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《黑龙江畜牧兽医》2015,(9)
为了解剪接因子在棘腹蛙发育过程中的功能,首先基于棘腹蛙转录组数据库的组装结果设计特异性引物,利用RT-PCR方法克隆到棘腹蛙体内编码丝氨酸/精氨酸富集剪接因子2(Serine/Arginine-rich splicing factor 2,SRSF2)的完整开放读码框(ORF),其ORF长度为642 bp,编码213个氨基酸残基,利用数字表达谱和半定量RT-PCR的方法验证了SRSF2在不同温度下的表达图谱,对克隆到的SRSF2基因进行了内含子分析。结果表明:SRSF2在不同生长温度(15,21,27,30℃)下的表达量存在显著差异,在21℃环境下的表达量最高,而在15,27,30℃生长环境下的表达量都较低。说明棘腹蛙来源的SRSF2基因ORF序列内包含个1内含子和2个外显子。 相似文献
3.
机体的生长激素(GH)/类胰岛素样生长因子(IGFs)轴由GH系统和IGFs系统构成,可促进细胞增殖、调节生长发育、调控生理代谢,在机体生长发育调控方面有着重要作用。为明确棘腹蛙GH/IGFs轴的功能结构和进化特征,为棘腹蛙生长发育调控方面的研究提供理论依据,本试验对棘腹蛙GH、类胰岛素生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)和类胰岛素生长因子-Ⅱ(IGF-Ⅱ)进行克隆并对其序列特征进行分析。结果显示:1)与两栖类模式动物的多重序列比对发现,棘腹蛙GH、IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ的功能结构域严格保守,具有一定的遗传多态性;IGF-Ⅱ的N端呈简缩进化趋势。2)遗传进化聚类分析发现,棘腹蛙IGFs与两栖动物聚为一支,并与硬骨鱼相对近缘,说明IGF-Ⅰ和IGF-Ⅱ进化地位相对原始;棘腹蛙GH则与蛙类、鱼类等水生动物相对近缘,暗示该基因具有趋同进化趋势。3)为进一步明确上述基因的特异性功能位点,利用Swiss-model server软件解析其蛋白质结构,最终确定IGF-Ⅰ的THR52、LEU53、PHE72、PHE73、SER74为潜在的功能分化位点,IGF-Ⅱ的TYR81、LYS82、LYS83为潜在的功能分化位点,GH的PHE208为潜在的功能分化位点。由此可知,棘腹蛙GH/IGFs轴的主要基因相对保守,但与已知模式物种相比,存在潜在的功能分化位点,可作为后期棘腹蛙GH/IGF轴功能研究和遗传进化特征分析的分子靶标。 相似文献
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《中国兽医杂志》2017,(4)
干扰素(IFN)具有抗病毒、抗肿瘤和免疫调节功能,具备较好的临床应用前景。为了解棘腹蛙干扰素的基因信息,本试验明确了棘腹蛙Ⅰ型IFN基因ORF编码长度为561 bp,编码的蛋白质含有1个信号肽和103aa的保守功能结构域。遗传进化分析显示,棘腹蛙Ⅰ型IFN进化相对保守;其蛋白质结构主要由α螺旋构成,细胞表面受体结合能力相对保守。将目的片段装入原核表达载体pET32a并转化BL21(DE3)进行蛋白表达与纯化,获得了预期蛋白。本研究证实了棘腹蛙Ⅰ型IFN属于相对保守的典型Ⅰ型干扰素;为后期深入挖掘棘腹蛙IFN的生物学功能、促进广谱抗病毒生物制剂研发提供了参考。 相似文献
5.
从体质量1、20、40、60、90kg左右的杜长大猪的肝脏组织中提取基因组RNA，RT—PCR扩增CuZnSOD基因，获得了1务255bp的片段，以pGEM—TEasyVector为载体，将该片段克隆到大肠杆菌（E．coli）中，筛选阳性克隆测定其序列，分析表明该片段与报道的猪CuZnSODcDNA部分序列同源性达到100％，编码85个氨基酸组成的多肽，是成熟肽的一部分。以CuZnSOD基因片段的克隆为基础，构建了优化的半定量RT—PCR法，以18SrRNA为内标，研究不同生长阶段猪肝脏组织中CuZnSOD基因mRNA表达的差异。结果显示，1kg左右猪肝脏组织中CuZn—SODmRNA表达水平较高，体质量1～20kg猪的肝脏组织中CuZnSOD基因表达量呈下降趋势，体质量40kg的猪又显著上升，到生长后期即体质量90kg左右，CuZnSOD基因表达量又急剧下降。 相似文献
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为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量,本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端,利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示,试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025bp和C端1 300bp序列,与GenBank中猪BLM基因序列(登录号:NM_001123084.1)同源性为100%;生物信息学软件预测显示,猪BLM基因序列长度为4 316bp,包含4 280bp的开放阅读框,编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链;氨基酸序列比对发现,猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高(85%);结构域预测表明,猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域;系统进化树分析表明,猪BLM基因与牛亲缘关系最近;实时荧光定量PCR结果显示,以心脏为对照,BLM基因在从江香猪各组织中均有表达,其中在睾丸中的相对表达量最高,其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠,在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织(P0.01);BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织(P0.01;P0.05),提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。 相似文献
7.
鸡β-防御素-3的克隆与诱导表达 总被引：7，自引：1，他引：7
利用反转录PCR（RT—PCR）与套式PCR技术检测Gal-3基因在鸡体不同组织的分布表达。实验结果表明Gal-3基因在法氏囊、皮肤、舌头、肺脏、骨髓、气管等组织中广泛分布，在肾脏、脾脏、肝脏、胰脏等组织中没有检测到。对从鸡骨髓中扩增出来的β-防御素（Gal-3）cDNA进行克隆测序表明扩增出的cDNA碱基数为297bp，与GenBank中的Gal-3cDNA序列完全相同。核苷酸序列比较表明在同源性上，Gal-3与Gal-1、Gal-2基因核苷酸相似性分别为75％、50％，同火鸡GPV-1基因同源性最高，达9l％。体外诱导表达实验表明在气管上皮细胞中LPS与灭活卡介苗可以诱导Gal-3的表达；Gal-3在法氏囊细胞、肺上皮细胞的表达为持续性表达。 相似文献
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9.
抗菌蛋白蛙皮抗菌肽，是两栖类动物中存在的天然免疫物质，在蛙类中仍然保持着一定的活性。我们用提取中国林蛙皮肤总RNA，逆转录合成cDNA，PCR扩增得到DNA片段，并与GenBank上登陆的其他蛙类的皮肤抗菌肽序列进行比较，发现此序列是一个新的蛙皮肤抗菌肽序列。PCR产物与pMD18-T连接，得到阳性重组体pMD18-RTCD。将阳性重组体进行测序，分析蛙皮素的氨基酸序列，显示它属于蛙皮抗菌肽家族。此外，中国林蛙抗菌肽氨基酸序列包含C-末端残基，同时具有两栖类动物抗菌肽的特征。这些信息对将来研究两栖类动物的天然免疫的分子机制具有重要作用。为应用基因工程技术对我国林蛙抗菌肽基因进行克隆表达奠定了基础。 相似文献
10.
为探究猪BLM解旋酶N端、C端的结构功能及其在不同组织和疾病中的相对表达量，本研究采用RT-PCR技术扩增从江香猪BLM基因N端和C端，利用生物信息学软件对克隆所获序列进行分析，同时采用实时荧光定量PCR技术分析BLM基因在猪不同组织及病样中的表达差异。结果显示，试验成功克隆了从江香猪BLM基因N端1 025 bp和C端1 300 bp序列，与GenBank中猪BLM基因序列（登录号：NM_001123084.1）同源性为100%；生物信息学软件预测显示，猪BLM基因序列长度为4 316 bp，包含4 280 bp的开放阅读框，编码一个由1 426个氨基酸组成的多肽链；氨基酸序列比对发现，猪BLM基因氨基酸序列与牛的同源性最高（85%）；结构域预测表明，猪BLM基因有DEXDc、HELICc、RQC和HRDC 4个结构域；系统进化树分析表明，猪BLM基因与牛亲缘关系最近；实时荧光定量PCR结果显示，以心脏为对照，BLM基因在从江香猪各组织中均有表达，其中在睾丸中的相对表达量最高，其次为肺脏、肝脏、脾脏、心脏、肾脏、小肠和大肠，在睾丸和肺脏中的表达量均极显著高于其他组织（P<0.01）；BLM基因在患繁殖与呼吸道综合征猪肺脏、患白血病鸡肝脏和患鸭瘟鸭肝脏中的表达水平均极显著或显著高于正常组织（P<0.01；P<0.05），提示BLM基因的变化可能也会导致动物疾病的发生。本试验结果可为后续畜禽BLM解旋酶原核表达载体的构建及其在重大疾病的发生和预防等研究提供理论依据。 相似文献
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牛蛙(Rana catesbeiana)蛙皮抗菌肽基因的克隆、测序及其表达 总被引：2，自引：3，他引：2
利用RT—PCR的方法从牛蛙皮肤组织中克隆到大小为270bp的片段RCABP，将其克隆到pGEM—T载体，测序获得1个新的碱基序列。将此基因克隆到原核表达载体pQE一80L，获得融合表达质粒pQE一80L／DHFR／ABP，在1％IPTG诱导下进行表达。SDS—PAGE检测表明，重组蛙皮抗菌肽蛋白的表达量占菌体总蛋白的24％，以包涵体形式存在。体外抑菌试验表明，所构建的质粒能在大肠杆菌中表达具有体外抑菌活性的蛙皮抗菌肽，该融合蛋白具有良好的应用前景。 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(4):746-751
以青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子为材料,通过RT-PCR克隆了包含PRDM1基因编码区的cDNA序列。将克隆获得的青海高原牦牛PRDM1基因的cDNA与黄牛相应序列进行比对,对青海高原牦牛PRDM1蛋白与其他物种PRDM1蛋白进行序列比对和进化树分析,对青海高原牦牛PRDM1蛋白的特性和结构进行预测。荧光定量检测青海高原牦牛淋巴结,90日龄胎儿头部皮肤,牦牛精子以及西门塔尔牛精子中PRDM1基因mRNA表达量。结果显示,克隆获得青海高原牦牛PRDM1基因该部分cDNA片段长度为761bp,其中PRDM1基因编码区长741bp,编码246个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛cDNA序列与黄牛该序列存在3个碱基的变异;青海高原牦牛PRDM1蛋白与黄牛、野牦牛、绵羊、马相应序列同源性分别是99.0%,99.0%,97.0%,92.0%;各物种PRDM1蛋白进化树符合物种进化规律。包含卷曲螺旋等典型结构域,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白1具有94%的相似性,人甲基转移酶蛋白结构域PR蛋白10具有36%的相似性,具有SET结构域活性。青海高原牦牛PRDM1基因在西门塔尔、牦牛精子中表达量极显著高于青海高原牦牛淋巴结(P<0.05),90日龄胎儿头部皮肤中表达量极显著低于青海高原牦牛淋巴结(P<0.01)。从青海高原牦牛克隆获得PRDM1基因编码区揭示了其分子特征,为青海高原牦牛PRDM1蛋白质功能的研究奠定基础。 相似文献
14.
《中国畜牧杂志》2016,(13)
为了探究滩羊卷曲被毛时空变化特征,本研究运用基因克隆技术对滩羊FGF21基因的编码区全长序列进行克隆测序,利用生物信息学方法进行序列分析,并对FGF21基因在滩羊不同生长时期皮肤中的表达模式进行分析。结果表明:滩羊FGF21基因的CDS区有1个630 bp的开放阅读框,编码209个氨基酸,其编码蛋白分子量和理论等电点分别为22645.8 ku和6.08 ku,该蛋白不存在跨膜结构,为膜外蛋白,且属于亲水性蛋白;二级结构由α-螺旋、延伸、β-折叠及无规则卷曲4种结构组成;滩羊FGF21基因序列与山羊、牛等物种间同源性较高,所构建系统发生树与其物种同源性关系吻合。半定量RT-PCR分析FGF21基因在滩羊不同组织中分布发现,FGF21仅在肝脏、肺脏、胃和皮肤中表达,在皮肤中表达量低于在肝脏中的表达量,但高于在胃中的表达量;不同时期滩羊皮肤组织荧光定量PCR结果显示,FGF21基因在幼龄组(1月龄)滩羊皮肤中表达量极显著高于成年组(48月龄)表达量(P0.01),表明FGF21基因有可能是调控滩羊皮肤被毛卷曲差异的候选基因之一。本研究将为滩羊毛发生长的生物学机制研究提供一定的参考价值。 相似文献
15.
本研究以番鸭肝脏为试验材料,通过RT-PCR扩增出番鸭脂肪酸合成酶（fatty acid synthase,FAS）部分CDS序列,利用相关分子生物学软件对其进行分析,同时采用实时荧光定量PCR技术检测FAS基因在成年番鸭各组织中的表达特性及填饲对番鸭肝脏和腹脂中该基因表达的影响。结果表明,克隆出的番鸭FAS基因CDS片段大小为1122 bp,编码374个氨基酸,与近缘物种禽类核苷酸同源性为92%～99%;实时荧光定量PCR结果表明,番鸭FAS基因在肝脏和腹脂中高表达,说明FAS具有组织表达特异性;填饲导致肝脏中FAS基因表达显著升高（P＜0.05）。本试验结果可为进一步研究FAS基因在番鸭肝脏脂质代谢中的作用奠定基础。 相似文献
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【目的】克隆白来航鸡半乳糖凝集素-1(galectin-1,Gal-1)基因,对其编码蛋白进行生物信息学分析,并检测其在不同组织中的表达情况,为进一步阐明其抗病毒功能提供科学依据。【方法】以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR扩增鸡Gal-1基因完整CDS区序列,并进行相似性比对及系统进化树构建;运用生物信息学软件对其编码蛋白的理化性质、亲/疏水性、跨膜区、信号肽、修饰结构、保守结构域及高级结构进行预测。利用实时荧光定量PCR检测Gal-1基因在白来航鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑、腺胃、肌胃、十二指肠、空肠、盲肠、直肠、胸肌和腿肌组织中的表达情况。【结果】白来航鸡Gal-1基因CDS区序列长度为408 bp,编码135个氨基酸。相似性比对结果表明,白来航鸡Gal-1基因核苷酸序列与火鸡、绿头鸭和珍珠鸟的相似性分别为97.1%、88.4%和82.2%;系统进化树结果表明,白来航鸡与火鸡亲缘关系最近。Gal-1蛋白分子质量为15.06 ku,理论等电点为6.57,不稳定系数为36.05,脂肪系数为74.30,平均亲水指数为-0.259。Gal-1蛋白无信号肽,不存在跨膜区;存在2个明显的亲水区,其编码蛋白较稳定,为亲水性蛋白。二级结构预测显示,Gal-1蛋白以无规则卷曲(45.93%)和延伸链(41.48%)为主,三级结构预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR结果显示,Gal-1基因mRNA在白来航鸡组织中广泛表达,在肺脏中表达量最高,在脑中表达最低。【结论】本研究成功克隆了白来航鸡Gal-1基因CDS区序列,Gal-1基因在白来航鸡心脏、肝脏等14种组织中广泛表达,结果可为鸡Gal-1蛋白功能的深入研究提供参考。 相似文献
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本研究旨在阐明猪SRPK1基因的分子特点和表达谱。以大白猪为研究对象,利用RT-PCR技术克隆SRPK1基因CDS区域,同时利用反向PCR(inverse PCR,I-PCR)技术得到猪部分SRPK1的5′UTR序列;利用生物信息学方法分析SRPK1基因核苷酸序列及编码蛋白序列的结构特点;利用荧光定量PCR(real-time PCR)检测SRPK1在1和30日龄大白猪及杜洛克的心脏、肌肉、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、胃、小肠、大肠、脑的表达情况;构建猪骨骼肌损伤模型,研究在骨骼肌发育过程中SRPK1基因的表达特性。结果,将克隆片段拼接得到长2499bp的大白猪SRPK1基因序列,包含了1968bp完整CDS区域,分析表明其编码含656个氨基酸的蛋白质;包括2个P_Kc结构域,猪SRPK1蛋白序列与人和黑猩猩的相似性较高。通过生物信息学方法预测所得5′UTR含有多个转录结合位点:HSF1、HSF2、Ik-1、IK-2、SRY、SP1MyoD、USF、E47、p300、CP2、RREB-1、E2F和AP-1。利用荧光定量PCR研究发现,表达结果显示猪该基因表达具有组织和种间特异性,主要都是在胃、大肠和小肠中表达。SR-PK1基因在整个损伤修复过程中的表达反复出现升高和降低。5′UTR处有多个和肌肉生长相关蛋白的转录结合位点,主要在消化系统组织表达,在骨骼肌修复中表达上调,推测其可能与骨骼肌细胞发育或其他肌肉生长相关因子的表达有关。 相似文献
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本研究克隆了水牛骨形态发生蛋白1(bone morphogenetic protein-1,BMP1)基因序列,并运用生物信息学方法对其核苷酸序列的保守性和氨基酸的理化性质、蛋白质结构进行了系统分析,此外还运用实时荧光定量PCR技术对BMP1基因在水牛不同组织中的表达差异进行了检测。结果表明,应用RT-PCR技术克隆得到水牛BMP1基因的cDNA序列长度为3 195 bp,其中包含完整的2 967 bp的开放读码框(ORF),编码988个氨基酸。经序列相似性分析显示,水牛BMP1基因与牛、猪、马、人和小鼠相应氨基酸序列相似性分别为99%、96%、96%、96%和95%,具有很强的保守性。结合系统进化树分析结果推测,BMP1基因在不同物种及进化的过程中具有高度的保守性。对水牛BMP1蛋白的结构域预测结果发现,其存在1个信号肽区、1个前肽区、1个金属蛋白酶区、5个CUB区和2个EGF-like功能区。定量表达分析结果显示,BMP1基因在水牛心脏组织中相对表达量最高,睾丸、卵巢和生殖嵴等性腺器官表达量次之,骨头等其他组织表达量较低,肝脏表达量最低。 相似文献
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本研究旨在对山羊溶酶体α-甘露糖苷酶(α-AMA)基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛α-AMA基因序列设计引物,采用PCR技术克隆山羊α-AMA基因序列,并利用荧光定量RT-PCR进行组织表达谱分析以及进行生物信息学预测。首次获得了山羊α-AMA基因,含有完整CDS编码区3 000bp,编码999个氨基酸,其中前50个氨基酸为信号肽序列。其编码区的核苷酸序列和预测氨基酸序列与牛的α-AMA相似性最高,分别为95.93%和94.79%。组织表达谱分析表明α-AMA在山羊各组织均不同程度的表达,其中在肺脏、肝脏、小脑表达量较高。生物信息学预测发现,α-AMA蛋白属于糖苷水解酶38家族成员,有2个保守的结构域,存在9个N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模山羊α-AMA具有良好的可信度。本研究为探讨酶的作用机理及疯草解毒剂的研制提供了理论依据。 相似文献