Orobanche species and population discrimination using intersimple sequence repeat (ISSR)     

H Benharrat  C Veronesi  C Theodet  P Thalouarn 《Weed Research》2002,42(6):470-475

Summary Orobanche species are commonly identified using morphological characteristics. In many cases, the distinction of closely related species is difficult, and a molecular tool is more suitable to differentiate them. In this study, genomic polymorphism between morphologically distinct species was investigated through amplification by polymerase chain reaction (PCR) of intersimple sequence repeat (ISSR) regions. Five primers were used to study genetic variation in the morphologically distinct species O. hederae and O. amethystea, as well as the closely related species O. cernua and O. cumana. For the first two species, all the primers detected genetic polymorphism. Anchored primers allowed the identification of more specific molecular markers than non‐anchored tri‐ and tetranucleotide primers. Genetic polymorphism was investigated among three O. hederae populations using the two types of primer. One non‐anchored and two anchored primers detected intraspecific variation, which was not correlated with the geographical location of those populations. The primer (GATA)₄ detected polymorphism between five specimens each of O. cernua and O. cumana species collected from different countries, permitting these two closely related species to be clearly differentiated. This study demonstrated that ISSR markers can be highly reliable for precise identification of Orobanche species.  相似文献   

Variation in the response of melon genotypes to Fusarium oxysporum f.sp. melonis race 1 determined by inoculation tests and molecular markers     

Y. Burger  N. Katzir  G. Tzuri  V. Portnoy  U. Saar  S. Shriber  R. Perl-Treves  R. Cohen † 《Plant pathology》2003,52(2):204-211

Screening of genotypes of melon ( Cucumis melo ) for resistance to wilt caused by Fusarium oxysporum f.sp. melonis is often characterized by wide variability in their responses to inoculation, even under carefully controlled conditions. The variability at the seedling stage of 17 genotypes susceptible to race 1 was examined in growth-chamber experiments. Disease incidence varied from 0 to 100% in a genotype-dependent manner. Using four combinations of light (60 and 90  µ E m⁻² s⁻¹) and temperatures of (27 and 31°C), only light intensity showed a statistically significant effect. Marker-assisted selection for fusarium resistance breeding using cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) and sequence-characterized amplified region (SCAR) markers were compared using a single set of genotypes that included 24 melon accessions and breeding lines whose genotype regarding the Fom-2 gene was well characterized. The practical value of the markers for discriminating a range of genotypes and clarifying the scoring of phenotypes was also tested using a segregating breeding population which showed codominant SCAR markers to be useful in marker-assisted selection.  相似文献   

Rapid detection of Phytophthora cinnamomi using PCR with primers derived from the Lpv putative storage protein genes   总被引：1，自引：1，他引：1  

P. Kong  C. X. Hong†  P. A. Richardson 《Plant pathology》2003,52(6):681-693

Phytophthora cinnamomi is an ecologically and economically important pathogen. In this study, PCR assays were developed with primer pair LPV2 or LPV3 for rapid detection and identification of this organism. Both primer pairs were selected from putative storage protein genes. The specificity of these primer pairs was evaluated against 49 isolates of P. cinnamomi , 102 isolates from 30 other Phytophthora spp., 17 isolates from nine Pythium spp. and 43 isolates of other water moulds, bacteria and true fungi. PCR with both primer pairs amplified the DNA from all isolates of P. cinnamomi regardless of origin. The LPV3 primers showed adequate specificity among all other species tested. The LPV2 primers cross-reacted with some species of Pythium and true fungi, but not with any other Phytophthora species. PCR with the LPV3 primers detected the pathogen at levels of a single chlamydospore or 10 zoospores in repeated tests. The PCR assay was at least 10 times more sensitive than the plating method for detection of the pathogen from artificially infested soilless medium, and, to a lesser extent, from naturally infected plants. PCR with LPV3 primers can be a useful tool for detecting P. cinnamomi from soilless media and plant tissues at ornamental nurseries, whereas the LPV2 primers can be an effective alternative for identification of this species from pure culture. Applications of these assays for detection of P. cinnamomi in other environments were also discussed.  相似文献   

猪大肠杆菌水肿毒素SLT-IIeA基因的克隆和序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

刘国平  吴斌  刘梦元  何启盖  陈焕春 《动物医学进展》2004,(1)

研究以本地猪水肿病大肠杆分离物ED1株为材料 ,利用 PCR克隆了含猪水肿病大肠杆菌 (VTEC) slt-IIe A基因 987bp的片段 ,并测定了含该克隆片段的 Bam HI、Hind 酶切片段的核苷酸序列。结果表明 ,slt-IIe A基因的编码区全长 960 bp,编码 3 1 9个氨基酸的蛋白质 ,序列与国外报导的 S1 1 79株进行比较发现其核苷酸同源性为 98.9%。经推导的氨基酸序列的同源性为 99.7%。这为进一步研究 slt-IIe A的生物学特性、水肿病的分子诊断及其防制打下基础  相似文献   

棉铃虫核型多角体病毒分子生物学和基因工程研究进展   总被引：1，自引：1，他引：1  

刘艳荷  张传溪 《植物保护学报》2004,31(3):320-328

棉铃虫核型多角体病毒(HaSNPV)是棉铃虫专一性病原物,隶属于杆状病毒科核型多角体病毒属.对其分子生物学和基因工程的研究主要包括以下几个方面:测定了HaSNPV G4株和C1株基因组核苷酸全序列,并与其它病毒进行了同源性比较;研究了HaSNPV部分基因的结构、转录、表达及其功能.构建了HaSNPV Bac to Bac杆状病毒表达系统;重组病毒杀虫剂的研究为HaSNPV大面积防治棉铃虫展示了广阔的前景.随着棉铃虫核型多角体病毒分子生物学和基因工程研究的不断深入,重组病毒杀虫剂将在棉铃虫综合防治中发挥更为重要的作用.  相似文献   

Mariner转座子与小菜蛾抗性关系的研究   总被引：1，自引：1，他引：1  

于光  程罗根  张晓飞  陈之浩  李忠英  李凤良 《植物保护》2004,30(1):21-25

以抗溴氰菊酯、杀虫双、杀螟丹小菜蛾种群及其敏感品系为研究对象,借助聚合酶链式反应(PCR)、载体筛选、琼脂糖凝胶电泳等实验技术,检测了小菜蛾4个品系的Mariner转座子的存在及其与抗性的关系。结果表明,在抗溴氰菊酯、杀虫双、杀螟丹以及敏感品系的小菜蛾中都存在两种大约500 bp的Mariner转座子片断,初次证明在小菜蛾4个品系中均含有两种Mariner转座子,并发现一种新的转座子基因片断,但是没有发现Mariner转座子与抗性之间存在直接的联系。研究结果将为利用Mariner转座子标签法在小菜蛾中分离定位基因、转化外源基因、转基因昆虫防治害虫等研究提供理论基础。  相似文献   

家鸡Leptin成熟肽cDNA的克隆、重组蛋白表达及纯化   总被引：4，自引：0，他引：4  

施振旦  邵西兵  方梅霞  于迎春  刘颖  陈楠 《中国兽医学报》2004,24(3):258-260

从 18周龄鸡卵巢组织中抽提总 RNA,使用六聚体随机引物反转录后 ,用鸡 L eptin(瘦素 )特异性引物扩增出鸡L eptin编码区第 5 2～ 4 6 0 bp的长度为 4 0 9bp的 c DNA片段。根据鸡 L eptin的 3′端第 4 6 0～ 4 92 bp序列设计了 3条部分相互重叠并且顺序串联延伸的下游反义引物 ,并在最后 1条引物 3′端连接上 Eco R 切点 ;在以上用于反转录扩增的 5′端引物的 5′端连接一 Bam H 切点。用该 5′端引物分别与 3个 3′端引物配对 ,利用反转录扩增出的 4 0 9bp的L eptin c DNA片段作为第 1模板进行扩增 ,扩增产物再作为模板与下一引物对再次扩增。经 3次扩增得到编码鸡 L ep-tin成熟肽的全长 4 5 1bp的 c DNA序列。将该 4 5 1bp的 L eptin c DNA序列经 Bam H 和 Eco R 双酶切后 ,克隆入表达质粒 p RSET A的 Bam H 和 Eco R 两酶切位点之间 ,构建成表达质粒 p L ep- SCAU。转化有重组表达质粒 p L ep-SCAU的大肠杆菌 BL 2 1(DE3)在 L B培养基中培养后 ,经 IPTG诱导表达出相对分子质量为 2 0 10 0的鸡 L eptin融合蛋白和少量 4 0 2 0 0的 L eptin融合蛋白。L eptin融合蛋白的表达在 IPTG浓度为 0 .0 5 mmol/ L 时达到最高 ,占总菌体蛋白的 32 .6 %。用 Ni- NTA凝胶从 7L 发酵培养菌裂解液中纯化出 180 m g左右  相似文献   

IBDV地方变异株VP2基因的克隆与特性鉴定     

张春杰  吴庭才  李银聚  程相朝 《中国兽医学报》2004,24(5):433-435

应用 RT- PCR技术对 1株分离于地方免疫鸡群中暴发的传染性法氏囊病病例的传染性法氏囊病病毒 ( infec-tious bursal disease virus,IBDV) HN0 2 6株的 VP2基因进行了克隆与序列分析 ,并与相应毒株的 VP2高变区核苷酸及氨基酸序列进行了比较研究。结果表明 ,HN0 2 6株的核苷酸和氨基酸序列与变异株 Var- A的同源性最高 ,分别达97.3%和 97.6 % ;其次为超强毒株 UK6 6 1 ,分别为 95 .7%和 95 .2 % ;而和弱毒株 PBG98的同源率仅有 92 .8%和90 .3%。其中 ,在第一、二亲水区 ,HN0 2 6株均有 1个氨基酸发生了变化 ,即第 2 2 2位转变为 E、第 31 8位转变为 D。更重要的是 ,其 2 4 9位和 2 5 4位上的氨基酸分别为 K和 S,这些均为变异株的特性。另外 ,HN0 2 6株的七肽区保持SWSASGS不变 ,且第 2 79位和 2 84位氨基酸分别为 D和 A,又完全具备强毒株的特性。因此 ,初步确定所分离的HN0 2 6为有较强致病力的变异株 IBDV。  相似文献   

2个旋毛虫新生幼虫期特异性相似cDNA的克隆及序列分析     

刘明远  吴秀萍  付宝权  卢强  姚春雨  李莲瑞  P.Boireau 《中国兽医学报》2004,24(6):561-564

利用旋毛虫新生幼虫期特异性 c DNA探针 ,从新生幼虫 c DNA文库中筛选出 2个相似的旋毛虫新生幼虫期特异性 c DNA克隆 ,分别命名为 N5和 N10 ,N5长度为 12 5 0 bp,N10长度为 12 33bp。 NCBI Blast检索表明 ,2个c DNA全长序列均为旋毛虫新基因序列。DNASIS分析表明 ,N5与 N10的开放阅读框架分别为 10 14、10 17bp,编码338、339个氨基酸 ,推导的成熟蛋白氨基酸序列均为 32 1个氨基酸残基 ,相对分子质量推导值分别为 35 30 0和 354 0 0。 2个氨基酸序列中 N端均包含有一信号肽序列 ,可能为分泌性蛋白。NCBI Blast及 Inter Proscan检索表明 ,以上2个氨基酸序列均含有 型核酸酶的功能结构域 ,均编码 型核酸酶 (DNase ) ,且与已报道的旋毛虫包囊形成相关蛋白 P4 3(经鉴定也为 DNase )同源性最高。目前已有的试验结果证实 ,P4 3并未直接参与包囊的形成 ,而是一种与P4 3蛋白同源性非常高的蛋白参与了旋毛虫包囊的形成。由于 N5与 N10为旋毛虫新生幼虫期特异性表达基因 ,也就是在旋毛虫包囊形成的时期表达 ,而且与 P4 3具有较高的同源性 ,并均编码 DNase 蛋白 ,因此 N5、N10具有参与旋毛虫包囊形成的潜在可能  相似文献   

鸡大肠杆菌iss基因的克隆测序及原核表达   总被引：4，自引：0，他引：4  

樊琛  王亚君  李一经 《中国兽医杂志》2004,40(12):7-10

本实验对鸡大肠杆菌O2血清型菌株进行iss基因克隆测序，并在此基础上设计出两对套式引物，分别对含信号肽Miss基因序列和不含信号肽Miss基因序列进行扩增，并与原核表达载体pGEX-6p-1连接进行原核表达。iss基因克隆测序的结果与两组国外发表Miss基因序列进行比对，其同源性达100％。SDS—PAGE鉴定显示融合蛋白获得了较理想的表达，融合蛋白分子量分别约为36kD和33kD。  相似文献