共查询到20条相似文献，搜索用时 31 毫秒
1.
水牛泌乳期与非泌乳期乳腺组织差异miRNAs的表达模式鉴定及分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探求水牛泌乳和非泌乳期关键调控差异表达miRNAs及其表达模式,试验结合Solexa高通量测序和生物信息学分析结果筛选出18个水牛乳腺组织在泌乳期和非泌乳期差异表达的miRNAs,设计、筛选可行的miRNAs反转录及实时荧光定量PCR引物,进行实时荧光定量PCR验证差异表达miRNAs的表达模式。结果发现,miRNA的差异表达模式与测序结果基本一致。泌乳期miRNA-103、miRNA-125a、miRNA-30a-5p和miRNA-148a的表达量均显著高于非泌乳期（P<0.05）;miRNA-29a在非泌乳期表达量显著高于泌乳期（P<0.05）;miRNA-141、miRNA-125b和miRNA-497在泌乳期表达量均高于非泌乳期,但差异不显著（P>0.05）;低丰度的miRNA-490和miRNA-592在泌乳期表达量均显著高于非泌乳期（P<0.05）。Novel-123b在泌乳期和非泌乳期差异不显著（P>0.05）,Novel-57在泌乳期比非泌乳期高29.79倍（P<0.01）。本试验结果为后续水牛乳腺研究提供了16个miRNA的可用特异性反转录引物和实时荧光定量PCR引物,miRNA-103、miRNA-125a、miRNA-30a-5p、miRNA-148a、miRNA-29a和Novel-57 6个水牛差异表达miRNAs值得进一步研究。 相似文献
2.
《畜牧兽医学报》2016,(11)
旨在探讨bbu-miR-103-1在水牛泌乳期和非泌乳期的差异表达模式,并预测其靶向调控基因及功能。本研究应用qRT-PCR检测bbu-miR-103-1,在水牛泌乳期和非泌乳期的差异表达。构建bbu-miR-103-1前体表达质粒LpEZX-pre-miR-103-1,并在293T细胞中包装高滴度的慢病毒颗粒,用于感染水牛乳腺上皮细胞实现过表达bbu-miR-103-1,同时应用化学合成的bbu-miR-103-1抑制剂转染水牛上皮细胞实现抑制表达bbu-miR-103-1,研究bbu-miR-103-1对PANK3及乳脂代谢相关基因表达的影响。结果表明,水牛泌乳期bbu-miR-103-1的相对表达量为非泌乳期的5.29倍(P0.01);成功构建的慢病毒载体LpEZX-pre-miR-103-1包装获得了感染滴度为3.47×106PFU·mL-1的慢病毒颗粒;过表达和抑制表达bbu-miR-103-1分别极显著下调和上调了水牛乳腺上皮细胞PANK3基因的相对表达量(P0.01);过表达bbu-miR-103-1极显著提高了ACACA、GPAM、DGAT1和PDK4基因的表达(P0.01),对SREBP1c、ADFP、CD36、ACSS1等基因产生了显著的上调作用(P0.05)。过表达bbu-miR-103-1通过下调PANK3的表达,反馈提高了SREBP1c的mRNA水平,促进了以ACACA开头的脂肪酸从头合成。表明bbu-miR-103-1对水牛乳脂肪合成有十分重要的促进作用,为揭示水牛高乳脂形成和调控机理提供了分子依据。 相似文献
3.
《中国家禽》2016,(6)
为探明鹅卵巢miRNA-10基因家族(miRNA-10s)在生殖周期内的表达变化规律,从Solexa深度测序鹅卵巢miRNA表达谱中获取miR-10s家族成员(miR-10、miR-10a、miR-10b、miR-10c、miR-10d、miR-100、miR-100a、miR-100b)成熟序列,并进行序列分析,选择表达丰度较高的miR-10s家族成员(miR-10a、miR-10d、miR-100a)进行RT-qPCR检测。结果发现,鹅卵巢miRNA-10s的成熟序列同源性很高,序列长度(20~24 nt)相近,保守碱基14个,其前体序列具有典型的二级茎环结构。RT-qPCR检测结果显示,miR-100a在排卵前期和就巢期卵巢表达量极显著高于开产前期和排卵后期(P0.01),而miR-10a和miR-10d在各个生殖周期内表达变化不大(P0.05),提示鹅卵巢miR-100a在生殖周期内发挥了一定作用。 相似文献
4.
MicroRNAs（miRNAs）是一种长11~22 nt,具有调节作用的小分子RNA,可通过抑制蛋白质的合成和降解mRNAs来沉默靶基因。猪因具有产肉特性,成为了农业生产中一种重要的动物,此外,由于其与人类的亲缘关系较近,与小鼠模型相比,猪更具有作为模型组织的巨大的生物医学重要性。到目前为止,在哺乳动物中（如人、老鼠等）已鉴定出数百个miRNAs,但猪基因组中的miRNAs研究却较少。因此,本试验对猪不同组织中的保守miRNAs进行了鉴定,并对其表达模式进行了分析。通过对猪心脏、肝脏和胸腺中提取的混合RNA进行测序,构建了一个小RNA基因库,在该基因库中共鉴定出了120个保守的miRNA。对14个不同组织中的保守miRNAs进行表达分析。结果表明,miR-499和miR-208在心脏中特定表达,miR-122在肝脏中特定表达。除此之外,miR-1和miR-133、miR-181a和miR-142-3p、miR-194、miR-143在心脏、胸腺、肝脏和胃中均有较高的表达水平;miR-22、miR-26b、miR-29c和miR-30c在不同的猪组织中均有表达。猪不同组织中特定的miRNAs表达模式并不相同。 因此,本研究鉴定出了120个miRNAs,并对其在猪不同组织中的特定表达进行了检测,为对猪和一些相关的哺乳动物（包括人）转录后的基因调控感兴趣的分子生物学家、育种工作者、生物医学研究者提供了宝贵的资料。 相似文献
5.
本试验选取了miR-1、miR-133、miR-24、miR-122、miR-103、miR-143、let7 7个miRNAs,旨在对其表达量及靶基因表达谱进行分析.选用4只绒山羊的背部和后腿肌肉提取RNA,反转录后,利用SYBR荧光定量PCR来检测各miRNAs的表达量,并采用靶基因指纹图谱(MTFP)技术获得各miRNAs的靶基因表达谱.结果表明,miR-NA表达量依次为:miR-1＞ miR-133＞ miR-24＞ let7＞ miR-143＞ miR-103＞ miR-122,其中miR-1和miR-133表达规律相似,且这7个miRNAs在成羊中的表达量均高于羔羊;此外,miRNAs表达量的差异还受性别影响,且miR-NA表达量与靶基因个数及其表达量之间具有相关性.对5个miRNAs的10个靶基因测序并比对,表明靶基因分别编码与信号转导、细胞周期等相关的蛋白.通过这7个miRNAs与其靶基因表达的分析,揭示了肌肉发育相关miRNAs及脂肪发育相关miRNAs在绒山羊骨骼肌中的异同,有利于绒山羊肉质基因的研究. 相似文献
6.
试验旨在克隆并构建水牛miR-302s慢病毒真核表达载体(bbu-miR-302s),对其进行生物信息学分析,并尝试将该载体应用于水牛体细胞重编程中。以水牛基因组DNA为模板扩增得到bbu-miR-302s前体序列,测序正确后将其连入pLVX-IRES-ZsGreen1构建重组慢病毒真核表达载体。重组的慢病毒真核表达载体经过酶切鉴定正确后,采用脂质体转染方法包装慢病毒颗粒,通过感染HEK-293T细胞及猪和水牛体细胞,检测重组慢病毒载体的有效性。bbu-miR-302s有效感染水牛胎儿成纤维细胞(BFF)后,经诱导培养,检测能否产生水牛诱导多能干细胞(iPSC)。采用CoGeMiR数据库查询法和SnapGene Viewer软件进行miR-302s家族在基因组中的定位分析;利用ClustalX 1.83软件分析miR-302s序列保守性;利用TargetScan和miRWalk软件预测bbu-miR-302s主要的靶基因,并运用DAVID程序对靶基因进行信号通路富集。测序结果显示,扩增获得的序列是水牛miR-302s家族,包装的重组慢病毒滴度为7.2×10~6TU/mL,并可以有效感染3个物种的体细胞。bbu-miR-302s病毒感染BFF后,细胞经历形态变化并发生聚集形成克隆样,碱性磷酸酶检测阳性,但多能基因及表面抗原检测结果均为阴性,说明单因子miR-302s不足以完全重编程BFF为水牛iPSC,但促进了重编程进程。CoGeMiR数据库检索发现,miR-302s家族主要位于LARP7基因的内含子区;SnapGene Viewer软件进一步分析发现,bbu-miR-302s位于水牛7号染色体LARP7基因的内含子区。序列同源性分析表明,miR-302s家族成员间及miR-302s簇成员在不同物种间均高度保守。水牛miR-302s主要靶基因共255个,这些靶基因主要集中在33个信号通路中,其中PGK信号通路与胰高血糖素信号转导及调控干细胞信号通路最为显著。本研究结果为后续开展miR-302s簇在体细胞重编程中的作用奠定基础。 相似文献
7.
试验旨在克隆并构建水牛miR-302s慢病毒真核表达载体（bbu-miR-302s）,对其进行生物信息学分析,并尝试将该载体应用于水牛体细胞重编程中。以水牛基因组DNA为模板扩增得到bbu-miR-302s前体序列,测序正确后将其连入pLVX-IRES-ZsGreen1构建重组慢病毒真核表达载体。重组的慢病毒真核表达载体经过酶切鉴定正确后,采用脂质体转染方法包装慢病毒颗粒,通过感染HEK-293T细胞及猪和水牛体细胞,检测重组慢病毒载体的有效性。bbu-miR-302s有效感染水牛胎儿成纤维细胞（BFF）后,经诱导培养,检测能否产生水牛诱导多能干细胞（iPSC）。采用CoGeMiR数据库查询法和SnapGene Viewer软件进行miR-302s家族在基因组中的定位分析;利用ClustalX 1.83软件分析miR-302s序列保守性;利用TargetScan和miRWalk软件预测bbu-miR-302s主要的靶基因,并运用DAVID程序对靶基因进行信号通路富集。测序结果显示,扩增获得的序列是水牛miR-302s家族,包装的重组慢病毒滴度为7.2×106TU/mL,并可以有效感染3个物种的体细胞。bbu-miR-302s病毒感染BFF后,细胞经历形态变化并发生聚集形成克隆样,碱性磷酸酶检测阳性,但多能基因及表面抗原检测结果均为阴性,说明单因子miR-302s不足以完全重编程BFF为水牛iPSC,但促进了重编程进程。CoGeMiR数据库检索发现,miR-302s家族主要位于LARP7基因的内含子区;SnapGene Viewer软件进一步分析发现,bbu-miR-302s位于水牛7号染色体LARP7基因的内含子区。序列同源性分析表明,miR-302s家族成员间及miR-302s簇成员在不同物种间均高度保守。水牛miR-302s主要靶基因共255个,这些靶基因主要集中在33个信号通路中,其中PGK信号通路与胰高血糖素信号转导及调控干细胞信号通路最为显著。本研究结果为后续开展miR-302s簇在体细胞重编程中的作用奠定基础。 相似文献
8.
《经济动物学报》2016,(2)
为制备梅花鹿鹿茸顶端间充质组织及软骨组织miRNA芯片,分离鹿茸间充质和软骨组织细胞,利用TRIzol试剂法分别提取细胞的总RNA,并进行miRNA生物素标记,将标记的小RNA在miRNA芯片上进行杂交反应,再进行芯片扫描及数据处理,应用相对荧光定量Real-time PCR法验证部分miRNA芯片结果的可靠性。研究结果显示:筛选得到鹿茸间充质和软骨组织miRNA差异表达谱。间充质部位存在的miRNA为289个,软骨部位存在的miRNA条数为304条。其中间充质组织中117个miRNA表达上调,71个miRNA表达下调;软骨组织中97个miRNA表达上调,87个miRNA表达下调;两个组织中共同存在且具有显著差异性表达的miRNA为158个。Real-time PCR法验证结果显示,相对于间充质细胞,miR-1、miR-18a、miR-18b、miR-19a、miR-19b、miR-20b和miR-let-7f的表达均上调;而miR-99b、miR-130b及miR-184的表达均下调,与芯片结果一致。 相似文献
9.
试验旨在探索产肠毒素大肠杆菌（enterotoxigenic Escherichia coli，ETEC）感染猪小肠上皮细胞（IPEC-J2）诱导的microRNA （miRNA）表达谱变化，为解析宿主miRNA在ETEC感染过程中的调控作用提供理论基础。利用Illumina 6000 Novoseq SE50测序平台分别对ETEC感染前后的IPEC-J2进行高通量测序，用Bowtie与参考基因组比对，用DESeq R Package进行miRNA差异性分析。通过miRanda和RNAhybid共同预测差异表达miRNA的靶基因，对差异表达miRNA靶基因进行GO功能和KEGG通路分析。随机选取5个miRNAs，对测序结果进行实时荧光定量PCR验证。结果显示，IPEC-J2在感染前后的sRNA文库经过滤分别得到12 889 260和11 203 056条clean reads。感染前后文库中，miRNA所占比例最高，分别为73.16%和54.10%；分别有97.98%和69.83%长度为18~40 nt的sRNA可比对到参考基因组，表明测序质控良好。长度在22~24 nt的序列大部分首位碱基偏向U，2~8位点出现频率最高的碱基分别为AGCUUAU。共发现311个已知miRNAs，128个新miRNAs。在2个文库中，长度为23 nt的miRNA序列占比最高，分别为41.42%和23.56%。感染后共筛选到140个差异表达miRNAs，其中74个表达上调，66个表达下调。GO分析表明，miRNA靶基因显著富集于代谢过程、正向调节代谢过程、细胞成分或生物合成、免疫系统、细胞内部分和细胞器等功能。KEGG分析表明，差异表达miRNA靶基因显著富集于赖氨酸降解、生产IgA的肠道免疫网络、NF-κB信号通路和T细胞受体信号通路等。实时荧光定量PCR验证结果表明，随机选取的5个miRNAs表达趋势与测序结果一致，表明测序准确可靠。综上所述，IPEC-J2的miRNAs参与了ETEC感染过程，为进一步揭示调控ETEC感染的关键miRNA及其作用机制提供科学依据。 相似文献
10.
《中国畜牧杂志》2021,(5)
为探究miR-143-3P对从江香猪的表达调控作用,本研究通过SWChen 2.3程序筛选出PRKAA1基因3'-UTR相关的miRNAs,利用生物信息学软件分析其保守性,采用茎环法设计引物克隆miR-143-3P序列,运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测该miRNA在从江香猪各组织中的表达水平。结果表明:通过SWChen2.3软件与高通量测序筛选出共同miRNAs有8个,以其中的miR-143-3P为研究对象;成功克隆出miR-143-3P成熟序列;生物信息学分析发现miR-143-3P在各物种中具有较高的保守性;miR-143-3P在从江香猪各组织均有表达,其中在肝、脾、胃组织中的表达量极显著高于其他组织。 相似文献
11.
《畜牧兽医学报》2017,(5)
本研究旨在建立水牛卵母细胞体外成熟培养前后GV/MⅡ(Germinal vesicle,GV)/(MetaphaseⅡ,MⅡ)期对应的卵丘细胞miRNA数据库,筛选两个时期差异表达的miRNAs,为进一步阐明miRNA通过调控卵丘细胞中基因表达进而在卵母细胞成熟过程中发挥的重要作用提供科学依据。分别收集水牛GV/MⅡ期的卵丘细胞,提取总RNA,利用Solexa测序技术获取小RNA测序数据,并进行生物信息学分析。结果表明:本研究成功构建了GV/MⅡ期卵丘细胞miRNA的表达谱,发现相对于GV期卵丘细胞,miRNA在MⅡ期卵丘细胞中表达差异显著上调的有24个,表达差异显著下调的有45个。采用qRT-PCR技术对随机筛选的8个miRNAs进行验证,证实其表达水平和RNA-seq分析结果相一致。结合靶基因预测和KEGG富集分析,获得了276条显著富集的信号通路;同时对富集前20的信号通路进行归纳总结,推测差异表达的miRNAs主要是通过细胞增殖、凋亡,物质代谢,细胞连接等途径在卵丘细胞中发挥作用。 相似文献
12.
为了探索卵巢microRNA （miRNA）在初产母猪生殖调控中的作用,本研究利用Illumina高通量测序技术检测了乏情和发情初产母猪卵巢miRNA的表达谱,并对表达量较高且差异显著的miRNA进行生物信息学分析。结果显示,本研究构建的两个small RNA文库共鉴定出503个miRNAs,其中已知的303个,新预测的200个。在已知的miRNA中,ssc-miR-10b在两个文库中的表达量最高,其次为ssc-miR-143-3p和ssc-miR-26a;在新预测的miRNA中,chr13_2637_mature在两个文库中的表达量最高,其次为chr8_9994_mature。与发情母猪相比,共有145个miRNAs发生显著变化（read counts>10,∣log2（fold-change）∣>1）,上调114个,下调31个。在进一步筛选的31个表达量较高且差异显著的miRNAs（read counts>1 000,∣log2（fold-change）∣>1）中,新预测的chr13_2585_mature上调倍数最高,且只在乏情母猪卵巢中表达。31个miRNAs共预测到7 388个靶基因,KEGG信号通路分析显示,有2 788个靶基因注释到了297个KEGG通路,前20个最富集的通路部分与生殖过程或生殖活动调控相关,表明这31个miRNAs参与了初产母猪的生殖调控。本研究结果丰富了猪miRNA数据资源,为进一步深入研究初产母猪的繁殖性能提供了理论依据。 相似文献
13.
研究旨在从香猪卵巢small RNA测序数据中挖掘调控香猪繁殖的microRNA （miRNA）,解析miRNA调控香猪卵巢功能及繁殖性状的分子机制,对于猪的遗传选育具有重要意义。研究选取发情期和间情期的香猪各4头,屠宰后取其卵巢组织,提取总RNA进行small RNA测序,利用生物信息学方法检测miRNA表达谱,筛选差异表达的miRNA,预测差异表达miRNA靶基因,并对靶基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果显示,香猪卵巢组织中miRNA在染色体上呈不均匀分布,主要分布于1号染色体和X染色体上。香猪卵巢中共有627个已知猪miRNAs表达,其中有34个差异表达miRNAs,表达量前五的分别是miR-23、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p。GO功能分析结果显示,靶基因主要参与的生物学过程是细胞过程（cellular process）,主要分布于细胞（cell）,主要分子功能是结合（binding）;KEGG显著富集通路中,促性腺激素释放激素受体通路（gonadotropin-releasing hormone receptor pathway）、胰岛素样生长因子通路（IGF pathway）和表皮生长因子受体信号通路（EGF receptor signaling pathway）与卵母细胞的发育成熟相关,因此推测miR-23b、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p和miR-1271-5p可能参与了香猪繁殖调控。本研究初步筛选出5个可能调控香猪繁殖性能的miRNAs,可为从分子水平提高香猪产仔数提供理论基础。 相似文献
14.
旨在分析不同发育阶段绵羊卵巢组织中miRNA的表达水平,了解miRNA表达及其调控机理。本研究采用转录组测序技术鉴定1和8月龄湖羊卵巢组织中的miRNA,运用生物信息学方法对差异表达的miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG功能注释,筛选参与卵巢发育的miRNAs。结果显示,6个样品中检测到的已知miRNA个数分别为2 186、2 091、2 217、2 136、2 176、2 088,新miRNA的个数分别为613、567、668、640、662、450。筛选到701个差异表达novel miRNAs,38个差异表达已知miRNAs。对差异表达miRNAs的靶基因进行GO和KEGG分析,发现主要富集在血管内皮生长因子通路和卵巢类固醇生成等过程。对3个差异miRNAs进行qRT-PCR验证,与测序结果一致。oar-let-7b、oar-miR-29a、oar-miR-134-3p、oar-miR-541-3p等的靶基因富集在TGF-beta通路、卵巢卵泡生长等与卵巢发育相关的生物过程。oar-miR-148a、oar-miR-136的靶基因调控颗粒细胞增殖和类固醇生成,可能参与调控绵羊卵巢发育。 相似文献
15.
miR-92a对奶山羊乳腺上皮细胞增殖及凋亡的调控分析 总被引：2，自引：1，他引：1
miRNAs是对哺乳动物乳腺组织发育及泌乳机能进行调控的重要因子。本研究依据已有的关中奶山羊乳腺组织miRNA表达谱,选择不同泌乳时期差异表达的miR-92a为研究对象,探究miR-92a对山羊乳腺上皮细胞（GMEC）增殖及凋亡的调控作用,并挖掘其潜在的调控基因。采用荧光定量PCR、MTT检测、EdU检测及流式细胞术,检测miR-92a在不同泌乳时期乳腺组织的表达情况,并在细胞水平检测miR-92a对乳腺上皮细胞增殖、凋亡及细胞周期的调控作用。利用RNA-seq技术,分析过表达miR-92a乳腺上皮细胞中的差异表达基因。qRT-PCR结果显示,miR-92a在奶山羊泌乳初期乳腺组织中表达量极显著高于泌乳中期（P<0.01）,表明miR-92a可能对奶山羊泌乳性状有重要的调控作用。GMEC过表达miR-92a后,试验结果显示：与NC对照组比较,miR-92a过表达组的EdU阳性细胞数极显著减少（P<0.01）,S期的细胞数显著下降、G1期的细胞数显著增加,同时miR-92a组的凋亡细胞数目显著增加（P<0.05）。采用RNA-seq,构建了miR-92a过表达mRNA文库,发现下调基因54个,上调基因160个。GO terms及KEGG通路分析显示差异表达基因调控乳腺上皮细胞多种生物学功能。以上结果表明miR-92a促进GMEC凋亡、抑制其增殖,测序结果进一步证明miR-92a对奶山羊乳腺发育及泌乳性能具有潜在的调控作用。 相似文献
16.
《畜牧兽医学报》2020,(1)
miRNAs是对哺乳动物乳腺组织发育及泌乳机能进行调控的重要因子。本研究依据已有的关中奶山羊乳腺组织miRNA表达谱,选择不同泌乳时期差异表达的miR-92a为研究对象,探究miR-92a对山羊乳腺上皮细胞(GMEC)增殖及凋亡的调控作用,并挖掘其潜在的调控基因。采用荧光定量PCR、MTT检测、EdU检测及流式细胞术,检测miR-92a在不同泌乳时期乳腺组织的表达情况,并在细胞水平检测miR-92a对乳腺上皮细胞增殖、凋亡及细胞周期的调控作用。利用RNA-seq技术,分析过表达miR-92a乳腺上皮细胞中的差异表达基因。qRT-PCR结果显示,miR-92a在奶山羊泌乳初期乳腺组织中表达量极显著高于泌乳中期(P0.01),表明miR-92a可能对奶山羊泌乳性状有重要的调控作用。GMEC过表达miR-92a后,试验结果显示:与NC对照组比较,miR-92a过表达组的EdU阳性细胞数极显著减少(P0.01),S期的细胞数显著下降、G1期的细胞数显著增加,同时miR-92a组的凋亡细胞数目显著增加(P0.05)。采用RNA-seq,构建了miR-92a过表达mRNA文库,发现下调基因54个,上调基因160个。GO terms及KEGG通路分析显示差异表达基因调控乳腺上皮细胞多种生物学功能。以上结果表明miR-92a促进GMEC凋亡、抑制其增殖,测序结果进一步证明miR-92a对奶山羊乳腺发育及泌乳性能具有潜在的调控作用。 相似文献
17.
奶牛乳脂代谢关键miRNAs的筛选及鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在探究影响中国荷斯坦奶牛乳脂代谢过程的关键miRNAs及靶mRNAs。本研究选择泌乳中后期(150～220 d)的第一胎次且乳脂率具有极端差异的8头宁夏荷斯坦奶牛，根据乳脂率的差异分为两组：高乳脂组和低乳脂组，每组4个重复。采集8头奶牛的奶样分离乳腺上皮细胞，进行转录组测序和生物信息学分析，筛选出差异表达miRNA-mRNA并与乳脂率进行相关性分析。通过实时荧光定量PCR验证miRNAs和mRNAs表达。结果表明，8个small RNA (sRNA)文库测序获得11 976 914~16 235 680的clean reads，占总raw reads的比例均在97%以上，Q30达到91%以上，sRNA片段长度主要分布在21~24 nt。在高乳脂组和低乳脂组间共鉴定了34个差异表达miRNAs (16个上调，18个下调)。GO和KEGG富集分析表明，差异表达miRNAs的靶基因在细胞内信号转导、单一生物体过程、激酶结合和磷酸转移酶活性等功能条目显著富集，并且显著富集到TNF信号传导途径、MAPK信号传导途径、Ras信号传导途径、Rap1信号通路和催产素信号传导途径等乳脂代谢相关通路。通过miRNA-mRNA综合分析，共获得16个miRNA-靶基因对，其中miR-1343-3p和MTM1与乳脂率显著负相关，miR-370、miR-2285cb和SRRM2与乳脂率显著正相关。RT-qPCR验证差异表达miRNA和mRNA与转录组测序表达趋势一致。这些结果从miRNA和mRNA水平探究了宁夏地区荷斯坦奶牛乳脂代谢的功能机制，鉴定出miR-370-MTM1、miR-1343-3p-DIS3L2、miR-2285cb-XLOC-122799和miR-2387-SRRM2互作对可能是调控奶牛乳脂代谢的关键因子。 相似文献
18.
《畜牧兽医学报》2016,(1)
小分子RNA(miRNA)是近年来发现的一类内源性、非编码单链小RNA,其在乳腺组织免疫防御过程中发挥的调控作用逐渐引起了人们的关注。作者拟用qRT-PCR检测炎症相关miRNAs在LPS诱导的小鼠乳腺上皮细胞炎症反应中的表达变化;构建3种miR-223真核表达载体并检验重组载体的转染效率。用不同浓度LPS处理小鼠乳腺上皮细胞(EpH4-Ev)48h,qRT-PCR检测miR-223、miR-146a、miR-181a和miR-155的表达变化。以EpH4-Ev细胞基因组DNA为模板,PCR扩增pre-miR-223序列,以质粒Minicircle、pcDNA3.1(+)和转座子piggyBac为母本构建3种miR-223真核表达载体,将其转染EpH4-Ev细胞,通过观察荧光、qRT-PCR检测miR-223的表达,评价重组质粒转染效率。结果:qRT-PCR检测结果表明,LPS诱导EpH4-Ev细胞炎症反应时,4种炎症相关miRNAs的表达均显著(P0.05或P0.01)增加,并呈现不同程度的剂量依赖性;重组质粒转染EpH4-Ev细胞后,qRT-PCR检测结果显示,Mini-miR-223质粒转染组的miR-223表达水平无统计学差异(P0.05);PBmiR-223和pcDNA-miR-223转染EpH4-Ev细胞后,miR-223的表达均极显著(P0.001)增加。本研究表明炎症相关miRNAs参与LPS诱导小鼠EpH4-Ev细胞的炎性反应过程。成功构建3种miR-223真核表达载体,为后续miRNAs在乳腺炎症反应中的功能研究奠定基础。 相似文献
19.
旨在探索体外成熟前后猪卵母细胞miRNAs表达谱，并筛选参与调控Npm2基因表达的miRNAs。本试验回收屠宰场猪卵巢，收集GV期卵母细胞，经体外成熟培养后获得MⅡ期卵母细胞，分别提取约130个GV期和MⅡ期卵母细胞总RNA进行Illumina HiSeqTM 2500测序，获取miRNA测序数据，每个处理重复3次，筛选差异表达microRNAs并进行靶基因GO和KEGG聚类分析。结果表明，本研究成功构建了GV期和MⅡ期猪卵母细胞miRNAs表达谱，GV期和MⅡ期卵母细胞差异表达miRNAs有95个，具有相似表达模式的miRNA聚为一类，对95个差异表达miRNAs进行靶基因预测，共得到3 967个靶基因，经GO和KEGG富集分析表明，这些靶基因被富集于5 194个GO条目和212个信号通路，其中参与卵母细胞减数分裂成熟的信号通路有2个。在差异表达miRNAs中筛选到5个与Npm2基因相关的miRNAs。采用qRT-PCR对其中2个miRNAs进行验证，证实其表达趋势与测序结果一致。本研究筛选了GV期和MⅡ期卵母细胞差异表达miRNAs，推测差异表达的miRNAs可能通过代谢、卵母细胞减数分裂相关通路、孕激素介导的卵母细胞成熟通路等途径在卵母细胞体外成熟过程中发挥作用，并筛选出调控Npm2基因表达的miRNAs，研究结果可为进一步阐明miRNA对Npm2基因的调控及其在卵母细胞成熟过程中的作用提供依据。 相似文献
20.
为了探索卵巢microRNA(miRNA)在初产母猪生殖调控中的作用,本研究利用Illumina高通量测序技术检测了乏情和发情初产母猪卵巢miRNA的表达谱,并对表达量较高且差异显著的miRNA进行生物信息学分析。结果显示,本研究构建的两个small RNA文库共鉴定出503个miRNAs,其中已知的303个,新预测的200个。在已知的miRNA中,ssc-miR-10b在两个文库中的表达量最高,其次为ssc-miR-143-3p和ssc-miR-26a;在新预测的miRNA中,chr13_2637_mature在两个文库中的表达量最高,其次为chr8_9994_mature。与发情母猪相比,共有145个miRNAs发生显著变化(read counts10,∣log2(fold-change)∣1),上调114个,下调31个。在进一步筛选的31个表达量较高且差异显著的miRNAs(read counts1 000,∣log2(fold-change)∣1)中,新预测的chr13_2585_mature上调倍数最高,且只在乏情母猪卵巢中表达。31个miRNAs共预测到7 388个靶基因,KEGG信号通路分析显示,有2 788个靶基因注释到了297个KEGG通路,前20个最富集的通路部分与生殖过程或生殖活动调控相关,表明这31个miRNAs参与了初产母猪的生殖调控。本研究结果丰富了猪miRNA数据资源,为进一步深入研究初产母猪的繁殖性能提供了理论依据。 相似文献