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1.
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658 bp核苷酸序列.62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53％、22.63％、27.30％、18.53％和58.83％,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似.通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析.AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P＜0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州湾群体与海洲湾群体之间的遗传分化系数最低.另外用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树,同时由NCBI下载同源序列,探讨了长臂虾亚科几个种的系统进化关系,用NJ法构建的系统树显示,脊尾白虾不同单倍型先与长臂虾属和小长臂虾属聚为一支,然后与沼虾属聚为一支. 相似文献
2.
利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类. 相似文献
3.
长臂虾科线粒体基因组特征分析及分子标记探讨 总被引：1，自引：0，他引：1
通过常规PCR和长PCR扩增获得脊尾白虾的线粒体DNA,采用鸟枪法测序、序列组装获得脊尾白虾的线粒体基因组全序列.结合罗氏沼虾和沼虾的线粒体基因组,分析了长臂虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因和基因变异程度等.与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,2个沼虾的线粒体基因组的基因排列完全一致;而脊尾白虾线粒体基因组却存在2个tRNA基因的易位.长臂虾科线粒体基因组主编码基因的变异特征分析揭示了coxl基因多态位点的比例最低,仅为25.5%;而3个基因(nad2、nad4和nad5)不仅多态位点的比例较高,而且基因的长度较长,从而拥有最丰富的多态位点.因此,nad2、nad4和nad5基因可以作为分子标记,用于分析长臂虾不同群体之间的遗传多样性,为长臂虾生物多样性的保护及合理利用其生物资源提供更多保障. 相似文献
4.
5.
中国、日本和澳大利亚珍珠贝的ITS 2序列特征分析 总被引：10，自引：4，他引：10
对中国、日本和澳大利亚的珍珠贝核糖体DNA第二内部转录间隔子(ITS2)的序列特征进行了分析。PCR扩增产物包括5.8S基因部分序列、ITS2基因和28S基因部分序列。去除引物序列后5.8S基因片段长64bp,ITS2长230～237bp,28S基因片段长249bp。共分析了16个基因型的序列特征,结果表明,5.8S和28S基因片段高度保守,仅28S有1个碱基位点突变;而ITS2变异大,237个比对位点中有20个位点发生突变,其中12个位点为缺失/插入突变,4个简约信息位点。在碱基组成中,5.8S和28S的GC含量(58.1%～59.4%)高于AT含量,也高于ITS2的GC含量(51.3%～52.0%),ITS2的GC含量与AT含量相差不大。碱基组成中5.8S的A碱基含量较低,28S的T碱基含量较低,存在较大的碱基偏倚性。3个地理群体内和群体间的遗传距离都很小(0.010～0.013),且相互重叠。从基因型数据看,3个群体既有各自独立的基因型,也有共享基因型。但从序列的碱基变异数据看,3个群体没有各自独有的突变位点。上述结果表明,3个地理群体既具有丰富的遗传多样性,又具有高度的遗传一致性,即亲缘关系近,可能存在基因交流,或者分化时间不长。丰富的遗传多样性有利于合浦珠母贝的遗传选育。 相似文献
6.
脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作为我国沿海特有经济虾类之一, 具有繁殖能力强、环境适应能力强、 生长周期快等生物学优点。为探究我国沿海脊尾白虾不同地理群体的遗传变异状况, 采用 PCR 产物纯化测序方法, 分别测定了两个空间序列, 包括小尺度序列(浙北、浙中、浙南)和大尺度序列[渤海、黄海、东海(浙江)、东海(福建)及南海], 共 7 个野生群体总计 210 个脊尾白虾样品的 CO I 和 16S rRNA 基因序列。获得了长度为 515 bp 的 CO I 基因序列, 其 A+T 含量为 58.65%; 获得了长度为 520 bp 的 16S rRNA 基因序列, 其 A+T 含量为 62.02%。CO I 与 16S rRNA 基因序列分析结果一致, 黄海群体的遗传多样性最高, 南海群体的遗传多样性最低。AMOVA 结果分析也一致, 群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异。两个基因序列分析的不同在于: CO I 基因序列分析共检测到有 63 个变异位点, 单倍型多样性(Hd)为 0.353~0.809, 核苷酸多样性 Pi 为 0.00140~0.00497; 16S rRNA 基因序列分析共检测到有 41 个变异位点, 单倍型多样性(Hd)为 0.265~0.801, 核苷酸多样性(Pi)为 0.00102~0.00403。结论认为, CO I 基因的变异更大, 可以分辨更小尺度空间序列上的样本间的遗传差异。本研究结果可为脊尾白虾种质资源保护提供基础数据。 相似文献
7.
随机选取莱州湾、海洲湾和象山湾3个采样地点各75只共计225只脊尾白虾对其11项形态性状进行测量.采用相关分析和通径分析的方法,计算以形态性状为自变量对体重做依变量的相关系数、通径系数、决定系数及相关指数,定量的分析形态性状对体重的影响效果.结果表明,脊尾白虾的10个形态性状与体重的相关系数达到极显著水平(P＜0.01).全长、体长、头胸甲长、尾节长、头胸甲高、头胸甲宽、腹节1宽对体重的通经系数达到了显著水平,是直接影响体重的重要指标.所选形态性状与体重的复相关指数为R2 =0.931,则表明其为影响体重的主要自变量指标;多元回归分析建立全长X1、体长X2、头胸甲长X3、尾节长X5、头胸甲高X6、头胸甲宽X7、腹节1宽X9对体重Y的回归方程∶Y=0.007X1+0.043X2+0.044X3+0.044X5+0.073X6+0.111X7+0.057X9-3.838. 相似文献
8.
为比较不同地理群体脊尾白虾亲本的繁殖特性,采用常规生物学和统计回归分析方法,对大丰、如东、启东、奉贤、宁海等不同地理群体的脊尾白虾亲本进行了比较研究。结果显示：不同地理群体脊尾白虾繁殖亲本的总性比(♀/♂)均小于1,不同群体之间差异不显著(P>0.05);各群体脊尾白虾抱卵个体的绝对繁殖力为1 699.10～2 733.72粒,个体体长相对繁殖力为275.93～404.36粒/cm,个体体质量相对繁殖力为455.31～596.26粒/g,不同群体之间存在显著性差异(P<0.05);不同地理群体脊尾白虾繁殖亲本的绝对繁殖力F与体长L、体质量W均存在着显著正相关(P<0.05)。研究结果表明,不同地理群体脊尾白虾的繁殖特性已出现分化或分化的趋势。 相似文献
9.
长臂虾亚科9个种系统发育关系的16S rDNA序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
分析了日本沼虾(Macrobrachium nipponense)线粒体基因16S rDNA部分序列,并将其与GenBank中的相关4属8个种的16S rDNA序列进行了同源性比对,探讨其系统发育关系。结果显示,在分析的442个比对位点中,变异位点188个,简约信息位点125个,碱基转换与颠换值比为1.134。以鼓虾(Alpheus cylindricus)为外群,分别用MP法、NJ法及ML法构建的长臂虾亚科4属的系统发育关系分支图显示:白虾属(Exopalaemon)首先与长臂虾属(Palaemon)以及小长臂虾属(Palaemonetes)聚在一起,然后与沼虾属(Macrobrachium)聚为一支;长臂虾属和小长臂虾属出现4个种混合相聚的现象;属间结点置信值以及聚集情况稳定。 相似文献
10.
《水产科学》2021,(3)
基于mtDNA全序列设计109对引物,利用高分辨率溶解曲线技术,对采自江苏省连云港和南通吕四港沿海地区养殖池塘中平均体长(5.23±0.33) cm的脊尾白虾潜在的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查,以获得脊尾白虾线粒体基因组(mtDNA)上的SNP位点。结果显示,在109对引物中,有80对引物具有特异性扩增结果;高分辨率熔解曲线(HRM)检测分析表明,80对引物中有9对引物的扩增产物中含有SNP位点,共包含16个SNP位点。统计结果显示,脊尾白虾线粒体基因组中的SNP位点均为单倍型,分布频率为0.10/100 bp,其中转换突变(G/A和C/T)占全部SNP位点的87.5%,颠换突变(A/T)占12.5%,未出现插入、缺失等突变形式;定位分析发现,获得的16个SNP位点分布在脊尾白虾mtDNA的COX1、cob、COX2、tRNA~(Asp)、nad1、nad4、nad5 7个区域,在COX1基因区域中SNP位点最多,有5个SNP位点,其次是在cob区域中有3个SNP位点;进一步比对SNP位点编码的对应氨基酸,结果显示同义SNP位点占总个数的43.7%,而非同义SNP位点相对较多,占56.3%,可能会导致蛋白质的性质和功能发生变化。本研究筛查出的SNP位点,将为进一步开展脊尾白虾的系谱鉴定和遗传多样性分析等工作提供帮助。 相似文献
11.
为确定2018年冬季以来江苏省沿海地区养殖脊尾白虾患“僵尸病”的病原及流行病学特点，实验采用LB培养基和PDA培养基从病虾血淋巴中分离得到直径为1~3 mm、边缘整齐、米黄色隆起菌落；人工回感实验结果显示，回感后的脊尾白虾表现出与自然患病脊尾白虾相同的症状，并在回感脊尾白虾体内也分离出了相同的菌株，符合科赫氏法则。对该菌株进行形态观察结合18S rRNA序列对比及系统发育分析，发现分离菌株MQ2101具有酵母的典型形态，且与二尖梅奇酵母相似度达99.82%，结果表明菌株MQ2101为二尖梅奇酵母。致病性结果初步分析显示，MQ2101对脊尾白虾的半致死浓度 (LD50)为1.39×107 CFU/尾。病理学观察发现，患病脊尾白虾鳃、肌肉和肝胰腺均发生不同程度的病变，其中肝胰腺病变最为严重，肝小管呈现空泡化，管腔体积变大；在鳃和肝胰腺组织中均存在大量定殖的菌体。流行病学调查结果显示，每年2—5月发病迅速，发病率为5%~30%，死亡率为3%~10%。本研究确定了二尖梅奇酵母为江苏沿海地区脊尾白虾“僵尸病”的病原，其对脊尾白虾具有较强致病性，主要侵染组织为肝胰腺和鳃。以上研究结果为脊尾白虾“僵尸病”的防控提供了相关科学依据。 相似文献
12.
5科11种鱼类ITS1特征分析及其在系统分类研究中的适用性 总被引：3，自引：0，他引：3
为了探讨ITS1作为分子标记用于鱼类系统演化的适用性,实验选取鲈形目5科11种鱼类为研究对象,包括尖吻鲈科、射水鱼科、军曹鱼科、剑鱼科和鲹科。通过克隆和测序等技术共获得了348条ITS1序列,长度范围为442~661 bp;通过对所有序列的长度、变异位点数量、GC含量、核苷酸多样性及单倍型多样性指数等遗传特征比较分析发现,11种鱼类ITS1序列无论是在种内还是在种间,长度和序列都表现出较为明显的多态性。特别是在军曹鱼中,70条克隆的长度范围为648~661 bp,但有一条序列存在55 bp缺失,结合该序列的GC含量,二级结构和最小自由能,推断该序列为假基因。以鮣为外类群,基于核糖体ITS1序列构建的邻接树显示在物种种类水平上,不同个体的克隆都按种类聚支,ITS1可以用于该类群物种的区分;在属级水平上,ITS1将11属鱼类完全区分开,能够用于属级水平的区分;在科级水平上,虽然鲹科分为2支的分子结果和形态分类存在差异,但ITS1构建的系统关系与线粒体分子标记构建的系统进化树相似。研究表明,核糖体ITS1可以作为一种有效的分子标记用于研究鱼类的系统分类研究,并且不同的分类阶元其解析能力不同,这将为鱼类核糖体的研究提供科学依据。 相似文献
13.
Zhigang Wu Junli Feng Jishuang Chen Shunhua Xu & Zhiyuan Dai 《Aquaculture Research》2009,40(11):1251-1259
The ribosomal DNA internally transcribed spacer 1 (ITS1) was investigated in the search for an appropriate genetic marker that was suitable for phylogenetic study and species identification of eight major exported shrimp species in southeast China. Using the selected primers, the amplified ITS1 sequences exhibited a high degree of length polymorphisms, ranging from 448 bp in Metapenaeopsis dalei to 1491 bp in Macrobrachium nipponense . Many microsatellite loci were found at the 5' end and in the middle region of ITS1, which seemed to be associated with intragenomic sequence variation among samples of the same species. This variation might obscure the phylogenetic relationship between some shrimp populations, but the separation of five Penaeus species was well supported. In combination with polymerase chain reaction-restriction fragment length polymerism methods analysis, ITS1 sequences from shrimp species belonging to different families and genera could also be easily discernable. The results suggested that ITS1 was highly variable among different shrimp groups and could be an appropriate marker for species identification and molecular systematic studies. 相似文献
14.
辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557~558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70±0.02)。利用GenBank数据库中已有的海马控制区同源序列,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了分子系统树。结果显示,采用最大似然法和贝叶斯法构建的分子系统树拓扑结构与邻接法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致,系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明,线粒体DNA控制区序列在海龙科不同阶元间变异较大,适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。 相似文献
15.
Changsheng Chen Chaotian Xie Dehua Ji Yan Liang Lingmin Zhao 《Aquaculture International》2010,18(6):1045-1060
To select a reliable and sensitive method for discriminating strains of Porphyra haitanensis, the nucleotide sequence of the internal transcribed spacer 1 to internal transcribed spacer 2 regions (ITS-5.8S) of nuclear
ribosomal DNA and the intergenic spacer region of RUBISCO were compared in five wild and five cultivated Porphyra haitanensis strains. Based on molecular analyses, sequences of ITS-5.8S (about 1,210 bp) could be divided into three regions: ITS1, 5.8S,
and ITS2. The ITS1 and ITS2 sequences of each strain differed, even between individuals collected from the same site. In contrast,
5.8S rDNA and RUBISCO spacer sequences were identical among the ten P. haitanensis strains, although differences were found among different Porphyra species. Phylogenetic analysis also supported these conclusions. These sequence features of highly conserved regions and
diversified regions that occurred repeatedly in ITS-5.8S could be useful in discriminating germplasm of P. haitanensis strains or Porphyra species. In contrast, the RUBISCO spacer is only suitable for identifying Porphyra species. New coupled primers were designed to amplify only the 5.8S rDNA and ITS2 region of Porphyra. The sequences of these amplified fragments can be readily used to identify germplasm or to perform phylogenetic analysis
of Porphyra spp. 相似文献
16.
Amani S.Y. Al-Zaidan Abrar Akbar Hussain Bahbahani Salim Y. Al-Mohanna Biju Kolattukudy Varun Balakrishna 《水产资源保护:海洋与淡水生态系统》2021,31(4):802-817
- To our knowledge, this is the first inclusive assessment of the status of Sparidae fisheries in the territorial waters of Kuwait, integrating information on catch trends, consumer preferences, recreational fishing behaviour, and molecular based identification of fish species by DNA barcoding
- Fisheries landing data were obtained from the official fisheries bulletin released by the Kuwait Central Statistical Bureau. Surveys were conducted to assess consumer preferences on seabream species, landed seabream species, and the behaviour of recreational anglers towards seabream species. DNA barcodes were generated to authenticate commercial seabream using the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COXI) gene and then compared with GenBank sequence entries; these sequences were then used to construct a neighbour-joining (NJ) phylogenetic tree.
- Yellowfin seabream Acanthopagrus latus was the prime and most favoured commercial seabream species (45%), followed by Sparidentex hasta, which was the top-rated secondary, unassessed seabream species. Approximately 54% of households conduct recreational fishing more than twice a month, and most (77%) primarily target S. hasta and Ac. latus. Consumer demand for secondary seabreams, which were not assessed and are listed in the bulletin under the category ‘others’, was evident.
- The NJ phylogenetic tree revealed that Arabian Gulf seabreams, including those of Kuwait, are genetically different from their counterparts inhabiting neighbouring waters.
- The data presented here highlight the urgency to modify the existing fisheries list using accurate identification tools, such as DNA barcoding, for the sustainable and conservation-oriented management of local fisheries, which are in decline.
17.
为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(Na)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(Ne)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(Ho)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(He)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) He与Ho的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(Fst)介... 相似文献
18.
长江刀鲚寄生的异钩铗虫分子鉴定及形态学研究 总被引：2，自引：2，他引：0
为了获知长江刀鲚寄生的异钩铗虫的分类学地位,采用光学、扫描电子显微镜和分子遗传扩增28S rRNA基因5’端部分序列相结合的方法,对长江刀鲚寄生的异钩铗虫进行种属鉴定和形态学研究。结果显示,后吸器与体前区分不明显,含有四对不对称的吸铗,其中一侧的前2个开放几丁质吸铗明显大于其余6个封闭的吸铗,虫体尾部带有二对端钩,卵两端具有较长的极丝。序列分析显示,林氏异钩铗虫与六棘异钩铗虫相似度为100%,邻接法构建分子进化树中处在同一分支。经形态及分子综合分析鉴定,此寄生虫为林氏异钩铗虫。 相似文献
19.
不同地理种群瓦氏马尾藻ITS序列特征及其系统进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究不同地理种群瓦氏马尾藻ITS的序列变异,实验采用PCR扩增和序列测定方法,获得了3个不同地理种群15株瓦氏马尾藻的ITS全长序列,并进行序列分析。结果显示,15个个体共出现4种不同的ITS序列,它们相应的ITS1、5.8S、ITS2长度相同,均为762、158和507 bp,共有3个位点发生碱基变异。结合从GenBank中下载的马尾藻科3个属24种马尾藻的ITS序列,以羊栖菜属的羊栖菜,喇叭藻属的拟小叶喇叭藻和下延喇叭藻作为3个外群,采用邻位相连法构建分子系统进化树,结果显示,瓦氏马尾藻的ITS序列优先聚在一起然后以较高的置信度与南海马尾藻和球囊马尾藻聚为一支,在系统发生上显示出更近的亲缘关系。在选取的马尾藻中瓦氏马尾藻与南海马尾藻遗传距离最近为0.004,与拟小叶喇叭藻遗传距离最远为0.422。 相似文献
20.
为探讨中国近海石首鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增和序列测定,获得了石首鱼类9属13个种类的RAG1基因序列。对序列变异进行分析,基于Kimura双参数法计算属间和种间的遗传距离,并结合GenBank中的同源序列,以攀鲈为外群构建分子系统进化树。将所得的分子数据与形态学分类进行比较,推论如下:(1) 中国近海石首鱼类分为两个类群。(2) 叫姑鱼亚科与石首鱼亚科以极高的置信度(90%)聚类,并处于系统进化树的基部,支持了形态学上二者是原始种类的分类观点。(3) 分子系统树显示黄姑鱼属比银姑鱼属更为原始,但二者在形态分类上归为一个亚科的观点有待进一步商榷。(4) 支持尖头黄鳍牙鱼或与银牙鱼或置于同一牙鱼或亚科的不同属的观点。(5) 支持了形态学上黄鱼亚科分化最晚的结论。 相似文献