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1.
为了丰富水禽源流感病毒神经氨酸酶基因（NA）的分子流行病学资料,通过对2008年分离自福建省某种番鸭1株罕见的H6N6亚型禽流感病毒（Avian influenza virus,AIV）NA基因进行克隆分析,发现该毒株NA基因全长为1431bp,开放阅读框为1380bp（19～1398）,其中从第175～207位缺失33个核苷酸：其编码459个氨基酸,颈部存在有11个氨基酸的缺失（TNSTTTIINNN）,为在N6亚型神经氨酸酶基因中首次报道有颈部缺失。该NA基因和我国分离的A／duck／Eastern China／01／2007（H4N6）NA基因的核苷酸同源性最高,达97．1％,并处在同一遗传进化分支上;与其它H6N6亚型AIV分离株NA基因的同源性均较低,同源性处在78．3％到79．6％之间,相互之间遗传关系较远,其它H6N6亚型AIVNA基因在遗传进化上呈独立进化分支。 相似文献
2.
【目的】研究H9亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)广西毒株的遗传进化动态,以期掌握其地域流行新特点,为及时优化调整有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2016-2021年广西各地的家禽喉头、泄殖腔及环境拭子样品3 600份,接种9～11日龄SPF鸡胚分离病毒,并结合血凝和血凝抑制试验及实时荧光定量RT-PCR方法鉴定AIV亚型,根据毒株检测年限和来源地选取部分H9亚型AIV核酸阳性样品进行HA、NA基因扩增、测序及进化动态分析。【结果】共获得46株H9亚型AIV广西毒株的HA、NA基因序列,其中HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸;4株NA基因全长1 410 bp,编码469个氨基酸,42株缺失3个氨基酸,编码466个氨基酸。BLAST分析结果显示,越南及国内多个省份的毒株与本研究获得的广西毒株HA、NA基因相似性最高,分别为97.62%～99.88%和93.13%～99.79%,宿主源也不尽相同,表现遗传多样性特征。广西毒株之间HA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为93.0%～99.1%和94.6%～99.1%,NA基因核苷酸和氨基酸... 相似文献
3.
从有肺炎症状的病猪中分离到1株H9N2亚型猪流感病毒（SIV）A／Swine／Shandong／1／02，对其进行了全病毒基因序列分析。结果表明，该毒株8个基因片段的核苷酸序列均来自禽流感病毒（AIV），与我国目前家禽中流行的H9N2亚型AIV毒株具有很高的同源性，与A／Duck／Hong Kong／Y280／97（H9N2）的同源性为94．1％～98．9％，与A／Chicken／Beijing／1／94（H9N2）的同源性为94．5％～98．2％；推导的其血凝素（HA）裂解位点处的氨基酸序列为P—A-R—S-S-R，完全符合H9亚型AIV欧亚分支中的类A／Chicken／Beijing／1／94亚分支的特征；基因分析结果表明，该分离株的所有基因片段均来源于H9N2亚型AIV，它可直接感染猪，并导致发病，但它并未在猪体内发生重组。 相似文献
4.
用RT-PCR方法扩增了H9N2亚型猪流感病毒河南株(Swine/Henar/Y1/09)和H9N2亚型猪流感病毒上海株(Swine/Shanghai/Y1/09)的8个基因片段,进行测序分析.结果表明,这两株猪流感病毒HA基因长度均为1701 bp,编码566个氨基酸,HA切割位点序列均为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;这两个毒株的HA蛋白均有8个潜在的糖基化住点.两个分离株的NA基因长度为1401 bp,编码467个氨基酸,这两个毒株均在茎区63、64、65位发生氨基酸缺失.两株猪流感病毒HA基因的同源性为96.6％,NA基因的同源性为98.6％.两株毒株的8个基因片段系统发生树分析表明它们均为重组体,与2008年上海地区健康鸡群中分离的H9N2亚型毒株(Ck/Shanghai/Y 1/2008)8个基因片段均分别属于同一个基因群. 相似文献
5.
为探究两广地区H9N2亚型禽流感病毒（avianinfluenzavirus,AIV）的变异情况及分子流行规律,于2011-2012年从该地区发病鸡群中共分离到16株H9N2亚型A1V,并对分离株HA基因进行测序与进化分析。结果表明,分离株HA基因开放阅读框全长均为1683bp,编码560个氨基酸;HA基因核苷酸同源性为88．7％～99．6％,编码氨基酸同源性为91．8％～99．5％。本试验分离毒株与国内疫苗株（GD-SS、SH—F和SD-6）的核苷酸同源性在90．1％～92．6％之间,推导的氨基酸序列同源性在91．6％～94．8％之间。进化分析显示分离株可分为Group1和Group2两个亚分支,与疫苗株均属于欧亚谱系的Y280分支,但亲缘关系较远。分离株HA蛋白裂解位点附近序列有3种形式：PARSSR＋GLF、PSRSSR＋GLF和PARLSR0GLF,均无连续碱性氨基酸的插A,符合低致病性AIv的特征。本试验发现分离株GD4、GX2在HA1的127、295位分别增加一个潜在的糖基化位点;除分离株GD5和GD6外,其余分离株在HAl的216位发生Q216L氨基酸突变,表明其存在感染人的可能性。 相似文献
6.
不同源性H5亚型禽流感病毒株HA基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究对1株鹅源和一株鸽源的H5N1亚型禽流感病毒血凝素（HA）基因进行扩增、克隆和序列分析。结果表明，所扩增的片段长均为1707bp，包含完整的开放阅读框架，编码568个氨基酸；该毒株有7个潜在糖基化位点；在HA裂解位点附近有6个碱性氨基酸序列插入。两毒株间核苷酸与氨基酸的同源性均为96．7％。该毒株与参考毒株的序列比较分析结果表明：核苷酸同源率分别为95．3％～99％；氨基酸同源率分别为95．1％～99.3％。 相似文献
7.
H9亚型禽流感病毒分离株A／Chick／Shandong／6／96的基因序列分析 总被引：4，自引：1，他引：3
对1株H9N2亚型禽流感病毒（AIV）A／Chick/Shandong/6/96（H9N2）进行了全病毒基因序列分析。结果表明，该毒株8个基因的核苷酸序列皆与1994年分离株A／Chicken/Beijing/1/94（H92）具有很高的同源性（96．0％－98．6％）；推导其血凝素（HA）裂解位点处的氨基酸序列为A－R－S－S－R，完全符合H9 AIV欧亚分支中的类A／Chicken/Beijing/1/94亚分支的特征；虽然其神经氨酸酶（NA）基因与A／Rhicken/Beijing/1/94（H9N2）相比，出现了9个核苷酸的缺失，然而其同源性仍然较高，为97．3％；而与欧亚分支中的类A／Chicken/Korea/323/96和类A／Quail/HongKong/G1/97亚分支的同源性却相对较低，分别为92．0％和84．2％；其它基因的比较情况也大体相近。提示该毒株是由1994年分离株进化而来，在遗传演化上属于H9亚型流感病毒欧亚分支中的类／A／Chicken/Beijing/1/94(H9N2)亚分支。 相似文献
8.
6株猪流感病毒分离株HA部分基因的克隆和序列分析 总被引：9，自引：0，他引：9
从6株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)中提取RNA，用RT-PCR法扩增了其HA基因的部分cDNA片段，克隆后测定其核苷酸序列，并推导出相应的氨基酸序列。结果表明，扩增的6，株SIV HA部分基因长度均为1005个核苷酸，共编码335个氨基酸，氨基酸序列同源性在98．2％～100％之间。HA部分基因核苷酸序列与已发表的中国香港、中国大陆、美国及欧洲分离的经典H1亚型毒株相近，核苷酸和氨基酸序列同源性均在95％以上，同属H1亚型，系统发育分析表明6个SIV分离株均属于经典H1亚型，与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远，其HA1、HA2之间切割位点序列均为PSIQSR↓G，从分子水平推论，均属于非高致病力毒株；其HA2氨基端的14个氨基酸残基均为GLFGAIAG—FlEGGW，且高度保守。从分子流行病学角度证实经典H1亚型WIV毒株在广东多个猪场猪群存在。 相似文献
9.
采集钦州活禽交易市场的鸡气管和泄殖腔的棉拭予样品,用H9亚型分型引物进行PCR初步筛选,阳性样品经SPF鸡胚尿囊腔接种分离病毒,通过RT-PCR方法扩增HA基因,并将其克隆到pMD—18T载体后进行序列测定和分析。结果表明,获得1株H9亚型禽流感病毒命名为：A／Chicken／Guangxi／qz40／2009（简称qz40）。测序结果表明qz40的HA基因片段全长1683bp,编码560个氨基酸;序列同源性比较结果表明,该毒株与参考毒株的核苷酸序列同源性为82．8％．99．9％,推导氨基酸同源性为87．5％．99．6％;HA基因的裂解位点氨基酸顺序为RSSRIGLF,为低致病性毒株;含有7个潜在的N-糖基化位点,其中5个位于HAl部分、2个位于HA2部分;基于H9亚型HA基因的进化树分析表明,qz40株属于欧亚种系的A／Chicken／Beijing／1／94（Ck／Bei—like）群系。 相似文献
10.
从湖南分离得到一株H5N1亚型禽流感病毒(AIV),首先设计合成两对HA和NA基因特异性引物,采用两步法RT-PCR,对鸭流感病毒株 A/Duck/HunanWugang/2/2004(H5N1)(简称DK/HNWG/2/04)的表面蛋白基因进行序列测定,并与国内外已经发表的H5N1亚型毒株表面蛋白基因进行序列分析和比较.结果表明,HA和NA基因全长分别约为1.7 kb和1.4 kb,分离株与14个参考毒株HA基因的同源性为95.9%～98.0%,NA基因的同源性为87.0%～98.4%.根据HA基因核苷酸序列推导HA裂解位点氨基酸,发现分离株的裂解位点包含多个碱性氨基酸,符合高致病性禽流感的特征. 相似文献
11.
Beata Mal
ekov Monika Halnov Zlatana Sulínov Ladislav Molnr Petra Ravaszov Jozef Adam Milo&#x; Haln Igor Valocký Milan Baranovi
《Research in veterinary science》2010,89(3):358-361
The presence of antibodies against Encephalitozoon cuniculi (E. cuniculi) and Encephalitozoon intestinalis (E. intestinalis) was examined in 215 samples from humans and in 488 samples from five different species of domestic and companion animals in Slovakia. The 215 human samples and samples from 90 swine, 123 non-infected cattle (cattle), 24 cattle infected with bovine leukosis virus (BLV-positive cattle), 140 sheep and 111 dogs were examined by the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Samples with serum titres 1:200 or higher were considered as positive. Specific anti-E. cuniculi antibodies were found in humans (0.9%), swine (52%), cattle (2%), sheep (9%) and dogs (15%) except for the BLV-positive cattle at the titre of 1:200. The titre of 1:400 was detected only in humans (0.5%). The presence of specific anti-E. intestinalis antibodies at the titre of 1:200 was confirmed in humans (6%), swine (51%), cattle (11%), BLV-positive cattle (13%) and dogs (6%) but not in sheep. The anti-E. intestinalis antibodies reached the 1:400 in humans (1%), swine (4%) and BLV-positive cattle (17%). The presence of specific anti-E. intestinalis antibodies at the titre of 1:600 was observed only in one swine (1%). Significant differences were observed in animals at titres 1:200 and 1:400 (chi-squared test: p < 0.0001) for both pathogens and in humans only for E. cuniculi at the titre of 1:400 (chi-squared test: p < 0.0075). 相似文献
12.
H. Ülbegi-Mohyla A.A. Hassan T. Kanbar J. Alber C. Lmmler E. Prenger-Berninghoff R. Weiß U. Siebert M. Zschck 《Research in veterinary science》2009,87(2):186-188
A total of 57 bacteria representing eight species of genus Arcanobacterium (A.) were investigated for hemolytic properties on blood agar containing sheep and rabbit blood and for CAMP-like reactions. An enhanced hemolysis on blood agar containing rabbit blood compared to sheep blood could be observed for A. haemolyticum, less pronounced for A. hippocoleae and A. pluranimalium.A synergistic hemolytic reaction with staphylococcal β-hemolysin appeared to be constantly visible for A. hippocoleae, A. pluranimalium and A. pyogenes, with Streptococcus agalactiae for A. phocae and A. haemolyticum, with Rhodococcus equi for A. phocae, A. haemolyticum, A. pluranimalium and A. pyogenes and with A. haemolyticum for A. hippocoleae, A. pluranimalium and A. pyogenes, respectively. A reverse CAMP-reaction in the zone of staphylococcal β-hemolysin could be observed for A. phocae and A. haemolyticum. In addition, a novel CAMP-like reaction could be noted between Psychrobacter phenylpyruvicus, identified by 16S rDNA sequencing, and A. phocae and A. haemolyticum. These synergistic or antagonistic hemolytic properties could possibly be used as additional criteria for identification of bacteria of genus Arcanobacterium. 相似文献
13.
为确定猪捷申病毒(PTV)Swine/CH/IMH/03株的易感细胞系及其致病性,本实验将该病毒接种不同细胞,通过细胞病变、电子显微镜观察和PCR技术进行鉴定。并进一步将该病毒回归本动物鉴定其致病性。试验结果表明,PTV Swine/CH/IMH/03对IB-RS-2和PK-15细胞系敏感,能够在IB-RS-2和PK-15细胞系中增殖。致病性试验结果显示,Swine/CH/IMH/03分离株能够导致实验猪出现神经症状,剖检可见脑、肾、脾、肠道发生出血,病理组织学检查可见脑实质内胶质细胞浸润、肾脏间质小血管淤血、脾淋巴细胞减少、小肠伴有出血及淋巴细胞浸润等病理变化,对仔猪具有强致病性。 相似文献
14.
G.A. Delis M. Koutsoviti-Papadopoulou V.I. Siarkou G. Kounenis G.C. Batzias 《Research in veterinary science》2010,89(3):418-425
Silicone-made tissue cages were implanted in sheep. Blood serum (SBS) and tissue cage fluid (TCF) samples were collected after amoxicillin intravenous and intramuscular administrations, at the dose of 15 mg/kg. Amoxicillin pharmacodynamics were studied in an artificial culture medium, SBS and TCF with use of a Mannheimia haemolytica and a Pasteurella multocida strain. A concentration-independent antimicrobial activity of amoxicillin was confirmed for levels higher than 0.79–1.75 × MIC. This result favored the use of the percentage of the 24 h dosing interval during which drug levels remain above MIC as the appropriate pharmacokinetic/pharmacodynamic index. The subsequent correlation revealed that intravenous administration could be considered effective against “deep” infections caused by bacteria with MICs < 1 μg/mL or “shallow” infections caused by bacteria with MICs < 0.1 μg/mL. Intramuscular administration could be safely considered effective against both “deep” and “shallow” infections when the MICs of the targeted pathogens are lower than 1 μg/mL. 相似文献
15.
16.
根据GenBank中发表的GPMV SF02株的NP基因的核苷酸序列设计合成一对引物,采用RT-PCR扩增出与预期设计的1470bp大小相符的片断,将此扩增产物克隆入PMD18-T载体,进行序列测定和分析.结果表明:所扩增的NP基因的核苷酸长为1 470bp,共编码490个氨基酸.同源性分析表明:JS/1/97/Go与国内的SF02株的NP基因核苷酸同源性为98.6%,氨基酸同源性为99.6%.由此可见,鹅副粘病毒JS/1/97/Go分离株与SF02株的亲缘关系较近,同属于新城疫Ⅶ型基因.而其与LaSota株的核苷酸同源性为85.2%,氨基酸同源性为90.8%.说明该毒株相对于经典的NDV在NP基因上已发生了较大的变异. 相似文献
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猪流感病毒A/Swine/Inner Mongolia/547/01分离株神经氨酸酶基因的克隆及真核表达 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank中登录的猪流感病毒参照序列设计了扩增神经氨酸酶(NA)基因的特异性引物.从猪流感病毒A/Swine/Inner Mongolia/547/01(H3N2)株感染的鸡胚液中直接提取病毒RNA,经RT-PCR扩增后将其克隆到pMD18-T载体上,进行序列测定和拼接.用HindⅢ酶切后,亚克隆到杆状病毒转移载体pMelBacB上,得到重组转移载体pMelBacNA,然后与线性化杆状病毒DNA(Bac-N-BlueTMDNA)共转染于sf9昆虫细胞.经3轮噬斑纯化,提取其DNA经PCR鉴定,获得重组杆状病毒株.SDS-PAGE结果显示,目的基因已获得表达,Western blot和神经氨酸酶活性检测结果显示表达产物具有良好的免疫原性和神经氨酸酶活性,为SIV亚单位疫苗和NA基因的深入研究奠定了基础. 相似文献
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【目的】试验旨在对bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c的序列保守性、转录因子和靶基因进行生物信息学预测和分析,探究其影响精子发生的作用机制,为研究其生物学功能及作用机制提供指导和思路。【方法】利用miRBase数据库获取不同物种的bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c序列并进行相似性分析;通过TargetScan、miRWalk、miRDB等方法预测bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c的靶基因,对获得的靶基因集合分别进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过AnimalTFDB获取共同调控bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c的转录因子,并构建TF-miRNA-mRNA作用网络。【结果】bta-miR-34b/c和bta-miR-449a/b/c在不同物种间高度保守。预测得到2个转录因子和49个候选靶基因,这些靶基因主要富集在精子发生、钙离子依赖性胞吐的调节、胰岛素分泌的调节等GO条目,以及HIF-1信号通路、甲状腺激素信号通路、Wnt信号通路等KEGG通路。bta-miR-34b/c、bta-miR-449a/b/c与上游转录因子NR2C2和HIC1,下游靶基因AXL、E2F3、DAAM1等共同构成的作用网络通过调控减数分裂、细胞周期、细胞凋亡、精子细胞能量代谢等生物过程影响精子发生。【结论】bta-miR-34b/c、bta-miR-449a/b/c通过上游转录因子和下游靶基因组成的分子调控网络共同调节精子发生过程。 相似文献
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马流感病毒(A/equine/Qinghai/1/94)核蛋白基因的序列测定及同源性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已发表的马流感病毒核蛋白基因序列，设计并合成一对特异性引物，经反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）成功扩增出了我国马流感病毒（A/equine/Qinghai/1/94核蛋白基因。将该片段连接到PGEM-T-EASY载体并转化DH5α，提取阳性菌落的质粒径EcRo1酶切的PCR鉴定其大小为1.5kb左右，对其测序并进行分析发现，与A/Equine/Kentucky/2/86,A/Equine/Miami/1/63等关系较近，同源率为93.3%--93.4%，而与我国马流感吉林A/Equine/Jilin/1/89株关系较远，同源率仅为84.6%。 相似文献
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禽流感病毒KMI/99(H9N2)HA和NA基因的序列分析 总被引：11，自引：0，他引：11
研究分别以自行设计的一对简并引物和另一对普通引物，经RT－CR，一次性成功地扩增禽流感病毒A／Chicken/Guangxi/KMI/99(H9N2）HA全和基因cDNA和NA全长基因cDNA，并将它们克隆于pGEM-T Easy的T－T窗口，首次报道了该毒株的HA全基因和NA全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列，测序结果显示，该毒株的HA基因全长为1683bp，编码560个氨基酸。NA全长为1398bp，编码466个氨基酸残基。研究发现其HAI羧基端的分子特征是：R－S－S－R。从分子水平推论。A/Chicken/Guangxi/KMI/99(H9N2)属于非高致病力毒株。研究还发现NA蛋白于63－65位缺失了T、E、I三个氨基酸。 相似文献