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1.
以鸭肝炎病毒(DHV)SN株VP1基因序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测VP1蛋白的二级结构,并分别运用Kyte-Doolittle方法、Jameson-Wolf方法和Emini方法预测蛋白的亲水性、抗原指数和表面可及性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测其B细胞抗原表位.结果显示,VP1蛋白C端第132～137、177～186、209～219区段有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,可能是VP1蛋白的B细胞抗原优势表位;DHV SN株与弱毒疫苗株在推测的VP1 B细胞抗原表位177～186和209～219两个区域氨基酸序列变异较大. 相似文献
2.
对新型鸭肝炎病毒(DHV)GD1株VP1结构蛋白基因进行了扩增、克隆及序列测定。采用DNAStar Protean软件对VP1蛋白的二级结构、可塑性、亲水性、表面可能性及抗原指数等参数进行分析,综合预测其B细胞表位分布。结果表明,VP1基因长720 bp,编码240个氨基酸。与国内和韩国分离的新型毒株的氨基酸序列相似性最高,分别为99.6%,92.9%和92.5%。与台湾新型DHV的序列相似性均较低,分别为80.6%,80.2%,与传统的Ⅰ型DHV毒株的序列相似性最低,相似度仅为25.5%。较1型DHV存在多个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～220位。VP1结构蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的β片层结构和转角结构,有多个区域为B细胞优势表位。该方法预测的B细胞表位结果有较高的准确度,为试验确定新型DHV毒株的VP1结构蛋白的B细胞表位和新的多表位疫苗设计提供了理论基础。 相似文献
3.
猪细小病毒自然弱毒N株结构蛋白VP1基因的扩增及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
设计两对引物,对广西分离的猪细小病毒自然弱毒N株(PPV-N株)结构蛋白VP1基因进行分段PCR扩增与测序,并与中国湖北、四川及加拿大、西班牙等地PPV毒株的VP1基因进行对比分析。结果表明这些毒株的VP1基因变异很小,发现存在有6个核苷酸高变位点。PPV-N株与加拿大NADL-2株的VP1基因的同源性最高,它们的核苷酸序列、推导的氨基酸序列的同源性分别为99.9%、99.6%,这为判断PPV-N株和NADL-2株均同属PPV弱毒株提供了分子生物学依据。 相似文献
4.
旨在预测和分析貉源阿留申病毒（RFAV） VP2和NS1蛋白的抗原表位特征，筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序，对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测，并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析，筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示，获得的RFAV基因组长4 327 bp，编码VP2蛋白的636个氨基酸，编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白，二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内，VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位，3个保守的T细胞表位，8个保守的翻译后修饰位点；NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位，2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列，全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测，并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征，为阿留申病毒免疫研究提供参考。 相似文献
5.
将两株鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）弱毒株在SPF鸡体内连续传代至第5、第6代时,出现明显的法氏囊萎缩和B：B指数下降,表明IBDV弱毒株在鸡体内连续传代后毒力增强。为进一步阐释哪些基因位点导致了上述毒力的变化,本试验测定了基础弱毒株及其在鸡体内传代后各个代次毒的基因组序列,比对分析后发现VP2蛋白253位氨基酸发生了由H到Q或N的变异,表明VP2蛋白253位氨基酸的替换可能会增强传染性法氏囊病病毒在鸡体内的致病性。 相似文献
6.
犬瘟热病毒N蛋白的B细胞抗原表位预测 总被引：1，自引：0，他引：1
将1段犬瘟热病毒N蛋白氨基酸序列（GenBank编号为：AEV77096．1）与GenBank登录的其他氨基酸序列进行比对,分析其同源性;通过DNAStar生物信息学分析软件中的Protean模块及The PredictProteinserver在线蛋白分析工具预测犬瘟热病毒N蛋白的理化性质、二级结构、亲水性、表面可及性、柔韧性、抗原指数、跨膜螺旋、蛋白相互作用位点、蛋白功能位点等特性,并预测其B细胞优势抗原表位。结果显示,犬瘟热病毒N蛋白具有规则的二级结构、亲水性、柔韧性片段多,多处于表面可及性大,抗原指数高,蛋白质相互作用位点区域。潜在的B细胞优势抗原表位为12～18、61～66、243～246、410～415、421～429、434～447、452～456、480～487氨基酸序列。结果表明,本试验预测了犬瘟热病毒N蛋白的B细胞优势抗原表位,为进一步设计犬瘟热病毒的诊断抗原多肽、免疫用抗原多肽和研发血清学检测试剂盒奠定了理论基础。 相似文献
7.
《畜牧兽医学报》2020,(6)
旨在预测和分析貉源阿留申病毒(RFAV)VP2和NS1蛋白的抗原表位特征,筛选阿留申病毒属较保守的B、T细胞抗原表位。本研究对RFAV的近全长基因组进行克隆及测序,对其VP2和NS1基因编码蛋白的理化性质、二级结构、翻译后修饰位点和抗原表位进行预测,并将预测的修饰位点、抗原表位与其他阿留申病毒种的序列进行比较分析,筛选相对保守的修饰位点和抗原表位。结果显示,获得的RFAV基因组长4 327 bp,编码VP2蛋白的636个氨基酸,编码NS1蛋白的641个氨基酸。VP2和NS1蛋白均为亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主。在阿留申病毒属内,VP2蛋白有3个保守的B细胞抗原表位,3个保守的T细胞表位,8个保守的翻译后修饰位点;NS1蛋白有1个保守的B细胞抗原表位,2个保守的T细胞抗原表位和7个保守的翻译后修饰位点。本研究成功克隆了RFAV近全长基因组序列,全面对RFAV的VP2、NS1蛋白抗原表位、翻译后修饰位点进行预测,并分析其在阿留申病毒属内的保守和变异特征,为阿留申病毒免疫研究提供参考。 相似文献
8.
《黑龙江畜牧兽医》2015,(5)
为了获得更多抗原信息,预测猪口蹄疫病毒Hankou/99株结构蛋白的二级结构及B细胞抗原表位,试验采用DNAStar生物学软件,以Hankou/99株的基因组序列为材料,推导出相应的氨基酸序列,采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测蛋白质的二级结构;按KyteDoolittle、Emini及Jameson-Wolf方法分别预测蛋白质的亲水性、表面可能性以及抗原性指数,并综合分析预测此株结构蛋白的B细胞抗原表位。结果表明:此株VP1结构α-螺旋少,转角和无规卷曲多,柔性区域很丰富,VP2和VP4α-螺旋复杂,VP3含有较多的α-螺旋,但亲水性较差,出现在蛋白质表面的可能性不高。在VP1第144~147位、177~182位,VP2第132~134位和VP3第117~119位的氨基酸残基最有可能是B细胞抗原表位的优势区域。说明此株抗原位点不仅局限在VP1区,VP2和VP3也存在抗原表位。 相似文献
9.
为了明确O型口蹄疫病毒不同宿主适应毒P1基因变异趋势,将口蹄疫病毒分别接种于牛、乳鼠、猪及BHK-21细胞,获得相应宿主的适应毒,以各宿主适应毒RNA为模板,扩增出P1(1A、1B、1C、1D)基因,将各适应毒株扩增的P1基因序列相互比对。结果表明,牛、乳鼠、猪、BHK-21细胞宿主适应毒株P1基因的核苷酸及其编码的氨基酸序列均未发生缺失;部分关键性氨基酸发生了变异,变异发生在VP1主要抗原区域的141-160位和200-213位、VP2抗原表位的156-166位和217-220位;VP3抗原蛋白发生较少氨基酸变异;VP4均未发生变异。试验结果为进一步分析不同宿主适应毒基因组的变异关系奠定了基础。 相似文献
10.
为获得口蹄疫病毒（FMDV）O/PanAsia毒株VPl蛋白的抗原信息,从而为制备多肽疫苗提供理论依据,运用生物信息学软件,对O/PanAsia毒株的结构蛋白VP1理化性质、结构功能以及细胞表位进行分析,预测抗原表位以选择合适肽段。应用ProParam、TMHMM Server、ProScale和SignaIP 等在线工具,分析VP1蛋白氨基酸序列,运用计算机技术和分子生物学软件,分析预测VP1蛋白的基本理化性质、结构功能以及可能的B细胞和T细胞抗原表位,筛选B细胞表位肽段并对VP1的两个主要T细胞表位CTL和Th细胞表位进行预测。结果显示：O/PanAsia毒株VP1 蛋白的等电点为9.49,相对分子质量为23 520.83;VP1蛋白的B细胞表位为8~23、135~149和193~205位氨基酸。预测该VP1有10个CTL和10个Th细胞抗原表位,表明其具有较好的免疫原性;最终筛选出VP1蛋白的5个CTL和5个Th优势表位。用生物信息学方法预测O/PanAsia毒株VPl蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位。本研究为FMDV的进一步研究和疫苗制备奠定了基础。 相似文献
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应用巢氏PCR(nested-PCR)扩增出1型鸭肝炎病毒鸡胚化弱毒MY株结构蛋白VP1基因片段,将VP1克隆到pMD18-T载体上,测序结果为714 bp,GenBank登录号:GU363950。对MY株VP1基因编码蛋白的主要抗原位点进行预测,aa208-aa222氨基酸区段表现很高的亲水性、抗原指数和表面可及性。VP1经EcoRⅠ和XhoⅠ双酶切后克隆至pET32a(+)原核表达载体,获得重组质粒pET-VP1,转入BL21 PLyss(DE3)细胞中,IPTG诱导后SDS-PAGE检测结果表明,在大肠杆菌中表达了1个相对分子质量为47 ku的融合蛋白。Western blotting分析结果表明,该重组蛋白可与鸭肝炎标准阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性。 相似文献
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兔出血症病毒CD株衣壳蛋白(VP60)基因的克隆、核酸及氨基酸序列比较分析 总被引：6，自引：0，他引：6
以兔出血症病毒 CD株人工感染家兔 ,发病死亡后 ,取肝脏匀浆 ,用 Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒 RNA。根据 Gen Bank已发表序列保守区设计并合成引物 ,采用 RT- PCR方法扩增了 RHDV衣壳蛋白 VP6 0基因。将所扩增片段克隆到 p MD18- T载体上 ,并进行了序列测定 ,测序结果表明 ,CD株 VP6 0基因全长 174 0 bp。该序列与已发表的其他分布于世界各地的 14株 RHDV序列进行了比较和基因进化树分析。无毒株与各强毒株之间的同源性为 85 .3%～86 .5 % ,强毒株间的同源性较高 ,为 92 .1%～ 10 0 %。根据进化树可把强毒株分为 2大群 ,一群为 CD株、Iowa2 0 0 0株、0 0 - 139株、99- 0 5株 ,其余的为另一群。进一步细分 ,还可以分为 4个亚群和 7个组。但毒株之间的地域性差异并不明显。同时根据 15株 RHDV VP6 0基因的核苷酸序列推导了其所编码的氨基酸序列 ,并进行氨基酸序列的比较和亲水性、柔性区、抗原性和表面结构的比较分析。结果显示 ,各毒株氨基酸之间的的同源性在 90 .5 %～ 10 0 %之间 ,其中无毒株与各强毒株之间的同源性为 90 .5 %～ 91.9% ,强毒株间的同源性在 95 %～ 10 0 %之间 ;氨基酸变异分析未发现突变造成的 VP6 0蛋白高级结构的根本性变化 相似文献
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The study was aimed to test the immunoreactivity of the VP2 protein of bluetongue virus serotype 1 (BTV-1) in vitro. Based on the published BTV-1 L2 gene of Y863 strain, specific cloning PCR primers were designed and synthesized. The L2 gene was amplified through RT-PCR method and then was purified and cloned into the expressing vector pEASY-Blunt E1. The cloned recombinant plasmids were identified. The positive recombinant L2 plasmid was cloned into BL21(DE3) competent cells to express VP2 protein. The acquired purified recombinant BTV-1 VP2 protein was analyzed through the methods of Western blotting, ELISA and blocking ELISA. The results showed that:BTV-1 VP2 protein was expressed as the inclusion bodies in the pEASY-Blunt E1 vector; 160 and 200 mmol/L glyoxaline were the best condition to wash down the expressed protein. The molecular weight of this purified recombinant protein with N-terminal His-tag was about 105 ku. Through the results of Western blotting, ELISA and blocking ELISA, it had been proved that this recombinant protein could combine with BTV-1 specific antibody and this combination could be blocked by BTV-1 virus. The study showed that the recombinant BTV-1 VP2 protein, expressed through the prokaryotic expression vector pEASY-Blunt E1, possessed good immunoreactivity and this study had established foundation for locating the serotypic epitopes of the BTV-1 VP2 protein. 相似文献
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为明确虎皮鹦鹉源鹦鹉幼雏病病毒（budgerigar fledgling disease polyomavirus,BFPyV）福建株（命名为FJ-2016株）结构蛋白VP1基因特征,本研究针对BFPyV VP1基因特点设计特异性引物,利用PCR方法扩增获得FJ-2016株VP1基因全长序列,目的片段经胶回收后进行克隆测序。结果显示,BFPyV FJ-2016株VP1基因全长为1 032 bp,编码343个氨基酸。所编码VP1蛋白的理论等电点为5.77,不稳定指数为40.91,是不稳定蛋白;脂肪系数为74.72;总平均疏水性指数为-0.366。将获得的VP1基因序列提交至GenBank,登录号为：MG148345。核苷酸同源性分析表明,不同时间、地区和品种BFPyV的VP1基因十分保守,相互之间的核苷酸同源性均在99.1%以上。遗传进化分析发现,不同时间和地域BFPyV相互之间亲缘关系较近,但可细分为两个大的遗传进化分支（Clade 1和Clade 2）。从宿主品种来看,虎皮鹦鹉源BFPyV各分离株的遗传进化与分离时间及地域无明显关系,虎皮鹦鹉源BFPyV分离株在Clade 1和Clade 2分支均有分布。本研究首次证实福建地区虎皮鹦鹉中存在BFPyV感染,相关研究结果为丰富不同地区BFPyV分子流行病学数据提供参考。 相似文献
16.
试验旨在研究蓝舌病1型病毒（bluetongue virus serotype 1,BTV-1） VP2蛋白体外表达产物免疫反应性。根据已发表的BTV-1 Y863毒株L2基因序列设计合成特异性BTV-1 PCR引物,通过RT-PCR方法扩增L2基因,将纯化的L2基因克隆至pEASY-Blunt E1表达载体,对重组质粒进行鉴定,将阳性重组质粒L2克隆至大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞进行表达,对获得的纯化的BTV-1 VP2重组蛋白进行Western blotting、ELISA、阻断ELISA分析。结果显示,BTV-1 VP2蛋白在pEASY-Blunt E1载体上以包涵体形式表达,通过Ni-NTA亲和层析,160和200 mmol/L咪唑是洗脱BTV-1 VP2蛋白表达产物的最佳浓度。纯化获得N末端携带多聚组氨酸标签的BTV-1 VP2重组蛋白,分子质量约105 ku,Western blotting、ELISA、阻断ELISA结果显示,重组BTV-1 VP2蛋白能与BTV-1型特异性抗体发生特异性结合,且此结合能被BTV-1阻断。本试验结果表明,通过原核表达载体pEASY-Blunt E1表达的BTV-1 VP2重组蛋白具有良好的免疫反应性,为BTV-1 VP2蛋白型特异性表位定位研究奠定了基础。 相似文献
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为原核表达基因C型鸭甲肝病毒(DHAV-C)VP1重组蛋白,本研究通过设计套式PCR引物,RT-PCR扩增DHAV-C VP1全基因,约为720 bp,将其亚克隆至pET-32a(+)载体中构建重组表达质粒pET-VP1。将其转化E.coli Rosetta(DE3)中,经IPTG诱导表达了约47 ku的重组蛋白。Western blot分析表明,该重组蛋白可以与兔抗DHAV-C阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性。 相似文献
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构建了FMDV VP1基因的种子特异性表达载体p7SBin438/VP1,在根癌农杆菌GV3101的介导下,通过浸花法转化拟南芥花序,转基因拟南芥通过卡那霉素抗性筛选后,进行了目的基因PCR扩增和ELISA检测,对ELISA筛选的阳性植株进行Western blot检测,并对转基因拟南芥后代进行了目的基因PCR分析.结果表明,种子特异性表达载体p7SBin438/VP1构建正确,FMDV结构蛋白VP1编码基因已整合进拟南芥基因组并获得表达,表达蛋白具有免疫反应活性,转基因拟南芥后代分析表明VP1基因已经遗传给后代.本试验为将FMDV免疫基因向豆科植物种子中的转化提供了依据. 相似文献