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1.
利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群. 相似文献
2.
参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD1株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP7基因全长1 062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与国内外已知的13个毒株VP7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,相似性分别为77.4%～100%和78.6%～99.7%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD1毒株与轮状病毒A2,JP3-6毒株亲缘关系较近,为一个进化群。 相似文献
3.
为了解河北省塞内卡病毒A(SVA)VP2基因的变异及分子进化情况,试验设计了一对VP2基因扩增引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆测序,利用MEGA 7.0软件对测序获得的VP2基因序列和GenBank上的参考序列进行遗传进化分析,运用MegAlign 5.0软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果表明：成功扩增并测序得到VP2基因序列,将该序列上传至GenBank,获得基因登录号为MZ031967,命名为SVA HB-BD株。该毒株与中国毒株核苷酸序列相似性为95.9%～99.6%;与原型毒株SVV-001(DQ64125-7核苷酸)相似性较低,为94.6%;与其他美国毒株(MN812946、MN812947、KC667560、MH704432、MN812938、MN812937、KU954086、NC011349)核苷酸相似性为93.0%～94.6%。SVA HB-BD株与2015—2016年分离毒株亲缘关系较近,处于同一分支,而与2017—2018年分离毒株亲缘关系较远。SVA HB-BD株与广东省分离毒株氨基酸序列相似性较高,并且在VP2蛋白中和表位位点高度保守。说明HB-BD株... 相似文献
4.
《中国动物传染病学报》2010,(1)
为了分析华南地区鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)的遗传进化情况,本试验对2007～2009年华南地区各鸭场发病雏鸭进行DHV的病原学检测以及VP1基因扩增、克隆和测序,并运用生物信息学软件对VP1基因进行了序列分析。结果表明:所分离的R、SS1、ZJ株为DHV-A、VP1 DHV-A参考毒株核苷酸序列相似性分别为93.8%～100%、93.7%～99.6%、91.7%～98.9%,氨基酸序列相似性分别为94.5%～100.0%、94.1%～99.2%、95.0%～99.2%。其余15株DHV-C分离病毒株与台湾新型DHV核苷酸和氨基酸序列相似性均在71.4%～72.0%和78.2%～79.0%之间,与韩国新型DHV相似性在94.0%～95.1%和91.6%～93.3%之间,与国内分离的新型DHV相似性均在97.9%～100.0%和97.5%～100.0%之间。VP1氨基酸序列比对分析表明:VP1的高变区主要分布在46～64、95～149、180～223位,尤其是C′末端,存在点突变或连续变异。在第145～146位,15株新型DHV毒株比3株Ⅰ型DHV多2个氨基酸(G和G)。小RNA病毒科的VP1蛋白中保守的RGD基序,在DHV中分别显示为SGD和QSD。结果表明,危害华南地区鸭场的DHV已经发生变异,且存在两种基因型毒株的流行。 相似文献
5.
对禽脑脊髓炎病毒(AEV)陕西分离株SX株VP1基因进行克隆和序列分析,了解VP1基因的分子生物学特征。根据发表的AEV VP1基因序列,设计并合成一对特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出AEVSX分离株的VP1基因,将其克隆到pMD18-T载体上,进行序列测定后与已知的AEV毒株序列进行比较分析。结果表明,获得的AEV SX分离株VP1基因的全长为810bp,编码270个氨基酸残基;SX株与参考毒株VP1基因的核苷酸同源性为91.5%～99.4%,推导的氨基酸同源性为88.5%～98.9%;在1～7、19～25、149～155处有3个潜在抗原位点。系统进化树表明,SX株与1143、L2Z参考毒株的亲缘关系较近。 相似文献
6.
从滨州地区某养鸡场疑似鸡传染性法氏囊病病鸡初步分离到一株记为HSJ12分离株的IBDV毒株,从该分离株中提取总RNA,采用RT-PCR技术扩增VP4基因。结果表明,测序结果与GenBank中报道的IBDV VP4序列同源性在95%～99%之间。将VP4基因测序序列与GenBank上报道的23个序列进行系统遗传进化树分析,证实其与ks株同源性最近,而与23-82、OH株同源性最远。 相似文献
7.
鹅细小病毒不同毒株VP13基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
分别将鹅细小病毒(GPV)的5个分离株通过PCR技术,从病毒基因组DNA中扩增出病毒蛋白VP1和VP3非重叠区的基因片段(VP13基因),并与pMD18-T质粒载体连接,转化到感受态大肠埃希菌Top10中,经PCR鉴定后,对插入片段进行序列测定及分析。结果表明,5株GPV VP13基因全长均为594 bp,编码198个氨基酸。不同毒株主要结构蛋白VP13基因与国外已发表的鹅细小病毒B株核苷酸序列相似性较高(93.4%～98.7%),但毒株间也存在一定差异。 相似文献
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番鸭细小病毒和鹅细小病毒广东株VP1基因的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
参考GenBank中的MDPV FM株和GPV B株全基因序列,设计并合成一对引物,分别对MDPV GD株和GPV GD株的结构蛋白基因(VP1)进行PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体,筛选到重组质粒并测序.通过对MDPV GD株和GPVGD株的VP1基因的核苷酸序列分析,这两种病毒VP1基因大小均为2 199 bp,核苷酸序列同源性为87%,而位于VP1基因上的VP2至VP3基因起始密码子之间的核苷酸序列的差异较大,同源性仅为64%.另外对MDPV GD株和GPV GD株与各地方毒株的VP1和VP3基因核苷酸序列的同源性比较,显示它们之间差异较小. 相似文献
9.
鸡传染性囊病病毒青岛分离株VP2基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了克隆传染性囊病病毒青岛分离株(IBDV-QD)的VP2 基因及对其高变区序列进行分析,首先根据GenBank上已经发表的传染性囊病病毒(IBDV)UK661株的核苷酸序列,设计并合成了一对特异性的扩增IBDV-QD VP2 基因的引物.以IBDV-QD株基因组为模版,利用RT-PCR技术扩增出长约1.5 kb的基因片段,将其连接到pGEM-T-Easy载体上.经酶切分析、PCR鉴定及核苷酸序列测定,成功获得该分离株VP2基因的重组质粒.将IBDV-QD株VP2基因的高变区核苷酸序列及推导出的氨基酸序列与GenBank中公布的14株IBDV相应序列应用软件进行同源性比较,并构建系统进化树.同源性比较和进化树分析表明,IBDV-QD与IBDV超强毒株(vvIBDV)关系最近,与标准强毒株、弱毒株、变异株相差较远;并且我国不同地区的vvIBDV存在差异,这为我国传染性囊病的流行病学调查奠定了基础. 相似文献
10.
兔出血症病毒CD株衣壳蛋白(VP60)基因的克隆、核酸及氨基酸序列比较分析 总被引：6，自引：0，他引：6
以兔出血症病毒 CD株人工感染家兔 ,发病死亡后 ,取肝脏匀浆 ,用 Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒 RNA。根据 Gen Bank已发表序列保守区设计并合成引物 ,采用 RT- PCR方法扩增了 RHDV衣壳蛋白 VP6 0基因。将所扩增片段克隆到 p MD18- T载体上 ,并进行了序列测定 ,测序结果表明 ,CD株 VP6 0基因全长 174 0 bp。该序列与已发表的其他分布于世界各地的 14株 RHDV序列进行了比较和基因进化树分析。无毒株与各强毒株之间的同源性为 85 .3%～86 .5 % ,强毒株间的同源性较高 ,为 92 .1%～ 10 0 %。根据进化树可把强毒株分为 2大群 ,一群为 CD株、Iowa2 0 0 0株、0 0 - 139株、99- 0 5株 ,其余的为另一群。进一步细分 ,还可以分为 4个亚群和 7个组。但毒株之间的地域性差异并不明显。同时根据 15株 RHDV VP6 0基因的核苷酸序列推导了其所编码的氨基酸序列 ,并进行氨基酸序列的比较和亲水性、柔性区、抗原性和表面结构的比较分析。结果显示 ,各毒株氨基酸之间的的同源性在 90 .5 %～ 10 0 %之间 ,其中无毒株与各强毒株之间的同源性为 90 .5 %～ 91.9% ,强毒株间的同源性在 95 %～ 10 0 %之间 ;氨基酸变异分析未发现突变造成的 VP6 0蛋白高级结构的根本性变化 相似文献
11.
本试验旨在从山羊瘤胃中分离、筛选和鉴定单宁降解菌。从隆林山羊瘤胃采集内容物,采用单宁浓度耐受培养基进行初筛,再采用单宁酶活力鉴定培养基分离、筛选单宁降解菌,筛选出的细菌通过16S r DNA基因序列测定初步鉴定,将菌株在单宁浓度为0.5%、1%、1.5%的单宁酶诱导培养基中培养,测定酶活力。结果表明:共分离、筛选到4株降解单宁的细菌,根据16S r DNA基因序列分析结果,分别为产碱普罗威登斯菌(Providencia alcalifaciens)、克斯特菌(Kerstersia)、普罗威登斯菌(Providencia vermicola)和铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。经单宁酶诱导培养基培养后,Kerstersia的胞内单宁酶活力高于其他3株菌,而其他3株菌的酶活力较为接近;Kerstersia、Providencia vermicola和Pseudomonas aeruginosa经1%单宁浓度诱导的单宁酶活力均高于经0.5%和1.5%单宁浓度诱导(P0.05)。本试验成功从山羊瘤胃中筛选、分离、鉴定出4株单宁降解菌,且它们均表现出较高的单宁酶活力。 相似文献
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为制备抗流感病毒(AIV)聚合酶PB1-1蛋白的单克隆抗体(MAb),本研究采用RT-PCR技术扩增H5N1亚型AIV聚合酶PB1部分基因片段,并将其克隆至载体pET-32a,转化至BL21细菌进行重组蛋白表达.靶蛋白经Ni+柱纯化后,western blot分析证实该重组蛋白与AIV阳性血清具有良好的免疫反应性.用纯化的PB1-1蛋白免疫BALB/c小鼠,取免疫小鼠的脾细胞与SP2/0小鼠骨髓瘤细胞融合,采用ELISA方法筛选阳性细胞克隆,连续多次克隆纯化后获得2株能稳定分泌抗H5亚型PB1 MAb的细胞株CGFF10和FGFCE5,2株杂交瘤细胞的细胞培养上清及腹水效价分别为103、103和106、107.2株MAb的亚类均为IgG1.实验证明:所制备的MAb能与H5N1亚型PB1-1抗原发生特异反应,具有免疫活性,从而为PB1结构及功能的深入研究奠定了基础. 相似文献
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《畜牧与兽医》2017,(2):51-56
为分析T1R1(味觉受体1家族Ⅰ型)、T1R3(味觉受体1家族Ⅲ型)及PepT1(Ⅰ型寡肽转运载体)基因对湖羊氨基酸吸收的影响,以6月龄的湖羊为试验材料,采用荧光定量PCR技术对湖羊瘤胃、网胃、瓣胃、皱胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠的T1R1、T1R3和PepT1基因的表达量进行相对定量分析。结果表明:T1R1和T1R3基因在检测的各段组织中均有表达,而PepT1基因在结肠中不表达;其中T1R1和T1R3基因在十二指肠中表达量最高,其次是空肠,并且两者差异显著极显著(P0.01);T1R1和T1R3基因在十二指肠(P0.01)和空肠(P0.05)中的表达量与消化道其他部位相比差异极显著或显著;Pep T1基因在空肠中表达量最高,其次是回肠,并且两者差异极显著(P0.01);Pep T1基因在空肠和回肠中的表达量与消化道其他部位相比差异极显著(P0.01)。该结果为进一步研究T1R1、T1R3和Pep T1基因对湖羊氨基酸吸收相关功能影响奠定基础。 相似文献
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Sugi T Kato K Kobayashi K Kurokawa H Takemae H Gong H Recuenco FC Iwanaga T Horimoto T Akashi H 《The Journal of veterinary medical science / the Japanese Society of Veterinary Science》2011,73(10):1377-1379
Bumped kinase inhibitors (BKIs) target analog-sensitive kinases, which the genomes of mammals rarely encode. Previously, we demonstrated that a BKI effectively suppressed the in vitro replication of Toxoplasma gondii, the causative pathogen of toxoplasmosis, by targeting T. gondii calcium-dependent protein kinase 1 (TgCDPK1) (Eukaryotic Cell, 9: 667-670). Here, we examined whether the BKI 1NM-PP1 reduced parasite replication in vivo. A high dose of 1NM-PP1, by intraperitoneal injection, just before the parasite inoculation effectively reduced the parasite load in the brains, livers, and lungs of T. gondii-infected mice, however, a low dose of 1NM-PP1 with oral administration didn't change the survival rates of infected mice. 相似文献