共查询到20条相似文献，搜索用时 437 毫秒
1.
为建立我国鰤属(Seriola)鱼类快速有效的分子鉴别技术,从DNA条形码角度出发,分析了线粒体细胞色素b (Cyt b)、NADH脱氢酶(ND1和ND2)基因在黄条鰤(Seriola lalandi)、高体鰤(Seriola dumerili)和五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类物种鉴定和系统进化以及地理区域鉴别中的适用性。结果显示,Cyt b基因表现出明显的A+T偏倚性,ND2基因序列突变速率较高,变异率为20.52%,ND2基因(Hd=0.900, Pi=0.082)的遗传多样性高于ND1 (Hd=0.874, Pi=0.077)和Cyt b (Hd=0.814,Pi=0.061)。比较了鰤属鱼类3种基因序列的结构特征,基于ND1和ND2基因计算的鰤属鱼类种间遗传距离都为种内遗传距离的10倍以上,但Cyt b基因对高体鰤和几内亚鰤(Seriola carpenteri)辨识力不足。系统进化分析显示,每个物种都形成单系分支,3个基因均能对我国3种鰤属鱼类进行鉴别,且都可有效区别来自全球3个不同水域的黄条鰤种群。因此,Cyt b、ND1和ND2基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定的有效DNA条形码,还可作为不同地理种群划分和种质资源科学保护的依据,为我国鰤鱼养殖产业的持续健康发展和种质资源的可持续利用提供技术依据。 相似文献
2.
通过二代测序、软件拼接获得中国黄海海域黄条鰤(Seriola aureovittata)线粒体基因组全序列。其序列全长为16609 bp,碱基组成分别为A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%);共有13条蛋白编码基因, 22个tRNA基因, 2个rRNA基因,除NAD6、trnQ、trnA、trnN、trnC、trnY、trnS、trnE、trnP外,其余基因均在H链上编码。黄条鰤线粒体基因组全序列与蛋白编码基因的A+T含量分别为52.05%和51.085%,具有明显的AT偏好性。线粒体基因中存在2个散在重复序列,分别位于NAD1基因序列正义链的中游和COX2基因序列反义链的上游。在其22个tRNA基因中,除了tRNAGly外,均具有典型的三叶草二级结构。黄条鰤线粒体基因组的蛋白编码基因起止位点与密码子除COX1、NAD5外,均与日本海域出产的黄条鰤(Seriola lalandi)完全吻合,且COX1、NAD5基因皆短于日本黄条鰤;两者间存在一定的遗传差异。基于18种隶属于13属的鲹科鱼类线粒体基因组全序列构建系统发生树,可知小甘鲹(Seriolina nigrofasciata)、黄条鰤、五条鰤(Seriola quinqueradiata)、高体鰤(Seriola dumerili)、长鳍鰤(Seriola rivoliana)同属一近支,且黄条鰤与五条鰤亲缘关系最近,与小甘鲹进化距离较远。 相似文献
3.
为深入了解鰤鱼的消化生理特性,测定并比较分析了3种鰤鱼[高体鰤(Seriola dumerili)、黄条鰤(Seriola lalandi)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)]的消化系统(胃、幽门盲囊、前肠、中肠、后肠和肝脏)中5种消化相关酶(胰蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、碱性磷酸酶和酸性磷酸酶)活性与组织分布特点。结果显示,3种鰤鱼中5种消化相关酶主要分布在幽门盲囊、肝脏和肠道中。3种鰤鱼胃组织中胃蛋白酶活性无差异。幽门盲囊中胰蛋白酶活性：黄条鰤>高体鰤>五条鰤(P<0.05),高体鰤肝脏组织中胰蛋白酶活性显著高于其他2种鰤鱼(P<0.05);胃、中肠、后肠组织中α-淀粉酶活性：五条鰤>黄条鰤>高体鰤(P<0.05),幽门盲囊、前肠组织中α-淀粉酶活性：黄条鰤>五条鰤>高体鰤(P<0.05);胃、幽门盲囊组织中脂肪酶活性：黄条鰤>五条鰤>高体鰤(P<0.05),前肠、后肠、肝脏中脂肪酶活性：五条鰤>黄条鰤>高体鰤(P<0.05);3种鰤鱼的酸、碱性磷酸酶活性组织分布趋势基本一致,其中,黄条鰤幽门盲囊组织中酸、碱性磷酸酶活性最高(P<0.05)。研究表明,3种鰤鱼消化相关酶活性的组织分布特点基本一致,幽门盲囊是5种酶作用的主要靶器官,除胰蛋白酶外,高体鰤其他4种酶活性均显著低于其他2种鰤鱼,黄条鰤幽门盲囊和肠道的5种酶活性显著偏高。结果可为揭示鰤属鱼类的消化生理特性、研制适宜鰤属鱼类消化特点和种特异性生长的高效专用配合饲料提供理论依据。 相似文献
4.
高体鰤(Seriola dumerili)属鲈形目、鲹科、鰤属，是暖温性海洋鱼类，广泛分布于印度洋北部沿岸、红海至太平洋中部、夏威夷群岛、墨西哥湾，我国产于南海诸岛、海南岛、广东、福建沿海等，是我国名贵海产经济鱼类。高体鰤人工养殖生长迅速，当年可养到1．0-1．5kg，经济效益十分显著，成为海水网箱养殖诸多品种中最受养殖户欢迎的种类之一。 相似文献
5.
6.
为分析我国养殖黄条鰤(Seriola lalandi)、高体鰤(S. dumerili)、五条鰤(S. quinqueradiata)肌肉的质构特性、基本营养组成和食用价值, 采用质构分析法(TPA)和常规生化方法检测了 3 种鰤属鱼类肌肉的质构特性、粗蛋白、脂肪酸和氨基酸等成分, 并评价了营养价值。结果显示: 同等养殖条件下, 黄条鰤肌肉的硬度、胶着度、咀嚼度和回复力均显著高于高体鰤和五条鰤。黄条鰤肌肉蛋白含量(24.3%)最高, 高体鰤水分含量(70.6%)最高, 五条鰤脂肪含量(7.2%)最高, 3 种鰤属鱼类肌肉的必需氨基酸含量均优于 FAO/WHO 标准。根据 AAS 和 CS 分值, 3 种鰤属鱼类肌肉的第一限制氨基酸皆为蛋氨酸, 第二限制氨基酸皆为缬氨酸, 且肌肉鲜味氨基酸含量及其在总氨基酸中的占比均较高, 这与其味道鲜美密切相关。3 种鰤属鱼类肌肉中可检测到 20 种脂肪酸, 其中亚麻酸甲酯(C18 3n6) ∶ 只在五条鰤中检测出, 二十二碳二烯酸甲酯(C22 2) ∶ 只在高体鰤中检测出。肌肉的不饱和脂肪酸含量(65.44%~67.51%)均相对较高, 其中不饱和脂肪酸 EPA+DHA 的含量(32.50%~35.79%)优势明显。另外, 高体鰤中的常量元素含量 (5.27×103 mg/kg)最高, 五条鰤中的微量元素含量(15.931 mg/kg)最高。本研究表明, 3 种鰤属鱼类肌肉中含有丰富的氨基酸和脂肪酸等营养物质, 是极具市场开发潜力的大洋性养殖经济鱼种, 研究结果将为我国鰤属鱼类养殖潜力评价和专用高效配合饲料的研制提供参考依据。 相似文献
7.
为探索建立具有实验红鲫品系特异性的线粒体DNA条形码,对鲫属品种进行鉴定。本研究以实验红鲫和鲫属其他鱼类(洞庭湖鲫、日本白鲫、大眼鲫、兰氏鲫、金鱼、湘军金鱼和湘军花鲫)为测试群体,利用Sanger测序对所有个体的线粒体COⅠ、COⅢ、Cytb这3个基因和D-loop进行测序,同时构建3个基因的拼接序列,并分析它们的序列特征和10种鲫属鱼类分子系统进化的聚类特征。结果显示,COⅠ、COⅢ、Cytb这3个基因的拼接序列和COⅠ基因的进化树聚类能明显地发现10种不同的鲫属鱼类聚成不同的小支,而COⅢ基因和D-loop序列聚类不能同时区分10种鲫属鱼类。研究表明,通过COⅠ基因以及3个基因的拼接序列均能有效地鉴别实验红鲫与鲫属其他鱼类,故该类序列能作为实验红鲫的有效分子标记,同时COⅠ、COⅢ、Cytb和D-loop序列构建的进化树均可以反映10种不同鲫属鱼类之间的进化关系。 相似文献
8.
通过检测工厂化养殖黄条鰤(Seriola aureovittata)各组织(肝脏、肠、心脏、鳃和肌肉)及饵料鱼的碳同位素比值(δ~(13)C),获得黄条鰤各组织的碳同位素判别值(Δ13C),结合大连海域野生黄条鰤及其潜在食物的δ~(13)C值,推测黄条鰤的食物来源。结果表明:工厂化养殖黄条鰤各组织Δ13C依次为肌肉(1.00‰)鳃(0.98‰)心脏(0.95‰)肠(0.79‰)肝脏(0.37‰)。大连海域野生黄条鰤的46种可能饵料生物的δ~(13)C为-21.61‰~-16.84‰。通过工厂化养殖黄条鰤肌肉组织的Δ13C,推测大连海域野生黄条鰤的食物组成以中上层鱼类为主,其次为中下层鱼类、底层鱼类、游泳虾形类、蟹类、头足类,其平均贡献率依次为64.0%、9.8%、9.0%、6.2%、5.1%、3.7%。 相似文献
9.
10.
为探究神经肽Y (neuropeptide Y, NPY)在黄条鰤 (Seriola aureovittata)摄食调控中的作用及机制,本研究采用同源克隆的方法获得了黄条鰤 npy基因的开放阅读框(ORF)序列,并利用实时荧光定量PCR技术分析了npy基因的组织分布以及其对饥饿再投喂的应答特性。黄条鰤 npy基因ORF序列长度为300 bp,编码99个氨基酸的前体蛋白,其中包括28个氨基酸的信号肽、36个氨基酸的成熟肽。氨基酸序列同源性比对发现,黄条鰤 npy编码的氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)等其他硬骨鱼高度保守(>90%);系统进化树分析表明,黄条鰤 npy与高体鰤 (Seriola dumerili)的关系最近。npy mRNA在所检测的12种组织中均有表达,其中,在脑组织表达量最高,在垂体和胃中表达量次之。在饥饿再投喂实验中,饥饿刺激了npy mRNA的表达,特别是饥饿21 d时,实验组垂体npy mRNA表达量显著高于对照组,再投喂7 d后恢复到对照组水平。上述结果表明,npy可能参与了黄条鰤的摄食调控,在饥饿代谢补偿机制中发挥了重要作用。 相似文献
11.
本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。 相似文献
12.
采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为两大支:三疣梭子蟹不同的单倍型先聚在一起,再和梭子蟹属的远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚为一支;而青蟹属的3种蟹先聚在一起,再和日本蟳聚为一支。而基于COI基因片段构建的系统树显示,梭子蟹属先与青蟹属的两种蟹聚为一支,然后再与日本蟳聚在一起。本研究共发现19种单倍型,我国会场群体与日本北海道群体、韩国东海岸群体均有共享单倍型,表明我国会场群体与国外两个野生群体的遗传背景相似。这些资料为我国三疣梭子蟹的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据。 相似文献
13.
The primary structures of myoglobin (Mb) from the following five carangid species were determined: yellowtail Seriola quinqueradiata, greater amberjack Seriola dumerili, yellowtail kingfish Seriola lalandi, Japanese horse mackerel Trachurus japonicus, and silver trevally Pseudocaranx dentex. The sequences were of varying composition both in the coding and in the noncoding regions, but all contained the open reading frame of 444 nucleotides encoding 147 amino acids. Amino acid sequence identities of carangid Mbs were in the range of 81-99%. The similarity of the heme pocket and associated heme-binding residues of carangid Mbs were evidence of the conservative nature of Mbs. Similar to the other teleost Mbs, carangid Mbs did not contain a D helix and had mostly conserved A and E helices as well as E-F and G-H inter-helical segments. Hydropathy profiles of carangid Mbs showed species-specific variations where silver trevally Mb exhibited generally higher hydrophobicity. Phylogenetic analysis based on the primary structures was in agreement with conventional morphological taxonomy, establishing close proximity of carangid Mbs with those of cichlid and scombroid, the other members of the Perciformes order. 相似文献
14.
对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。 相似文献
15.
3种白鲑线粒体细胞色素b和16S rRNA基因片段序列分析 总被引：6，自引：0，他引：6
对黑龙江水域的乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis)和由俄罗斯引种的贝加尔凹目白鲑(C.autumnalis migrato-rius)和高白鲑(C.peled)的线粒体细胞色素b(Cytb)和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了3种白鲑间的序列差异。在402 bp的Cytb基因片段中,3个乌苏里白鲑个体中出现了2种单倍型,种内个体间有2个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑的个体各出现1种单倍型;在577 bp的16S rRNA基因片段中,3个乌苏里白鲑个体出现了2种单倍型,种内个体间存在1个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑2个种的序列完全相同。研究结果表明,Cytb基因适用于白鲑的分子系统发育研究。基于Cytb基因片段序列,利用Kimura-2模型构建的NJ树表明:乌苏里白鲑与贝加尔凹目白鲑亲缘关系较近;乌苏里白鲑与贝加尔凹目白鲑和高白鲑的分歧时间分别约为62.5万年和152万年,在更新世。[中国水产科学,2007,14(1):8-14] 相似文献
16.
DNA条形码基因已经广泛应用在海洋贝类的分类鉴定、系统发育进化、种群遗传分析等领域的研究。为进一步研究评估不同DNA条形码基因在海洋贝类鉴定中的作用,本研究利用从Gen Bank数据库随机下载的帘蛤目COI、16S r RNA、18S r RNA和28S r RNA基因序列,通过传统距离法和单系聚类法结合分析,比较了上述DNA条形码基因在鉴定物种及系统发育进化中的鉴定效率,并以本实验室已获得的部分贝类DNA序列进行了验证。结果表明,根据"10倍法则"和"2%"阈值标准,本研究中COI能够鉴定57.1%物种,16S r RNA能够鉴定60.9%,18S r RNA鉴定16.7%,而28S r RNA无法有效鉴定;多数种COI和16S r RNA基因序列的种间遗传距离和种内遗传距离存在"条形码间隙",而18S r RNA和28S r RNA序列的种间和种内的遗传距离存在显著重叠,没有明显"条形码间隙";聚类分析结果表明,基于COI基因序列,87.9%的个体与同种聚为单系,以16S r RNA序列,65.6%的个体与同种聚为单系,未聚成单系的个体则形成姐妹系,未出现不同种聚为单系现象,能够呈现与形态分类基本一致的系统发生关系;但18S r RNA和28S r RNA呈现的聚类关系相对混乱。相对而言,在鉴定帘蛤目物种时,COI和16S r RNA都能够作为条形码基因,且COI有效性更高,18S r RNA和28S r RNA基因由于种内变异较大,不适于作为条码基因。研究结果为科学选用DNA条形码基因进行帘蛤目贝类的鉴定提供了参考资料。 相似文献
17.
中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究 总被引：2，自引：2，他引：0
以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。 相似文献
18.
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在16S rRNA基因上下游保守区域设计一对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实该片段包含了卵形鲳鲹线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个体分别测序后比对,发现卵形鲳鲹16S rRNA基因在钦州湾种群个体间存在至少7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹和鲹科其它物种的16S rRNA序列进行比,根据比对结果构建的鲳鲹科各物种的系统进化树,支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,鰤亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹亚科)的分类系统。综上所述,16S rRNA基因既可用于卵形鲳鲹种群遗传多样性分析,又适用于鲹科鱼类的系统进化分析。 相似文献
19.
裂腹鱼类(Schizothoracids)分布有复杂的水系格局, 在形态学鉴定时有些鱼种容易混淆。线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基 I(CO I)基因是动物学研究中常用的物种分子条形码, 分析 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 作为分子标记的有效性, 可以加深理解和认识前人用这些数据所做的研究工作, 也为今后更合理地使用这些数据提供参考依据。本研究对 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 基因的分子标记有效性进行分析评估, 通过同源性比对、参考序列间遗传分歧的估算和系统发育关系重建等方法, 判断 GenBank 数据库中裂腹鱼类 CO I 基因序列的同源性、序列所属鱼种鉴定的准确性, 以及序列信息对系统发育关系的解析力。通过对下载的 1431 条序列进行多重比对发现, 有 3 条序列与其他序列存在显著差异, 同源性存疑, 数据信息经 BLAST 相似性搜索和核查确认为, 以 CO I 基因的互补链形式提交的序列, 比对前应先进行互补链转换。全部序列的比对结果显示, GenBank 数据库中裂腹鱼类的 CO I 基因片段序列均为该基因近 5?端至中部的序列。权衡序列的数量和长度后, 舍弃较短的 35 条序列, 保留长度为 527 bp 的 1396 条序列进行分析, 结果共定义了 228 个单倍型, 在有多条序列的鱼种中, 普遍存在种内共享单倍型, 还有 41 个单倍型为种间共享。裂腹鱼类 CO I 单倍型的平均 p-距离为 9.5%, 与鱼类的属级水平相当, 原始、 特化和高度特化类群各自的平均 p-距离值更低, 体现近期辐射演化的特征, 可能与它们随着青藏高原演化成种的历史较短有关。GenBank 中一些裂腹鱼类 CO I 基因序列的鱼种鉴定存在错误, 在使用时应先与参考序列对比, 或从系统发育分析的角度做出判断。总体来看, CO I 基因序列能够有力解析裂腹鱼类各演化等级裂腹鱼类之间的亲缘关系, 可用于分类和演化的初步分析。结合形态学、生态学、线粒体和核基因的多样性及系统发育关系等进行综合分析, 将有助于更准确地界定裂腹鱼种类, 同时也为深入探讨杂交和成种过程等问题奠定基础。 相似文献
20.
Distribution of marine birnavirus in cultured marine fish species from Kagawa Prefecture, Japan 总被引：1，自引：0，他引：1
To determine the distribution of marine birnavirus (MABV) in cultured populations of different marine fish species, 1291 pooled tissue samples from 2672 fish belonging to 22 species and one hybrid were collected from Kagawa Prefecture, Japan, during 1999-2001. Using cell-culture MABV was isolated from three species: yellowtail, Seriola quinqueradiata Temminck & Schlegel (positive number/sample number, 10/419), amberjack, S. dumerili (Risso) (4/72), and Japanese flounder, Paralichthys olivaceus (Temminck & Schlegel) (41/481). Using PCR on MABV-negative samples, the MABV genome was detected in the same three species [yellowtail (9/409), amberjack (4/68) and Japanese flounder (93/440)] and two additional species, spotted halibut, Verasper variegatus (Temminck & Schlegel) (5/11), and goldstriped amberjack, S. lalandi Valenciennes (1/5). These MABV-positive species can be taxonomically divided into two groups: the genus Seriola and flatfish. In Japanese flounder, MABV was detected during all seasons, and the infection rate was correlated with water temperature. Aquaculture sites with MABV-positive fish were evenly distributed over the surveyed area, suggesting that MABV is widely distributed at aquaculture sites in Kagawa Prefecture. The nucleotide sequence at the variable region, the VP2/NS junction, revealed that the 39th base mutation occurs host-specifically for flatfish. Flatfish are suspected to be the main reservoir of MABV and might be responsible for establishing the infection cycle in aquaculture environments. 相似文献