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1.
检测鸭疫里默氏杆菌（Riemerellaanatipestifer,RA）10个基因在不同菌株间的分布并进行序列分析,研究其在不同菌株中的保守性。分别选取8株RA的10个基因进行PCR扩增,扩增产物克隆于pMD18-T载体,进行序列测定和分析。结果显示：测定的8株RA菌株中均能检测到Lipid A、LuxE和TCTR编码基因,表明这些基因在不同血清型RA菌株中的保守性良好;TR基因仅从6株具有致病性的RA菌株中扩增得到,而2株非致病性RA菌株NJ1和NJ4未能扩增到,表明TR基因可能与RA菌株的致病性相关;IS1仅从6株血清1型和2型的RA菌株扩增得到,2株血清10型菌株均未扩增得到,提示IS1为血清10型菌株缺失基因。 相似文献
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为建立一种更加准确、敏感的鸭疫里默氏杆菌检测方法,根据鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因序列设计2对巢式PCR引物,在完成最佳反应条件筛选、特异性、敏感性、重复性试验的基础上,建立巢式PCR检测方法.结果表明,建立的巢式PCR对1、2、10、X型鸭疫里默氏杆菌的16S rRNA都能扩增出特异性片段,而对大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、沙门菌、鸭源金黄色葡萄球菌的基因组不能扩增出特异性片段,DNA最小检测量为0.392 fg/μL,是常规PCR的1 000倍.该巢式PCR方法具有快速、敏感、特异、通用的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定. 相似文献
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在鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白保守区设计了一对特异性引物,建立PCR方法,对5株已知血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株以及病死鸭病料组织进行检测,结果表明不同样品都可扩增出592bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,说明该PCR法具有较好的特异性,可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测. 相似文献
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应用PCR技术检测鸭疫里默氏杆菌的研究 总被引：25，自引：1，他引：24
根据已发表的鸭疫里默氏杆菌15型CVL110／89株编码42－kDa主要外膜蛋白的基因序列设计并合成一对引物，建立PCR方法，对7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌及野外病死鸭病科组织进行检测。结果表明，7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌DNA都可扩增出809bp的DNA片段，而对照的2株大肠杆菌和1株沙门氏菌纯培养物DNA扩增结果为阴性；在对24只不同鸭场病死鸭肝、脑的检测中，脑的检出率为19／24（高于细菌分离的13／24），肝脏的检出率为11／24（高于细菌分离的8／24）。由此可见，建立的PCR技术可用于鸭疫里默氏杆菌的鉴定和快速诊断（取脑组织）。但此方法是否对其他血清型的鸭疫里默氏杆菌也适用，有待于收集这些血清型的菌株进行验证。 相似文献
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广东地区鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及双重PCR检测方法的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
对来自广东地区疑似鸭疫里默氏杆菌病的病鸭组织进行了病原菌的分离培养和生化鉴定,确定得到20株鸭疫里默氏杆菌,动物回归试验结果表明,分离的鸭疫里默氏杆菌具有很强的致病性.对这20株鸭疫里默氏杆菌进行的药敏试验表明,分离株已广泛产生耐药性.参照已经发表的2对引物以细菌全菌体为模板建立双重PCR方法,结果均能扩增出2条目的片段,经测序证实为鸭疫里默氏杆菌,而对鸭源大肠杆菌、鸭源禽多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门菌和鸭源葡萄球菌的扩增结果均为阴性.说明建立的双重PCR方法能快速、准确的检测出鸭疫里默氏杆菌,并具有高度特异性,可用于鸭疫里默氏杆菌的快速鉴定和快速诊断. 相似文献
7.
从贵州省临床疑似鸭传染性浆膜炎发病鸭鹅中分离病原菌,经细菌分离培养、细菌形态、培养特征及生化试验,初步鉴定出疑似鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)20株,经PCR和动物接种试验,其中9株鉴定为RA。对不同地区分离到的这9株菌进行血清型鉴定和15种常规抗菌药物的药敏试验。结果发现,9株RA中4株为血清2型,其余5株暂未鉴定出血清型;9株分离株中,对吡哌酸、链霉素、卡那霉素和红霉素等耐药的菌株比例为80%以上,对先锋霉素高度敏感的菌株比例较高。结果表明,本次分离的RA菌株生化试验鉴定结果与其他地区存在一定差异,不同地区分离到的RA对不同抗菌药的敏感程度存在较大差异性。本研究结果为该地区鸭传染性浆膜炎的药物防制提供了很好的理论依据。 相似文献
8.
鸭疫里默氏杆菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用研究 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank登录的鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白(OmpA)基因保守区序列,设计引物和探针,建立了直接检测鸭疫里默氏杆菌的实时荧光定量PCR快速方法。10倍梯度稀释RA菌株制备DNA模板测定方法的灵敏度,结果可在8.0×103CFU/mL浓度下特异地检测出目的菌,最低能检测到RA的DNA模板为8.0拷贝/μL;对鸭源大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌、变形杆菌、金黄色葡萄球菌进行检测,结果均为阴性,建立的实时荧光定时PCR方法特异性强。用RA菌株人工感染雏鸭,感染后定时采集咽喉拭子、泄殖腔拭子、心血、肝脏、肺脏、脑,分别用实时荧光定量PCR检测,对脏器进行病原菌分离。结果表明,1/10半数致死量接种组,感染后8 h从心血、肝脏、脑组织检测到RA核酸,16 h后全部试样呈阳性;24 h首先从肝脏分离到RA,心血、肝脏、肺脏、脑组织均分离出RA。心血和脏器RA实时荧光定量PCR阳性检出率为63.8%(51/80),RA分离率为28.8%(23/80)。10个半数致死量接种组,1 h即可从咽喉拭子、心血和肝检测到RA核酸,5 h全部样品为阳性;5 h从肺和脑分离到RA。RA人工感染鸭的心血、肝脏、肺脏、脑实时荧光定量PCR阳性检出率为86.3%(69/80),RA分离率为60%(48/80)。用加热裂解法提取样品RA DNA只需30 min,建立的实时荧光定量PCR检测RA只需2 h,适用于RA的快速诊断、流行病学调查、种鸭引进隔离检疫、活鸭及其产品国内市场和进出口检验检疫。 相似文献
9.
为建立一种能同时检测大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌的多重PCR方法,试验根据大肠杆菌phoA基因、鸭疫里默氏杆菌ompA基因、多杀性巴氏杆菌kmt 1基因、金黄色葡萄球菌FemB基因的保守区域设计4对特异性引物,通过优化退火温度和引物浓度建立多重PCR方法,检验该方法的特异性、敏感性性、重复性,应用该方法检测145份病死水禽临床样品,并与传统细菌分离鉴定方法进行比较。结果表明：优化后的最佳退火温度为52℃,引物浓度为10μmol/L。建立的多重PCR方法能特异性地扩增出靶基因,沙门氏菌、链球菌、产气荚膜梭菌等临床常见菌均未扩增出条带,对大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌4种细菌的检出下限是0.4 pg/mL,单一PCR扩增ompA、kmt 1、phoA和FemB基因的检出下限分别为4×10-3,0.4,4×10-3,4×10-6 pg/mL。多重PCR方法对临床样品的检测结果与传统细菌分离鉴定方法的符合率均在90%以上。说明试验建立的多重PCR方法具有结果稳定、重复性高的特... 相似文献
10.
为研究鸭疫里默氏菌(RA)对SPF鸭的致病性,本实验室从不同省份疑似RA感染鸭场分离到4株细菌,经菌落形态观察、染色镜检、生化鉴定确定为RA。药敏试验表明这4个分离株对嗯诺沙星、氧氟沙星和先锋霉素V相对敏感,但对卡那霉素和庆大霉素均耐药。外膜蛋白A(OmpA)基因的克隆测序结果显示,4个RA分离株的ompA基因全长均为1 164 bp,编码387个氨基酸;核苷酸同源性为89%～100%。将5×108cfu的HLG1分离株经颈部皮下接种SPF鸭,病死SPF鸭的心、肝、脾、肺、脑和肾具有典型的病变。RA的分离鉴定技术为SPF鸭群RA的检测和监测以及为培育和净化SPF鸭作为RA的致病机理和疫苗研究中的实验动物模型奠定了基础。 相似文献
11.
根据GenBank上登录的犬瘟热病毒（Canine distemper virus，CDV）基因组全序列，选择CDV强、弱毒株间有区别保守区设计了一对通用引物P1和P4，并在该对引物跨越区域的内部设计了CDV强毒株特异性引物P2及弱毒株特异性引物P3，用引物P1／P4进行RT—PCR，然后用引物P2／P3／P4进行复合套式PCR，建立了一种能区分CDV强、弱毒株的复合反转录-套式聚合酶链式反应（RT—nPCR）的鉴别诊断方法。应用该方法从CDV强、弱毒株的基因组中分别扩增出了大小为247bp和177bp的特异性片段，从两种病毒基因组混合物中扩增出了大小为247bp和177bp的两条特异性片段，与犬细小病毒、犬腺病毒、犬冠状病毒、狂犬病病毒、新城疫病毒的细胞培养物以及正常细胞对照组进行复合RT—nPCR扩增时均为阴性。对从黑龙江省和吉林省采集的20份疑似CDV病料进行的检测结果表明，有15份类似CDV强毒，5份类似CDV弱毒。本研究建立的复合RT—nPCR可以有效检测CDV感染，能够将强、弱毒株区分开，可用于临床快速检测、流行病学监测以及追踪疫苗免疫效果等。 相似文献
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Greco G Totaro M Madio A Tarsitano E Fasanella A Lucifora G Buonavoglia D 《Veterinary research communications》2005,29(Z1):107-115
An epidemiological survey was performed to detect the presence of Chlamydophila (C.) abortus and other members of the order Chlamydiales in ovine and caprine flocks with a history of abortion in southern Italy. Four pairs of primers were compared to evaluate their ability to detect Chlamydiales using purified DNA preparations and tissue samples from aborted foetuses with suspected chlamydial infections. As expected, amplification of DNA of the reference strain C. abortus using primer pairs U23F/23Sigr, 16SF2/23R, CTU/CTL and CpsiA/CpsiB produced fragments of about 600 bp, 585 bp, 1000 bp and 300 bp, respectively. The detection limits of the four PCR tests performed on serial DNA dilutions of the C. abortus reference strain were of 10 pg, 0.1 pg, 0.1 pg and 1 fg of DNA, respectively. The most sensitive amplification of DNA extracted from the organ tissues was obtained with primer pairs CpsiA/CpsiB, which detected Chlamydophila spp. DNA in all infected tissue samples. Only C. abortus was identified during the survey. The presence of this agent was confirmed in 3 out of 27 ovine and caprine flocks included in the survey suggesting that abortion due to C. abortus is uncommon in southern Italy. 相似文献
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本研究建立了检测鸭瘟病毒（Duck pl ague vi rus,DPV）的PCR方法,并运用建立的检测方法对分离毒株和人工感染样品进行临床应用检测。根据GenBank（登录号为EF643558）中的DPV UL35基因保守区域,设计合成了一对引物,以DPV疫苗株为模板,优化PCR反应条件,建立了一种快速、有效的DPVPCR方法。结果显示：该方法能从DPV中扩增到与预期大小相符,长度为354 bp的特异性片段,而对禽流感病毒（AIV）、番鸭呼肠孤病毒（MDRV）、新城疫病毒（NDV）、番鸭细小病毒（MPV）、鹅细小病毒（GPV）等样品的扩增结果均为阴性;检测灵敏度达到470 ng病毒DNA。应用该方法对3株DPV分离株和6份由DPV BL8毒株人工感染鸭的肝脏和脾脏等组织进行PCR检测均为阳性。表明所建立的DPV PCR方法特异性强、灵敏度高,可用于DPV的临床诊断和流行病学调查。 相似文献
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猪圆环病毒2型原位杂交检测技术的建立与应用 总被引：5，自引：0，他引：5
参照GenBank发表的猪圆环病毒2型（PCV2）ORF2基因序列设计引物，利用PCR扩增得到PCV2BF株341bp的核酸片段，用随机引物法制备出地高辛标记的核酸探针。制备的探针与PCV1、PRRSV、PPV、PRV等不发生反应，可检测的最低PCV2DNA含量为1．78Pg。对30份临床组织样本进行了检测，并与PCR比较，结果表明，阴性符合率为100％，阳性符合率为88．9％。应用原位杂交技术分析了PCV2在人工感染仔猪主要组织中的分布，结果表明，感染后3d，从仔猪的淋巴结、胸腺、肺脏、脾脏、鼻黏膜可检测到阳性信号，感染后21d，肝脏、肾脏、胰腺和回肠可检出阳性信号，至感染后42d，可从心脏、胃、脑检出阳性信号。在整个试验过程中会厌软骨、膀胱、皮肤、肌肉等组织均为阴性。本研究结果表明，建立的PCV2原位杂交技术具有良好的敏感性和特异性，可用于PCV2的实验室诊断和感染靶细胞的定位分析。 相似文献
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Identification and detection of Actinobacillus pleuropneumoniae by PCR based on the gene apxIVA 总被引：5，自引：0，他引：5
Schaller A Djordjevic SP Eamens GJ Forbes WA Kuhn R Kuhnert P Gottschalk M Nicolet J Frey J 《Veterinary microbiology》2001,79(1):47-62
The apxIVA gene, a recently discovered RTX determinant of Actinobacillus pleuropneumoniae, was shown to be species-specific. DNA hybridization experiments using probes for various regions of apxIVA revealed that the 3'-terminus of this gene was present in all 14 serotypes of A. pleuropneumoniae but absent from phylogenetically related species. A primer pair spanning this region specifically amplified a 422bp fragment in PCR experiments with DNA from the reference strains of the 14 serotypes and 194 field strains isolated from various geographic locations worldwide. DNA sequence analysis of PCR products derived from all serotypes were identical except in serotypes 3, 8, and 10, which showed minor differences. The PCR did not amplify any product when DNA from 17 different bacterial species closely related to A. pleuropneumoniae was used as template. In addition, the PCR was negative with DNA of several Actinobacillus sp. which were initially characterized as A. pleuropneumoniae using routine phenotypic and serological analyses but which were subsequently shown by 16S rRNA sequence analysis to belong to yet undefined Actinobacillus species. The sensitivity of the PCR was determined to be 10pg of A. pleuropneumoniae DNA. A set of nested primers amplified a 377bp fragment specifically with A. pleuropneumoniae DNA. DNA titration experiments using the flanking and nested primer pairs showed an improved level of sensitivity to approximately 10fg of genomic DNA. The nested PCR was used to monitor the spread of A. pleuropneumoniae in pigs experimentally infected with a virulent serotype 1 strain and housed in a controlled environment facility. A. pleuropneumoniae DNA could be detected by nested PCR in nasal swab samples of infected pigs receiving either a high dose (5x10(5)) or a low dose (1x10(4)) challenge and in unchallenged cohorts that were contact-infected by the inoculated animals. Furthermore, PCR confirmed the presence of A. pleuropneumoniae in 16/17 homogenates from necrotic lung lesions, while the bacterium was successfully recovered from 13 of these lesions by culture. 相似文献
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PCR detection of Clostridium chauvoei in pure cultures and in formalin-fixed,paraffin-embedded tissues 总被引：1，自引：0，他引：1
Uzal FA Hugenholtz P Blackall LL Petray S Moss S Assis RA Fernandez Miyakawa M Carloni G 《Veterinary microbiology》2003,91(2-3):239-248
The polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify specific segments of the 16S ribosomal RNA gene of Clostridium chauvoei, a major pathogen of ruminants. Three sets of primers were used to produce amplicons of 159, 836 and 959 base pairs (bp), respectively. The PCR was evaluated by testing clinically important strains of Clostridium, including 21 strains of C. chauvoei, five strains each of Clostridium septicum and Clostridium perfringens and two strains each of Clostridium novyi, Clostridium histolyticum and Clostridium sordellii. Both purified DNA and biomass from pure cultures of each of these microorganisms were evaluated as templates in the PCR. In addition, extracts of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues of eight sheep experimentally inoculated with C. chauvoei or C. septicum (four animals each) were also tested by the PCR using the three sets of primers. Purified DNA template of all C. chauvoei strains produced PCR amplicons of the expected size for all three primer pairs. However, when biomass from pure cultures of C. chauvoei or tissue extracts were used as templates, only the primer pair designed to produce the 159bp amplicon gave consistently positive results. No positive results were obtained with any primer pair when purified DNA or biomass from pure cultures of non-target clostridial species were used as templates. Therefore, the PCR primer sets appear to be very specific for identifying C. chauvoei in both cultures and tissues. 相似文献
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鸡柔嫩艾美耳球虫不同抗药性虫株的种内多态性研究 总被引：11，自引：0，他引：11
应用RAPD技术进行柔嫩艾美耳球虫4个单一抗药性虫株与1个敏感株的基因组DNA多态性分析，发现4个抗药性虫株及敏感株之间的相似值均大于99%；OPAO3引物对抗盐霉素株扩增出一条约500bp的特异条带，OPH02引物对抗克球粉株和抗盐霉素株均扩增出了约1kb的第三条主带，这些特异条带的出现很可能与球虫抗药性基因有关，有可能用于抗药性虫株的诊断与鉴定。 相似文献
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根据GPV H1株核苷酸序列，设计了扩增VP1-VP3基因非重叠序列的1对引物，对其结构蛋白VP1与VP3非重叠核苷酸序列进行PCR扩增，将PCR产物纯化、回收后制备出GPV VP1-VP3基因DIG标记核酸探针，其标记效率达到0．1pg／μl。特异性检测结果表明，该探针能与GPV不同毒株核酸发生特异性杂交，而与对照的DPV、GPMV等病毒的核酸杂交反应均为阴性；敏感性检测结果表明该探针对GPV的最低检出量为0．032ng。上述试验结果表明该探针可以用于GPV感染临床病料的检测。 相似文献