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1.
线粒体ATP酶合成体ε亚基(ATP synthase,H+transporting,mitochondrial F1 complex,epsilon,ATP5E)是ATP合成酶催化中心的最小亚基,在能量代谢过程中具有重要作用。本研究利用RT-PCR和RACE技术获得鹅ATP5E序列,并结合生物信息学方法对鹅ATP5E的序列进行深入分析。结果表明:克隆获得鹅ATP5E基因序列全长为347 bp,包括156 bp的编码区序列,编码51个氨基酸。同源性分析发现,鹅ATP5E核苷酸序列与推测氨基酸序列与原鸡的同源性最高,分别达到87.74%和89.58%,而与其他物种之间的一致性差异稍大。氨基酸序列分析发现该基因编码蛋白理论分子量为水溶性蛋白,相对分子量为5.79 ku,理论等电点为10.01,无信号肽序列和跨膜区,预测含有4个磷酸化位点,二级结构以α螺旋为主,预测ATP5E蛋白主要在能量代谢和脂肪酸代谢过程中有着关键作用。以上研究为进一步探讨ATP5E基因在鹅肝脂肪变性过程中的功能研究奠定了信息基础。 相似文献
2.
《中国家禽》2017,(18)
为了克隆和分析广西麻鸡CYP19A1基因的编码区序列和产蛋期CYP19A1在各组织中的表达谱,根据Gen Bank已公布的鸡CYP19A1基因序列,设计特异性引物,从广西麻鸡卵巢PCR扩增CYP19A1基因编码区序列,将其克隆至p MD-18T载体,测序获得CYP19A1基因全序并对其进行序列分析。设计定量引物,对卵巢、睾丸和子宫等16个组织CYP19A1的表达谱进行了分析。结果表明:广西麻鸡CYP19A1基因的编码区长度为1 509 bp,共编码502个氨基酸。与参考序列相比,存在两处同义突变,一处错义突变(天冬氨酸突变为谷氨酸);物种间的同源性分析显示,广西麻鸡CYP19A1基因与鸡(Gallus gallus)、牛(Bos taurus)、马(Equus caballus)、人(Homo sapiens)、猕猴(Macaca muiatta)、小鼠(Mus musculus)、猪(Sus scrofa)的序列同源性分别为99.8%、72.5%、84.3%、84.4%、97.4%、81.5%、80.3%;进化树分析显示,广西麻鸡与鸡亲缘关系最近,与猪的亲缘关系最远。产蛋期CYP19A1的表达谱显示,CYP19A1在产蛋期特异在卵巢中表达,在其他组织中的表达量极低或不表达。结果为进一步研究鸡CYP19A1基因对鸡产蛋性能的影响奠定了基础。 相似文献
3.
《畜牧兽医学报》2020,(8)
旨在克隆鸡H+/肌醇转运蛋白(H+/myoinositol transporter,HMIT)基因的转录序列,并检测HMIT基因在鸡不同组织中的表达情况,以及外源胰岛素处理对HMIT基因相对表达量的影响。本研究以AA肉鸡为试验动物,采用RT-PCR技术克隆鸡HMIT基因全编码区序列,采用生物信息学技术分析其编码蛋白的生物学特性,利用荧光定量PCR检测HMIT基因在大脑、肝、腹脂、腿肌、心、肾、空肠和回肠等组织中的表达情况,并检测其在肾和大脑中进行胰岛素处理120和240 min后的表达情况。结果表明,以NCBI预测的鸡HMIT(XM_001232939.5)序列为模板设计引物,成功克隆出鸡HMIT基因(1 694 bp,GenBank登录号:MN708211)。克隆的鸡HMIT编码区全长1 380 bp,相比XM_001232939.5预测的编码序列少561 bp,预测编码含有459个氨基酸组成的蛋白。核苷酸和氨基酸序列比对发现,鸡HMIT在物种间高度同源,共线性分析显示,HMIT所在的1号染色体区域在物种间也是高度保守的。HMIT编码的蛋白质是一种不稳定的亲水性蛋白质,其二级结构和三级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主。跨膜结构分析显示,鸡HMIT存在8个明显的跨膜结构域。亚细胞定位结果表明,鸡HMIT蛋白分布于质膜(52.3%)、内质网(21.7%)、液泡(17.4%)、线粒体(4.3%)和高尔基体(4.3%)。实时荧光定量PCR检测结果显示,HMIT基因在鸡大脑和肾表达量最高,且显著高于其他组织(P0.05)。胰岛素处理240 min后,HMIT在肾和大脑中的表达量都显著低于PBS对照组(P0.05)。本研究克隆获得了鸡HMIT的全编码区,生物信息学分析及组织表达特性研究为深入探索鸡HMIT基因的生理功能和调控机制奠定基础。 相似文献
4.
根据GenBank中鸡白细胞介素18(IL-18)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)基因的序列设计2对特异引物,以白来航鸡脾淋巴细胞总RNA为模板进行RT-PCR扩增,克隆白来航鸡IL-18和GM-CSF工基因并进行序列分析.测序结果表明,白来航鸡IL-18基因开放阅读框为597 bp,编码199个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡IL-18基因与GenBank中鸡IL-18的核苷酸同源性为99.0%～99.8%,氨基酸同源性为97.5%～99.5%.白来航鸡GM-CSF基因开放阅读框为435 bp,编码145个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡GM-CSF基因与GenBank鸡GM-CSF的核苷酸同源性为99.3%～100%,氨基酸同源性为99.3%～100%,生物信息学分析表明,IL-18与GM-CSF基因编码的蛋白具有亲水性,都有很强的抗原性,IL-18共有2个潜在的N-糖基化位点,可能存在4个蛋白激酶C磷酸化位点,存在3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点;GM-CSF共有1个潜在的N-糖基化位点,可能存在1个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点. 相似文献
5.
猪大肠杆菌水肿毒素SLT-IIeA基因的克隆和序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
研究以本地猪水肿病大肠杆分离物ED1株为材料 ,利用 PCR克隆了含猪水肿病大肠杆菌 (VTEC) slt-IIe A基因 987bp的片段 ,并测定了含该克隆片段的 Bam HI、Hind 酶切片段的核苷酸序列。结果表明 ,slt-IIe A基因的编码区全长 960 bp,编码 3 1 9个氨基酸的蛋白质 ,序列与国外报导的 S1 1 79株进行比较发现其核苷酸同源性为 98.9%。经推导的氨基酸序列的同源性为 99.7%。这为进一步研究 slt-IIe A的生物学特性、水肿病的分子诊断及其防制打下基础 相似文献
6.
为了克隆五指山小型猪程序性死亡因子10(PDCD10)cDNA基因并进行生物信息学分析,试验以构建的五指山小型猪外周血白细胞cDNA文库为材料,采用菌落PCR的方法,克隆得到PDCD10全长cDNA序列,运用生物信息学软件分析其核苷酸序列并预测其编码蛋白的理化性质及二级结构等。结果表明:经比对分析发现,五指山小型猪PDCD10基因的核苷酸序列及其氨基酸序列与人、小鼠、牛、鸡、非洲爪蟾、斑马鱼、黑腹果蝇等具有较高的相似性。生物信息学分析结果表明,该cDNA序列全长1 250 bp,在序列3’末端有终止信号AATAAA。含636 bp(184～819 nt)的开放阅读框,编码212个氨基酸。该蛋白理论等电点(PI)及分子质量分别为7.80和24 701.57 u。 相似文献
7.
应用RT-PCR分别扩增出新城疫病毒(NDV)青海株(QH3)、黑龙江株(HLJ)和甘肃株(A4)的融合蛋白(F)基因的全长核苷酸,再克隆到pMD18-T载体中.经酶切和质粒PCR鉴定,获得阳性重组质粒后,进行序列测定并推导出其氨基酸序列,同时进行分析和比较.序列分析结果表明,所获得的3个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1 662 bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;3个毒株之间的核苷酸序列同源性为88.0%～90.6%;与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有85.3%～91.6%.三者F基因的裂解位点均为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征.以1 bp～374 bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,QH3株NDV为基因Ⅷ型,A4株NDV为基因Ⅵ型,HLJ株NDV为基因Ⅸ型. 相似文献
8.
根据国外已发表的鸡白细胞介素 18(IL- 18) c DNA基因序列设计了 1对特异性引物 ,应用 RT- PCR技术 ,从鸡新城疫 系病毒接种 4 8h左右的罗曼鸡胚脾细胞中扩增出鸡 IL - 18全基因 ,并进行了序列测定。结果表明 ,扩增片段全长 5 94 bp,共编码 198个氨基酸的前体蛋白 ,其中含有表达完整功能蛋白所必需的起始密码子和终止密码子。该序列与国外报道的鸡 IL - 18全基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为 99.8%和 10 0 % ;序列中编码成熟蛋白的这段基因与国内报道的源自白来航鸡编码 IL- 18成熟蛋白的基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列的同源性分别为 99.8%和 99.4 %。本研究为鸡 IL - 18的扩增及其他细胞因子的扩增提供了一种简便易行的新方法 ,为进一步研究IL- 18基因的结构、功能、表达及表达产物的应用奠定了良好基础 相似文献
9.
番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
根据国外已发表的番鸭细小病毒 (MPV) FM株基因组核苷酸序列 ,设计了 1对引物 ,分别对国内 2株番鸭细小病毒分离株 MPV扬州 (YZ)株和 MPV佛山 (FS)株主要结构蛋白 (VP2和 VP3)基因进行 PCR扩增 ,并克隆到p CR3.1T载体 ,经酶切鉴定筛选出阳性克隆质粒并进行核苷酸序列分析比较。结果表明 ,MPV YZ和 MPV FS的VP2 - VP3基因大小均为 176 4bp,编码 5 88个氨基酸。 MPV YZ、MPV FS与 MPV FM核苷酸序列同源性分别为98.5 %和 98.6 % ,氨基酸序列同源性为 97.1%和 97.8% ;MPV YZ与 MPV FS核苷酸序列的同源性为 99.5 % ,氨基酸序列同源性为 98.8%。 相似文献
10.
为克隆鸡Dazl(Deleted in azoospermia-like,Dazl)基因CDS序列,通过构建eGFP标记的DAZL真核表达载体,实现该基因产物的亚细胞定位以探究其生物信息学功能.提取1日龄鸡睾丸总RNA,通过巢式PCR方法扩增出Dazl基因的CDS,构建真核表达载体pEGFP-C1-DAZL.采用LipofectaminTMLTX介导重组表达载体pEGFP-C1-DAZL转染CEF细胞,48 h后于荧光倒置显微镜下观察其表达定位,同时利用RT-PCR和Western-blot进一步鉴定eGFP-Dazl和蛋白水平的表达情况.结果表明:克隆出Dazl基因的完整CDS,长度870 bp,共编码289个氨基酸,与公布的鸡Dazl基因(GenBank登陆号:NM_204218)CDS区同源性达99％,编码氨基酸完全一致.酶切鉴定和序列分析均表明真核表达载体pEGFP-C1-DAZL构建成功.转染48 h后,RT-PCR和Western-blot分别检测到949 bp特异条带和59.7 ku的融合蛋白.荧光显微镜观察显示,融合蛋白(eGFP-Dazl)主要分布于细胞核. 相似文献
11.
副猪嗜血杆菌广东分离株外膜蛋白P5基因的克隆及蛋白结构预测 总被引：3，自引：1，他引：2
根据GenBank上发表的副猪嗜血杆菌(HPS)外膜蛋白基因的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,从广东省HPS分离株外膜蛋白P5基因中扩增出与预期设计的1116bp大小相符的片段,将扩增产物连接到pMD18-T载体上,进行序列测定和分析。结果表明,克隆出HPS广东分离株的目的基因,核苷酸长为1116bp,共编码371个氨基酸,与已发表的HPS(SH0165)外膜蛋白基因核苷酸序列同源性100%,氨基酸同源性100%。生物学预测分析结果显示,HPS外膜蛋白是一种混合型结构蛋白,含有α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,其β-转角和无规则卷曲区域可能形成抗原表位;其N端含有1个信号肽,最佳切割位点在21～22个氨基酸;有15个抗原决定簇;无跨膜区;同源建模分析,未见相似三维结构。 相似文献
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禽流感病毒A/Goose/Guangdong/3/96(H5N1)NA基因克隆及序列分析 总被引：3，自引：1，他引：2
采用RT-PCR技术扩增了禽流感病毒A/Goose/Guangdong/3/96(H5N1)(GD3/96)NA基因，并对其进行了克隆与测序，该苷酸序列测定结果表明：NA基因全长为1410bp，共编码469个氨基酸。其序列与A/Hongkong/156/97(H5N1)、A/Chicken/HongKong/220/97(H5N1)、A/Goose/guangdong/1/96(H5N1)及A/teal/Hongkong/W312/97(H6N1)分离株核苷酸序列的同源性在88.4%-99.0%之间，其相应氨基酸序列的同源性在89.8-99.2%之间。氨基酸序列与香港流感分离株氨基酸序列相比，在茎部没有出现19个氨基酸残基的缺失，表明香港流感毒株由我国大陆禽流感病毒株直接进化而来可能性不大。 相似文献
14.
《中国预防兽医学报》2016,(8)
为了解广东地区口蹄疫病毒(FMDV)遗传进化情况,本研究从广东采集5份疑似FMDV感染病料,对样品进行RT-PCR扩增,经克隆测序后,对FMDVs基因序列比对和遗传进化分析。鉴定结果显示,这些病料样品中2份为O型FMDV感染,3份为A型FMDV感染。2个FMDV O型样品中VP1基因的全长均为639 bp,编码213个氨基酸,3A基因的全长均为459 bp,编码153个氨基酸;3个FMDV A型样品中VP1基因的全长均为636 bp,编码212个氨基酸。3A基因的全长均为459 bp,编码153个氨基酸;与国内外分离的O/A型病毒株VP1基因核苷酸序列相比较发现,2个O型病毒VP1基因与O/BY/CHA/2010株核苷酸序列相似性最高(95.0%),均属于耿马谱系FMDV(属ESA基因型);3个A型病毒VP1基因与A/GDMM/CHA/2013株核苷酸序列相似性最高(99.2%),均属于Asia型FMDV。本研究通过对FMDV遗传进化分析为我国FMDV流行病学的研究提供了基础数据,同时对临床上不同型疫苗的选择提供依据。 相似文献
15.
为了克隆五指山小型猪DAZ相关蛋白2(DAZAP2)cDNA全长并进行生物信息学分析,试验以构建的五指山小型猪外周血白细胞cDNA文库为材料,采用菌落PCR方法克隆得到DAZAP2全长cDNA序列,并运用生物信息学软件对其核苷酸序列进行分析,预测其编码蛋白的理化性质及二级结构等。结果表明:五指山小型猪DAZAP2基因的核苷酸序列及其氨基酸序列与人、苏门达腊猩猩、斑马鱼、非洲爪蟾、牛、褐家鼠等动物具有很高的相似性。DAZAP2 cDNA全长943 bp,5’非翻译区长69 bp,3’非翻译区长367 bp,含有1个完整的开放阅读框,编码168个氨基酸。该蛋白的分子质量为17 311 ku,等电点为7.48。 相似文献
16.
为获得纤维小体(cellulosome)的基本元件,本试验以滩羊瘤胃液微生物混合DNA为模板,根据黄色瘤胃球菌纤维小体的脚手架蛋白ScaC基因序列(GenBank登录号:JN109634.1)设计特异性引物,扩增纤维小体脚手架蛋白基因,并对其进行克隆、测序及核苷酸和氨基酸序列分析;同时构建脚手架蛋白基因原核表达载体,分析其在大肠杆菌中的表达情况。结果显示,试验利用1对引物同时成功克隆获得2个脚手架蛋白编码基因,其中一个基因全长867 bp,编码288个氨基酸,命名为ScaC2基因;另一个基因全长870 bp,编码289个氨基酸,命名为ScaC7基因。核苷酸序列分析表明,脚手架蛋白基因ScaC2与ScaC7的核苷酸序列相似性为74.1%,ScaC2基因与黄色瘤胃球菌AGY80P318及ScaC7基因与黄色瘤胃球菌DA640P037 ScaC基因核苷酸序列相似性均为99%;氨基酸保守序列分析显示,ScaC2和ScaC7氨基酸序列均具有典型的脚手架蛋白结构域,含有1个Ⅰ型黏附域和1个Ⅰ型锚定域。蛋白表达分析显示,ScaC2和ScaC7基因均能在大肠杆菌中实现可溶性表达,表达产物大小约为33 ku。本试验克隆获得的纤维小体的脚手架蛋白基因ScaC2和ScaC7可为后续人工纤维小体的构建提供基本材料。 相似文献
17.
为探究鸡干扰素基因刺激蛋白(STING)的结构及功能,采用RT-PCR方法从三黄鸡外周血淋巴细胞中扩增出全长STING基因编码区序列并进行克隆测序。序列分析显示,该基因编码区全长1 140bp,编码379个氨基酸。核苷酸序列比较发现,三黄鸡STING基因与原鸡和火鸡的同源性较高,分别为100%和92.3%,与其他物种STING基因的亲缘关系依次为其他禽类哺乳动物鱼类。预测STING的分子质量为42.63ku,理论等电点为6.67,有较好的亲水性与抗原性。蛋白质二级结构中折叠占7.4%,无规则卷曲占51.2%,螺旋占41.4%。该蛋白由胞内区、跨膜区和胞外区组成,跨膜结构域仅有1个且位于N端,无信号肽。本研究首次成功克隆了三黄鸡STING基因,并对其进行了生物信息学分析,可以为全面解析鸡STING的分子结构及功能提供参考。 相似文献
18.
为了探究Stathmin-like 2(STMN2)在广西麻鸡中的蛋白结构和组织表达水平，本研究克隆了广西麻鸡STMN2基因并进行生物信息和组织表达谱分析。通过克隆获得STMN2基因CDS序列全长，利用qRTPCR分析STMN2基因在不同组织中的表达水平。结果显示，STMN2基因编码区序列全长540bp，共编码179个氨基酸。生物信息学分析表明，广西麻鸡STMN2氨基酸序列与原鸡、雉鸡、绿头鸭、鸽、人、小鼠的同源性分别为99.3%、98.8%、96.1%、97.8%、85.7%、87.9%。进化树分析结果显示，STMN2基因在禽类和哺乳类之间存在明显的遗传距离，其中广西麻鸡与原鸡的亲缘关系最近，与雏鸡的亲缘关系较近，鸽和绿头鸭次之。STMN2蛋白的分子质量20.88 ku，等电点为8.72，是不具有跨膜结构和信号肽的不稳定亲水碱性蛋白。qRT-PCR结果显示，STMN2基因在脑中表达量最高，显著高于其他组织或器官。本实验结果为进一步研究鸡STMN2基因功能提供了理论参考。 相似文献
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经RT-PCR扩增得到一株口蹄疫亚洲1型流行毒株的非结构蛋白P3基因核苷酸序列,与其他代表性参考毒株的P3基因进行比较,分析该毒株P3区基因特征.结果表明,该毒株P3基因含有2 721个核苷酸,编码907个氨基酸;其中非结构蛋白3A的基因长度为459 bp,编码153个氨基酸;3个3B(VPg)基因长度分别是69、72、72 bp,分别编码23、24、24个氨基酸;3C基因长度为639 bp,编码213个氨基酸;3D基因长度为1 410 bp,编码470个氨基酸.氨基酸序列比较分析显示,3A基因C末端比其他基因更容易变异,根据3A基因构建的系统进化分析提示该流行毒株与YNBS/58和IND 321/01亲缘关系较近,属同一亚系谱. 相似文献
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试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1cm×1cm样品,采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3 880bp(包括5′侧翼区2 262bp、CDS区1 260bp、3′侧翼区358bp),编码419个氨基酸残基。生物信息学分析结果显示,蓝狐MITF-M基因5′侧翼区存在潜在的启动子区域(-86~-336bp),且发现TATA框、CAAT框、GC框和CRE等调控元件及CREB、LSF和Sp1等多种转录因子。MITFM基因编码的蛋白是定位于细胞核和细胞质的不稳定、可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位结果提示该蛋白在细胞核、细胞质和线粒体的概率较高,分别为65.2%、17.4%和8.7%。DNAMAN软件对MITF-M基因编码蛋白的二级结构预测发现,该蛋白由α螺旋(33.66%)、β折叠(16.66%)和无规卷曲(49.68%)组成,且不存在跨膜区域和信号肽。蓝狐与其他物种MITF-M基因编码的氨基酸序列同源性对比和系统进化树分析均提示蓝狐与犬的遗传亲缘关系最近,与哺乳动物和禽类均具有较高的同源性(89.1%),说明MITF-M基因编码区在物种进化过程中较为保守。本研究为深入研究MITF-M基因调控狐狸被毛颜色的分子遗传机制奠定了理论基础。 相似文献