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鸭源致病性大肠杆菌耐氟苯尼考floR基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为调查鸭源致病性大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的存在情况,利用PCR对20株临床分离的耐氟苯尼考的致病性大肠杆菌进行floR分子检测,分子检测结果显示,全部菌株floR基因阳性;对其中2株大肠杆菌的氟苯尼考耐药基因floR进行了克隆和测序,结果表明,鸭源大肠杆菌floR基因片段的克隆测序结果与预期所得片段结果相符,长度为753 bp,2株鸭源大肠杆菌floR基因的同源性为99.6%,与牛源、鸡源等floR基因的同源性为84.8%~99.9%。系统发育分析发现,2株鸭源大肠杆菌floR基因不在同一支上,亲缘关系较远,表明floR基因的亲缘关系与该基因的来源动物无关。 相似文献
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为调查鸭源致病性大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的存在情况,利用PCR对20株临床分离的耐氟苯尼考的致病性大肠杆菌进行floR分子检测,分子检测结果显示,全部菌株floR基因阳性;对其中2株大肠杆菌的氟苯尼考耐药基因floR进行了克隆和测序,结果表明,鸭源大肠杆菌floR基因片段的克隆测序结果与预期所得片段结果相符,长度为753 bp,2株鸭源大肠杆菌floR基因的同源性为99.6%,与牛源、鸡源等floR基因的同源性为84.8%～99.9%。系统发育分析发现,2株鸭源大肠杆菌floR基因不在同一支上,亲缘关系较远,表明floR基因的亲缘关系与该基因的来源动物无关。 相似文献
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鸡大肠杆菌ESBLs基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
分离纯化来自河南不同地区的鸡大肠杆菌菌株,按照NCCLS标准和双纸片协同试验法进行ESBLs基因表型鉴定。然后根据GenBank已发表的序列设计两对引物,选择阳性表型菌株并提取总DNA,进行PCR、克隆、阳性质粒测序,将测定的序列拼接后和参考菌株ESBLs基因序列比较分析。结果显示,15株大肠杆菌菌株有3株菌株含有β-内酰胺酶,为阳性菌株,这3株与2个参考株核苷酸序列同源性为98.9%~99.7%,氨基酸序列同源性为98.1%~99.2%。3株大肠杆菌阳性菌株序列ESBLs基因型均为TEM型,核苷酸有15个位点发生突变,其中6个位点突变引起氨基酸变异。 相似文献
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马传染性贫血驴强毒gp90基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以EIAV驴强毒株D-AmRNA为模板，利用RT-PCR技术，扩增了约1．4kb的gp90基因。将其克隆后进行了测序。测序结果表明所扩增的1338个核苷酸片段含有完整的gp90基因全序列。核苷酸和氨基酸序列比较分析结果表明：D-A EIAV与国内分离株辽系强毒L株差异率仅有1．8％，而与国外毒株(克隆1369，WENVl7、WENVl6、PSPEIAVl9)核苷酸差异率在35．5％～37．2％之间；D-A株与国内分离株L株氨基酸水平差异率在2．9％，而与国外毒株氨基酸水平上的差异率在42．6％—46．0％；D-AEIAV有19个N-连接糖基化位点，L株、WENVl7和WENVl6是18个，克隆1369、WENVl6和WENVl7亲本毒株PSPEIAVl9是12个。 相似文献
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根据GenBank登陆的新城疫病毒P基因序列,设计了一对引物,用RT-PCR技术对新城疫病毒内蒙古分离株TL1的P基因进行了扩增。将扩增产物提纯后克隆入pGEM-Teasy载体,通过酶切、PCR和测序验证克隆正确。测序拼接得出P基因的序列长度为1248bp,该基因的ORF总长为1188bp,编码395个氨基酸。与GenBank下载的12株参考毒株比较P基因编码区全核苷酸序列和氨基酸序列,发现TL1株与鹅源新城疫NA-1株核苷酸的同源性为99.8%,氨基酸的同源性为99.2%;与鹅源新城疫ZJ1株核苷酸的同源性为96.1%,氨基酸的同源性为95.5%,说明TL1株和与鹅源新城疫NA-1株、ZJ1株的同源性极高,它们三者亲缘关系较近,同属于基因VII型新城疫病毒。而与传统疫苗株LaSota核苷酸的同源性为83.4%,氨基酸的同源性81.8%,说明该毒株相对于经典的NDV在P基因上已发生了较大的变异。 相似文献
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本试验根据已发表的新城疫病毒（NDV）的F基因序列设计特异性引物，对山东地区两株NDV流行株的F基因进行了克隆与序列分析，分别扩增到了A株和B株F蛋白编码区全基因，ORF全长均为1662bp。应用分子生物学软件对A株和B株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了分析。两毒株核苷酸序列同源率为87％，都编码553个氨基酸，氨基酸同源率为91％。与部分已发表的毒株相比：A株与－株同源率最高，为98％，B株与JS鹅株同源率最高，为98％。分离株都具有3个强疏水区。A株、B株裂解区氨基酸序列符合强毒株特点，二者均为强毒株。从基因分型情况看，A株属于基因Ⅸ，B株属于基因Ⅶ。A株与F48E9株遗传距离最近，B株与JS鹅株遗传距离最近。 相似文献
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首次对犬冠状病毒(CCV)V1株和DXMV株小膜蛋白(SM)基因进行了克隆和序列测定.用RT-PCR对分离的CCV V1和DXMV野毒株SM基因进行了扩增,并将其克隆到pMD18-T中进行核苷酸序列测定.结果两毒株SM基因ORF全长均为246bp,编码82个氨基酸;与GenBank中CCV标准毒株Insavc-1 SM基因相比,核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为100%、92.1%和100%、90.9%.DXMV株与Insavc-1株SM基因相比有9个碱基发生了改变,导致4个氨基酸发生变化.对冠状病毒科中不同的冠状病毒SM基因及其推导的氨基酸序列聚类分析表明,冠状病毒可分为4个群,群内不同冠状病毒SM基因及其蛋白显示出很高的同源性,而不同群之间的同源性却较低. 相似文献
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猪大肠杆菌水肿毒素SLT-IIeA基因的克隆和序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
研究以本地猪水肿病大肠杆分离物ED1株为材料 ,利用 PCR克隆了含猪水肿病大肠杆菌 (VTEC) slt-IIe A基因 987bp的片段 ,并测定了含该克隆片段的 Bam HI、Hind 酶切片段的核苷酸序列。结果表明 ,slt-IIe A基因的编码区全长 960 bp,编码 3 1 9个氨基酸的蛋白质 ,序列与国外报导的 S1 1 79株进行比较发现其核苷酸同源性为 98.9%。经推导的氨基酸序列的同源性为 99.7%。这为进一步研究 slt-IIe A的生物学特性、水肿病的分子诊断及其防制打下基础 相似文献
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本试验根据已发表的新城疫病毒(NDV)的F基因序列设计特异性引物,对山东地区两株NDV流行株的F基因进行了克隆与序列分析,分别扩增到了A株和B株F蛋白编码区全基因,ORF全长均为1662bp。应用分子生物学软件对A株和B株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了分析。两毒株核苷酸序列同源率为87%,都编码553个氨基酸,氨基酸同源率为91%。与部分已发表的毒株相比:A株与～株同源率最高,为98%,B株与JS鹅株同源率最高,为98%。抗原位点、糖基化位点的数量和位置高度保守,半胱氨酸残基数量不同,A株13个,B株12个。分离株都具有3个强疏水区。A株、B株裂解区氨基酸序列符合强毒株特点,二者均为强毒株。从基因分型情况看,A株属于基因Ⅸ,B株属于基因Ⅶ。A株与F48E9株遗传距离最近,B株与JS鹅株遗传距离最近。 相似文献
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Detection of florfenicol resistance genes in Riemerella anatipestifer isolated from ducks and geese 总被引：1，自引：0，他引：1
The cat gene, coding for chloramphenicol acetyltransferase has been reported for conferring the chloramphenicol resistance for Riemerella anatipestifer. Chloramphenicol acetyltransferases, however, are unable to inactivate florfenicol. In this study, 66 R. anatipestifer isolates were investigated for their susceptibility to chloramphenicol and florfenicol and the presence of floR gene. Results showed nine florfenicol intermediate or resistant R. anatipestifer isolates were all floR positive. The expression of floR gene in E. coli and inhibition studies with PAβN indicated that the floR gene was as an efflux pump conferring resistance to both chloramphenicol and florfenicol. Southern hybridization revealed the floR was located in the plasmid DNA of five isolates and in the chromosomal DNA of four isolates. Furthermore, two novel floR-carrying plasmids designated pRA0726 and pRA0846 were sequenced completely. pRA0726 was 11,704 bp in size with 10 putative open reading frames which included the floR, catB and bla(OXA-209) resistance genes. The most differences between sequences of pRA0846 and pRA0726 were the absence of a bla(OXA-209) gene and the deletion of 321 nucleotides of orf1 in pRA0846. Plasmid curing tests demonstrated that pRA0726 carried functional coding proteins for resistance to phenicol and β-lactam antimicrobials. To the best of our knowledge, this is the first report of presence of the floR and bla(OXA-209) resistance genes in R. anatipestifer. 相似文献
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采集山东不同地区鸡源沙门菌,根据Kauffmann-White方法测定分离株血清型,采用肉汤微量稀释法测试分离株对16种抗菌药物的敏感性,PCR方法检测10种耐药基因,分析耐药表型和耐药基因之间的关系。结果显示：共鉴定出沙门菌80株,其中印第安纳沙门菌60株。药敏试验证实：60株印第安纳沙门菌对阿莫西林-克拉维酸、头孢唑啉、多黏菌素、氨苄西林、多西环素和甲氧苄啶等16种抗菌药物普遍耐药。88.33%菌株多重耐药分布在12~15耐,未发现3耐以下的菌株。PCR扩增出int1,blaTEM,aac（6’）-Ib-cr,floR,catA1,tetA,strA,cmlA 8种耐药基因。超过90%的菌株携带int1,blaTEM,floR和aac（6’）-Ib-cr耐药基因。上述结果表明,耐药表型及耐药基因的符合呈现相关性。 相似文献
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为研究江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况及NSP2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了12份江西地区猪场疑似患PRRS的猪肺脏样品中的ORF5全序列和NSP2部分序列,应用DNAStar和Mega 6.0等软件对所得序列进行同源性比对及遗传变异分析。12株PRRSV ORF5核苷酸同源性为83.7%~99.8%,氨基酸同源性为82.1%~99.5%;与参考毒株JXA1、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为84.9%~99.7%、85.2%~91.0%和62.4%~64.8%。对阳性病料进行了NSP2基因部分序列的扩增,测序结果显示12株PRRSV均属于美洲型毒株,12株PRRSV的NSP2部分序列均存在30个氨基酸的不连续缺失,与高致病性PRRSV有相同的缺失特征。12株PRRSV的ORF5遗传进化树分析显示,10株与高致病性PRRSV处在同一进化分支,进一步说明高致病性PRRSV已成为江西地区的优势流行毒株。 相似文献
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Marek A Nolte V Schachner A Berger E Schlötterer C Hess M 《Veterinary microbiology》2012,156(3-4):411-417
The complete genome or the genome region containing the two fiber genes of two reference strains and one field isolate representing both serotypes of Fowl adenovirus C were sequenced. Two fiber genes were revealed in the genomes of all three isolates. Fiber-1 and fiber-2 genes of several Fowl adenovirus C isolates were sequenced as well. Both serotypes 4 and 10 have two fiber genes. The genome region containing the fiber gene was also sequenced for the reference strain of Fowl adenovirus B. Just one fiber gene was revealed in this strain. Predicted amino acid sequences were compared to already published fiber sequences of different adenovirus isolates and one amino acid substitution within fiber-2 was detected in all of the Fowl adenovirus C isolates that were isolated from chickens with hepatitis-hydropericardium syndrome in comparison to apathogenic isolates. Phylogenetic analyses provided insights about the evolution of fiber genes in avian adenoviruses and their genetic relationships. 相似文献
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为研究鲁豫冀地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的遗传变异情况,对2006—2012年来自3省区发病猪场的42份样品进行PRRSV分离鉴定,并进行了生物学特性研究和PCR鉴定,结果显示先后分离到15株PRRSV。分别采用RT-PCR扩增其ORF5基因和部分Nsp2基因并测序,与GenBank中68个ORF5序列和40个Nsp2序列的推导氨基酸序列进行比对,遗传变异分析结果表明,15株分离株均属于美洲型毒株,其中13个毒株Nsp2基因推导的氨基酸序列均存在氨基酸的不连续缺失,其ORF5基因推导的氨基酸序列与JXA1株有较高的同源性(95.5%~97.5%);SDDY2007株与疫苗株RespPRRS MLV和VR2332株亲缘关系相近,处于同一个亚群中;而HN25-2009分离株Nsp2基因推导的氨基酸序列有30个氨基酸的特征性缺失,其ORF5基因推导的氨基酸序列的遗传进化分析结果显示该分离株处于VR2332所在亚群(氨基酸同源性97.5%),具有一定特殊性。本试验结果表明,2006—2012年高致病性PRRSV是鲁豫冀地区的优势流行毒株,且存在疫苗毒株,3省区流行毒株间有一定遗传差异,但无明显地域特征。 相似文献
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floR是氟苯尼考特异性耐药基因之一,当前宠物犬源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的研究报道很少,故本试验利用PCR方法对宠物犬源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR进行检测,并采用微量肉汤稀释法测定宠物犬源大肠杆菌对10种抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC)。结果显示,20株宠物犬源大肠杆菌中floR耐药基因的阳性菌株数为9株,阳性检出率为45%;对氟苯尼考的耐药率为65%,并呈现3~7重的多重耐药性。结果表明,随着氟苯尼考在兽医临床的广泛应用,其耐药率越来越高,需不断加强对氟苯尼考等抗菌药物的耐药性监控。 相似文献
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10株新城疫病毒广西分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析 总被引：4，自引：2，他引：4
根据基因库(GenBank)新城疫病毒(NDV)的HN基因序列设计了2对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000~2003年暴发新城疫的鸡群中分离的10株NDV毒株的HN基因进行了扩增,扩增产物克隆并测序,拼接出10个NDV广西分离株的HN基因全序列,其序列全长均为1 713 bp,编码571个氨基酸,均有13个半胱氨酸残基。其中GX8/03有6个糖基化位点,而GX2/00、GX6/02、GX7/02和GX5/00有5个糖基化位点,GX1/00、GX3/00、GX4/00和GX9/03有4个糖基化位点。除GX5/00和GX10/03分离株外,其他8个NDV分离株在HN基因抗原位点Ⅰ发生变异,即347位由谷氨酸(E)被甘氨酸(G)替代,GX8/03分离株在HN基因抗原位点Ⅱ的495位由赖氨酸(K)替代谷氨酸(E)。与11株已发表的NDV HN基因全序列相比较,其核苷酸同源性在79.6%~97.9%之间,推导的氨基酸同源性在87.2%~98.1%之间。 相似文献