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1.
为进一步研究PRRSV GP5蛋白的生物学功能,本研究将已分离的PRRSV北美洲型野毒株TA-12的GP5基因分为4段(79 bp～207bp、133bp～330bp、229bp～492bp和382bp～603bp)分别克隆于pGEX-6p-1中,并转化E.coli BL21(Rosetta)细胞进行诱导表达.表达蛋白经纯化后,以间接荧光方法(IFA)检测它们与Marc-145细胞的相互作用.IFA检测结果表明GST-GP5-1和GST-GP5-2融合蛋白均能够与Marc-145细胞结合,而且其结合位点在27aa～110aa区域.本实验为进一步研究GP5蛋白生物学功能提供试验依据. 相似文献
2.
为了预测羊口疮病毒ORFV113蛋白的主要特性及其优势B细胞和T细胞抗原表位，分别利用在线软件ProtParam预测ORFV113蛋白的理化性质，DeepTMHMM预测其跨膜区，SignalP 6.0预测其信号肽，SOPMA预测其二级结构，PSORT预测其亚细胞定位，ABCpred预测其优势B细胞表位，IEDB预测其优势细胞毒性T细胞表位。结果：ORFV113蛋白由208个氨基酸组成，为不稳定亲水性蛋白，分子质量约22.08 ku,理论等电点(PI)为4.36,在3～25 aa处存在1个跨膜区，不含信号肽，主要定位于细胞质膜；ORFV113蛋白的二级结构由延伸链(16.35%)、α-螺旋(23.08%)、β-转角(4.81%)、无规则卷曲(55.77%)组成；ORFV113蛋白存在11个优势B细胞表位，分别位于164～179 aa、62～77 aa、132～147 aa、120～135 aa、138～153 aa、101～116 aa、56～71 aa、188～203 aa、175～190 aa、49～64 aa、108～123 aa;存在3个优势T细胞表位，分别位于63～71 aa、... 相似文献
3.
蓝舌病病毒(bluetongue virus,BTV)编码4种非结构蛋白(NS1~NS4),其中NS4是新发现的非结构蛋白。为深入探索该新型非结构蛋白的功能,本研究首先采用生物信息学分析其序列结构特征及可能的功能域,结果发现NS4蛋白的N端α-螺旋结构域中具有富含碱性氨基酸的核定位信号(NLS),而C端α-螺旋结构域中具有亮氨酸拉链结构的核输出信号(NES)。为进一步证实NS4的亚细胞定位,本试验构建了表达NS4全长及其缺失突变体的重组质粒,结果显示缺失NLS的NS4重组蛋白弥散在胞浆,而缺失NES后NS4重组蛋白只定位于细胞核,表明NS4蛋白亚细胞定位具有核-胞浆穿梭过程。最后结合3D同源建模发现NS4与CCAAT增强子结合蛋白(C/EBPβ)等具有较高的同源性,据此推测NS4可能为转录调控蛋白,与DNA或其他转录因子存在相互作用。总之,本研究为NS4蛋白的功能研究提供了更多新线索和新思路,填补了BTV基础研究的空白。 相似文献
4.
为了分析铜绿假单胞菌中假单胞菌素合成酶D(PaPvdD)蛋白的主要特性与抗原表位,进而为研制基于合成酶D(PvdD)的铜绿假单胞菌疫苗提供依据,本研究首先从NCBI蛋白质数据库中下载PaPvdD蛋白的氨基酸序列,然后采用ProtParam、SignalP 4.1、PSORTb 3.0、MotifScan、SYFPEITHI等在线分析软件,结合DNAMAN、DNAStar等生物信息学软件分析、预测PaPvdD蛋白的理化性质、信号肽序列、亚细胞定位、翻译后修饰位点以及B、T细胞表位。结果表明,PaPvdD蛋白由2 448氨基酸(aa)组成,是一种亲水性的不稳定蛋白,不含有信号肽序列和跨膜结构域,可能定位于细胞质。PaPvdD蛋白含有3个B细胞表位(分别位于687～723 aa、1 748～1 784 aa、2 194～2 210 aa)和5个T细胞表位(分别位于97～105 aa、152～160 aa、697～705 aa、787～795 aa、1 005～1 013 aa)。本研究通过生物信息学方法筛选出了PaPvdD蛋白的3个B细胞表位和5个T细胞表位,这为研制基于PvdD的铜绿假单胞... 相似文献
5.
采用RACE技术以一段紫花苜蓿(Medicago sativa)盐诱导基因的EST(expressed sequence tag)序列为模板设计引物克隆此基因的全长序列.序列分析结果表明,该基因全长1551 bp,包含一个1230 bp的最大开放阅读框,编码409个氨基酸,包含3个RNA结合蛋白结构域(RRM domain),命名为MsRBP(GenBank accession No.JN986878.1).亚细胞定位分析表明此基因编码蛋白定位于细胞核.经同源比对和进化树分析,MsRBP基因编码的氨基酸序列与截形苜蓿(Medicago truncatula)、大豆(Gl ycine max)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)等物种中的某些RNA结合蛋白的氨基酸序列具有很高的相似性.RT-PCR (Real-time PCR)分析结果表明,在NaCl,ABA和PEG胁迫下MsRBP基因的表达水平均上调,推测该基因可能在紫花苜蓿逆境胁迫调控中发挥重要作用.经构建植物超表达载体pBI21-MsRBP,采用农杆菌介导法对烟草(Nicotiana tabacum)进行遗传转化,获得了抗性转化再生植株.通过PCR,RT-PCR及GUS组织化学染色分析表明:MsRBP基因在烟草的基因组中能够进行转录和表达.本研究为该基因的功能鉴定与调控机制研究奠定了基础. 相似文献
6.
《畜牧兽医学报》2018,(11)
本研究旨在预测和鉴定鸡基质蛋白3(matrin 3,MATR3)的核定位信号(nuclear localization signal,NLS)。通过核定位信号在线预测软件预测鸡MATR3蛋白中存在的假定NLS(putative NLS,pNLS),根据预测结果构建鸡MATR3蛋白pNLS缺失的重组真核表达载体,转染细胞后通过观察缺失体重组蛋白的亚细胞定位来确定其NLS。根据鸡MATR3蛋白NLS邻近碱性氨基酸序列特征,构建NLS邻近氨基酸缺失的重组真核表达载体,转染细胞后通过荧光观察和亚细胞定位分析来确定NLS邻近碱性氨基酸是否参与鸡MATR3蛋白的细胞核定位。另外,对鸡MATR3蛋白NLS在不同物种间的保守性以及对外源蛋白的核输入能力进行分析和检测。结果表明,鸡MATR3蛋白中存在4个pNLS,其中pNLS2(~(596)PSDKKSK~(602))缺失导致鸡MATR3蛋白丧失细胞核定位特征。将构建的鸡MATR3蛋白NLS邻近碱性氨基酸缺失的重组真核表达载体转染细胞,通过荧光观察和亚细胞定位分析,发现鸡MATR3蛋白NLS邻近的碱性氨基酸不参与NLS介导的MATR3蛋白细胞核定位。此外,笔者发现该NLS基序在不同物种的MATR3蛋白中均保守,并且与SV40大T抗原NLS具有相同的核输入能力。鸡MATR3蛋白中存在一个高度保守的NLS(~(596)PSDKKSK~(602)),其邻近的碱性氨基酸位点不参与MATR3蛋白的细胞核定位。 相似文献
7.
为鉴定猪瘟病毒(CSFV)衣壳蛋白(C)在细胞中的核仁定位信号(No LS),本研究采用截短表达的方法将含有C基因不同片段的真核表达重组质粒转染猪睾丸细胞(ST)。结果表明,瞬时表达的截短C蛋白的aa51-aa71多肽定位于ST细胞核仁中。而将C蛋白的aa51-aa71缺失突变后,C蛋白则丧失了其核仁定位的能力。此外,将C蛋白的51KKK53突变为51AAA53,也同样导致C蛋白丧失核仁定位能力,表明该序列为核仁定位的核心基序。本研究为进一步分析C蛋白在CSFV复制过程中的功能提供了实验依据。 相似文献
8.
为了研究牛干扰素刺激基因15编码ISG15蛋白的结构及功能特性,笔者采用生物信息学方法对ISG15基因的开放阅读框进行分析,对ISG15蛋白的氨基酸组成、理化性质、二级结构、三级结构、互作蛋白、亲疏水性、跨膜区、信号肽、亚细胞定位、抗原表位进行分析预测,选取不同动物ISG15蛋白氨基酸序列构建系统进化树。结果表明,该基因全长591bp,开放阅读框全长465 bp,编码154个氨基酸;ISG15蛋白由20中氨基酸构成,分子量为17.31 ku,等电点为6.73,属于酸性蛋白;不稳定系数为50.87,属于不稳定蛋白;二级结构分析显示,ISG15以β-折叠、无规则卷曲为主,均为31.82%;互作蛋白分析显示,ISG15与干扰素、干扰素刺激基因密切相关;ISG15是亲水蛋白,无跨膜结构及信号肽,主要分布于细胞质,细胞核、线粒体、内质网内亦有分布,并预测到7个潜在抗原表位。牛ISG15氨基酸序列与同属偶蹄目的牦牛、瘤牛关系最近,与灵长目类关系最远。 相似文献
9.
《中国家禽》2017,(18)
为利用分段表达载体鉴定禽白血病病毒(ALV)衣壳蛋白单克隆抗体识别区域,构建ALV衣壳蛋白p27全长及分段真核表达载体。将实验室保存的pGEX-6p-1-p27质粒双酶切亚克隆到pcDNA3.1真核表达载体中,构建pcDNA3.1-p27全长表达质粒。同时设计引物,扩增p27基因1~480 bp的A片段以及241~720 bp的B片段,构建pcDNA3.1-p27A和pcDNA3.1-p27B分段表达载体,并在DF-1细胞中暂态表达,利用IFA和Western blot方法鉴定病毒衣壳蛋白单克隆抗体的识别区域。结果表明:重组质粒均能正确表达,并鉴定出两株单克隆抗体5D3和4F12的抗原识别区域均位于衣壳蛋白p27蛋白碳端161~240位氨基酸区域。研究成功构建并表达了ALV衣壳蛋白p27的全长和分段真核表达载体,并利用分段表达质粒鉴定了两株单克隆抗体的抗原识别区域,为深入研究衣壳蛋白p27的生物学功能提供了生物材料。 相似文献
10.
鹅细小病毒非结构蛋白B细胞线性抗原表位的鉴定及抗原表位区分子特性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为进一步对鹅细小病毒(GPV)非结构(NS)蛋白B细胞线性抗原表位进行定位,本研究设计了覆盖NS1蛋白C末端453 aa～627 aa的7个长约30个氨基酸残基的重叠短肽,并进行了融合表达。蛋白质印迹分析结果表明,表达的融合蛋白NSb(485 aa～514 aa)、NSc(498 aa～532 aa)、NSd(523 aa～556 aa)、NSe(543 aa～573 aa)、NSf(564 aa～598 aa)和NSg(599 aa～627 aa)能够被GPV免疫的鹅血清识别。将抗原表位区推导氨基酸序列与GenBank中登录的12株GPV和番鸭细小病毒(MDPV)相应序列应用DNAMAN进行同源性比较,并构建了系统进化树。分析结果表明,GPV各株之间的同源性较高,但在强弱毒株和不同地区分离株中存在一定的差异。同时,GPV和MDPV的NS蛋白中可能存在共同的线性抗原表位区。 相似文献
11.
《中国兽医学报》2017,(8)
为研究猪BST-2基因的生物学功能,用特异性的引物扩增猪BST-2基因,并利用生物信息学软件对猪BST-2基因及氨基酸进行分子特性分析,同时进行了猪BST-2蛋白的真核表达及组织表达谱分析。结果表明:猪BST-2基因全长851bp,其中5′-UTR为23bp,3′-UTR为294bp,CDS区为534bp,编码177个氨基酸,猪源BST-2蛋白氨基酸序列与大猩猩、仓鼠、家鼠、驴、猫、牛、猕猴、绵羊、人BST-2蛋白氨基酸序列同源性分别为46.1%,41.7%,39.5%,35.4%,42.0%,40.5%,44.4%,38.7%,46.8%。含有2个跨膜结构(27~49aa和154~176aa),2个潜在的糖基化位点,14个潜在的磷酸化位点,包含磷酸激酶ATM、CKⅡ、PKA、PKC的结合位点。构建真核质粒并转染发现猪BST-2蛋白能够在Vero细胞内正确表达。半定量PCR检测发现BST-2基因在所有组织中均有表达,尤其是在免疫组织及器官(淋巴结、胸腺、扁桃体、脾)、大肠、小肠中的表达量较高。本试验为今后进一步分析验证猪BST-2蛋白的抗病毒机制奠定了基础。 相似文献
12.
CD154在抗原特异的T淋巴细胞和抗原提呈细胞的相互作用中发挥非常重要的作用。利用RT-PCR方法从三黄鸡的外周血单核细胞(PBMC)中克隆了鸡CD154基因全长cDNA,序列分析显示该基因cDNA全长819bp,可编码272个氨基酸。将克隆的鸡CD154全长cDNA克隆到原核表达载体pET-28a中获得表达质粒pET-28a-CD154,转化BL21(DE3)后未检测到特异性表达蛋白。进一步通过PCR获得去除信号肽(1~22 aa)和跨膜区(23~46 aa)的CD154基因片段(CD154d),并将其克隆到pQE80的6×His下游,在大肠杆菌中成功表达,获得分子量约27 ku的融合表达蛋白6×His-CD154d。Western-blot试验证实表达的融合蛋白能与抗6×His的单抗发生特异性反应。同时,将CD154基因全长cDNA插入真核表达载体pEGFP-C1的EGFP基因下游,获得真核表达质粒pEGFP-CD154,转染Hela细胞,荧光显微镜观察发现EGFP-CD154融合蛋白表达在细胞膜上,证实了鸡CD154的膜定位特性。本研究为进一步研究鸡CD154的结构与功能及其免疫佐剂效应奠定了基础。 相似文献
13.
在感染家蚕质型多角体病毒(BmCPV)的家蚕中肠组织中发现一个差异表达的假定蛋白基因。利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆了该假定蛋白基因的全长cDNA。用生物信息学方法进行基因序列与结构分析表明:该基因全长cDNA序列为486bp,包含108bp的5′端非翻译区序列(5′-UTR)和153bp的3′端非翻译区序列(3′-UTR),开放阅读框(ORF)为225bp,编码74个氨基酸,蛋白分子质量为6.888kD,等电点为5.27;该基因由3个外显子和2个内含子组成,ORF位于第2外显子内,编码蛋白含二次跨膜结构,多肽链表现为疏水性,在多肽链上的第15～16氨基酸残基可能是信号肽的切割位点。RT-PCR结果显示该基因在家蚕5龄幼虫的丝腺、血液、脂肪体、生殖腺及中肠组织中均有表达;荧光定量PCR结果表明该基因在感染Bm-CPV的家蚕中肠组织中的表达水平为正常家蚕中肠组织的6.28倍。研究结果为进一步解析该基因的功能奠定了基础。 相似文献
14.
为构建和表达抗RT单链抗体(ScFv)蛋白,用RT-PCR方法从能分泌特异性抗RT单克隆抗体(McAb)的杂交瘤细胞中分离纯化抗体VH和VL基因。用重叠延伸PCR方法将VH和VL拼接在一起,构建抗RT-ScFv基因。将ScFv基因连接到pMAL-p2X表达载体,转化TB1表达菌。阳性克隆用IPTG诱导18h,Western blotting鉴定重组蛋白。结果表明,试验成功扩增出了ScFv基因,长度约为750bp。通过DNA序列测定和分析,构建出VL-(Gly4Ser)3-VH。其VH全长363bp,可编码121个氨基酸,VL全长324bp,可编码108个氨基酸。SDS-PAGE和Western blotting分析结果表明,抗RT-ScFv在TB1表达菌中获得高效表达,pMAL-p2X表达的ScFv加上同时融合表达的MBP标签分子质量约为75ku。本试验成功构建了pMAL-RT-ScFv表达载体,并获得了高效表达。 相似文献
15.
类胰凝乳蛋白酶(CTLP)是鳞翅目昆虫幼虫中肠中的主要蛋白酶。基于构建的家蚕中肠等组织差异表达基因的SSH文库,发掘和克隆了一条新的家蚕类胰凝乳蛋白酶基因Ctlp(GenBank登录号:JQ081296)。该基因定位于18号染色体nscaf2901,靠近端粒,有5个外显子和4个内含子,全长cDNA序列976 bp,ORF为840 bp,编码279个氨基酸残基,信号肽序列1～18 aa(分值0.985),1～20 aa和50～100 aa区域为2个由内到外的跨膜螺旋,推测蛋白质相对分子质量为29 780.10,pI为8.75,蛋白质功能域(保守区)和分子进化分析显示其为丝氨酸蛋白酶家族的类胰凝乳蛋白酶。家蚕Ctlp基因具有在5龄幼虫中肠特异性高表达和伴随进食量增加而上调表达的特征,同时也具有性别差异性和熟蚕期特异性上调表达的现象,暗示CTLP可能具有促进消化以外的功能。构建pET32a-ctlp重组表达载体,SDS-PAGE分析和Western blot鉴定结果显示,重组蛋白在原核表达系统中的表达量较低。 相似文献
16.
为克隆鸡Dazl(Deleted in azoospermia-like,Dazl)基因CDS序列,通过构建eGFP标记的DAZL真核表达载体,实现该基因产物的亚细胞定位以探究其生物信息学功能.提取1日龄鸡睾丸总RNA,通过巢式PCR方法扩增出Dazl基因的CDS,构建真核表达载体pEGFP-C1-DAZL.采用LipofectaminTMLTX介导重组表达载体pEGFP-C1-DAZL转染CEF细胞,48 h后于荧光倒置显微镜下观察其表达定位,同时利用RT-PCR和Western-blot进一步鉴定eGFP-Dazl和蛋白水平的表达情况.结果表明:克隆出Dazl基因的完整CDS,长度870 bp,共编码289个氨基酸,与公布的鸡Dazl基因(GenBank登陆号:NM_204218)CDS区同源性达99％,编码氨基酸完全一致.酶切鉴定和序列分析均表明真核表达载体pEGFP-C1-DAZL构建成功.转染48 h后,RT-PCR和Western-blot分别检测到949 bp特异条带和59.7 ku的融合蛋白.荧光显微镜观察显示,融合蛋白(eGFP-Dazl)主要分布于细胞核. 相似文献
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流行性乙型脑炎（Japanese Encephalitis,JE）是一种人与动物共患的虫媒病毒性疾病,严重危害着人畜的健康。E蛋白是乙型脑炎病毒（Japanese Encephalitis Virus,JEV）的主要结构蛋白,在病毒的吸附、融合、血凝、细胞趋向性、病毒毒力和诱导保护性免疫反应中起重要作用。为了确定该蛋白的抗原优势区域,本研究设计了3对引物,将E蛋白分成3个大段,分别是EF1（1～291aa）、EF2（292～402aa）和EF3（403-500aa）,又将EF1分成4个相互重叠的小片段,分别是EF1-1（1～88aa）、EF1—2（68～155aa）、EF1—3（129～222aa）和EF1—4（202～291aa）,将以上基因片段分别克隆到原核表达载体进行GST融合表达。SDS-PAGE电泳鉴定各融合蛋白均获得表达,各表达产物以包涵体的形式存在。通过Western blot分析表明融合蛋白GST-EF1、GST—EF2、GST—EF1—1、GST-EF1-2、GST—EF1—3和GST—EF1～4均能被阳性血清识别。通过ELISA鉴定,GST-EF2反应性最强,GST-EF1反应性比GST-EF2稍弱,而GST-EF3反应性最弱,GST-EF1-1、GST-EF1—2、GST-EF1—3和GST—EF1—4片段融合蛋白反应性与GST—EF1相似。由此本研究鉴定出1-402aa是E蛋白的抗原优势区域,在此区域内包括了12个Cys的保守区及域Ⅰ、域Ⅱ和域Ⅲ3个主要抗原域。E蛋白抗原优势区域的鉴定,为E蛋白抗原表位的鉴定以及针对于E蛋白诊断试剂的开发奠定了基础。 相似文献
18.
旨在克隆徐淮山羊脂蛋白酯酶(LPL)基因的cDNA,并通过EGFP融合蛋白实现该基因亚细胞水平的表达定位.本研究通过RT-PCR方法克隆徐淮山羊LPL基因cDNA,并初步进行生物信息学分析,构建含有增强型绿色荧光蛋白(EGFP)报告基因的融合表达载体pEGFP-C1-LPL.聚乙烯亚胺(PEI)介导pEGFP-C1-LPL转染NIH-3T3细胞,48 h后在荧光倒置显微镜下观察,并用RT-PCR方法检测LPL mRNA在细胞内的表达.结果,成功克隆出山羊LPL基因1 530 bp长的cDNA,完整阅读框大小为1437 bp,共编码478个氨基酸,GenBank登录号为GU082383.信号肽区域预测结果表明LPL蛋白含有一小段信号肽序列,其可能性为100%.信号肽酶切割位置在第23和24个氨基酸之间,其可能性达到65.9%.成功构建融合表达载体pEGFP-C1-LPL,并且RT-PCR显示转染后LPL在mRNA水平上表达明显.EGFP-LPL融合蛋白定位在NIT-3T3细胞外和细胞膜部分.结果表明,首次成功克隆出徐淮山羊LPL基因cDNA;重组质粒pEGFP-C1-LPL构建成功,并在NIH-3T3细胞中明显表达. 相似文献
19.
在比较我国猪轮状病毒(PRV)强弱毒株非结构蛋白NSP4 cDNA序列时发现,两者在可能与致病性有关的区域(aa112～aa175)内存在显著差异.为进一步研究这种变异是否与毒力改变有关,本研究从我国流行弱毒株JL94中扩增Nsp4基因并突变其135、136和138氨基酸位点,以谷胱甘肽S-转移酶GST重组蛋白的形式在大肠杆菌Rosseta中表达突变和未突变两种Nsp4蛋白C端编码aa 112～aa 175的截短蛋白并用Glutathione SepharoseTM 4B亲和纯化.将纯化的两种蛋白均以40 μg的剂量腹腔接种新生BALB/c乳鼠.结果显示,接种GST-Nsp4突变重组蛋白组,有大部分小鼠先后发生腹泻(7/12),接种未突变GST-Nsp4重组蛋白组,只有少部分小鼠发生先后腹泻(3/12),而注射PBS的对照组,均未发生腹泻.本研究证明PRV Nsp4第135位、136位和138位氨基酸位点的变异影响蛋白毒性的改变,其致腹泻活性具有明显差异(p＜0.05).为进一步研究PRV的致腹泻机理和防制及其疫苗的研制奠定基础. 相似文献
20.
采用RT-PCR技术从金黄地鼠(Mesocricetus auratus)脑组织获得朊蛋白基因(Prion protein nucleic acid,PRNP)开放阅读框(Open reading frame,ORF),截去其N端信号肽(66 bp)和C端GPI锚定位点(69 bp)形成朊蛋白编码区PRNPx;将编码区重组于融合表达质粒Pet-DsbA中,并在大肠杆菌BL21(DE3)plysS中经IPTG诱导表达,并经Western-blot验证。结果表明,金黄地鼠PRNP基因ORF区全长为765 bp,编码254个氨基酸的前体蛋白,核苷酸序列与已发表金黄地鼠序列(M14054)同源性为99.87%,其第116个氨基酸发生了同义突变由GCT变为GCC;朊蛋白在大肠杆菌得到高效表达,产物是相对分子质量为47 000的融合蛋白。 相似文献