共查询到20条相似文献，搜索用时 765 毫秒
1.
为了解广西地区血清4型禽腺病毒（FAdV-4）的基因特征,本研究对实验室前期分离的一株FAdV-4（命名为GX2019-010）进行了全基因组测序,对所获核苷酸序列进行同源性比对和遗传进化分析,并进一步分析了主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列。结果显示,GX2019-010全长43 719 bp,GC含量为54.9%,主要包括43个潜在蛋白质编码区域。核苷酸序列同源性比对发现,GX2019-010与致病株MX-SHP95的同源性为95.8%,与非致病株ON1和KR5同源性分别为95.0%和95.2%。遗传进化分析显示,GX2019-010与中国FAdV-4近几年的流行毒株在同一分支,而与国外FAdV-4毒株不在同一分支,说明FAdV-4存在遗传差异,主要的差异存在于基因组的右端,国内分离株均出现1 966 bp的缺失,其中包括ORF19、ORF48和ORF27基因的缺失,说明中国流行的FAdV-4具有地域性。对主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列分析发现,3个主要结构蛋白均有氨基酸位点的突变,其中Fiber-2的突变位点最多。本研究丰富了广西地区FAdV-4的基因库,为今后心包积液-肝炎综合征（HHS）的防控及流行病学调查研究提供了参考依据。 相似文献
2.
In order to understand the genetic evolution of Penton protein of fowl adenovirus(FAdV),the specific primers of Penton were designed on the basis of published sequences of different genotypes on GenBank.Then Penton gene of 12 serotypes were amplified by PCR and constructed into pEASY-Blunt Simple Cloning Vector for sequencing.The nucleotide sequences of Penton protein of 12 serotypes were analyzed and compared with the nucleotide sequences of standard strains published on NCBI by ClustalW method to draw a genetic phylogenetic tree.The results showed that the nucleotide sequences of Penton protein of 12 serotypes had more than 99.2% homology with their respective standard strain,among which the homology of FAdV-1,FAdV-2,FAdV-3,FAdV-4,FAdV-6,FAdV-7,FAdV-8a,FAdV-8b,FAdV-10 and FAdV-11 were as high as 100%.This further confirmed the consistency between the laboratory preserved strains and the world standard strains.However,although Penton protein was highly conserved,there were still significant differences among different species.The nucleotide homology between FAdV-A1 and other species was 70.6%-73.3%,while that of FAdV-B5 was 70.6%-77.9%.The nucleotide homology between FAdV-C strains of different serotypes was 99.6%,while homology between FAdV-C4 and other species was 71.2%-73.4%.The nucleotide homology between FAdV-D strains of different serotypes was 95.6%-98.7%,while the highest homology between FAdV-D and other species was 85.3%.The nucleotide homology between FAdV-E strains of different serotypes was 98.2%-99.4%,while the highest homology between FAdV-E and other species was 85.3%.In conclusion,the homology difference between strains of the same species was small,and that of different species was significant.FAdV could be divided into A,B,C,D and E species according to nucleotide sequence of Penton protein.This study successfully cloned 12 serotypes Penton gene of FAdV and performed genetic evolution analysis,which laid the foundation for the diagnosis,monitoring and identification of FAdV in the future. 相似文献
3.
为了解鸡腺病毒（fowl adenovirus,FAdV）Penton基因的遗传进化规律,试验根据GenBank中已公布的各基因型序列设计特异性引物,通过PCR技术分别扩增12个血清型毒株的Penton基因,连接至pEASY-Blunt Simple Cloning Vector上进行序列测定,并将12个血清型毒株Penton蛋白的核苷酸序列与NCBI上已公布的标准毒株的核苷酸序列使用ClustalW法进行分析比对,绘制遗传进化树。结果显示,12种血清型Penton蛋白核苷酸序列与各血清型标准毒株同源性均在99.2%以上,其中FAdV-1、FAdV-2、FAdV-3、FAdV-4、FAdV-6、FAdV-7、FAdV-8a、FAdV-8b、FAdV-10、FAdV-11与对应标准株同源性高达100%,这进一步证实了实验室保存毒株与世界相应标准毒株的一致性。Penton蛋白虽然保守性较高,但不同种之间仍存在明显差异。FAdV-A1与其他种毒株同源性为70.6%~73.3%;FAdV-B5与其他种毒株同源性为70.6%~77.9%;FAdV-C同种不同血清型之间核苷酸同源性为99.6%,FAdV-C4与其他种之间同源性71.2%~73.4%;FAdV-D同种不同血清型之间核苷酸同源性为95.6%~98.7%,与其他种之间最高为85.3%;FAdV-E同种不同血清型之间核苷酸同源性为98.2%~99.4%,不同种间最高为85.3%。即相同种毒株之间差异较小,不同种毒株之间差异较大。依据Penton蛋白的核苷酸序列同样可以将FAdV分为A、B、C、D、E 5个种。本研究通过成功克隆FAdV 12种血清型Penton基因,并进行遗传进化分析,为今后对FAdV诊断、监测及毒株鉴定提供了参考。 相似文献
4.
【目的】分析云南省家禽及野鸟禽腺病毒4型(Fowl adenovirus-4,FAdV-4)流行情况、Hexon基因差异性及致病性,为研究FAdV-4流行及Hexon基因对病毒毒力的影响提供参考。【方法】2020年1月―2021年6月在云南省昆明市、曲靖市、楚雄州、大理州、红河州、玉溪市等家禽养殖密集区采集疑似感染FAdV-4家禽肝脏组织样品158份,候鸟迁徙地采集野鸟新鲜粪便310份,采用PCR技术检测FAdV-4核酸,对获得的代表性阳性样品进行病原分离鉴定,并对分离毒株进行致病性及Hexon基因序列分析。【结果】家禽肝脏组织样品中检出FAdV-4核酸阳性样品19份,阳性率为12.03%(19/158);黑颈鹤粪便样品中检出核酸阳性样品1份,阳性率为0.3%(1/310)。从FAdV-4核酸阳性样品中分离到7株FAdV-4,致病性研究结果显示,FAdV-4云南分离株均能致鸡胚发育不良,引起4周龄肉鸡发生心包积液-肝炎综合征,鸡胚半数致死量(ELD50)为10―6.17~10―4.32/mL。7株分离株均聚类于FAdV-C亚群,Hexon蛋白与国内FAdV-4高致病性毒株具有相同的188R、193R、195Q特征。分离株感染SPF鸡后,临床症状明显,具有高致病性且高致死率,肝细胞病变明显。【结论】研究初步掌握了云南FAdV-4的流行情况,首次在黑颈鹤粪便中检测到FAdV-4病原核酸,分离获得7株FAdV-4,部分毒株Hexon蛋白存在氨基酸突变。 相似文献
5.
为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。 相似文献
6.
为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在湖南省地方猪保种场的感染情况,本研究在2019－2020年间从湖南省2个地方猪保种场采集287份全血样品。首先将血样混合成41份,采用RT-PCR或PCR法进行PRRSV病原检测,进一步通过高保真PCR扩增从PRRSV阳性样品中扩增PRRSV ORF5基因;测序后利用DNAStar软件分析获得的ORF5基因及其编码的GP5氨基酸与国内外不同PRRSV毒株的遗传进化关系;最后用PRRSV阳性血清接种Marc-145细胞,经盲传分离毒株,并用Reed-Muench法测定病毒滴度。结果显示,检测的41份混样中有3份PRRSV病原核酸呈阳性;从PRRSV阳性混样中单独扩增获得6条PRRSV ORF5基因序列,均属于PRRSV-2型的lineage 8分支,相似性为99.2%~99.8%;6条ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸序列在信号肽区域（第23位）、潜在的N-糖基化位点（第33位）和表位C （第59位）存在差异;PRRSV阳性血清接种Marc-145细胞盲传5代后出现明显的细胞病变,获得1株PRRSV毒株,命名为NX-1,病毒TCID50为4×105/mL。本研究表明,湖南省地方猪保种场存在PRRSV感染,感染的PRRSV属于PRRSV-2型的lineage 8,其GP5氨基酸序列存在的多处变异可能是造成疫苗免疫失败的原因之一,以上结果可为湖南省地方猪保种场的免疫防控提供一定参考。 相似文献
7.
【目的】研究鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)广西毒株分子遗传特征,以期了解、掌握DTMUV广西毒株流行新特点,为及时调整、制定有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2019-2021年广西各地的鸭组织病料,采用已建立的实时荧光定量RT-PCR方法检测DTMUV,根据毒株检测年限和来源地选取部分阳性样品进行DTMUV全序列扩增及测序,并进行序列相似性、重要蛋白关键氨基酸位点、系统发育、全序列重组及遗传进化速率分析。【结果】共获得8株DTMUV全序列,基因组全长为10 992 bp,为广西毒株。广西毒株之间开放阅读框(ORF)及E、NS5基因的核苷酸序列相似性分别为97.9%~99.8%、97.0%~99.9%和97.8%~99.9%,氨基酸序列相似性分别为99.1%~99.9%、99.0%~100%和99.3%~99.9%;与国内外参考毒株的核苷酸序列相似性分别为86.4%~99.3%、85.8%~99.5%和87.1%~99.2%,氨基酸序列相似性分别为96.0%~99.8%、94.8%~100%和97.5%~99.9%,且与水禽源TMUV相似性高于其他宿主源。与疫苗株FX2010相比,DTMUV广西毒株E蛋白共有11个氨基酸位点发生变异,其中第43、150、153、326、403、464及487位为广西毒株独特的氨基酸突变。ORF遗传进化分析结果显示,广西毒株均分布于2.1亚群,而源自广西的GX2011和GX2015株隶属于2.2亚群,表明DTMUV广西流行毒株进化趋势不完全一致;E、NS5基因系统发育趋势与ORF相似。重组分析结果表明,GXBH01-2019、GXZS02-2020、ziYY150901及HB2016株检测有重组信号。E、NS5基因的遗传进化速率估算分别为1.31×10-3和1.30×10-3替换/(位点·年),表明二者进化较为同步。【结论】当前DTMUV广西流行毒株表现为与主要流行毒株亲缘性较近,E蛋白发生特有氨基酸突变,进化趋势不一致,存在重组现象等分子特征,结果为制定有效防控措施提供了基础数据。 相似文献
8.
目的验证购自中国兽医微生物菌种保藏管理中心（China Veterinary Culture Collection Center,CVCC）的4株禽腺病毒（FAdV-1 AV208、FAdV-4 AV211、FAdV-8 AV215、FAdV-11 AV218）的血清型。方法采用PCR的方法对4株FAdV hexon基因片段进行特异性扩增、克隆与测序,并与GenBank上公布的FAdV各血清型进行亲缘性分析。结果hexon基因片段核苷酸及其编码Hexon蛋白氨基酸亲源性分析结果表明,FAdV-1 AV208为禽腺病毒A血清1型;FAdV-4 AV211为禽腺病毒C中的血清4型;FAdV-8 AV215为禽腺病毒E中的血清8b型;FAdV-11 AV218为禽腺病毒C中的血清10型。结论FAdV-1 AV208、FAdV-4 AV211的血清型与CVCC标注一致;FAdV-8 AV215为FAdV-8b,相比CVCC该研究进一步细化了其血清型;而FAdV-11 AV218为FAdV-10,与CVCC标注的血清型不一致。该研究为今后正确使用CVCC标准毒株FAdV-8 AV215、FAdV-11 AV218提供了参考。 相似文献
9.
【目的】 研究针对新城疫病毒(Newcastle disease virus, NDV)和禽腺病毒(Fowl adenovirus, FAdV)的耐热基因工程疫苗。【方法】 利用反向遗传学操作技术将NDV耐热株的HN基因替换到LaSota疫苗株上, 再将禽腺病毒血清4型(Fowl adenovirus serotype 4, FAdV-4)的Fiber2基因插入到其基因组上, 构建表达Fiber2蛋白的重组耐热NDV质粒pTS-HN-Fiber2。通过病毒拯救技术拯救重组NDV rTS-HN-Fiber2, 并测定其生物学特性和作为疫苗候选株的免疫原性和攻毒保护性。【结果】 rTS-HN-Fiber2的鸡胚平均致死时间>168 h, 且脑内接种致病指数为0, 属于弱毒的范畴; 在细胞上的生长曲线结果表明, rTS-HN-Fiber2与亲本LaSota株有相似的生长曲线, 但最终的生长滴度略低于LaSota株; rTS-HN-Fiber2在56 ℃处理15 min后, 病毒滴度下降约103 TCID50/mL, 而LaSota株56 ℃处理5 min几乎无感染性; 间接免疫荧光试验结果表明, rTS-HN-Fiber2能表达Fiber2蛋白。免疫和攻毒试验结果显示, rTS-HN-Fiber2能产生NDV抗体, 且能显著提高雏鸡在FAdV-4强毒下的存活率, 减轻FAdV-4强毒引起的组织病变, 降低组织中的病毒载量。【结论】 本研究成功构建了表达FAdV-4 Fiber2蛋白的重组耐热NDV, 该病毒保持了亲本LaSota株的弱毒生物学特性, 但热稳定性有显著提升; 重组NDV免疫雏鸡可产生针对NDV和FAdV-4强毒的保护, 该重组NDV可作为开发针对FAdV-4和NDV二联基因工程疫苗的候选病毒株。 相似文献
10.
为了解牛乳头瘤病毒1型（bovine papillomavirus genotype 1,BPV-1）广西GX01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,同时了解该毒株引起宿主产生的病理组织学变化情况,本研究选取广西贺州市患病牛皮肤肿瘤样物制作石蜡切片后镜检观察,提取病料DNA,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR扩增以确定此病毒的基因型,根据GenBank中BPV参考株设计嵌套引物,对GX01株进行全基因组扩增、克隆测序及序列分析。病理组织学检查结果显示,可在病变部位发现表皮细胞增生、肿胀,角质过度及挖空细胞等乳头瘤病毒感染的特征性病变。序列分析结果表明,GX01株为BPV-1,其全基因组长为7 945 bp,包含E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1、L2 8个开放阅读框,符合BPV-1型基因组的结构特征;GX01与BPV-1参考株全基因组核苷酸序列同源性为98.6%~99.6%,与BPV-2型参考株（M20219.1）、BPV-13型参考株（JQ798171.1）同源性分别为86.9%和87.2%。GX01株为广西地区首次经检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。本研究为广西地区乃至全国的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律、遗传变异、疫源追溯及科学防控提供了基础数据。 相似文献
11.
为了解禽腺病毒血清4型(FAdV-4)地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株(GZ-BJ株和GZ-QL株)的全基因序列,长度分别为43352、43723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF(22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42),二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。 相似文献
12.
为了解禽腺病毒血清4型（FAdV-4）地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株（GZ-BJ株和GZ-QL株）的全基因序列,长度分别为43 352、43 723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF（22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42）,二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。 相似文献
13.
血清4型禽腺病毒W株的分离鉴定和全基因组序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解血清4型禽腺病毒（fowl adenovirus genotype 4,FAdV-4） W株全基因序列、结构特征及遗传变异情况,本试验采集发病鸡肝脏和肾脏进行PCR鉴定、SPF鸡胚和鸡胚肝细胞分离、电镜观察证明该病毒为FAdV-4,TCID50为10-7.2/0.1 mL;电镜观察可见70 nm左右的二十面体无囊膜病毒颗粒;经绒毛尿囊膜途径接种10日龄SPF鸡胚后能明显抑制鸡胚发育出现侏儒胚,接种10 d内死亡率达100%;进一步对W株进行全基因组扩增及序列分析。病毒序列分析结果显示,其全基因组长为43 591 bp,共有60个开放阅读框,W株与GenBank中公布的FAdV-4参考毒株全基因组核苷酸序列同源性为98.4%~100%,其中与标准株非致病性毒株ON1（登录号：GU188428.1）的同源性为98.4%,主要缺失ORF19（脂肪酶基因）和ORF27;通过对病毒主要结构蛋白Hexon、Fiber-1和Fiber-2基因分析发现,W株与近几年国内分离株亲缘关系较近,与ON1株及其他国外分离株差异较大。综上说明,该分离株具有高致病性,与国外分离株存在较大差异,为进一步分析FAdV-4的毒力增强机制提供了基础依据。 相似文献
14.
FENG Xu-fang ZHOU Bi-jun ZHANG Shuang-xiang WANG Yue-zhang WEN Ming CHENG Zhen-tao MAO Li-hong WANG Kai-gong 《中国畜牧兽医》2016,43(2):356-362
To study the genetic variations of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) ORF3 and M gene in Guizhou province,we used RT-PCR method to detect PEDV in the dung what collected from diarheal porket in five regions of Guizhou province between April 2014 to March 2015,then selected eight positive samples,cloned and sequenced their ORF3 and M gene.The results showed that 75 samples were positive for PEDV,and the positive rate was 71.43%.The result of sequencing showed that ORF3 and M gene were intact;ORF3 gene shared from 95.1% to 100.0% nucleotide identity and 95.1% to 99.6% amino acid identity,and M gene shared from 98.4% to 100.0% nucleotide identity and 98.7% to 100.0% amino acid identity with eight PEDV Guizhou strains.Phylogenetic analysis revealed that Guizhou strains seem to be closely related to Chinese strains,Korean strains and Thai strains,and there were genetically different from the vaccine strains attenuated DR13 and CV777.The results suggested that in rencent years the mainly etiology of orket diarrhea was velogenic PEDV. 相似文献
15.
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月－2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增其ORF3及M基因,测序并进行序列比对分析.结果显示,从采集的105份粪便样本中可检出75份PEDV阳性样本,阳性率为71.43%;8株PEDV贵州株ORF3及M基因序列均无碱基缺失或插入;ORF3基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在95.1%~100.0%与95.1%~99.6%之间,M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.4%~100.0%与98.7%~100.0%之间;氨基酸系统进化树分析结果显示,2014~2015年贵州流行株与近年来中国毒株、韩国毒株及泰国毒株亲缘关系较近,与疫苗株Attenuated DR13及CV777株亲缘关系较远.提示目前贵州省仔猪腹泻病原主要是PEDV,且为PEDV强毒株. 相似文献
16.
10株新城疫病毒广西分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析 总被引：4，自引：2，他引：4
根据基因库(GenBank)新城疫病毒(NDV)的HN基因序列设计了2对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000~2003年暴发新城疫的鸡群中分离的10株NDV毒株的HN基因进行了扩增,扩增产物克隆并测序,拼接出10个NDV广西分离株的HN基因全序列,其序列全长均为1 713 bp,编码571个氨基酸,均有13个半胱氨酸残基。其中GX8/03有6个糖基化位点,而GX2/00、GX6/02、GX7/02和GX5/00有5个糖基化位点,GX1/00、GX3/00、GX4/00和GX9/03有4个糖基化位点。除GX5/00和GX10/03分离株外,其他8个NDV分离株在HN基因抗原位点Ⅰ发生变异,即347位由谷氨酸(E)被甘氨酸(G)替代,GX8/03分离株在HN基因抗原位点Ⅱ的495位由赖氨酸(K)替代谷氨酸(E)。与11株已发表的NDV HN基因全序列相比较,其核苷酸同源性在79.6%~97.9%之间,推导的氨基酸同源性在87.2%~98.1%之间。 相似文献
17.
为建立和完善禽腺病毒(FAdV)标准毒株库,针对FAdV不同种的纤突(Fiber)和六邻体(Hexon)序列设计引物,对中国兽医药品监察所保藏的FAdV 12个血清型代表毒株进行PCR扩增和遗传进化分析,完成了对毒株的分型鉴定,再结合同种不同血清型病毒Hexon序列上酶切位点的特征,用酶切法验证了毒株不存在同种中不同血清型之间的交叉污染。试验结合遗传进化分析和酶切法对FAdV 12个血清型毒株进行了系统分型鉴定,明确其遗传背景、血清型信息及纯净性,建立了系统完整的FAdV代表毒株毒种库,为FAdV鉴定及相关生物制品的研发和评价奠定了物质基础。 相似文献
18.
19.
广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。 相似文献
20.
【目的】 了解中国西南部分地区流行的猪流行性腹泻病毒（PEDV）基因型及遗传变异规律。【方法】 对2020－2021年四川和云南不同地区来源的200份腹泻猪肛门拭子进行RT-PCR检测,对PEDV S和ORF3基因进行克隆测序,利用MegAlign软件进行变异性分析,采用Mega 7.0软件进行系统进化分析,采用RDP4软件进行基因重组分析。【结果】 在所有样本中PEDV总体阳性率为15.50%（31/200）,群体阳性率为100%（8/8）。检出的8株PEDV S基因和ORF3基因序列与已登录毒株相似性分别为90.5%~99.4%和92.9%~100%。对S基因的进化分析显示,8个PEDV流行株分布于G2a、G2b和G2c 3个亚群中。其中,四川SCWJSWUN02株与福建CH/FJXM/1/2012株遗传距离较近,云南YNKMSWUN01株与越南毒株单独聚为一支,表明当前西南地区PEDV的流行呈现出区域间传播的特征。与本地区近年流行毒株和常用疫苗株相比,其S蛋白氨基酸序列均存在不同程度的变异,但ORF3蛋白相对保守。部分毒株S蛋白存在连续氨基酸的插入或缺失,如在SCMYSWUN03株S蛋白59－62位氨基酸处发现4个氨基酸的缺失;在YNKMSWUN01株78－82位氨基酸处和84－88位氨基酸处分别有5个氨基酸插入和缺失。部分氨基酸突变位点存在于已鉴定的PEDV S蛋白受体结合中。此外,基因重组分析结果显示,SCMYSWUN03株可能发生了基因重组事件,概率为98.2%（P<0.01）。【结论】 本研究发现当前西南地区流行的PEDV毒株包括G2a、G2b和G2c 3个亚群,毒株基因型具有多样性,且不同毒株间的变异性较大,丰富了PEDV在四川和云南地区的分子流行病学调查资料,揭示了中国西南地区流行的8个PEDV毒株的分子遗传变异规律和进化特征,为本地区猪腹泻病防控措施的制定提供了理论依据。 相似文献