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1.
《经济动物学报》2016,(3)
根据Gen Bank中狐白细胞介素-2(IL-2)基因序列(AJ621188),设计合成1对引物,以水貂脾脏组织RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增水貂IL-2基因。序列分析表明:水貂IL-2基因长468 bp,编码155个氨基酸,其中含21个氨基酸的信号肽和134个氨基酸的成熟多肽。IL-2蛋白分子质量为17.84 ku,等电点为4.65,含有4个与二硫键形成有关的半胱氨酸,1个糖基化位点,成熟肽含有3个α螺旋,5个β折叠区,9个β转角。同源性分析发现,水貂IL-2基因序列与Gen Ban K发表的21种IL-2基因核苷酸序列同源性为2.9%~88.5%,氨基酸序列同源性为5.2%~80.6%。水貂与Gene Bank中21种动物的IL-2基因序列分析和系统进化树分析表明,IL-2基因存在种属特异性。水貂IL-2基因的成功克隆,为进一步研究水貂IL-2基因生物学活性和应用奠定基础。 相似文献
2.
根据GenBank发表的序列,应用DNAstart分析软件设计并合成一对引物用于扩增水貂α干扰素（IFN-α）基因,从病死水貂的脾脏中提取总RNA,RT-PCR扩增水貂α干扰素基因,获得了约564bp片段,将其克隆到pEasy-T1载体中,进行序列分析,证实该基因是水貂α干扰素基因。将测序结果与GenBank发表的水貂的IFN-α基因序列进行比较,核苷酸序列同源性为94.3%～95.5%,氨基酸序列同源性为89.3%～91.4%。同时将核苷酸序列、氨基酸序列与其他几种犬科动物进行遗传进化分析,其同源性分别在78.1%～99.3%之间和69.4%～100.0%之间。 相似文献
3.
为了解山东地区水貂犬瘟热病毒(CDV)遗传变异特征,采集水貂养殖场的发病水貂病料,通过RT-PCR鉴定为CDV阳性,将阳性病料接种Vero/Dog SLAM细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光、电镜负染、测序等方法鉴定,得到4株犬瘟热病毒,分别命名为WD1株、WD2株、WX1株和WX2株。分离株H基因测序结果显示,WD1株、WD2株、WX1株均为Asia-Ⅰ型,其中WD1和WD2与近几年仅在水貂和狐狸养殖场流行的新犬瘟热毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.5%~99.2%和97%~99%;WX-1型与国内犬源HL001株的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.6%和99.5%;WX2与疫苗株同属于一个分支,与疫苗毒Lederle株核苷酸和氨基酸序列同源性高达99.5%和98.8%。结果表明,水貂养殖场存在多株犬瘟热病毒混合感染的情况,提醒养殖场应注意防控,该结果也为犬瘟热病毒分子流行病学积累了资料。 相似文献
4.
《动物医学进展》2015,(8)
流行病学调查表明,水貂阿留申病是严重危害水貂养殖业的3大疫病之首。迄今为止,尚未开发出能有效防控水貂阿留申病的疫苗。本试验根据GenBank上公布的不同水貂阿留申病毒(ADV)毒株的基因序列,设计并合成了12对引物,对吉林农业大学经济动物疾病实验室已分离和鉴定且具有致病性的5株水貂阿留申病毒野毒株进行全基因测序,并将测序结果与ADV参考毒株及细小病毒亚科各属代表种的全基因序列进行核苷酸序列分析及同源性比较。结果表明,所分离5株病毒基因组大小分别为4 537、4 539、4 562、4 572、4 569bp。同源性分析结果显示,分离的5株ADV毒株与欧美毒株ADV-G、ADVUtahl、ADV-SL3的核苷酸同源性最低为92.8%,最高为97.6%。通过DNA Star软件对5株ADV的VP2核苷酸推导的氨基酸序列分析可知,所分离的5个毒株中,有61个氨基酸发生突变。ADV-DL124和ADV-DL125与ADV-G株相同,在26-35位处缺失9个氨基酸,同时在36位缺失1个氨基酸(甘氨酸)。对这些改变位点的研究可为水貂阿留申病的致病机理及水貂阿留申病基因疫苗的构建积累资料。 相似文献
5.
根据已发表的犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)Onderstepoort株序列设计1对引物,RT-PCR法扩增出约1 000 bp的融合蛋白基因片段,通过T-A克隆技术,将PCR产物克隆至pMD18-T载体。序列分析表明CDV蓝狐分离株F蛋白基因片段由1 044 bp组成,编码348个氨基酸,与其它CDV25259株、2544-Han95株、A75-17株、DOGDK91C株、5804P株、ONP株、PDV-2株核苷酸序列同源性分别为94.5%、94.1%、94.7%、94.2%、94.2%、97.6%和94.9%;氨基酸序列的同源性分别为98.6%、97.1%、98.0%、98.0%、98.3%、97.7%和98.6%;与其它CDV毒株相比,蓝狐分离株存在核苷酸缺失突变(1 030位～1 038位)和氨基酸缺失突变(344位～348位)。 相似文献
6.
为了解我国水貂肠炎病毒(MEV)的流行情况,本研究采用F81细胞从疑似患有肠炎的水貂粪便样品中分离出一株病毒,经形态学、血清学、动物回归试验和分子生物学鉴定,分离的病毒为MEV,命名为LN-10。对该病毒主要结构蛋白VP2基因进行克隆测序和基因进化分析表明,LN-10分离株VP2基因与GenBank中的其他18株MEV株核苷酸和氨基酸均有较高的同源性,分别为99.3%～100%和99%～100%,其中核苷酸同源性与ZYL-1株为100%,而氨基酸同源性与ZYL-1株和Manzhouli株均为100%。本研究为MEV分子流行病学调查和疫苗的研究奠定了基础。 相似文献
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8.
将3株新城疫病毒(NDV)内蒙分离株纯化培养后,提取病毒RNA,经RT-PCR扩增F基因,并测定出F基因的全部核苷酸序列为1662bp,编码有554个氨基酸残基。与国内外发表的部分NDV的F基因核苷酸序列进行比较,结果表明这3株分离株核苷酸同源性分别为97.5%,97.9%和98.0%,与标准毒株F48E9的同源性分别为85.8%,86.4%和86.8%,与长春、河北、山东、广东、广西、浙江、韩国等地的NDV的同源性在96.3%~98.8%之间。并且这3株分离株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-K-R-F117,具有典型的强毒株裂解位点的特点。 相似文献
9.
应用PCR技术对1株鸵鸟源新城疫病毒TN株融合蛋白基因(F基因)进行扩增,将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定,并与国内外NDV毒株对应序列进行比较分析.结果表明,TN株F基因的长度为1 662 bp,可编码553个氨基酸,其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,为1株新城疫弱毒株;与贵州省其他禽源(包括肉鸡、蛋鸡、越南斗鸡、七彩山鸡和鸽子等)毒株间的核苷酸同源性为84.0%～89.6%,氨基酸同源性为87.5%～92.1%;与国内外NDV代表株(Lasota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW2000株)的核苷酸同源性为84.4%～98.6%,氨基酸同源性为88.3%～98.0%.经系统发生树分析,TN株与NDV弱毒株Lasota株和B1株在同一分支上,属于基因II型NDV. 相似文献
10.
通过PCR方法扩增Ⅰa型牛源无乳链球菌地方菌株M7的Sip基因,将目的片段克隆入pGEM-T Easy载体并进行测序,采用多种生物软件对Sip基因及其表达的蛋白质进行分子特征分析。试验结果表明,M7菌株的Sip基因为1305 bp,未出现基因缺失;与GenBank中发表的不同血清型的无乳链球菌菌株的相应核苷酸序列同源性为98.0%~100.0%,推导的氨基酸同源性为97.2%~99.8%。M7的Sip基因与中国菌株Ly2(FJ808732)和美国菌株GB00549(FJ752159)的相应基因的核苷酸同源性和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性均为100.0%,氨基酸同源性均为99.8%。该Sip基因表达的蛋白质是一种稳定的分泌性外膜蛋白,疏水性强;其N-末端的第52-95位氨基酸残基之间含有1个LysM超家族的保守结构域;存在1-25位氨基酸的信号肽,剪切位点在第25-26位氨基酸之间;存在多个B细胞和T细胞表位。说明M7菌株的Sip基因是未缺失LysM超家族结构域的比较保守的免疫蛋白。 相似文献
11.
为研究从北极狐病料样品中分离的一株强毒的致病性,本实验采用病例复制、RT-PCR检测、间接免疫荧光检测(IFA)和电镜观察等方法证实分离得到犬瘟热病毒(CDV),并命名为HBF-1。对该分离株H基因的核苷酸序列比对显示,HBF-1与疫苗株的同源性为91.0%～91.5%,与国内外分离株的同源性为93.5%～99.9%。病毒传代培育试验结果显示HBF-1已适应在北极狐、貉、水貂和犬体内繁殖,具有较广的感染范围。但各种动物的临床症状和剖检病理变化存在不同程度的差异,表明HBF-1分离株对北极狐、貉、水貂和犬的致病力不同;毒力测定结果显示其半数感染量分别为102.46 ID50/mL、102.95 ID50/mL、102.46 ID50/mL和102.58 ID50/mL,表明HBF-1为一株CDV强毒株,可以在不同的经济动物间进行水平传播。本研究结果为开发新的CDV疫苗提供了实验基础。 相似文献
12.
13.
犬瘟热病毒上海分离株M蛋白编码基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究以犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)上海分离株的总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV M蛋白基因序列,设计合成1对特异性引物,RT PCR扩增M蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV上海分离株M蛋白基因序列与CDV A75/17 株、Onderstepoort疫苗株等其它7株的同源性在95%以上;编码氨基酸的同源性也高于97%。推测M蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。 相似文献
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为分析当地非典型犬瘟热病毒(CDV)核衣壳蛋白(N)基因的序列特征及其表达产物的抗原性,根据已发表CDV的N基因序列设计引物,用RT-PCR方法从引起非典型症状的CDV细胞培养物中扩增N基因,进行克隆和序列分析,结果表明:该非典型CDV的N基因与已发表的12个CDV强毒株的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别在96.6%～99.2%和97.9%～99.4%之间,与已发表的4个CDV疫苗弱毒株的同源性分别在93.2%～93.6%和96.4%～97.5%之间;在N基因系统发育进化树上,非典型CDV与12个强毒株处在同一亚群,而且与9个中国分离毒株的亲缘关系近于3个国外毒株。N基因在大肠杆菌中表达的重组N蛋白的分子量为62 ku,主要以包涵体的形式存在;用western blot分析,重组N蛋白可与CDV阳性血清发生特异性反应;以纯化的重组N蛋白为抗原建立的CDV抗体间接ELISA检测方法具有良好的特异性。 相似文献
15.
从疑似犬瘟热(CD)病犬的脏器中分离到1株病毒,经间接免疫荧光试验、RT-PCR鉴定、红细胞凝集试验和对不同动物致病性试验,证实该病毒为犬瘟热病毒(CDV)强毒株,命名为CDV YD株。对H基因序列的测定和分析表明,YD株H基因与国内强毒株更接近,核苷酸同源性为98.4%~99.7%,氨基酸同源性为97.8%~99.7%,而与疫苗株核苷酸同源性较远为91.2%~91.5%,氨基酸同源性为90.3%~91.2%。推导的H蛋白氨基酸序列中有9个潜在的N连接糖基化位点(N-X-S/T),可能与病毒体外复制和中和抗体有关,另外有12个保守的半胱氨酸(Cys)残基,对H蛋白二级结构起重要作用;根据H基因核苷酸序列绘制的进化树表明,CDV YD株属于国内流行基因型:Asia-1型。该研究为了解当前中国CDV流行变异情况和犬瘟热疫苗的研发提供了数据。 相似文献
16.
为了对1例貉源犬瘟热(CD)进行病毒检测并分析其血凝素H基因变异情况,本研究从1只疑似犬瘟热病死的貉采病料进行研磨,利用RT-PCR方法扩增犬瘟热病毒H基因,对扩增出的H基因片段进行克隆测序,并对得到的H基因序列进行分析。结果表明,该貉感染犬瘟热病毒,得到的H基因核苷酸和氨基酸序列与CDV野毒株同源性较高,分别为89.1%~98.0%和85.4%~97.5%。遗传进化分析表明其属于Asia-1型野毒株,N连接糖基化位点分析结果表明,该毒株在542aa处比参考野毒株多了1个潜在的N糖基化位点,在525aa-550aa间多出了1个抗原表位。 相似文献
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以从宠物临床上分离的犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV核蛋白（N）、基质膜蛋白（M）基因序列,分别设计合成1对特异性引物,RT-PCR扩增N、M蛋白编码基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,均扩增出预期大小的片段。扩增片段经核苷酸序列分析,N、M编码基因全长分别为1572、1008 bp,该CDV的N蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为93.9%、97.6%,编码氨基酸的同源性分别为96.9%、98.7%;M蛋白编码基因序列与Onderstepoort疫苗株、A75/17株的同源性分别为94.5%、97.8%,编码氨基酸的同源性分别为97.9%、99.7%,这说明N、M蛋白均是保守性较强的结构蛋白,且同强毒株A75/17的亲缘关系要比Onderstepoort疫苗株更近。 相似文献
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为了解上海地区犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）遗传变异情况，本研究采用首尾重叠的11对特异性引物，对CDV上海株SH202003进行RT-PCR扩增，将扩增片段进行反复测序，序列拼接后最终获得了SH202003株全基因组序列，应用Lasergene 7.0和Mega 6.0软件对全基因及H基因进行序列分析，并构建系统进化树。结果显示，SH202003株基因组全长为15 690 bp，编码6种结构蛋白（N、P、M、F、H和L），H和L基因间隔序列为CUA，L和5'端尾随序列为CAA，与Hebei株核苷酸和氨基酸相似性最高，达到98.6%和96.6%，与疫苗株核苷酸相似性在92.2%~94.3%，氨基酸相似性只有82.7%~87.0%；全基因进化树中，SH202003株与流行野毒株在同一分支，与疫苗株在不同的分支；H基因同样与Hebei株亲缘关系最近，核苷酸和氨基酸相似性分别为98.7%和99.5%，与疫苗株Snyder Hill、CDV3、Convac及Onderstepoort亲缘关系较远；SH202003株处于Asia-1型分支，属于Asia-1型强毒株；SH202003株具有9个潜在N-糖基化位点，与强毒株Hebei株一致。研究表明，上海株SH202003属于CDV强毒株，为Asia-1型，其H基因序列相对保守，具有9个潜在N-糖基化位点，但是全基因序列存在较多突变，与疫苗株的匹配度较差，可能是免疫犬依然发生犬瘟热的主要原因。 相似文献