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1.
《中国家禽》2021,(12)
为了解山东地区鸭圆环病毒(DuCV)流行状况及基因组特征,对山东济宁、潍坊等地区的病鸭病料进行DuCV检测及鉴定,DuCV阳性样品进行全基因组扩增,并进行遗传进化和基因组特征分析。结果显示:成功获得了14株DuCV的全基因组序列,全长为1 993～1 995 bp,遗传进化显示这些毒株与德国株AY22855处同一进化分支,均属于DuCV基因Ⅰ型,但不同年份之间已形成独立小分支且彼此之间同源性不高;Cap和ORF3蛋白氨基酸序列分析发现,2020年与2021年监测毒株Cap蛋白氨基酸同源性为96.7%,提示病毒变异速度和程度较高,增加了防控的难度。研究为山东地区鸭圆环病毒病的防控提供了重要数据支撑。 相似文献
2.
鸭圆环病毒(DuCV)感染能够引起鸭的免疫抑制，引起多种病原的继发性感染，在我国鸭群中广泛流行。为了解DuCV的遗传变异情况，对采自山东、江苏和贵州3个省份的19个鸭场的样品进行了PCR测定，并对DuCV的ORF-C1基因进行测序和遗传进化分析。PCR测定结果显示，19个鸭场中有9个鸭场的样品为DuCV阳性，总体阳性率为47.4%;ORF-C1基因序列测定结果显示，9株DuCV之间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为93.4%～100%和82.2%～100%,与NCBI中已公布的DuCV毒株的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为77.8%～99.5%和71.5%～-99.6%;遗传进化分析显示，9株DuCV全部属于DuCV-1b亚型，其中有7株在同一分支上，与D11-JW-001等韩国毒株遗传距离较近，另外2株则与山东、广西的毒株遗传距离较近；此外，与已公布的毒株相比，9株DuCV都在158位发生了氨基酸突变，由E/D变为L/P。上述结果表明，DuCV-1仍然为我国鸭群中的优势流行基因型，但病毒的基因也在不断地发生变异，应该对其进行持续监测。 相似文献
3.
通过对广东佛山、中山等地出现以脱毛,皮肤潮红,生长缓慢为特征的樱桃谷商品肉鸭群的病鸭组织进行病原检测,初步诊断为鸭圆环病毒(DuCV)感染。采用常规PCR方法,扩增出4株DuCV的全基因序列,并进行序列比较及遗传进化分析。结果显示:4株DuCV全基因与德国株AY228555,广西株KC460527、KC460530、KC460532、KC460535属于同一进化分支,同源性为94.8%～99.3%,均属于DuCV-1型;而与DuCV-2型代表株台湾株AY394721的同源性为82.9%～83.4%。该研究为鸭圆环病毒感染的监控和诊断提供了依据。 相似文献
4.
为了解广东地区圆环病毒在鹅群中的流行情况。研究针对鹅圆环病毒全基因组保守序列设计特异性检测引物,采用PCR方法对送检的232份鹅疑似鹅圆环病毒感染病例进行检测。并针对其中一份阳性样品病毒全基因组进行测序,获得该毒株全基因组序列信息。对该毒株全基因进行遗传进化分析、Cap蛋白相似性分析和B细胞抗原表位预测。结果显示,232份样品中阳性检出率为44.4%,表明鹅圆环病毒在广东地区鹅群中普遍存在,鹅圆环病毒毒株与其他已报道的鹅源毒株处于同一遗传进化分支,鹅源毒株间Cap蛋白相似性为98.0%~100%,但与鸭圆环病毒相似性低(46.9%~48.2%);Cap蛋白B细胞线性表位预测结果提示,鹅源和鸭源毒株表位位置相近,但氨基酸序列差异较大,提示两种毒株之间交叉保护力可能存在差异。研究为了解广东地区鹅源圆环病毒流行、进化情况,并进一步做好相关防控工作提供理论参考。 相似文献
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为了解猪圆环病毒2型（PCV2）当前流行分离株的基因型和进化特征,本研究对PCV2阳性临床样品进行分离鉴定,并对分离毒株进行全基因组序列扩增、测序及遗传进化分析,利用MegAlign7.0和DNAstar软件对分离株ORF2基因编码的Cap蛋白进行氨基酸变异分析和抗原指数预测分析。测序结果显示,PCV2分离株（SMU-2022）的全基因组序列长度为1 767 nt。全基因组和Cap蛋白的遗传进化树结果均显示分离株属于PCV2d基因型,与国内外46株参考毒株的相似性在91.8%～99.1%之间,其中与QZ1410毒株的相似性最高,亲缘关系最接近。关键氨基酸位点变异分析表明,在Cap蛋白上有2个氨基酸特异性突变位点,分别是V30L和T232K。抗原指数分析发现,分离株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株相比差异较大,主要集中在第20-30、40-75、90-100、130-140、195-205、210-220位氨基酸这6个区域。 相似文献
8.
为分离鉴定流行于重庆某猪场的猪圆环病毒2型,本研究从断奶仔猪多系统衰竭综合征猪的淋巴结病料中进行病毒学检测,病毒利用PK-15细胞增殖,其基因组序列经克隆、测序、拼接获得,并完成对全序列的生物信息学分析鉴定。结果获得了1株猪圆环病毒2型(命名PCV-2CQ1),该毒株的全序列大小为1 767bp,同源性分析发现该病毒与国内公布的PCV-2毒株同源性超过了90%,尤其与广西分离株同源性达100%;系统进化分析本分离病毒与浙江株(EU257511)、黑龙江株(HM038032)聚类到一起,形成一个进化分支,同属于PCV-2b型;对编码的衣壳蛋白分析发现,PCV-2CQ1Cap氨基酸发生了较大变异,与强毒株同源性较高,考虑到本病毒源自PMWS病猪,推测该毒株属于强毒株。 相似文献
9.
《国外畜牧学(猪与禽)》2020,(6)
为了解云南省猪瘟病毒(Classical Swine Fever Virus,CSFV)流行毒株E2基因的遗传变异情况,试验采用RT-PCR检测云南省疑似猪瘟阳性样品,并获取4株E2全基因序列。对所获的E2基因序列与国内外参考毒株进行同源性和遗传进化树比对分析。结果表明,获得4条全长均为1119bp的云南省CSFV流行毒株E2全基因序列。4株云南毒株序列的同源性为81.7%～99.6%,与疫苗毒株的同源性为81.3%～94.5%,与其他参考序列的同源性为81.8%～99.6%。遗传进化分析表明,4株云南流行毒株分为两个不同的进化分支,1株流行毒株和疫苗毒株同属于1.1基因亚型,其他3株流行毒株分布在另一进化分支上,属于2.1c基因亚型,研究结果为云南地区猪瘟的防控提供了一定的理论参考。 相似文献
10.
为了对疑似新发猪圆环病毒3型(PCV-3)感染病例进行确诊,试验采用PCR技术鉴定1例疑似感染PCV-3的猪,并将鉴定得到的PCV-3毒株的全基因组分成2个片段进行PCR扩增,分别构建到pMD18-T载体上测序,通过MegAlign软件对全基因序列进行同源性和遗传进化分析,利用在线生物信息学软件预测Cap和Rep蛋白的信号肽、核定位信号和B细胞表位。结果表明:成功鉴定出1株豫北新发PCV-3毒株,将此毒株命名为PCV-3/CN/HNAY-201806;对2个基因片段测序后拼接发现其基因组长度为2 000 bp(登录号为MH683051);同源性和遗传进化分析显示,PCV-3/CN/HNAY-201806与吉林长春毒株PCV-3/CHN/JLCC2016(登录号为KY421348.1)核苷酸同源性(99.6%)较高,与广西毒株PCV-3/GXFC2017-7(登录号为MG250186.1)同源性(98.8%)较低,不同地区间PCV-3基因组有差异但较小;对该毒株Cap和Rep蛋白序列分析显示,2个蛋白都没有信号肽序列,但都有核定位信号,Cap蛋白有9个B细胞表位,Rep蛋白有14个B细胞表位。 相似文献
11.
鸭圆环病毒基因组序列分析及其C1截短基因的原核表达 总被引：1，自引：1，他引：0
本试验参照GenBank登录的鸭圆环病毒(DuCV)基因组序列,设计2对DuCV特异性引物,运用PCR方法从病死番鸭法氏囊中分段扩增出DuCV LJ07株基因组,将扩增片段分别克隆获得重组质粒,测序后得到全长为1 995nt的DuCV LJ07株全基因组序列,与GenBank登录的DuCV基因组序列的同源性迭83.6%～96.5%.经基因结构分析发现,DuCV LJ07株的基因组有6个开放阅读框(ORF),其中V1、C1是2个最主要的ORF,分别编码Rep蛋白和Cap蛋白;在V1和C1的5'起始端之间有与启动滚环复制有关的一茎环结构和2个正向重复序列.本试验同时还构建了去除核定位信号的C1截短基因的原核表达载体,诱导表达后经SDS-PAGE和Western-blotting分析表明C1截短基因已成功地在大肠杆菌中表达出Cap截短蛋白,为建立DuCV抗体血清学检测方法和开展DuCV感染的血清学调查奠定了基础. 相似文献
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鸭圆环病毒PT07基因组序列测定与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究采用PCR方法从临床健康的番鸭法氏囊组织中分段扩增获得鸭圆环病毒(DuCV)PT07全长基因组,将扩增片段分别克隆,获得重组质粒,测序结果表明,DuCV基因组全长为1988nt。经基因组结构分析发现,DuCVPT07的基因组有3个开放阅读框(ORF),其中V1/rep和C1/cap是2个主要的ORF,分别编码Rep蛋白和Cap蛋白;在V1/rep和C1/cap的5'起始端之间存在与启动滚环复制有关的1个茎环结构和1个正向重复序列。遗传进化分析发现,DuCV可分为2个群,PT07与TC1/2002～TC4/2002和FJ0604同处一个进化分支,而与Ger、33753-52和MH25关系较远。 相似文献
13.
以临床分离的鸭圆环病毒（duck circovirus）（GenBank登录号：GU168779）阳性病料为材料,根据GenBank中所登录的鸭圆环病毒基困序列设计引物并对设计的引物5′末端进行磷酸化处理,通过引物设计替换碱基,以突变形成EcoRⅠ酶切位点。利用PCR方法扩增鸭圆环病毒的基因,经胶回收后,用T4 DNA连接酶进行环化,以获得鸭圆环病毒具有感染性的核酸。在含有分子标记的两端设计引物,进行PCR扩增,对PCR产物进行胶回收,连接T载体后测序,对胶回收产物进行EcoRⅠ酶切鉴定,均证明在第587位成功插入EcoRⅠ酶切位点。结果表明,本试验已成功构建带有分子标记的鸭圆环病毒的感染性核酸,为进一步开展该病毒的分子调控机制、致病性和开发基因工程疫苗研究奠定基础。 相似文献
14.
Genetic analysis of a duck circovirus detected in commercial Pekin ducks in New York 总被引：6，自引：0，他引：6
The genetic organization of the duck circovirus (DuCV) 33753-52 detected in commercial Pekin duck flocks from Long Island, NY, is described. The nucleotide sequence of virus 33753-52 exhibited high similarity with DuCVs previously detected in Germany and Hungary. It is possible that this DuCV from New York shares the same ancestor with the European counterparts. The virus 33753-52 exhibited genetic features characteristic of other circoviruses, such as the presence of two major open reading frames (rep and cap), two intergenic regions, one stem-loop structure, four intergenic direct repeats, and the conserved motifs for the rolling circle replication and for the dNTP binding domain in the Rep protein. This report is the first report of the presence of DuCV in commercial Pekin duck farms in the United States. The clinical and pathologic significance of DuCV in the duck farms located on Long Island needs to be clarified. DuCv was detected in culled birds, due to low body development, leg deformities, or arthritis. Staphylococcus aureus and Riemerella anatipestifer serotype 4 were isolated from some of the DuCV-positive birds. The apparent low prevalence of the virus suggests that at this time, this infection is not a significant problem for the duck industry in New York. However, the immunosuppressive properties of this virus need to be clarified as well as its role as a predisposing agent for other diseases. 相似文献
15.
本研究根据GenBank中鸭新城疫病毒(NDV)的F基因和鸭圆环病毒(DuCV)的V1/rep基因的保守序列,各设计一对特异性引物,并对二重PCR的扩增条件进行优化,建立了鸭NDV和DuCV的二重PCR检测方法。对混合样品进行扩增,得到2条大小为493bp(鸭NDV)和218bp(DuCV)的特异性条带,与预扩增片段相符。而对番鸭细小病毒、鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭源小鹅瘟病毒、鸭H9亚型流感病毒、鸭疫里氏杆菌、大肠杆菌、禽多杀性巴氏杆菌等病原检测,结果为阴性。该方法的敏感性试验表明,鸭NDV的核酸最小量为40fg,DuCV为20fg。 相似文献
16.
从广东湛江某肉鸭养殖场发生脚软、关节肿大为临床特征和脾脏肿大、肝脏有坏死灶为病变的樱桃谷鸭病料中分离到一株新型鸭呼肠孤病毒,命名为GD693。对新型鸭呼肠孤病毒GD693株σC蛋白基因进行 RT-PCR 扩增、克隆和测序,并与参考毒株σC蛋白基因序列进行比对分析。结果显示：GD693株与新型呼肠孤病毒（NDRV）代表毒株处于进化树的同一大分支,但却处于一个单独的分支,同属于基因2型,具有相近的遗传演化关系;与NDRV代表毒株091株、TH11 株的σC蛋白基因序列进行比较分析,存在核苷酸和氨基酸的序列改变,毒株有可能发生变异或毒力增强。 相似文献
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[目的] 了解北京地区流行的鸽圆环病毒（Pigeon circovirus,PiCV）的基因组特征及变异规律。[方法] 以3只发病鸽的肝脏和脾脏组织为模板,采用PCR技术检测病原。以检测阳性的肝脏组织DNA为模板,应用PCR技术分段扩增PiCV的全基因序列。应用DNAStar和Mega 7.0软件对扩增得到的全序列进行拼接和核苷酸序列比对,并构建系统进化树,对病毒基因组的2个开放阅读框分别进行核苷酸和氨基酸序列比对,并构建系统进化树。[结果] 经PCR检测,3只病鸽中有1只病鸽的组织中检测到PiCV阳性,并未检出其他病毒。采用PCR分段扩增成功获得了1株PiCV的全基因组序列,命名为PiCV BJ,该病毒基因组大小为2 034 bp,包含有2个主要的开放阅读框（ORFs）,ORF-V1编码Rep蛋白,ORF-C1编码Cap蛋白。相似性比对结果显示,PiCV BJ株基因组序列与GenBank上登录的其他参考序列的核苷酸相似性在86.0%~97.0%之间,与2011年分离自波兰的PL53相似性为97.0%。遗传进化结果显示,PiCV BJ株与2014年分离自波兰的PL124在同一分支,亲缘关系较近;与其他禽源圆环病毒不在同一分支,亲缘关系较远。PiCV BJ株Cap基因的起始密码子为ATG,与2011年分离自比利时的11-08304株核苷酸、氨基酸序列相似性高达95.8%和85.2%;Rep基因与2011年分离自波兰的PL53相似性最高,核苷酸和氨基酸相似性分别高达94.6%和96.2%;Cap和Rep基因的进化树分析结果也显示,PiCV BJ株均与PL53和11-08304株在同一分支,亲缘关系较近,这与相似性分析的结果一致。[结论] PiCV BJ株来自国外,可能由赛鸽引种传入中国,提示在外部引种时要做好病毒监测。本研究丰富了PiCV的遗传学研究资料,为进一步探究PiCV的遗传变异及传播机制提供了参考依据,也为PiCV的防控提供了重要的理论基础。 相似文献
18.
To investigate the genetic diversity and genotype of duck circovirus (DuCV), nine full-length DuCV genomes were determined from clinical samples. Multiple sequence alignment and phylogenetic analyses were performed on the nine viral genome sequences as well as on 27 genome sequences retrieved from the GenBank database. Pairwise analysis showed that the determined genome sequences have a genome organization identical to the 27 sequences and share 83.3%-99.8% identity among themselves and 82.6%-99.9% with the other 27 sequences. Phylogenetic analysis revealed that all 36 viral genome sequences are divided into two lineages, DuCV1 and DuCV2, in which the nucleotide diversity between genome sequences in these two lineages ranged from 13.2%-17.4%; these may be regarded as two types of viruses. Viruses under DuCV1 and DuCV2 are further clustered into different sublineages. When analyzed using the method for genotype definition proposed by Grau-Roma et al, these different sublineages can be defined as genotypes DuCV1a, DuCV1b, DuCV2a, DuCV2b, and DuCV2c. In addition, the viral sequences obtained from mainland China are different in genomic size and share a diversity of no less than 13.2%, including the sequences that came from all genotypes. This suggests that the DuCVs prevalent in domestic duck flocks in China are ecologically divergent. 相似文献
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Development of a polymerase chain reaction procedure for detection and differentiation of duck and goose circovirus 总被引：1，自引：0，他引：1
This article reports the complete nucleotide sequences of four duck circovirus (DuCV) isolates from sick ducks in Taiwan and development of a polymerase chain reaction (PCR) for detection and differentiation of goose circovirus (GoCV) and DuCV. Sequence comparison showed that Taiwanese DuCV isolates had 82.5%-83.8% nucleotide sequence identity to the German and North American DuCV isolates. This is the first report on the presence of DuCV and its associated diseases outside Germany. A PCR test was developed using a universal primer pair based on conserved sequences present in the genomes of GoCV and DuCV. This PCR test could detect and differentiate between GoCV and DuCV by the size of PCR product each virus produced (256 bp for GoCV and 228 bp for DuCV). Application of this PCR test to samples of bursa of Fabricius from sick birds in the field showed that 9 of 26 goose samples contained GoCV, while 13 of 34 duck samples contained DuCV. This PCR test could serve as a fast and sensitive method for detection and differentiation of DuCV and GoCV. 相似文献