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1.
《中国兽医杂志》2018,(11)
采用PCR扩增1株吉林新分离的PCV2-2017全基因组序列,经过测序拼接后进行了序列分析。毒株PCV2-2017基因全长1 767 bp,在GenBank上进行同源性比对,同源性在96%～99%之间;与法国株AF055394同源性可达99%,与美国株AF055391、四川株HM102350同源性最低,为96%。PCV2中ORF1编码Rep蛋白,核苷酸和氨基酸同源性达到99%,ORF1突变很小,相对保守;ORF2基因全长为702 bp,编码Cap蛋白,氨基酸同源性达94%～99%,核苷酸同源性与美国株比对,可达96%,与法国株和国内部分毒株同源性达99%,是变异主要发生部位,共有12处点突变;ORF3编码蛋白,核苷酸同源性高达100%,说明变异不大。基因的遗传进化分析表明,PCV2-2017吉林新分离株全基因组与法国株AF055394亲缘关系最近,同属于PCV-2b亚型;与AY322001、AB426905和国内GU370064、AY691169、AY969004、DQ180393毒株亲缘关系较远。 相似文献
2.
本研究旨在分离鉴定河南鸡群马立克病病毒(Marek’s disease virus,MDV)流行毒株,了解当前MDV分子进化特征并为鸡马立克病(MD)的有效防控提供参考。根据MDV基因组设计了meq、gE、gI、gB、pp38以及132-bp重复序列基因的特异性引物,应用PCR扩增和DNA测序分析对河南焦作土鸡群8份MD疑似病例进行了确诊,并通过鸡胚成纤维细胞(CEF)盲传培养和间接免疫荧光试验(IFA)分离鉴定了3个流行毒株,分别命名为HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103。结果显示,3个MDV分离株均为血清1型(MDV-1)毒株,未发生禽网状内皮增生症病毒(REV)共感染,并且132-bp重复序列基因均为双拷贝。meq、gE和gI基因核苷酸序列比对分析发现,临床病例样本及3个MDV新分离株的meq基因与国内外温和毒或疫苗毒株的meq基因核苷酸序列同源性仅为64.7%~78.8%,但与MDV强毒株的同源性高达98.9%~100.0%;gE和gI基因的核苷酸序列同源性均较高,分别为99.1%~99.9%和99.3%~100.0%。系统发生树分析结果表明,HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103与绝大多数此前分离的河南毒株及国内MDV强毒株同处于一个大的进化分支。研究结果表明,3个分离株HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103很可能是当前河南土鸡群中流行的致病性MDV-1毒株,其确切的致病型及导致免疫失败的原因仍有待进一步深入研究。 相似文献
3.
从广东省不同猪场分离到4株H3N2亚型猪源流感病毒A/Swine/Guangdong/01/2004、A/Swine/Guang-dong/02/2004、A/Swine/Guangdong/03/2004、A/Swine/Guangdong/04/2004.根据GenBank公布的H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因序列,设计1对引物,运用RT-PCR方法扩增四株病毒的HA基因,并进行测序和分析.同源性分析和遗传进化分析表明本实验的4株H3N2亚型SIV HA基因核苷酸序列同源性为99.8%～99.9%,在遗传进化树中均位于同一分支上.与参考毒株的比较分析表明,4个毒株与WHO推荐的2001-2004年北半球H3N2亚型流感疫苗株A/Moscow/10/99 HA基因的核苷酸序列同源性最高为99.4%～99.5%,4个毒株与A/Moscow/10/99 HA基因在遗传进化树中位于同一个小分支上.氨基酸序列比较发现,4个毒株HA基因裂解位点处的氨基酸序列均为PEKQTR↓G,4个毒株推导的氨基酸序列中均有11个糖基化位点,4个毒株HA蛋白226位受体结合位点(RBS)处氨基酸均为异亮氨酸(Ⅰ).4个毒株HA基因的氨基酸序列、受体结合位点以及糖基化位点均与A/Moscow/10/99相应的氨基酸序列一致.本试验的4株H3N2亚型猪源流感病毒的HA基因属于以A/Moscow/10/99为代表的近代类人H3N2亚型流感病毒,在一定程度上揭示了广东省H3N2亚型猪流感病毒HA基因进化与流行情况. 相似文献
4.
为研究鸡马立克氏病病毒(MDV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了3株MDV。参照GenBank中MDV的核苷酸序列设计1对引物,利用PCR技术对分离毒株的Meq基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示, Meq基因序列全长为1020 bp,编码一条由339个氨基酸组成的多肽,分离株与国内外MDV参考毒株相比,不同MDV株的Meq基因序列相对较保守,它们之间核苷酸同源性为83.8%~99.9%,氨基酸同源性为88.4%~99.6%。3株MDV分离株Meq基因在相关报道中提到的与毒力相关的脯氨酸重复区存在点突变。3株分离株与国内参考株YL、GXY2关系较近,与参考株RB1B、GA、Md5、648A及疫苗株亲缘关系较远。该研究为中国MDV的流行、遗传变异及防控研究提供了材料。 相似文献
5.
《中国兽医学报》2015,(9):1404-1408
采用RT-PCR方法对2012-2014年收集的7份四川规模化猪场送检猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的阳性临床样品中病毒M基因进行扩增,纯化回收目的片段后连接到pMD19-T载体,经序列测定与GenBank收录的30条PEDV参考毒株的序列进行核苷酸和氨基酸同源性分析、构建系统进化树。结果显示,7株PEDV四川株间核苷酸以及氨基酸同源性分别高达98.4%~99.9%和97.4%~99.1%,与参考株之间的核苷酸以及氨基酸同源性分别是95.7%~99.9%和95.2%~99.6%,PEDV四川株与国内外近3年的PEDV毒株均在系统进化树上的同一分支,亲缘关系较近,而经典毒株CV777与国内早期PEDV株处于另外一个分支。表明目前流行的PEDV M基因与往年相比出现一定的变异,但是仍相对稳定。 相似文献
6.
利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群. 相似文献
7.
为研究鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,本研究从广西发病鸡中分离鉴定了1株IBV。参照GenBank中IBV的核苷酸序列设计2对引物,利用RT-PCR技术对分离毒株的N、M基因进行了克隆、序列测定,并与GenBank中发表的国内外参考毒株进行比对分析。结果显示,N基因序列全长为1 230 bp,编码409个氨基酸,M基因序列全长为678 bp,编码225个氨基酸。与参考毒株相比,分离株的N基因核苷酸序列同源性为87.2%~93.3%,推导的氨基酸序列同源性为90.0%~94.4%;M基因的核苷酸序列同源性为83.6%~91.0%,推导的氨基酸序列同源性为82.7%~92.9%。在遗传进化树中,本试验分离株Guangxi156株与BJ株和LX4株两个参考株位于同一个分支上,亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远。结果表明,本试验分离株是一株新的IBV变异株。 相似文献
8.
利用MDBK细胞从青海某养殖户发病羊唇部痂皮中分离获得一株病毒,通过临床症状、PCR检测以及组织病理学观察等方法对该株病毒进行了鉴定,证实分离株为羊传染性脓疱病毒(Orf Virus,ORFV),命名为ORFV-QHMH01。参照GenBank中ORFV F1L基因的核苷酸序列,设计合成一对特异性引物,对ORFV-QHMH01株F1L基因进行了克隆、测序,并推导出其氨基酸序列。序列分析表明,分离株F1L基因片段长987bp,编码328个氨基酸,与AF097215、AY040081、AY040082、AY040083、AY040084、AY040085、FJ808075、HM133903、HQ221964、JQ271535株的核苷酸序列同源性分别为:96.7%,95.6%,96.1%,96.2%,97.5%,97.2%,96.5%,48.6%,95.3%,98.3%。系统发育进化树结果表明,ORFV-QHMH01分离株与参考毒株JQ271535和AY040084的亲缘关系较近,这表明不同地区分离株的F1L基因具有较好的保守性。 相似文献
9.
马立克氏病病毒不同致病型meq基因的比较研究 总被引：20，自引：0，他引：20
为了研究马立克氏病病毒（MDV）的meq基因与不同毒株致病性的关系，应用PCR技术扩增了不同致病型MDV毒株的meq基因，测定和比较了它们的核苷酸和氨基酸序列。这些毒株包括：国际通用Ⅰ型疫苗毒CV1988/Rispens株和中国特有的疫苗毒814株、强毒GA株（vMDV)、特超强毒648A株（vv MDV)以及6个广西分离到的野毒株。结果发现，MDV不同致病型的meq基因序列相对比较保守，它们相互间核苷酸和氨基酸序列的同源性均在95.6%-99.7%。但是，与所有测试的致病性MDV毒株相比，二个Ⅰ型疫苗毒CV1988/Rispens株和814株均在阅读框的核苷酸序列中缺失第575-577位3个碱基（CAC），导致一个氨基酸（脯氨酸）的缺失。该缺失性突变恰恰位于meq基因的多脯氨酸功能的一个重复序列（EELCAQLCSTPPPPI）之中。该缺失性突变与一个疫苗毒株失去致肿瘤性是否有关，还有待进一步研究。 相似文献
10.
从感染鸡马立克病病毒血清Ⅰ型(MDVⅠ)814株的鸡胚成纤维细胞(CEF)中提取病毒总DNA,以其为模板,根据GenBank中MDVⅠ GA株基因组gE、gI、gp82基因序列,设计并合成3对特异性引物,用PCR方法分别扩增了814株的gE、gI、gp82基因,并将扩增的基因片段克隆到pMD18-T载体中,进行序列测定,应用DNA Star软件分析814株gE、gI、gp82基因核苷酸序列,并与已发表的MDVⅠ毒株序列进行了比较.结果表明,不同MDVⅠ毒株的gE、gI、gp82基因同源性很高,814株与已发表的MDVⅠ毒株的gE、gI、gp82基因核苷酸序列同源性分别在99.4%、98.9%和99.6%以上. 相似文献
11.
鸡传染性支气管炎病毒分离株核衣壳基因克隆、序列分析和真核表达 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank公开序列自行设计一对引物，采用RT—PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）W和C9001分离株完整的核衣壳（N）基因，并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定和分析。结果表明，扩增的2个IBV分离株核衣壳基因片段长度均为1230bp，编码409个氨基酸，彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为88．0％和89．5％，与GenBank中有代表性的参考毒株相应基因核苷酸和氨基酸序列比较显示，w株核苷酸序列与GenBank中的广东分离株（AY646283）同源性最高，为94．1％，氨基酸序列同源性为94．6％；与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．1％～88．0％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～90．7％之间；C9001株与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．4％～99．8％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～99．8％之间。从核衣壳基因编码的氨基酸序列的系统进化树可见，W株与C9001株处于不同的进化分枝，亲缘关系较远。同时将核衣壳基因构建于真核表达质粒pVAX1中，用脂质体法将重组质粒转染入COS-7细胞中，间接免疫荧光检测出核衣壳蛋白的体外表达。研究结果为进一步研究IBV核衣壳蛋白的结构与功能以及基因工程疫苗的研制奠定了基础。 相似文献
12.
为了解马立克氏病病毒(MDV)强、弱毒株主要致肿瘤相关基因变异情况,本研究根据MDV GA株基因组序列,设计合成扩增基因组重复区的引物,得到MDV814疫苗株病毒基因组中约26kb的序列片段。与GenBank登录的强、弱毒株进行比较分析表明,扩增的MDV1型814疫苗株的长重复区为12774bp,预测的开放阅读框(ORF)有48个;短重复区为11426bp,预测的ORF有38个。发现了4个MDV814株特有的ORF。814株在编码Meq、RLORF6和23ku的重叠基因内具有类似于疫苗株CVI988的177bp的插入;在RLORF12基因编码区内存在69bp的缺失,该缺失位于病毒复制起始位点内。同时,发现7个814疫苗株特有的氨基酸突变,分布在6个ORF内。单核苷酸多态性(SNP)的鉴定发现,多个基因具有单核苷酸的突变,主要分布于Meq基因,其中氨基酸A115V(丙氨酸-缬氨酸),N142D(天冬酰胺-天门冬氨酸)的变异是814疫苗株所特有的。MDV814疫苗株重复区的基因序列的比较分析将有助于MDV致肿瘤机制的研究。 相似文献
13.
犬瘟热病毒TN野毒株核蛋白基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：1，他引：1
根据GenBank中收录的犬瘟热病毒(CDV)Onolerstepoort株核蛋白基因(N)序列，设计了1对特异性引物，用该引物对分离的TN野毒株进行了RT-PCR扩增；将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM-T质粒连接，得到重组质粒pTN。经核苷酸序列测定，CDVTN株N基因的ORF全长1569bp，编码523个氨基酸；将TN野毒株与GenBank中收录的其他CDV毒株进行比较，N基因核苷酸序列的同源性为94％～99％，推导的N蛋白氨基酸序列的同源性为97％～99％。TN株与Onderstepoort疫苗株氨基酸序列的差异主要集中在N端(17～159位)和C端(408～519位)。中间的区域则高度保守。此外，在CDVN蛋白N端281～289位上也发现存在与麻疹病毒(MV)N蛋白完全相同的Y-P-A-L-G-L-H-E-F9肽序列，推测可能是诱导CTL活性的靶蛋白的抗原表位之一。氨基酸组成分析发现，推导的N蛋白氨基酸序列中亮氨酸、丝氨酸和异亮氨酸所占比例很高，提示该蛋白具有高度螺旋和缠绕的分子结构。 相似文献
14.
为了解甘肃省鸡群马立克病病毒(MDV)的分子流行病学特征及meq基因的遗传演化规律,以甘肃省康乐县某鸡场马立克病的自然发病鸡为研究对象,采集9只病鸡肝脏组织,提取肝细胞基因组DNA,进行meq基因的PCR扩增、克隆及测序,将所得序列用BioEdit软件与GenBank上登录的参考毒株进行比较分析。结果显示,MDV meq基因在进化上存在某种地理位置上的相关性,国内毒株成为一个分支,国外毒株成为另一个分支。本研究所获9株康乐株与国内近几年分离株GXY2、0095亲缘关系很近,与国内近几年分离株的核苷酸同源性在99.3%以上,且第319位核苷酸由T突变成C,第502位核苷酸由C突变成G,这两处突变是近几年国内分离的野毒株特有的。此外,9株康乐株均在550位核苷酸由C突变成T,其中4株在304、306位核苷酸由G突变为A和C,这些突变是否与毒株致肿瘤性和毒力有关,有待探究。 相似文献
15.
《中国兽医学报》2020,(8)
2019年5月份以来,山东省各地蛋鸡场送诊的疑似鸡马立克病(Marek's disease,MD)的临床病例明显增多,为明确诊断并探究其发病原因,本试验采用病理剖检、组织病理学观察、病毒分离鉴定等实验室诊断方法进行综合诊断并对分离毒株的分子生物学特性进行分析。剖检病死鸡的心脏、肝脏、肺脏、肾脏表面均见灰白色肿瘤病灶,脾脏颜色变淡、显著肿大。镜检发现在各器官组织内浸润性生长的肿瘤组织为大小不等的淋巴样瘤细胞并多见核分裂象。分离到3株马立克病病毒(MDV),分别命名为SDHZ1、SDLC1、SDTA1,采用PCR方法扩增分离毒株的Meq、gE及gI基因,并与参考毒株相应序列比对,结果显示分离毒株的Meq基因编码的氨基酸在77E、80Y、115A和176R位点均有相同的氨基酸突变,与中国的参考强毒株GX0101、Js201801相同,且Meq基因编码的氨基酸的176位氨基酸突变(P→R)改变了原有的Pro重复序列,这可能与vvMDV的毒力有关。分离毒株MDVs与已报道的中国毒株的gE和gI基因突变位置相同,具有明显的地域性遗传特点。经过遗传进化分析,分离株MDVs与GX0101的同源性最高,属血清1型MDV且极有可能是超强毒株。但MDV分离株的致病性及鸡群免疫失败的原因有待于进一步研究探讨。 相似文献
16.
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本试验从四川省11个市19个不同地区发生仔猪腹泻疾病的猪场采集的病料中分别扩增到8个PEDV(SC-8)ORF3和部分S基因序列,将其进行比对和遗传演化分析。结果显示,SC-8的ORF3基因包含674~676个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的国内外地方流行株的核苷酸序列同源性为95.7%~99.9%,氨基酸序列同源性为98.2%~100%,与标准毒株CV777相比,核苷酸序列和氨基酸序列除存在点突变现象外,部分序列还存在核苷酸的插入和缺失性突变;部分S基因扩增长度为981bp,编码327个氨基酸,与国内外参考毒株的核苷酸序列同源性为93.2%~99.5%,氨基酸序列同源性为93.5%~100%,与标准毒株CV777相比,四川-绵阳(SCMY)分离株在92~93nt之间存在1个核苷酸插入,在2~29aa之间也有18个氨基酸发生了突变;系统进化树分析表明,8株PEDV ORF3基因均与野毒株亲缘关系较近,而与弱毒疫苗株亲缘关系较远;SC-8的部分S基因均与国内地方流行毒株亲缘关系较近,而与国外分离株的亲缘关系较远。 相似文献
17.
《中国兽医学报》2016,(11):1836-1841
从1例未免疫雏番鸭细小病毒活疫苗与鹅细小病毒活疫苗的临床病死雏番鸭脏器中成功分离到1株番鸭细小病毒(FJM3株)。为明确其基因组特征,运用PCR方法,扩增出番鸭细小病毒FJM3株全基因组。结果表明,FJM3株基因组全长为5017nt,其基因组结构和经典番鸭细小病毒参考毒株一致。序列比对结果表明,FJM3株全基因组序列与GenBank中登录的经典MDPV参考株(FM株)核苷酸序列同源性为94.0%,与番鸭源GPV参考株(Y株)核苷酸序列同源性为85.6%。全基因组遗传进化分析表明,FJM3株处于MDPV遗传进化分支;VP1基因遗传分析表明,FJM3株处于经典MDPV遗传进化分支;VP3遗传进化表明,FJM3株处于GPV遗传进化分支。对FJM3株和参考株(FM株、Y株和SYG61v)进行遗传重组分析表明,该毒株于存在2处MDPV与GPV的基因重组现象。 相似文献
18.
以禽流感病毒地方株A/chicken/Mudanjiang/ 0 82 3/ 2 0 0 0 (H9N2 )的总RNA为模板 ,用通用反转录引物和自行设计的一对特异性引物 ,采用RT PCR方法扩增了HA基因。测序及序列分析结果表明 :HA基因全长 1 70 7bp ,编码 560个氨基酸残基 ,与GenBank收录的H9N2亚型的核苷酸同源性最高达 99% ,最低为 87 2 3 % ;氨基酸同源性最大达 98 0 4 % ,最低为 88 57%。经HA裂解位点附近的氨基酸序列分析表明 ,CMJ/ 0 0毒株为低致病力毒株 相似文献
19.
猪源和鼠源脑心肌炎病毒分离株基因组的比较分析 总被引：4，自引：0，他引：4
为了分析猪源和鼠源脑心肌炎病毒(EMCV)基因组的差异,对分离自同一猪场猪临床样本和鼠组织样本的2株病毒(GX0601和GX0602)进行了全基因组序列测定和比较分析.结果显示,2个分离毒株的基因组全长(包含poly A)分别为7 729和7 725 nt,核苷酸和氨基酸同源性均在99.8%以上.与国外毒株及国内已报道的分离株的序列比较结果表明,2个毒株与BJC3和HBl的核苷酸同源性为98.18%～99.41%,推导的氨基酸序列同源性为99.5%～99.7%,与国外分离株的核苷酸序列和氨基睃序列的同源性分别介于80.53%～99.57%和93.1%～99.5%.基于基因组开放阅读框推导的氨基酸序列的系统进化分析表明,我国分离毒株与国外毒株PEC9、CBNU、BEL-2887A/91和EMCV-R的同源性较高,位于同一个亚群.研究结果提示,猪源与鼠源毒株的基因组具有很高的同源性,鼠是猪场EMCV感染的传染来源. 相似文献
20.
根据GenBank中已发表的狂犬病病毒G基因序列,设计合成了1对特异性引物,对RV ERA株G基因进行了RT-PCR扩增。将PCR产物纯化后与pMD18-T连接得到重组质粒pMD-G,并进行核苷酸序列测定。结果该基因全长1 575bp,编码524个氨基酸。与GenBank中已发表的其他RV标准毒株(CVS,PV,SRV9,SAD-B19)相比,G基因核苷酸的同源性为89.1%～99.1%,推导的氨基酸序列的同源性为89.7%～99.3%。对推导的RV ERA株G蛋白氨基酸序列分析表明,该蛋白含有3个潜在的N-联糖基化位点。用DNAStar软件对RV ERA株与CVS、SRV9、PV、SAD-B19等G蛋白疏水性、Jame-son-Wolf抗原表位和表面极性分析表明,它们之间非常相似。 相似文献