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禽源大肠埃希菌Biolog鉴定和系统发育分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用Biolog和16S rRNA基因序列分析法对中国兽医药品监察所菌种室收集保藏的18株大肠埃希菌(Escherichia coli)进行了鉴定.菌株经纯化培养,用Biolog微生物鉴定系统进行了鉴定,结果表明18株菌株为大肠埃希菌.提取基因组DNA,采用16S rRNA通用引物,用PCR进行16S rRNA基因序列扩增,扩增产物纯化后进行测序.序列经人工校对后用Clustal X 1.83软件进行比对分析,采用Mega 3.1软件构建系统发育树,结果表明18株菌株为大肠埃希菌. 相似文献
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副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
从云南某规模化养猪场病猪肺脏分离到1株革兰氏阴性小杆菌,经细菌生化鉴定、PCR鉴定和16S rRNA序列比对鉴定为副猪嗜血杆菌。抗生素药物敏感试验结果表明,分离菌株对四环素、红霉素、氯霉素、头孢噻吩高敏;对庆大霉素、氧氟沙星、诺氟沙星中敏;对磺胺甲唑耐药。16S rRNA分析结果表明,该分离株与GenBank中的Hps参考株AB078973(基因登录号)同源性为100%,将分离菌株鉴定为副猪嗜血杆菌。16S rRNA遗传进化关系表明,分离株与副猪嗜血杆菌3株血清5型参考株AB078972、AB078973、AB078974的16S rRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性在99.0%~99.4%之间,初步鉴定为血清5型副猪嗜血杆菌,致病性试验结果表明,分离菌株对小白鼠有强致病性,命名为YN-1株。 相似文献
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10株桑黄菌基于rDNA ITS序列的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
建立桑黄菌的分类学基本框架,可为桑黄菌的开发利用奠定基础。利用rDNAITS序列分析技术,在分子水平上对采自秦巴山区的9株野生桑黄菌和1株实用桑黄菌进行分类鉴定。以真菌rDNAITS序列分析中的通用引物ITS1和ITS4,分别对10个菌株的基因组DNA模板PCR扩增出目的片段,将扩增产物割胶纯化、克隆并测序,获得10个菌株的rDNAITS序列,并结合GenBank中已登录桑黄菌的rDNAITS同源序列,应用MEGA4.1软件和Neighbor-Joining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。结果表明10株桑黄菌均为针层孔菌属(Phellinus),其中:S1、S4、S6、Rh、Sc菌株初步鉴定为鲍氏针层孔菌(Phellinus baumii);S2、S3、S5、S7、Gy菌株初步鉴定为裂蹄木层孔菌(Phellinus linteus)。 相似文献
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应用16S rRNA基因序列鉴定柞蚕空胴病病原菌 总被引：1，自引：0，他引：1
20世纪70年代末,采用形态分类学方法,将引起柞蚕空胴病的致病菌鉴定为柞蚕链球菌(Streptococcus pernyi sp.nov)。分别提取已分离柞蚕空胴病的5株病原菌株的基因组DNA,PCR扩增16S rRNA基因片段,经克隆、测序后,与GenBank中登录的相关肠球菌、链球菌菌株的16S rRNA基因序列进行同源性比对并构建系统进化树。结果表明,供试的5株菌株的16S rRNA基因序列相似性在99.5%～99.9%之间,相互之间存在着10个可变位点,推测5株菌株属于同一个菌种;5株菌株的16S rRNA基因序列与肠球菌属(Enterococcus)16S rRNA基因序列的相似性较高,在92.4%～99.8%之间,而与链球菌属(Streptococcus)16S rRNA基因序列的相似性相对较低,在87.3%～87.8%之间;5株菌株与肠球菌属在系统进化树上聚为一类。基于菌株的16S rRNA基因序列分析,鉴定柞蚕空胴病的病原菌应归属于肠球菌属。 相似文献
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为筛选可提升高寒地区菊芋(Helianthus tuberosus)青贮发酵品质的耐低温乳酸菌,本研究以‘青芋2号’菊芋青贮物料为材料,利用平板培养法分离乳酸菌株,分析菌株生理生化特性,并通过16S rRNA测序进行菌株种属鉴定。结果表明,菊芋青贮物料中共分离得到34株乳酸菌株,经低温及生理生化筛选获得13株耐低温乳酸菌株,包括11株同型发酵乳酸菌和2株异型发酵乳酸菌,其耐酸性和耐盐性均较强;经产酸和生长能力对比,GN02菌株生长最快(OD=2.63),GN10菌株具有更强的产酸能力(pH=3.59),XN25菌株兼具较强的生长和产酸能力;16S rRNA测序鉴定出9株植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、1株戊糖乳杆菌(Lactiplantibacillus pentosus)、1株棒状乳杆菌(Lactiplantibacillus coryniformis)、1株短乳杆菌(Lactiplantibacillus brevis)及1株无法鉴定。本研究筛选出适合高寒地区菊芋青贮发酵的耐低温植物乳杆菌、戊糖乳杆菌、短乳杆菌各1株。 相似文献
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从典型猪肺炎支原体病变肺组织传代分离到一株支原体,经培养特性、血清学鉴定、生化鉴定、PCR检测及测序分析证明其为猪肺炎支原体,纯化后命名为S株。将S株P46基因和P97基因R1区的氨基酸序列与其他菌种的相应序列进行同源性分析,该菌株P46基因氨基酸序列与其他菌种同源高达99%以上,P97基因R1区的氨基酸重复数为11个,不同于其他菌株;免疫原性试验结果表明该菌株具有良好的免疫原性。 相似文献
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通过筛选获得高产纤维素酶细菌菌株,为纤维素酶制剂研制及纤维素酶工程菌构建提供试验材料。采用刚果红平板从牛羊粪便及腐败的玉米秸秆和木屑中分离产纤维素酶菌株,以DNS法测定酶活,根据酶活复筛产纤维素酶分离菌株;观察分离菌株的形态、染色与培养特性;应用16S rDNA通用引物扩增菌株基因组DNA,测序结果提交GenBank数据库进行Blast比对分析和相似性搜索,作出复筛菌株种的鉴定。结果表明:分离获得16株纤维素酶产量较高的细菌菌株,均为革兰氏阳性菌,菌体呈短杆状、具中央芽孢,经16S rDNA序列比对分析和相似性搜索,鉴定为10株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、6株解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。 相似文献
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为了解引起牛肺炎的主要病原,试验从患有肺炎的牛支气管中分离获得一株巴氏杆菌,并对其进行生化鉴定、16S rRNA测序、特异性PCR鉴定及药敏试验。结果表明:分离菌株与马巴氏杆菌(Pasteurella caballi)的生化特性一致;16S rRNA序列与Pasteurella caballi参考菌株ATCC49197的同源性为100%;特异性PCR鉴定为Pasteurella caballi;分离菌株对诺氟沙星、头孢噻吩、四环素等多种抗生素敏感。说明分离菌株为Pasteurella caballi,该细菌同样可以感染牛。 相似文献
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无乳链球菌及其血清型的PCR方法鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
无乳链球菌(S.agalactiae)是引起奶牛乳房炎和新生儿期侵袭性感染(包括败血症、肺炎和脑膜炎)的重要病原菌.为快速准确地鉴定S.agalactiae及其血清型,本研究对22株从国内不同地区分离的牛源链球菌进行生化鉴定以及针对S.agalactiae保守基因sip进行PCR鉴定,并采用多重PCR技术扩增sip基因阳性菌株的cps基因进行血清分型.结果显示,PCR扩增sip基因阳性17株,其中15株生化试验与PCR结果一致;多重PCR扩增cps基因显示,其中Ia型4株、Ⅱ型11株、Ⅲ型2株.本研究为鉴定S.agalactiae及其血清型提供了参考. 相似文献
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百脉根根际分离出根瘤菌2株(LC15、LC20)与白三叶根际中分离出根瘤菌RW183基因组DNA经PCR扩增16S rDNA序列、阳性克隆检测、质粒提取测序,并与GenBank中已知序列比对,结果表明,菌株LC15与LC20的16S rDNA序列与多株克雷氏菌属(Klebsiella sp.)的16S rDNA核苷酸序列的同源性均超过99.00%,RW18与勒克氏菌属中的Leclercia adecarboxylata (HQ242722)核苷酸序列同源性为99.79%,结合各菌株的主要生理生化特征,将菌株LC15与LC20初步鉴定为Klebsiella sp.,将菌株RW18鉴定为Leclercia sp.。 相似文献
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为了调查新疆某规模化奶牛场犊牛腹泻的原因并确定病原,无菌采集15份腹泻犊牛粪样进行病原的分离培养,采用形态学观察、生化试验、血清学和致病性分析等方法鉴定分离菌株,利用大肠杆菌16S rRNA通用引物进行基因序列扩增并测序,使用DNAStar软件将分离菌株测序结果与GenBank中的其他菌株序列进行同源性比对,采用Mega 6.0软件依据16S rRNA序列构建分离株系统进化树并进行分析,同时对分离菌株的黏附性基因进行鉴定。结果从15份样品中分离获得2株分离菌株;试验显示,分离株均发酵葡萄糖,MR试验、吲哚和甲基红试验呈阳性,硫化氢、氧化酶、DNA酶、VP试验呈阴性。2株分离菌株血清型均为O78,且均具有致病性。药敏试验显示,分离菌株均对环丙沙星、卡那霉素、氟哌酸、庆大霉素、磺胺甲唑、头孢哌酮、壮观霉素、多黏菌素B、呋喃妥因敏感。分离株16S rRNA基因序列与大肠杆菌菌株NF738(GenBank登录号:MT649856)同源性为≥99.7%,且处于同一大分支。经PCR鉴定,分离菌株具有K88黏附性基因。本研究结果证实了引起新疆某规模化奶牛场犊牛腹泻的病原为致病性产肠毒素型大肠杆菌。 相似文献
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本研究以"桂闽引"象草和"桂牧1号"杂交狼尾草为对象,探究其微生物和乳酸菌的多样性,并对乳酸菌进行分离鉴定,以期筛选出适宜西南地区狼尾草属牧草青贮用的优良乳酸菌菌株。研究利用微生物学鉴定法及16S rRNA序列分析对分离得到的菌株进行鉴定,共分离获得48株乳酸菌,其中鲜草样品和青贮样品各获得24株。其中分离得到4株产酸能力强的乳酸菌,分别为戊糖片球菌F04(Pediococcus pentosaceus),植物乳杆菌F17、F05和S694(Lactobacillus plantarum)。4株乳酸菌均能在Na Cl浓度为3.0%和6.5%,温度为10℃~40℃及p H 3.5~8之间的液体培养基中良好生长。此外,4株菌在p H为3和温度为45℃的环境条件下生长较弱,且均不能在50℃的环境条件下生长。菌株F04,F17和S694均能在12h内迅速繁殖和产酸,而菌株F05有明显的生长滞缓期,24h后才能大量生长,故不能达到快速降低p H的目的。F17和S694生长曲线和产酸效率相当,但S694利用糖源范围更广。所以,综合考虑可将菌株F04和S694作为狼尾草属牧草青贮的备选菌株。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2016,(24)
为研究引起貉肺炎的病原,笔者无菌采集病貉肺脏、肝脏、心血等病料,分离出1株细菌并命名为H1,采用形态特征、培养特性、生化鉴定、动物致病性试验等方法进行了相关鉴定,初步确定该分离菌株为奇异变形杆菌(P.mirabilis)。结果表明:该分离菌株对小鼠具有较强致病作用;对H1菌株的16S rRNA序列在NCBI上利用BLAST软件与Gen Bank中公布的12株奇异变形杆菌参考株进行同源性对比分析,同源性为96.5%~99.9%,系统发育树分析发现,分离菌株H1与4株参考株亲缘关系较近,同源性均为99.9%,证明该分离菌株H1为奇异变形杆菌;该菌株对氟苯尼考、头孢曲松和阿奇霉素等高度敏感。 相似文献
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黄芪根际促生菌(PGPR)筛选与特性研究 总被引：4，自引：0，他引：4
为获得黄芪根际PGPR菌株并明确其促生特性,可为其在生产中的应用提供依据,本研究以黄芪的根瘤、根系及根际土壤为材料,利用选择性培养基分离筛选根瘤菌与溶磷菌,测定根瘤菌固氮酶活性、溶磷菌株的溶磷能力及分泌3-吲哚乙酸(IAA)的能力,从中筛选出综合性能优良的菌株,并运用生理生化鉴定和16S rDNA分子生物学鉴定相结合的方法鉴定优良菌株的种属。结果发现,溶磷菌数量的分布具有根系表面(RP)>根表土壤(RS)>远根土(NRS)>根内(HP)的规律,有明显的根际效应;经分离纯化获得76 株PGPR菌,其中根瘤菌1株、溶解无机磷菌株42 株和溶解有机磷菌株33 株,其中可分泌IAA能力的溶磷菌株有7株;筛选出综合性能优良,有进一步开发应用潜力的溶磷菌株7株,根瘤菌1株,经鉴定溶磷菌中3株为Pseudomonas sp.,3株为Bacillus sp.和1株为Klebsiella oxytoca,根瘤菌为Rhizobium sp.,这为研制生物菌肥提供优良菌种,同时丰富优良根际促生菌资源库。 相似文献