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接触传染性脓疱皮炎病毒B2L基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参照文献和 Gen Bank发表的接触传染性脓疱皮炎病毒 (CPDV ) NZ- 2株的 Bam H / B片段的基因序列 ,设计并合成 1对引物 ,通过 PCR扩增出国内 CPDV疫苗株和 3个分离株的 B2 L 基因 ,目的片段长约 1.13kb。将目的片段克隆到 p MD18- T载体后进行序列测定 ,并用 DNAStar软件比较分析国内的 CPDV株与 NZ- 2株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性。结果表明 ,国内疫苗株和 3株分离株的核苷酸序列同源性分别为 99.7%、96 .9%和 97.4 % ,与国外 NZ- 2株的同源性为 96 .1%。国内 CPDV株与 NZ- 2株的氨基酸序列同源性分别为 92 .0 %～ 96 .0 % ,表明CPDV Bam H / B2 L基因变异的幅度小。 相似文献
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参照IBVN基因序列,设计一对引物通过RT-PCR扩出IBV标准强毒株株M41,传支变异株4/91和疫苗株Ma5、H52、H120的N蛋白基因序列,基因产物大小为1.23kb。序列分析结果表明,M41株与Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为92.2%～92.9%,而经4/91与M41、Ma5、H52、H120的核苷酸序列推导的氨基酸序列的同源性为91.2%～92.0%,结果表明这几个毒株N基因是相对保守的。 相似文献
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根据禽流感病毒的HA基因,设计特异性的引物,而后从尿囊液提取病毒的RNA,应用RT-PCR技术扩增该流感病毒的HA全基因序列,将该基因克隆到pMD-18T载体,并进行鉴定和测序,应用生物学分析软件进行同源性比对和绘制HA基因的进化树,并推导其氨基酸序列。结果表明：HA基因全长1701 bp,共编码567个氨基酸,与Genbank中选择的27株禽流感病毒基因的HA基因序列相比较,核苷酸序列和氨基酸序列同源性均在92%以上。通过对HA基因的同源性比对,可以明确毒株间的进化关系,从而为禽流感的遗传进化研究提供参考。 相似文献
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蓝舌病病毒血清1型野毒株及疫苗株S10基因差异 总被引：2，自引：0，他引：2
蓝舌病病毒血清型 1型是主要致病血清型之一。为明确其流行规律的分子生物学基础 ,采用 RT- PCR扩增和序列测定技术分析了 15株野毒株及 1株弱毒疫苗株的 S10全基因片段 ,并对其核苷酸和氨基酸差异进行了比较。所有毒株 S10基因核苷酸长度均为 82 2 bp,含有 2个起始密码子 (核苷酸 2 0～ 2 2和 5 9～ 6 1)和 1个终止子 (核苷酸 70 7～70 9) ,预测编码 2种蛋白 (NS3和 NS3A)。不同毒株间 S10基因核苷酸差异为 0～ 138个 (同源性 10 0 %～ 82 %) ,NS3/NS3A蛋白氨基酸差异为 0～ 15个 (同源性 10 0 %～ 93%)。基于 S10基因序列分析 ,可将蓝舌病病毒野毒株及疫苗株分为 2个基因群 :12株野毒株及 1株疫苗株为基因 群 ,3株野毒株与澳大利亚 型毒株属于基因 群 ,两群间的核苷酸同源性为 79%。各基因群在地域分布及宿主来源上未发现有明显的特征性。基因群与毒株分离年代、对 BHK- 2 1细胞毒力等特征关系亦不明显。 相似文献
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根据GenBank登陆的新城疫病毒P基因序列,设计了一对引物,用RT-PCR技术对新城疫病毒内蒙古分离株TL1的P基因进行了扩增。将扩增产物提纯后克隆入pGEM-Teasy载体,通过酶切、PCR和测序验证克隆正确。测序拼接得出P基因的序列长度为1248bp,该基因的ORF总长为1188bp,编码395个氨基酸。与GenBank下载的12株参考毒株比较P基因编码区全核苷酸序列和氨基酸序列,发现TL1株与鹅源新城疫NA-1株核苷酸的同源性为99.8%,氨基酸的同源性为99.2%;与鹅源新城疫ZJ1株核苷酸的同源性为96.1%,氨基酸的同源性为95.5%,说明TL1株和与鹅源新城疫NA-1株、ZJ1株的同源性极高,它们三者亲缘关系较近,同属于基因VII型新城疫病毒。而与传统疫苗株LaSota核苷酸的同源性为83.4%,氨基酸的同源性81.8%,说明该毒株相对于经典的NDV在P基因上已发生了较大的变异。 相似文献
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为了解狂犬病病毒(RV)的变异情况,本研究对广西不同地区的22个RV分离株的L基因3'端片段进行克隆和测序,与国内外发表的RV街毒、固定毒株及类RV株相应部分的多态性进行了比较分析.结果表明.所测定的22个广西RV野毒分离株属于基因I型,可分为3个群即I群、Ⅱ群和Ⅲ群.其中13株属于I群,其核苷酸同源性为96.9%～100.0%,氨基酸同源性为98.2%～100.0%;8株属于Ⅱ群,株核苷酸同源性为96.5%～99.7%.氨基酸同源性为97.8%～100.0%.仅1株属于Ⅲ群.22个RV分离株与RV固定毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为79.5%～86.9%和85.8%～96.5%,与类RV核苷酸和氨基酸的同源性分别为65.7%～70.3%和70.4%～76.5%. 相似文献
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为了解云南蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV) 1型M6基因流行株的遗传变异及其与国内外流行病毒的遗传进化关系,试验从细胞培养物中分别提取4株云南分离株BTV-1 (Y863、SZ120169、6-12和7-12) RNA,用M6基因特异引物进行RT-PCR扩增和测序,采用生物信息学软件对获得的M6基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析.结果表明,分别获得4株云南分离株BTV-1 M6基因1 763 bp序列;4株云南分离株BTV-1核苷酸同源性在95.2%~99.9%之间,氨基酸同源性在97.6%~99.8%之间,1979年师宗分离的Y863病毒毒株与2012年师宗(SZ120169)、2013年江城(6-12、7-12)分离的3株病毒毒株核苷酸同源性分别为95.5%、95.2%和95.2%,氨基酸同源性分别为97.6%、98.4%和98.2%,而近两年(2012、2013)分离病毒核苷酸和氨基酸同源性较高,分别在96.9%~99.9%和99.1%~99.8%之间;遗传进化分析发现,4株云南分离株BTV-1为Eastern基因群病毒,它们之间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%~99.9%和97.6%~99.8%;进一步分析发现4株云南分离株BTV-1与希腊及澳大利亚 BTV-1型毒株亲缘关系较近,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.4%~95.6%和95.1%~99.1%,而与地中海国家(意大利、法国、阿尔及利亚、摩洛哥和突尼斯)和南非毒株关系较远,核苷酸和氨基酸同源性分别在83.8%和95.7%以下.4株云南分离株BTV-1属于Eastern基因群病毒,云南分离株BTV-1 M6基因在自然进化中发生遗传变异缓慢,该基因可以用来进行BTV-1基因群分布及毒株的地理区域来源相关的研究. 相似文献
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为了研究分离的猪圆环病毒2型基因序列,根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2基因序列设计1对引物,通过PCR方法从采自不同地区的7份疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PM-WS)的仔猪组织病料中分别扩增出PCV2的ORF2基因,并将获得的ORF2基因片段分别克隆入pMD18-T载体,通过筛选获得重组质粒,分别命名为pMD-PCV2-HN01、pMD-PCV2-DY01、pMD-PCV2-HM01、pMD-PCV2-SDqd01、pMD-PCV2-SDqd02、pMD-PCV2-SDqd03、pMD-PCV2-PD01,并进行测序及序列分析。结果表明:HN01株ORF2基因全长为705 bp,另外6株ORF2基因全长均为702 bp;7株分离株的ORF2基因核苷酸序列同源性较高,为94.0%～99.9%,氨基酸序列同源性达93.6%以上;7株分离株与GenBank中登录的德国株和台湾株的核苷酸序列同源性较低,分别为91.7%～93.2%和89.0%～90.5%,而与丹麦、法国、中国株的核苷酸序列同源性较高,达94.0%以上,氨基酸序列同源性均达89.3%以上。 相似文献
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鸡新城疫云南分离株HN基因序列测定和分析 总被引：3，自引：0，他引：3
用RT—PCR法对分离自云南省的2株鸡新城疫病毒(编号YN—C1、YN—C2)进行HN基因的扩增和克隆．并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明：2毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为l716nt；二者之间的核苷酸同源性为95．3％，氨基酸同源性为95．8％；YN—C1毒株与参考毒株GD／1／98／Go核苷酸、氨基酸同源性均最高，分别为97．9％和97．6％；YN—C2毒株与参考毒株JS／5／01／Go核苷酸同源性最高为98．5％，而与参考毒株JS／3／98／Go氨基酸同源性最高为98．1%。 相似文献
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Jean S. DEUTSCH 《Integrative zoology》2009,4(3):316-322
Charles Darwin's favorite animals were cirripedes (barnacles). Indeed, he worked intensively on cirripedes during the years he was maturing his thoughts regarding his theory, which eventually led to the publication of The Origin of Species. Here I present some of Darwin's achievements in the morphology, systematics and biology of these small marine invertebrates, and also, in light of our present knowledge, some mistakes he made. 相似文献
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猪嵴病毒RT-PCR检测方法的建立及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中登录的猪嵴病毒3D基因保守序列,设计合成1对引物,以腹泻哺乳仔猪的小肠为起始材料,建立了猪峭病毒的RT-PCR检测方法,并用该方法对收集的50份哺乳仔猪腹泻样本进行检测。结果显示,该方法对模板的最小检测量是2.3 pg,检测猪其他常见致腹泻病毒均为阴性,同一样品3次试验结果一致;所扩增的序列经测序分析均为猪嵴病毒的3D核苷酸序列;仔猪腹泻样本的猪嵴病毒检出率达58%。结果表明,该方法敏感度高、重复性和特异性良好,可用于猪嵴病毒的分子流行病学调查和临床病例的快速诊断。 相似文献
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MicroRNAs (miRNAs) represent a newly identified class of non‐protein‐coding ～22 nt small RNAs which play important roles in multiple biological processes by degrading targeted mRNAs or repressing mRNA translation. Here we present an expressed sequence tag (EST)‐based combined approach for the detection of novel porcine miRNAs. This was initiated by using previously known miRNA sequences from Homo sapiens (human) and Mus musculus (mouse) to blast the databases of Sus scrofa (pig) EST. A total of 65 new miRNAs were detected following a range of filtering criteria. Using these new potential miRNA sequences, we further obtained the publicly available porcine mRNA database from NCBI and detected 48 586 potential target hits using a software RNA hybrid. So far, compared to human and mouse, fewer miRNAs (only 54 miRNAs) were identified in Sus scrofa species. These 65 new miRNAs and their targets in pig have been run through miRHelper to yield data that may help us better understand the possible role of miRNAs in regulating the growth and development of pigs. These findings suggest that EST analysis is a good alternative strategy for identifying new miRNA candidates, their targets and other genes. 相似文献
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鹅呼肠孤病毒GRV1株分离鉴定及其σC基因特征性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从患运动障碍的雏鹅肝脏和脾脏分离到一株鹅源呼肠孤病毒,该病毒经琼脂扩试验可与番鸭呼肠孤病毒(MuscovyDuckReovirus,MDRV)的抗血清发生交叉反应,推测其为呼肠孤病毒,命名为GRV1。参考GenBank禽呼肠孤病毒(AvianReovirus,ARV)和番鸭呼肠孤病毒小外壳蛋白(minorcoreprotein)σC蛋白基因序列设计合成了一对引物,病毒RNA经RT-PCR扩增,产物为810bp,与预期的目的片断大小一致,测序结果表明σC基因在280～1089区间是一个开放性阅读框架,编码269个氨基酸的蛋白,GC含量为49.88%,等电点为6.497,分子量为29.4Ku。核苷酸序列经DNAStar(6.0)软件分析,与法国番鸭呼肠孤病毒89026株核苷酸同源率为93.0%,与鸡呼肠孤病毒σC基因同源率仅为21%～25%,同源性分析表明鹅呼肠孤病毒与番鸭呼肠孤病毒可能来自同一祖先,建议将鹅呼肠孤病毒连同番鸭呼肠孤病毒归属为正呼肠孤病毒属第二个亚群中不同于禽和内尔森贝海湾呼肠病毒的独立基因群。由蛋白质分析软件Anthepro5.0和MultiCoil软件分析表明,抗原区多位于N末端,没有跨膜区,σC为三股螺旋结构,这是我国第一次在鹅体内分离到呼肠孤病毒,同时也是第一次在数据库中提供σC的序列。 相似文献
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致病性猪源肠球菌16S rDNA-RFLP研究及系统进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨分离自河南滑县、武陟等12个地区的猪源肠球菌的亲缘关系,采用对其16SrDNA基因的RFLP分析、序列分析及系统进化树的构建等方法,对12株疑似猪源肠球菌进行了研究;结果显示,12株分离株均与肠球菌同源性最高,同源率达98.1%～100%;而与猪链球菌同源率最高达85.5%,且进化树中12株菌株均位居与猪链球菌并列的肠球菌主干分支中。HandⅢ、XbaⅠ、EcoRⅠ分别对12株球菌的16SrDNA-RFLP分析发现,它们在该片段上有限制性位点,但没有产生限制性片段长度多态性;而HinfⅠ单酶切结果出现了限制性片段长度多态性,且12株分离株可分为两大rDNA图谱类群,与实际测序分析的酶切位点相一致,且找到鉴定肠球菌的350bp的分子标记。说明所分离12株球菌均是肠球菌,且不同地理种群已出现分化。 相似文献
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为了调查鸡群中禽偏肺病毒（aMPV）的流行情况,本研究从江苏、辽宁、河南、山东、河北等地有肿头症状的鸡群中取其鼻甲骨和鼻黏液进行 RT-PCR 检测,随机选取9株 PCR 阳性产物对其 F 基因进行序列测定与遗传进化分析。结果表明,280份病料中检出阳性样品142份,阳性检出率达50．7％;9个试验毒株之间 F 基因同源性为99．4％～100％,与 B 型 aMPV 代表株的同源性为97．7％～99．9％,而与 A 型、C型和 D 型 aMPV 代表株的同源性为71．9％～79．4％;由遗传进化树可见,这9株 aMPV 均属于 B 型分支。说明我国鸡群中目前存在 aMPV 感染,B 型毒株是优势流行基因型,从而为禽偏肺病毒疫苗的开发提供了流行病学资料。 相似文献
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根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒（ Ｉ Ｂ Ｖ）核蛋白基因序列,设计并合成 １ 对引物。应用这对引物,以 Ｒ Ｔ Ｐ Ｃ Ｒ 特异性扩增出华南分离株（ Ｈ Ｎ 株）的核蛋白基因,基因产物大小为 １５ ｋｂ , 与设计相符。对 Ｈ Ｎ 株部分核蛋白基因进行序列测定,并与标准毒株 Ｈ５２、 Ｍ ４１、 Ｂｅａｕ 和 Ｇｒａｙ 的核蛋白基因进行同源性比较,结果表明, Ｈ Ｎ 株与 Ｈ５２、 Ｍ ４１、 Ｂｅａｕ 和 Ｇｒａｙ 株的核酸同源性分别为 ８５％ 、８４％ ８４％ 和 ８６％ 。由此可以看出, Ｈ Ｎ 株与标准毒株在核蛋白基因上存在一定的差异。 相似文献
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鸡腺胃型传染性支气管炎病毒金坛分离株核蛋白基因分析及与标准强毒株同源性比较 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒 (infectious bronchitis virus,IBV) Beau株、M41株的核苷酸序列 ,设计并合成 1对引物。应用该引物 ,通过 RT- PCR扩增出 IBV金坛分离株 (JT株 )的核蛋白基因 (N基因 ) ,片段大小为 82 8bp,与设计相符。对 JT株的 N基因进行序列测定 ,并与标准毒株 KB85 2 3、CU - T2、Beau和 M41的 N基因进行同源性比较 ,结果表明 ,JT株与 KB85 2 3、CU- T2、Beau和 M41毒株的 N基因同源性分别为 87%、87%、86 %和 85 %,说明 JT株与标准毒株在 N基因上存在一定的差异。 相似文献