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1.
对1株Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046进行了全基因组序列测定和遗传进化分析.结果表明,该分离株基因组长度为15 198 nt,符合"六碱基原则".与Ⅱ类新城疫病毒的基因组序列相比,该分离株在基因组P基因的2 381～2 382 nt的位置(根据La Sota株的基因组序列,包含15 186 nt)有12 nt的插入(TGGGAGACGGGG).NDV08-046株F蛋白裂解位点的序列为112-ERQERL-117,具有典型的新城疫弱毒株特征.全基因组的遗传进化分析显示,所有的新城疫毒株能够被分为2个明显不同的分支,即Ⅰ类和Ⅱ类,NDV08-046分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因2型. 相似文献
2.
为研究当前流行的新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）基因型、致病性及其与传统新城疫病毒疫苗株（La Sota等）的核苷酸差异,试验从某发病鸡场病死鸡体内分离到1株疑似NDV毒株,经红细胞凝集试验（HA）和红细胞凝集抑制试验（HI）初步确定为鸡源NDV。参照GenBank公布的NDV F基因部分片段（登录号：JF950510.1）设计1对引物,通过RT-PCR技术扩增分离株的F基因并克隆、测序,测序结果与NCBI中NDV F基因序列进行比对,构建系统进化树并分析其基因型;通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）、1日龄鸡脑内致病指数（ICPI）和6周龄鸡静脉致病指数（IVPI）判断病毒致病性;参照GenBank公布的NDV全基因组序列（登录号：JF950510.1）设计9对引物对分离株进行全基因组序列测定,并分析其基因组结构。结果表明,RT-PCR扩增得到F基因长约500 bp,基于F基因构建的系统进化树显示分离株为基因Ⅶ型NDV;MDT、ICPI和IVPI分别为52.8 h、1.675和2.46,表明分离株属于强毒株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组全长15 192 bp,与传统La Sota株基因组相比,序列多出6个碱基,核苷酸序列同源性82.8%。本研究成功分离到1株基因Ⅶ型NDV强毒株,且与传统疫苗毒株La Sota的核苷酸序列同源性差异较大。 相似文献
3.
从长春地区分离到一株新城疫病毒,经过对其进行生物学研究表明该毒株具有新城疫病毒弱毒株的一些特性,本试验通过ＲＴ－ＰＣＲ方法测定出该毒株Ｆ基因的核苷酸序列为１７５８ｂｐ,编码有５３３个氨基酸残基;ＨＮ基因核苷酸序列为１７３１ｂｐ,编码５７７个氨基酸残基,与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较。Ｆ基因核苷酸序列的同源性在８８．２％～９６．７％之间,氨基酸序列同源性在９０．１％～９ 相似文献
4.
新城疫流行株GX-08全基因序列分析及其对鸭的致病性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
2008年从患病免疫鸡群中分离到1株新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）流行株,经致病指数测定为强毒株,编号为GX-08。致病性试验表明,GX-08株对鸭具有感染性和致病性。参照GenBank发表的NDV基因序列设计10对特异性引物,采用RT-PCR方法对GX-08株全基因组序列分段进行扩增。拼接后序列分析表明GX-08株的全基因组序列总长为15192 nt,包含6个开放阅读框,分别编码6种蛋白质NP、P、M、F、HN和L。F基因裂解位点处的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株氨基酸序列特点。F基因第47—420位片段基因分型分析结果表明,该流行株属于基因Ⅶ型。 相似文献
5.
采用RT-PCR技术对Ⅰ类新城疫病毒(NDV)09-014分离株完整的融合蛋白(F)基因和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因进行了扩增和遗传进化分析。F基因的序列测定结果表明:该分离株F基因全长为1 792 bp,可编码553个氨基酸,裂解位点的氨基酸组成为112E-R-Q-E-R-L117,具有典型的新城疫弱毒株特征。同源性分析表明本分离株的F基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93%～95.2%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于70.6%～72.4%。HN基因的序列测定结果表明:HN基因全长2 001 bp,可编码616个氨基酸,同源性分析表明本分离株的HN基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性在92.7%～94.7%之间,而与Ⅱ类新城疫病毒同源性较低,为70.7%～71.5%。根据完整的F基因和HN基因构建的遗传进化树均表明:本分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因3型,因此Ⅰ类新城疫病毒的F基因和HN基因具有相似的进化速率。 相似文献
6.
为研究当前流行的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基因型、致病性及其与传统新城疫病毒疫苗株(La Sota等)的核苷酸差异,试验从某发病鸡场病死鸡体内分离到1株疑似NDV毒株,经红细胞凝集试验(HA)和红细胞凝集抑制试验(HI)初步确定为鸡源NDV。参照GenBank公布的NDV F基因部分片段(登录号:JF950510.1)设计1对引物,通过RT-PCR技术扩增分离株的F基因并克隆、测序,测序结果与NCBI中NDVF基因序列进行比对,构建系统进化树并分析其基因型;通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)、1日龄鸡脑内致病指数(ICPI)和6周龄鸡静脉致病指数(IVPI)判断病毒致病性;参照GenBank公布的NDV全基因组序列(登录号:JF950510.1)设计9对引物对分离株进行全基因组序列测定,并分析其基因组结构。结果表明,RT-PCR扩增得到F基因长约500bp,基于F基因构建的系统进化树显示分离株为基因Ⅶ型NDV;MDT、ICPI和IVPI分别为52.8h、1.675和2.46,表明分离株属于强毒株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组全长15 192bp,与传统La Sota株基因组相比,序列多出6个碱基,核苷酸序列同源性82.8%。本研究成功分离到1株基因Ⅶ型NDV强毒株,且与传统疫苗毒株La Sota的核苷酸序列同源性差异较大。 相似文献
7.
本研究对2009年实验室保存的一株Class Ⅰ新城疫病毒分离株NDV09-056的NP和P基因进行了扩增和序列分析,对其分子特征和遗传进化关系进行了分析。结果表明该分离株NP蛋白基因全长为1746nt,共编码489aa,其N端1～401氨基酸相对比较保守,C端402～479氨基酸变化比较大;同源性分析表明本分离株的NP蛋白基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93.5%～98.5%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于77.0%～79.2%。P蛋白主要氨基酸突变区集中在57～107aa和135～212aa两个区域,而N端和C端相对保守;同源性分析表明本分离株的P蛋白基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为90.4%～95.3%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于68.3%～72.5%。遗传进化分析表明本分离株与Ⅰ类基因3型新城疫病毒代表株NDV08-004的亲缘关系最近。 相似文献
8.
本研究对2009年实验室保存的一株ClassI新城疫病毒分离株NDV09—056的NP和P基因进行了扩增和序列分析,对其分子特征和遗传进化关系进行了分析。结果表明该分离株NP蛋白基因全长为1746nt,共编码489aa,其N端1-401氨基酸相对比较保守,C端402-479氨基酸变化比较大;同源性分析表明本分离株的NP蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93．5％-98．5%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于77．0％～79．2％。P蛋白主要氨基酸突变区集中在57～107aa和135-212aa两个区域,而N端和C端相对保守;同源性分析表明本分离株的P蛋白基因与I类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为90．4％-95．3％,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于68．3％～72．5％。遗传进化分析表明本分离株与I类基因3型新城疫病毒代表株NDV08．004的亲缘关系最近。 相似文献
9.
猪源新城疫病毒JL01株分离鉴定及F基因遗传进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
2000年,在吉林省某猪场发生具有较高发病率和死亡率的急性传染病,发病率达到40%～50%,病死率15%,取其脾、肺、肾等组织进行电镜观察,可见副黏病毒样颗粒,表明其病原可能为某种猪源副黏病毒,命名为JL01株。在对该病毒的的血凝、血凝抑制等生物学特性进行鉴定后,初步确定该种猪副黏病毒为猪源新城疫病毒。病毒回归试验表明,纯化的病毒对猪仍有较强的致死性,并可从死亡猪体内分离到新城疫病毒。该病毒对鸡胚平均致死时间(MDT)、脑内致病指数(ICPI)和半数致死量(EID50)分别为55.2 h、1.60和10-7.5/0.1mL,表明该毒株属于新城疫病毒强毒株。在此基础上,采用RT-PCR方法克隆了猪源新城疫病毒F基因,与其它10株NDV毒株进行序列比较分析,结果表明,JL01株与B1、LaSota、Clone30等经典的新城疫病毒弱毒株同源性较高(91.5%～98.5%),与ZJ1、Mukteswar等强毒株的同源性较低。F基因氨基酸裂解位点的序列为112G-K-Q-G-R-L117,与弱毒株序列完全相同。基因分型结果表明,JL01株属于基因Ⅰ型。因此,本研究所分离到感染猪的新城疫病毒属于基因变异的新城疫病毒弱毒株,但其致病力与强毒株相当。 相似文献
10.
本研究从2008山东表现神经症状的某新城疫疫苗免疫鸡群中分离到一株病毒。通过鸡红细胞凝集试验和血凝抑制试验,表明为新城疫病毒,将其命名为ck/CH/LSD/08-29。根据GenBank上登录的新城疫病毒基因组序列,设计14对引物经过RT-PCR扩增病毒感染的尿囊液,同时应用3'-RACE和5'-RACE技术,扩增得到该病毒全部基因组序列。结果表明,该毒株基因组由15186个核苷酸序列组成,编码6种结构蛋白,在RNA上的顺序依次为3'-NP-P-M-F-HN-L-5'。F基因裂解位点处的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株氨基酸序列特点。通过F基因裂解位点附近高变区389个核苷酸序列构建遗传进化树,证明该毒株在分类地位上属于基因Ⅱ型。此外,病毒感染SPF鸡试验证明ck/CH/LSD/08-29毒株属于强毒嗜神经型毒株,能引起SPF鸡高致死率。 相似文献
11.
本试验应用一步法RT-PCR和荧光RT-PCR方法分离到一株新城疫病毒,并对此毒株F基因进行了克隆、测序和分析,发现F蛋白裂解位点氨基酸序列为112Arg-Arg-Gln-Lys-Arg-Phe117,与新城疫病毒强毒株特征相符,从分子水平上证明了本试验所分离毒株为新城疫强毒株。结合GenBank中其他新城疫参考株F基因序列进行比较发现,本试验所分离毒株与目前流行的强毒株Taiwan/95、SKY/03、SGM/01的F基因裂解位点氨基酸序列完全一致,而与传统疫苗毒La Sota株的裂解位点则不同。 相似文献
12.
试验从吉林省通化某地发病死亡鸭子病料中分离到1株具有血凝性的病毒,通过血凝试验、血凝抑制试验、血清中和试验及融合蛋白(F)基因的扩增测序,初步鉴定为新城疫病毒,命名为TH-1株。该病毒鸡胚平均死亡时间(MDT)、1日龄雏鸡脑内接种致病指数(ICPI)及6周龄鸡静脉接种致病指数(IVPI)分别为53.4 h、1.85和2.575,表明该新城疫病毒为强毒。F蛋白多肽裂解位点为112-RRQKRF-117,符合新城疫强毒株裂解位点氨基酸序列,进一步证明该毒株为新城疫强毒株。F基因核苷酸及氨基酸同源性比对发现,TH-1株与中国野鸭源新城疫病毒分离株mallard China HLJ株的同源性最高,核苷酸同源性达到了99.3%,同为新城疫基因Ⅶ型毒株,与目前新城疫流行的主要基因型Ⅶ型相一致,为鸭源新城疫的有效防制提供了理论基础。 相似文献
13.
2011年从广西防城港市1只患病白鹭中分离到1株新城疫病毒(命名为WBE-10),为了对其主要生物学特性及基因组序列进行研究,对该毒株进行了1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)的测定和全基因组扩增(RT-PCR)。结果显示:该病毒的ICPI值为1.846,表明该毒株属于强毒株,F基因的112～117位氨基酸序列为112R-R-R-K-R-F117,符合NDV强毒株的特征,该结果与ICPI的测定结果一致;F基因绘制的遗传进化树表明该毒株属于基因VIIa型,与Sukorejo/019/10株的亲缘关系最近,该分离株在全基因组序列与印度尼西亚鸡分离株Sukorejo/019/10较接近。本试验为进一步了解候鸟源携带新城疫病毒与家禽新城疫疫病传播、暴发之间的联系提供一定的科学依据。 相似文献
14.
15.
《上海畜牧兽医通讯》2016,(5)
根据已发表的新城疫病毒基因组序列,设计并合成了扩增F基因和HN基因的2对引物,利用RT-PCR扩增了3个广西分离株的F基因和HN基因片段,并将其分别克隆到pMDl8-T载体中。结果表明:上述分离株F基因序列全长为1 662bp,编码553个氨基酸;HN基因序列全长为1 716bp或1 734bp,编码571或577个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相同序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在83.8%~99.9%之间,氨基酸序列的同源性在88.4%~99.3%之间;HN基因核苷酸序列的同源性在80.9%~98.8%之间,氨基酸序列的同源性在86.9%~98.6%之间。系统进化树分析表明,GX21株NDV为基因Ⅰ型,GX215株NDV为基因Ⅱ型,GX117株NDV为基因Ⅶ型。 相似文献
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以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662 bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。 相似文献
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一株鸽源新城疫病毒的分离鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
从广东发病鸽群中采集的拭子样本中分离到1株新城疫病毒,用聚合酶链反应(PCR)、血凝抑制试验(HI)及基因测序等对其进行鉴定。结果表明,此分离株具有血凝活性,且可与新城疫病毒标准阳性血清发生特异性抑制反应;用针对新城疫病毒的F基因及P基因特异性鉴定引物对该分离株进行PCR扩增,可扩增出特异性目的片段;测序及BLAST分析表明,其与美国新城疫病毒分离株Pigeon/US(TX)/98的F基因核苷酸序列相似性高达97%以上。毒株被鉴定为鸽源新城疫病毒,并命名为Pigeon/Guangdong/ZQ-17。 相似文献
19.
从山东济南某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒株（ShD-5—06）,研究其生物学特性表明,该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。从该分离株扩增出其F和HN基因,并与标准株进行同源性比较,为探讨NDV是否发生变异提供理论依据。本试验通过RT—PCR法特异性地扩增出F和HN基因全基因序列,并对其与已经发表的序列进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,ShD-5—06株的F和HN基因开放性阅读框架（ORF）为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84．1％～88．7％之间,氨基酸同源性在88．1％～93．3％之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82．19,5～87．4％之间,氨基酸同源性在88．6％～90．9%之间;F蛋白裂解位点区（112～117）氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株（ShD-5—06）为新城疫强毒株。 相似文献