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1.
猫细小病毒NS部分基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
将疫苗用猫细小病毒(FPV)株提取基因组DNA,针对NS特定片段设计引物,利用PCR扩增出了部分基因并将该基因克隆到pMD18-T Vector中测序.结果表明,该基因长613bp,编码204个氨基酸.分离株基因与犬的细小病毒(CPV)、貂的细小病毒(MEV)毒株核苷酸同源性均为99%.氨基酸同源性达到97%、98%以上,与犬、貂的肠炎病毒有密切的亲缘关系. 相似文献
2.
为了解贵阳地区犬细小病毒(CPV)非结构蛋白NS1的遗传变异进化状况,试验采用PCR检测、分子克隆、测序及生物信息学软件对分离自贵阳的8株CPV的NS1基因进行序列分析。结果表明:成功扩增并克隆测序得到8株CPV NS1基因,全长为2 007 bp,共编码668个氨基酸;分离株间NS1基因核苷酸序列的同源性为98.4%～99.8%,与10株犬类参考毒株CPV NS1基因序列的同源性为98.3%～99.6%,与其他11株非犬类参考毒株NS1基因核苷酸的同源性为39.4%～99.1%。说明CPV NS1基因具有一定的种属特异性,其亲缘关系越近同源性越高。 相似文献
3.
根据GenBank上发表的犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)、猫细小病毒(Feline parvovirus,FPV)核酸序列,分别设计扩增VP2基因与NS1基因的特异性引物,采用PCR技术扩增蓝狐细小病毒(Blue fox parvovirus,BF-PV)泰安分离株(BFPV-TA)的VP2基因和NS1基因,将PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析.结果显示,BFPV-TA VP2基因含有1个ORF,全长1 755 bp,共编码584个氨基酸,第219位氨基酸发生I→V(219I→V)改变,300G→P,411E→A;BFPV→TA NS1基因含有1个ORF,全长2 007 bp,共编码668个氨基酸,8个氨基酸残基发生改变,43R→H,135H→Y,172K→R,179A→E,350D→N,4091→V,574I→V,616D→V.BFPV-TA VP2基因与CPV和FPV参照株的同源性在98.4%～99.4%,BFPV-TA NS1基因与CPV和FPV参照株的同源性为98.6%～99.1%.VP2基因系统发生分析,BFPV-TA与FPV的亲源关系较为密切,但NS1基因系统发生分析,BFPV-TA成单独的分支. 相似文献
4.
为了解我国野生动物源细小病毒VP2、NS1基因序列和进化特点,用PCR方法获得貉源细小病毒CR86106和猴源细小病毒BJ-22的目的基因片段,对其核苷酸和氨基酸序列进行测定分析.结果显示CR86106和BJ-22细小病毒基因组长均为4 269 nt,其中NS1基因全长2 007 nt,共编码668个氨基酸;VP2基因全长1 755 nt,共编码584个氨基酸.CR86106 VP2蛋白除第300位氨基酸为脯氨酸(P)以外,其余关键氨基酸位点均与猫泛白细胞减少症病毒(feline panleukopenia virus,FPLV)一致;BJ-22 VP2蛋白除第323位为天冬酰胺(N)、第564位为丝氨酸(S)以外,其余关键氨基酸位点均与FPLV一致.CR86106 NS1蛋白氨基酸序列与细小病毒参考毒株的相似性是98.4％～ 99.3％,VP2是97.6％～99.7％;BJ-22 NS1蛋白氨基酸序列与细小病毒参考毒株的相似性是98.5％～99.4％,VP2是98.1％～99.3％.种系发生分析结果显示,CR86106 VP2和NS1与FPLV亲缘关系较近;BJ-22NS1归到CPV分支,VP2归到FPLV分支且单独分在一支.结果表明,CR86106具有FPLV样细小病毒序列特征,BJ-22具有FPLV和CPV重组病毒特征,为猴源细小病毒的重组现象,研究结果同时也证实了基因重组在FPLV进化过程中起重要作用的推论. 相似文献
5.
从东北地区采集的150份猪肺脏样品中,检测出3株猪细小病毒毒株。根据PPV7标准株NCBI登录号KU563733设计3对引物,对3个病毒株的基因片段进行扩增测序,将测序结果依次进行拼接,获得3个病毒株的NS1和CP基因序列,然后进行序列的同源性比对及进化树分析。结果显示:3个毒株的NS1基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为94.4%～95.2%、94.1%～95.1%和93.5%～94.3%;CP基因序列与经典PPV7毒株的同源性分别为89.6%～91.8%、89.8%～92.0%和89.6%～91.7%。通过进化树比对分析,确认3株PPV毒株为PPV7亚型。通过对其他病毒进行检测,发现PPV7与PCV2、PPV2的混合感染率较高。该分析结果为我国东北地区猪病防控提供了依据。 相似文献
6.
猪细小病毒SY-99株非结构蛋白NS1基因的克隆及序列分析 总被引：12，自引：0，他引：12
猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV)SY-99株由本室分离，提取SY－99株的基因组DNA，利用PCR扩增出全长NS1基因，将该基因克隆到 核表达载体pET28a中并测序。结果表明，NS1基因全长1989bp，编码662个氨基酸，氨基酸序列中含有PP 制过程中发挥重要作用的保守基序GKRN，并有3个潜在的糖基化位点，分别位于356－359、446－449、513－516位氨基酸处，SY－99株NS1基因与其它PPV毒株NADL2－1、NADL2－2、Kresse株核苷酸同源性分别为98％、99％、99％，氨基酸同源性分别为97％、99％、995。SN1基因的克隆为研究NS1在PPV的复制中所发挥的功能及利用人工表达的NS1来制备诊断抗原提供了可能。 相似文献
7.
通过克隆鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)分离株VP1-V3非重叠区基因,并对其进行序列分析,为鹅细小病毒感染与疫苗免疫的鉴别诊断奠定理论基础.进行鹅胚病毒增殖,收集尿囊液,提取基因组,参考发表的B株序列,设计合成一对引物,经PCR扩增,克隆VP1-VP3基因,筛选阳性克隆,对其进行序列测定及同源性分析.结果表明,克隆的基因片段为901 bp,VP1-VP3基因共594 bp,编码198个氨基酸;弱毒株之间亲缘关系很近,核苷酸同源性99.5％～100％,氨基酸同源性98.5％～100％;强毒株与B株亲缘关系较近,核苷酸同源性96.6％,氨基酸同源性97.5％;弱毒株与强毒株亲缘关系较远,核苷酸同源性92％～93％,氨基酸同源性96％～97.5％;弱毒株与B株亲缘关系最远,核苷酸同源性92.5％～93％,氨基酸同源性93.9％～95.5％.说明强毒株与弱毒株之间核苷酸序列存在差异. 相似文献
8.
《黑龙江畜牧兽医》2017,(1)
为了了解番鸭细小病毒(MDPV)非结构蛋白(NS1)基因的分子生物学特性,试验根据GenBank中发布的其他MDPV基因序列,设计并合成可扩增NS1基因的特异性引物,利用PCR方法从MDPV阳性病料中获得MDPV YL08株NS1基因,将其克隆至载体p ET-32a(+)中,构建重组质粒p ET-32a-NS1,并进行同源性分析和构建系统发育进化树。结果表明:MDPV YL08分离株NS1基因全长为1 884 bp,编码627个氨基酸;MDPV YL08分离株NS1基因与国内外已发表的MDPV分离株核苷酸序列同源性为98.5%~99.4%,该分离株与福建株亲缘关系最近。 相似文献
9.
猫细小病毒CC-1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
10.
猫细小病毒CC 1株VP1基因克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
根据GenBank登录的猫细小病毒(CU-4)VP1基因序列,设计了1对引物,用PCR技术对VP1基因进行整体扩增,将扩增产物纯化后克隆入PGM-T载体,通过酶切、PCR和测序进行验证。结果表明,测序拼接得出VP1基因的序列长度约为2306 bp,该基因的ORF总长为2184 bp,编码727个氨基酸,应用DNAStar软件把所测得的序列与国内外代表性毒株的VP1基因编码区全长核苷酸序列和氨基酸序列进行比对分析,发现CC-1株与国内XJ-1株的核苷酸和氨基酸同源性均为99.3%。 相似文献
11.
《黑龙江畜牧兽医》2015,(23)
为了克隆YBYJ株犬细小病毒(CPV)NS1基因,并对其进行序列分析,试验选择Gen Bank中的CPV-NS1基因(登录号为NC_001539)序列设计1对特异性引物,以延边大学预防兽医学实验室分离的CPV YBYJ株为毒株,经PCR扩增得到NS1基因,将其克隆至p MD18-T simple载体,然后进行基因测序和序列分析。结果表明:YBYJ株CPV-NS1基因大小为2 007 bp,编码668个氨基酸,与国内外其他10株CPV-NS1基因的核苷酸同源性为98.0%~99.7%,氨基酸同源性为96.7%~99.7%。提示CPV-NS1基因变异较小,遗传进化相对稳定。 相似文献
12.
1株长春地区羊传染性脓疱病毒的分离鉴定及F1L基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用MDBK细胞从长春郊区一养羊户送检的出现典型"口疮"症状的病羊唇部痂皮中分离获得1株病毒,通过电镜观察、理化学测定、PCR检测、动物回归试验、间接免疫荧光(IFA)及病理组织学观察等方法对该株病毒进行了系统鉴定,证实该分离株为羊传染性脓疱病毒(Orfvirus,ORFV),命名为ORFV-cc。参照GenBank中ORFVF1L基因的核苷酸序列,设计合成1对特异性引物,成功地对ORFV-cc株F1L基因进行克隆、测序,并推导出其氨基酸序列。序列分析表明,获得的ORFV-cc分离株F1L基因片段长987bp,编码328个氨基酸,与ORFV-NZ2,ORFV-7,ORFV-20,ORFV-C2,ORFV-mi-90,ORFV-Torino株核苷酸序列同源性分别为97.5%,98.3%,97.9%,98.5%,98.4%,97.5%;氨基酸序列同源性分别为97.2%,97.2%,97.5%,98.8%,98.8%,97.9%。系统发育进化树结果表明,ORFV-cc分离株与参考毒株ORFV-C2和ORFV-mi-90的亲缘关系较近,表明不同地区分离毒株的F1L基因差异不大。 相似文献
13.
提取猪细小病毒（PPV）YK株基因组DNA，利用PCR技术扩增得到了NS1基因全序列，将其克隆到pMD 18-T质粒载体并进行了序列测定和分析。结果表明，NS1基因全长1989bp，编码662个氨基酸。氨基酸序列中含有在PPV复制过程中起重要作用的保守基序GKRN，并有3个潜在的糖基化位点NISN、NFSN和NLTR。PPV YK株的NSl基因与其他PPV毒株NADL-2（4973）株、NADL-2（5075）株、NADL-2（5034）株和Kresse株相比，核苷酸同源性分别为98．3％、99．9％、99．9％和99．7％，氨基酸同源性分别为99．7％、99．7％、99．7％和97．7％。结果说明，NS1基因具有高度保守性。 相似文献
14.
H1N2亚型猪流感病毒HA、NP、NA、M和NS基因的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对3株H1N2亚型猪流感病毒(SIV):Sw/GX/17/05、Sw/HN/1/05和Sw/GX/13/06的血凝素(HA)、核蛋白(NP)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白(M)和非结构蛋白(NS)基因进行克隆和序列分析.结果显示:3株分离毒株HA、NP、NA、M和NS基因之间核苷酸同源性分别为91.3%～98.0%、98.4%～98.8%、97.4%～98.3%、98.8%～99.8%和98.1%～98.4%.遗传进化分析显示:分离毒株与美国分离的三源基因重排H1N2 SIV具有较近的亲缘关系;在HA、NP、M和NS基因进化树中,3株分离毒株均位于古典H1N1亚型SIV群,在NA基因进化树中,3株分离毒株则位于人流感病毒群.HA和NA基因推导氮基酸序列分别与代表毒株古典H1N1 SIV A/swine/Maryland/23239/1991(H1N1)和人H3N2流感病毒A/Buenos Aires/4459/96(H3N2)比较分析显示:HA(95.4%～96.1%)和NA(96.6%～97.2%)具有较高的氨基酸同源性;糖基化位点、抗原位点和受体结合位点(HA)处氨基酸存在一定的差异,这些氨基酸差异对病毒生物学特性的影响有待于进一步研究. 相似文献
15.
从北京地区疑似细小病毒感染的犬粪拭子中成功分离鉴定出14株犬细小病毒（CPV）毒株,并对其完整的VP2和NS1基因进行了序列分析。结果表明,鉴定到的14株CPV毒株中,7株为New CPV-2a型,7株为CPV-2c型。此外,NS1的19、33、293、588、624和656位氨基酸以及VP2的13、574位氨基酸为新鉴定的氨基酸突变位点。基于VP2、NS1基因的系统进化分析表明,大部分的New CPV-2a型和CPV-2c型毒株与广西南宁和吉林长春地区的分离毒株亲缘关系密切,说明本次分离毒株与广西或吉林地区分离毒株具有相同的起源。本研究为更好地开展犬细小病毒流行病学调查提供了有益借鉴,也为深入研究犬细小病毒变异和传播的分子机制奠定了基础。 相似文献
16.
为分析猫泛白细胞减少症病毒（FPV）北京株（FPV-BJ 05株）NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007 bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%~99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%~98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。 相似文献
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猪细小病毒自然弱毒N株结构蛋白VP1基因的扩增及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
设计两对引物,对广西分离的猪细小病毒自然弱毒N株(PPV-N株)结构蛋白VP1基因进行分段PCR扩增与测序,并与中国湖北、四川及加拿大、西班牙等地PPV毒株的VP1基因进行对比分析。结果表明这些毒株的VP1基因变异很小,发现存在有6个核苷酸高变位点。PPV-N株与加拿大NADL-2株的VP1基因的同源性最高,它们的核苷酸序列、推导的氨基酸序列的同源性分别为99.9%、99.6%,这为判断PPV-N株和NADL-2株均同属PPV弱毒株提供了分子生物学依据。 相似文献
18.
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《中国畜牧兽医》2018,(12)
为分析猫泛白细胞减少症病毒(FPV)北京株(FPV-BJ 05株)NS1基因的分子特征及其编码蛋白的生物学功能,本研究对FPV-BJ 05株NS1基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学软件分析FPV-BJ 05株与GenBank上登录的11株FPV参考株NS1基因的同源性,并预测NS1蛋白理化性质、信号肽、跨膜结构、B细胞抗原表位、磷酸化位点、亚细胞定位及蛋白结构与功能、高级结构等。结果显示,NS1基因全长2 007bp,编码668个氨基酸,且与其他FPV分离株NS1基因核苷酸序列同源性为98.8%～99.3%,氨基酸序列同源性为97.9%～98.8%。系统进化树分析结果显示,FPV-BJ 05株NS1蛋白与GenBank上登录的3株FPV参考株处于同一大分支,但由于氨基酸的突变导致其属于独立的一小分支。NS1蛋白既无信号肽也无跨膜结构域,属于非分泌型的疏水性蛋白。B细胞抗原表位预测结果显示,NS1蛋白柔韧性较好,抗原性及表面可及性较高,预测该蛋白含有13个优势抗原位点。修饰结构预测表明,NS1蛋白含有62个潜在磷酸化位点,27个O-糖基化位点和2个N-糖基化位点。亚细胞定位结果显示,NS1蛋白在细胞质和细胞核的概率较高,分别为69.6%和17.4%。NS1蛋白二级结构中α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角分别占39.37%、15.42%、39.37%和5.84%。应用在线软件SWISS-Modle对NS1蛋白进行建模,预测其三级结构,结果发现NS1蛋白主要以α-螺旋为主。本试验结果将为北京地区FPV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据。 相似文献
20.
三株广西狂犬病病毒NS基因和M基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究设计了一对特异性引物NSM1/NSM2,对三株广西狂犬病病毒NS和M基因同时进行了RT_PCR扩增、克隆和测序。同源性分析表明,三株广西野毒NS基因核苷酸同源性为87.2%~98.4%,M基因核苷酸同源性为90.1%~99.7%;与固定毒和狂犬病相关病毒比较,NS基因分别为79.9%~82.8%和69.7%~71.0%;M基因的分别为82.8%~87.8%和75.0%~77.8%。三株野毒NS基因氨基酸同源性为93.3%~98.7%,M基因氨基酸同源性分别为97.5%~100%。表明广西各地毒株之间亲缘关系不同,但最为相近;与狂犬病固定毒株亲缘关系较远;与狂犬病相关病毒亲缘关系最远。 相似文献