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1.
两株狂犬病病毒强毒株糖蛋白基因的克隆及潜在抗原表位分析 总被引：2，自引：2，他引：2
通过RT-PCR分别获得了狂犬病病毒强毒CVS株、DRV82株糖蛋白基因,进行克隆及测序,并推导出氨基酸序列,与犬用疫苗弱毒株ERA、SRV9、犬源性街毒株CGX及人用疫苗株PG的糖蛋白序列进行比较。结果表明,以上狂犬病病毒毒株间的核苷酸同源性为83.1%～99.2%,氨基酸序列同源性为87.0%～98.5%。经Jameson-Wolf抗原表位优势图分析,CVS株与其他各株相比发现在304位、372位抗原表位优势升高;而DRV82株与其它各株差异不明显。抗原优势变化可能导致狂犬病病毒糖蛋白出现新的潜在抗原位点,为下一步构建不同毒株的狂犬病病毒糖蛋白重组疫苗奠定了基础。 相似文献
2.
根据基因库中新城疫病毒M基因核苷酸序列,设计一对特异性引物,对2000年-2003年期间广西分离的11个NDV毒株的M基因进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定.结果表明,11个NDV广西分离株的M基因都为1 223个核苷酸,含有1个1 095 bp核苷酸阅读框(ORF),编码364个氨基酸.序列分析结果表明,这11个NDV分离株核苷酸的同源性在86%～99.9%之间,推导氨基酸的同源性在89.3%～99.7%之间;11个毒株与国内外其他7个NDV毒株比较核苷酸的同源性在83.3%～98.5%之间,推导氨基酸的同源性在87.4%～98.6%之间. 相似文献
3.
广西狂犬病野毒株N和G基因的克隆与序列分析 总被引：8，自引：2，他引：6
从广西南宁、隆安和巴马分离到三株狂犬病病毒野毒株,分别编号为GXN119、GXLA和GXBM。对三株的N基因和GXN119、GXBM株的G基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。将测序所得结果和收集到的国内外已发表毒株相应基因进行了核苷酸和推定氨基酸的序列进行比较分析。三株野毒之间N基因的核苷酸同源性分别为:89.1%(GXN119/GXBM)、89.7%(GXN119/GXLA)和89.4%(GXLA/GXBM),G基因的核苷酸同源性为86.7%(GXN119/GXBM)。比较N基因推导氨基酸序列同源性,分别为:97.8%(GXN119/GXBM)、97.8%(GXN119/GXLA)和99.1%(GXLA/GXBM),表明N基因同义变异较多。将两株野毒株GXN119、GXBM与人用疫苗3aG株和兽用疫苗ERA株的G基因进行了核苷酸序列比较,同源性介于82.7%～84.0%之间,推定氨基酸同源性在88.0%～91.6%之间。N蛋白的第40位Ser和106位Asp显示了广西狂犬病流行病学的区域特异性。 相似文献
4.
本试验对2012年从北京地区约克夏犬体内分离得到的伪狂犬病病毒(PRV)BJ/YT株主要毒力基因gE和TK的分子特征和进化关系进行了分析。结果显示,BJ/YT株gE基因与参考序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%～100.0%和98.3%～100.0%;TK基因核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%～99.9%和99.0%～100.0%。BJ/YT株与同期河北猪源分离株进化关系较近,各毒株之间同源性高,并且存在一致的核苷酸突变位点;与其他参考序列比对分析结果显示,BJ/YT株主要毒力基因存在变异位点,但这些位点均不在已知的主要功能区和抗原表位区内。因此,从分子流行病学角度来看,BJ/YT毒株是近年北京及其周边地区PRV流行毒株,但gE和TK基因的变异对流行毒株的毒力无明显影响。 相似文献
5.
鹿狂犬病病毒G基因主要功能区的序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增出了中国鹿狂犬病野毒株（８２０２株）糖蛋白（Ｇ）基因膜外主要功能区的２个片段，共约８００个ｂｐ（３７０～１１７９），含有可以诱导中和抗体的２个抗原决定簇的基因片段和决定毒力及与神经细胞受体结合部位的基因片段。通过平端连接将２个片段克隆到ｐＵＣ１８的ＳｍａⅠ位点，采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧终止法测定ｃＤＮＡ片段的核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。将这一序列与国内外已发表的１１株狂犬病病毒的相应序列输入计算机进行比较分析，结果表明８２０２株主要功能区与上述１１个毒株核苷酸序列的同源性在７３．０％～９６．４％之间，氨基酸序列的同源性在８６．４％～９４．４％之间，８２０２株与中国疫苗株无论是核苷酸序列还是氨基酸序列的同源性均最高，而与中国街毒（ＣＤＸ－１）的核苷酸序列同源性最低，与ＣＶＳ株的氨基酸序列的同源性最低。本研究对于进行狂犬病病毒的分子流行病学调查和研制鹿狂犬病基因工程苗具有重要意义 相似文献
6.
本文通过反转录—聚合酶链反应 (RT- PCR)扩增并克隆了我国狂犬病病毒 (RV)鹿源野毒株 (82 0 2 )糖蛋白 (G)基因膜外主要功能区的两个片段 ,共 742个 bp(40 5～ 1 1 46) ,含有可以诱导中和抗体的多个抗原决定簇和决定毒力及与神经细胞受体结合部位的基因片段。采用 Sanger双脱氧终止法测定了克隆 c DNA片段的核苷酸序列并推导出了氨基酸序列。将82 0 2株与已发表的人疫苗株 (3a G)的相应序列输入计算机进行比较分析。结果表明两者在这一基因片段核苷酸序列和氨基酸序列分子差异很小 ,同源性极高 ,分别为 97%和 95.5% ,抗原决定簇内的氨基酸均未发生改变 ,只是 82 0 2株在 N2 4 7位缺少一糖基化位点。结合流行病学调查可推断 82 0 2株与中国疫苗株属于同源毒株 ,本研究结果提示应用人狂犬病疫苗预防鹿狂犬病将具有很好效果。 相似文献
7.
为了解狂犬病病毒(RV)的变异情况,本研究对广西不同地区的22个RV分离株的L基因3'端片段进行克隆和测序,与国内外发表的RV街毒、固定毒株及类RV株相应部分的多态性进行了比较分析.结果表明.所测定的22个广西RV野毒分离株属于基因I型,可分为3个群即I群、Ⅱ群和Ⅲ群.其中13株属于I群,其核苷酸同源性为96.9%～100.0%,氨基酸同源性为98.2%～100.0%;8株属于Ⅱ群,株核苷酸同源性为96.5%～99.7%.氨基酸同源性为97.8%～100.0%.仅1株属于Ⅲ群.22个RV分离株与RV固定毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为79.5%～86.9%和85.8%～96.5%,与类RV核苷酸和氨基酸的同源性分别为65.7%～70.3%和70.4%～76.5%. 相似文献
8.
为了解狂犬病口服疫苗SRV9毒株的基因序列与生物学特性的关系,并就其主要抗原位点与国内外现用狂犬病疫苗生产毒株进行比较,明确其作为口服疫苗株的分子基础,本试验通过RT-PCR方法对狂犬病口服疫苗SRV9毒株的N、P、M、G、L基因分别进行克隆,并分别连接于pMD19-T载体,经酶切、测序鉴定后,用DNAStar软件对全基因序列进行分析,并与11株目前生产用狂犬病疫苗株进行基因序列比对分析和主要抗原位点的比较.狂犬病口服疫苗SRV9毒株N、P、M、G、L基因序列与其他毒株的序列同源性为81.8%~100.0%,由全基因组进化树可知,SRV9毒株与所有疫苗株在同一个大的分支内,均属于基因Ⅰ型,其中狂犬病口服疫苗SRV9毒株与ERA、SAD B19、SAG-2等口服疫苗株的进化距离最近,而与疫苗生产毒株aG、RC-HL 之间的进化距离则较远.狂犬病口服疫苗SRV9毒株与各疫苗株的糖蛋白不同结构区的氨基酸同源性分析表明,狂犬病口服疫苗SRV9毒株与SAD B19、SAG-2、ERA口服疫苗株的膜外区、跨膜区和膜内区的同源性最高.狂犬病口服疫苗SRV9毒株的基因组结构和抗原基因位点特征均与目前生产用口服疫苗株相似,这为今后狂犬病口服疫苗的研制和通过分子生物学技术构建基因重组弱毒疫苗株的研究提供了试验依据. 相似文献
9.
《中国畜牧兽医》2015,(6)
为了解狂犬病口服疫苗SRV9毒株的基因序列与生物学特性的关系,并就其主要抗原位点与国内外现用狂犬病疫苗生产毒株进行比较,明确其作为口服疫苗株的分子基础,本试验通过RT-PCR方法对狂犬病口服疫苗SRV9毒株的N、P、M、G、L基因分别进行克隆,并分别连接于pMD19-T载体,经酶切、测序鉴定后,用DNAStar软件对全基因序列进行分析,并与11株目前生产用狂犬病疫苗株进行基因序列比对分析和主要抗原位点的比较。狂犬病口服疫苗SRV9毒株N、P、M、G、L基因序列与其他毒株的序列同源性为81.8%~100.0%,由全基因组进化树可知,SRV9毒株与所有疫苗株在同一个大的分支内,均属于基因Ⅰ型,其中狂犬病口服疫苗SRV9毒株与ERA、SAD B19、SAG-2等口服疫苗株的进化距离最近,而与疫苗生产毒株aG、RC-HL之间的进化距离则较远。狂犬病口服疫苗SRV9毒株与各疫苗株的糖蛋白不同结构区的氨基酸同源性分析表明,狂犬病口服疫苗SRV9毒株与SAD B19、SAG-2、ERA口服疫苗株的膜外区、跨膜区和膜内区的同源性最高。狂犬病口服疫苗SRV9毒株的基因组结构和抗原基因位点特征均与目前生产用口服疫苗株相似,这为今后狂犬病口服疫苗的研制和通过分子生物学技术构建基因重组弱毒疫苗株的研究提供了试验依据。 相似文献
10.
《畜牧与兽医》2016,(4):79-84
应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示:只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%~99.3%(与比利时分离株11(JX901124)的同源性最高),与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%~89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%~84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%~92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%~85.1%和82.6%~84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%~91.3%和87.7%~90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%~83.9%和82.0%~83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%~89.9%和86.6%~89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11(JX901124)和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。 相似文献
11.
为了解2010年-2011年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,采用RT-PCR方法扩增所分离的16株PRRSV的Nsp2和ORF5的基因,应用DNA Star、ClustalX2和MEGA5等对所得序列进行比对及遗传变异分析。16株PRRSV的Nsp2和ORF5基因的推导氨基酸序列同源性分别为75.3%～100%和87.5%～100%,与国内高致病性PRRSV代表毒株JXA1的氨基酸同源性分别为74.2%～98.2%和87.5%～99%。Nsp2遗传进化分析显示,这16株PRRSV均属于美洲型毒株,其中15株病毒与以JXA1为代表的国内流行毒株处于同一分支,属美洲亚群Ⅰ;另外1株病毒与VR-2332和疫苗株MLV处在同一分支,属美洲亚群Ⅱ。2010年-2011年广东地区流行毒株仍为高致病性PRRSV,且存在经典疫苗毒株MLV。 相似文献
12.
13.
为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况，于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织，利用RT-PCR方法对PEDV进行检测，选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序，并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示，326份样品中共有152份样品为PEDV阳性，阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%～100%(98.2%～99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%～98.0%(91.2%～97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%～93.4%(92.3%～92.7%)。遗传进化分析显示，11份阳性样品均位于GIIa亚群，与中国疫苗株CV777处于不同的分群，说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示，11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失，中和表位的COE区域变异较大，这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明，从分子水平明确了2020... 相似文献
14.
高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5和Nsp2基因变异分析 总被引：2，自引：1，他引：1
采用RT-PCR方法对2006-2007年华南地区部分省份的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得13个Nsp2基因的部分序列片段和14个ORF5基因片段。序列分析结果表明,所获得的13个Nsp2基因序列中均有2个区域存在明显缺失,核苷酸的同源性为96.9%～99.1%,与中国代表毒株CH-1a、美洲株代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别为85.1%～86.4%和67.2%～68.9%,与疫苗株MLV的同源性在67.6%～68.9%之间,而与欧洲株代表株LV的同源性在54.1%～55.9%之间;获得的14个ORF5基因序列不存在缺失现象,核苷酸的相似性为同源性为98.8%～99.7%,推导编码氨基酸同源性为96.5%～99%。与国内毒株相比,核苷酸同源性为85.2%～100%,氨基酸同源性为84.6%～99%;与中国代表毒株CH-1a、美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性分别在94.4%～95.2%和86.7%～87.9%之间,与疫苗株MLV的同源性在86.4%～87.6%之间,而与欧洲型代表株LV的同源性在54.1%～55.7%之间,推导编码的氨基酸序列同源性则分别在91.5%～93.5%,86.6%～88.6%,85.6%～87.6%,54.7%～56.2%之间。结果表明所获得序列的流行毒株均属于美洲型,进一步分析发现这些毒株可能均起源于同一个毒株,通过猪运输流通等途径在全国范围流行扩散。 相似文献
15.
北京部分地区猪瘟病毒流行株E2基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解北京地区猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的遗传变异情况,采用套式RT-PCR方法,对从北京部分地区近期分离的7株CSFV流行毒株的E2基因主要抗原编码区进行了扩增、克隆与序列测定,并应用DNA Star分析软件对所测定的7株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析及氨基酸序列比对。结果表明,7株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为96.3%～99.3%和95.6%～100%,与CSFV石门毒株(Shimen株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.7%～83.5%和82.4%～84.6%,与CSFV兔化弱毒株(HCLV株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为80.6%～81.7%和78.0%～80.2%,7株CSFV流行毒株均属于基因2群,且705、713、729和734位氨基酸发生置换。本研究初步揭示了北京部分地区目前流行的CSFV毒株与Shimen株和HCLV株在E2基因主要抗原区上存在较大差异。 相似文献
16.
《中国兽医学报》2019,(1)
自2011年下半年以来全国多个省份使用Bartha-K61疫苗(gE/gI双缺失)免疫的猪场陆续出现了母猪繁殖障碍、仔猪神经症状及死亡、伪狂犬gE抗体阴性猪群突然转阳的问题。同时有的猪场内出现犬、猫、鼠等死亡的现象,经检测都是由变异伪狂犬病病毒(vPRV)引起。为了解山东省猪伪狂犬病病毒(PRV)近期流行特征,本试验对2017年上半年来自山东省不同地区的12份伪狂犬疑似病料进行了PRV的分离鉴定,并对分离株的gE基因进行了序列测定及遗传变异分析。结果表明,共分离到9株PRV,其核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.5%～99.4%和97.2%～99.1%,与参考毒株其核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.5%～99.8%和96.8%～99.2%,并且9株分离株与国内报道的PRV变异株的核苷酸和氨基酸序列的同源性均高于欧美毒株。gE基因的遗传进化树分析表明,本试验中9株分离株相互之间遗传距离较近,与国内PRV变异株处在同一分支,而与欧美毒株遗传距离较远。 相似文献
17.
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
18.
《中国动物传染病学报》2019,(5)
为了解当前山东省猪伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus, PRV)流行特点,本研究对2018年来自山东省不同地区的10份伪狂犬疑似病料进行PRV的分离鉴定,并对分离株的TK基因进行了序列测定及遗传变异分析。结果表明,共分离到7株PRV,其TK基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为99.1%～99.8%和98.7%～99.4%,与参考毒株TK基因核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为97.8%～99.9%和97.2%～99.7%,而且7株分离株与国内报道的PRV变异株的核苷酸和氨基酸序列的同源性均高于欧美毒株。对TK基因的核苷酸序列分析发现,与欧美参考株相比,分离株和国内变异株在其碱基第644-645位由AC突变为GT,导致其氨基酸第215位由苏氨酸(T)突变为缬氨酸(V)。TK基因的遗传进化树分析结果表明,本研究中7株分离株分别与国内之前报道的JS-2012、He N1、TJ以及ZMD2012等变异株位于两个相对独立的分支上,亲缘关系较近,而都与NIA3、Becker等欧美毒株以及疫苗株Kaplan(Bartha-K61株)的遗传距离较远。结果表明,本研究所得7株分离株均应属于PRV变异毒株。 相似文献
19.
《中国兽医杂志》2015,(11)
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验对2012-2014年我国南方地区7个省市17份PEDV阳性样品的S基因主要的中和表位区(COE)序列进行了RT-PCR扩增、克隆和测序,并与国内外的代表性毒株进行序列比对和遗传进化分析,结果表明,本研究中的17株:PEDV毒株COE中有16株属于第1大群,而GD/FSss/2014属于第Ⅱ大群,所有COE的核苷酸和氨基酸同源性分别为92.9%~99.8%和88.6%~100%,它们与经典毒株CV777的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3%~99.5%和90%~98.6%,与疫苗株CV777 Vaccine的核苷酸和氨基酸同源性分别为95%~97.1%和92.9%~97.9%。COE的氨基酸序列发生了不同程度的点突变,为PEDV遗传进化分析和疫病防制提供了新的参考。 相似文献
20.
根据GenBank中已发表的狂犬病病毒G基因序列,设计合成了1对特异性引物,对RV ERA株G基因进行了RT-PCR扩增。将PCR产物纯化后与pMD18-T连接得到重组质粒pMD-G,并进行核苷酸序列测定。结果该基因全长1 575bp,编码524个氨基酸。与GenBank中已发表的其他RV标准毒株(CVS,PV,SRV9,SAD-B19)相比,G基因核苷酸的同源性为89.1%～99.1%,推导的氨基酸序列的同源性为89.7%～99.3%。对推导的RV ERA株G蛋白氨基酸序列分析表明,该蛋白含有3个潜在的N-联糖基化位点。用DNAStar软件对RV ERA株与CVS、SRV9、PV、SAD-B19等G蛋白疏水性、Jame-son-Wolf抗原表位和表面极性分析表明,它们之间非常相似。 相似文献