l453bp的DNA序列中包括着1个l203bp的ORF(即gD基因)，它编码400个氨基酸组成的多肽；在整个gD基因的ORF内PRVLA株与PRV Ea株、Hulbei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因比较，核苷酸的同源性分别为98．3％、98．3％、98．0％、98．1％、98．6％，氨基酸的同源性分别为97．8％、97．8％、97．5％、98．1％、98．6％；发现PRVLA株gD基因与Ea株、Hubei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因均在802～837nt处有1个C(A)GGCCC的重复高变区，其对应的是gD267～279位氨基酸残基Arg—Pro的重复高变区。正是该重复高变区的碱基缺失或插入使得PRVgD的ORF在l194～l215nt间变化，gD前体的氨基酸残基为398～404个。 相似文献
15.
参照已发表的扩增伪狂犬病毒gI和gE部分基因的PCR方法,合成了一对引物,以PRV H株细胞毒为模板,扩增出一条约850 bp的片段,并进行克隆和测序。然后与GenBank上国内外其它毒株gE基因进行核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性分析,构建了遗传进化关系图。结果表明,PRV H株与其他15株PRV核苷酸和氨基酸的同源性分别为 97.0%～99.2%和93.2%～98.5%,其中与SH株最近,分别为99.2% 和98.5%;进化树分析表明,该毒株与目前国内流行的毒株在同一进化分支内,与国外毒株分属不同分支,说明分离的H毒株与目前国内流行的毒株一致。 相似文献
16.
根据已发表的伪狂犬病病毒（ＰＲＶ）的基因序列,在ＰＲＶｇＥ基因阅读框外的上、下分别设计一对引物Ｐ１和Ｐ２,在引物的 ５’端分别加上 ＫｐｎＩ和 ＥｃｏＲＩ位点。以 ＰＲＶ Ｆａ株的 ＤＮＡ为模板成功地扩增得到一条长的 １．７ｋｂ的片段,经酶切鉴定,初步确定为ｇＥ基因。将此ＰＣＲ产物经ＫｐｎＩ、ＥｃｏＲＩ消化后与同样酶切的ＰＵＣ１８质粒连接、转化,得到了明显大于载体的重组质粒ＰＰｇＥ。重组质粒ＰＰｇＥ经酶切鉴定确定为含有ＰＲＶ 的 ｇＥ基因,测序ＰｐｇＥ得到完整的ｇＥ基因片段,并与４株不同来源的毒株进行了比较分析。在对 ＰＲＶ Ｆａ（来自福建）、Ｒｉｃｅ（来自俄国）、ＴＮＬ（来自台湾）、Ｅａ（来自武汉）、ＳＨ（来自上海）的ｇＥ同源性比较分析发现毒株间同源性最低也高达９７％,这一定程度上也体现ｇＥ基因组的保守性。分析还表明Ｆａ与ＴＮＬ同源。同时９９％的高同源性也显示 Ｆａ、Ｅａ、ＳＨ可能是同一毒株。本实验认为 ｇＥ序列在 １０４０－ １４１０碱基的高同源性区域作为ＰＣＲ检测或核酸探针是非常有用的。 相似文献
17.
以伪狂犬病病毒SH株细胞培养物为模板，用PCR方法扩增蛋白激酶(PK)基因部分片段，克隆到pCDNA3中，序列测定显示所扩增的PK基因片段长907bp，与PRVNIA-3株的核苷酸同源性为99．6％。把PK基因克隆到pUCl9上，利用PK基因中间的SalI酶切位点，插入带有绿色荧光蛋白(EGFP)的基因表达盒，构成了含EGFP的转移载体，为今后研究PK基因的功能和构建PK缺失株奠定了基础。 相似文献