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表达序列标签的应用现状及分析方法研究 总被引：1，自引：1，他引：0
表达序列标签是由大规模随机挑取的cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。1个表达序列标签(EST)代表生物某一时期的某种组织或细胞的1个表达基因。数量迅速增加的表达序列标签已经成为开发分子标记的重要资源。介绍了EST原理、基因表达分析的方法比较、基因测序聚类分析的3个数据库比较及详细方法,表明EST在发现新基因及基因组研究中的应用具有良好的前景。 相似文献
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乳腺功能基因组学研究需要收集一些合适的cDNA序列来对各种亚细胞不同发育和运作阶段的基因表达形式进行评估。为了更好的捕捉基因表达的范围，我们用混合的牛乳腺细胞建立了1个标准化的cDNA文库，产生了23202个EST，存放的基因库中。这些在牛基因索引中带有序列的EST集形成当前23883个试验性分析序列中的5751个。5751个中的87％仅含有1－3个乳腺来源EST。相反，18％的乳腺EST有12个基因与TC序列相似，这些结果说明标准化文库仅有部分作用，因为EST中，能在泌乳过程中大量转录的基因的减少可能是由于合并引起的。为了更好的评价乳腺文库中的新内容，并把它们增加到现存的注释中（包括牛序列元件、基因一致性序列和人类基因组序列），我们对人和鼠基因诱变和在TOGA的基因非线性化进行测试，并把其结果增加到现有BtGI注释中。35000多个牛元件明显超过了人类基因组序列，而且一些与人类表达序列相关的排列（3％）的位置是独立的。由于3445TC序列与任何数据无明显相似性，代表这些元件中的23种乳腺源cDNA克隆被进一步进行分析用于表达和新异。其只驻有一个克隆符合标准，这相相应基因是一个分化的异端或表达对牛来说是特异的。结果说明，用作标志哺乳动物的转座轴和鉴定这些基因的牛序列表达数据仅针对反刍动物。 相似文献
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东方田鼠对血吸虫具有天然抗性。为寻找东方田鼠抗血吸虫抗性相关靶基因，探索其分子机理，我们将日本血吸虫童虫与东方田鼠不同组织／器官裂解物共培养，比较它们对血吸虫童虫的杀伤效果，之后，以杀伤效果较好的肝脏裂解物为探针，以亲和淘洗方法筛选日本血吸虫成虫（44d）噬菌体展示cDNA文库。经三轮筛选后，随机挑取92个噬菌体克隆进行序列测定及生物信息学分析，获得了19个有效EST序列，其中15条EST序列与已知基因或表达序列标签同源，4个EST序列与已知基因或表达序列标签均无同源性，为新的表达序列标签。对19个有效EST编码蛋白的功能预测结果显示，其中6个为卵壳蛋白（Eggshell protein）相关基因，10个EST及其编码蛋白的功能与血吸虫基因表达调控及蛋白质加工修饰相关。研究结果提示，东方田鼠直接或间接地影响血吸虫基因表达，进而影响血吸虫的发育，可能是东方田鼠具有抗血吸虫特性的一个重要分子机理。 相似文献
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目的寻找与东方田鼠抗性相关的血吸虫靶基因。方法以东方田鼠肺脏裂解物为探针,亲和淘洗筛选日本血吸虫成虫（44d）噬菌体展示cDNA文库。三轮筛选后．随机挑取76个阳性噬菌体克隆进行序列测定及生物信息学分析。结果共获得了13个有效EST序列,其中8条EST序列与已知基因或表达序列标签同源,5个EST序列与已知基因或表达序列标签均无同源性,为新的表达序列标签。功能预测结果显示．这13个有效EST编码蛋白主要与血吸虫基因表达调控及蛋白质加工修饰相关。结论东方田鼠直接或间接地影响血吸虫基因表达,进而影响血吸虫的发育,可能是东方田鼠具有抗血吸虫特性的一个重要分子机理。 相似文献
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公共和私有的EST计划为大量物种的基因表达研究提供了大量利用EST的机会。为了估计EST数据库中基因的表达水平，可以通过计算每一种基因在不同组织、不同发育阶段和不同条件下构建的cDNA文库中的出现次数，来获得基因表达的有关信息。这些信息水平的量与常规的Northern blots不同，可以允许不同基因之间表达水平的比较。而且当EST资料来源于不同发育阶段的cDNA文库时，还可以了解不同发育阶段的基因表达谱。由电子Northern杂交分析所获得的基因表达资料可以通过应用高密度DNA点阵得到证实并扩展于高表达基因领域之外。相关ESTS可以标定于尼龙膜或玻璃上并用相关组织的一链总cDNA作为探针进行鉴定。双色荧光标记可以得到精确的mRNA比率测定。在不远的将来，包含一种机体所有基因互补物的高密度DNA点阵将成为整个基因组范围基因表达类型分析的有效工具。 相似文献
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家蚕cDNA文库构建及大规模EST测序 总被引：9，自引：3，他引：6
EST(expressedsequencetag,表达序列标签 )测序分析技术广泛应用于基因功能和表达模式的分析研究。以家蚕品种“大造”为材料 ,采用非均一化的Oligo dT引物定向克隆技术构建了 13个组织的cDNA文库 ,进行了cDNA克隆 5′端测序 ,共获得 84 791万条EST序列 ,初步拼接得到 2 76 93个非重复序列 ,其中包括 10 4 33个Contigs,172 6 0个Singletons。家蚕大规模EST测序将为家蚕功能基因组研究和全基因组测序计划的实施奠定基础 相似文献
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vasa是决定生殖系发育的重要调控蛋白因子之一,具有广泛的保守性。利用家蚕基因组和EST库的数据资源,分析了家蚕vasa基因的结构,并与已有报道的18个物种的VASA蛋白质的结构域序列进行了比对分析,同时对家蚕vasa基因在家蚕胚胎发育11个时期的表达型及幼虫期8个不同组织的表达特异性进行了验证。结果表明,家蚕vasa基因包含有13个外显子,比果蝇vasa基因的外显子数量(7个)增加了6个,在第3内含子有1个转座子插入;家蚕vasa基因在未受精卵和胚胎发育的各个时期均有表达,但只在幼虫生殖腺中有表达。将家蚕vasa基因的一条cDNA片段用地高辛标记作为探针,对家蚕幼虫的生殖腺及胚胎进行全胚原位杂交,结果进一步表明家蚕vasa基因在幼虫期只在精原细胞、精囊、卵巢管等生殖系相关的细胞和组织中表达,在发育5d胚胎的生殖腺部位也有明显表达。 相似文献
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从家蚕EST数据中检索到果蝇(D.melanogaster)硒磷酸合成酶基因(patuf)的氨基酸序列,用seqMAN延伸,电子克隆家蚕sps1的cds,用PCR克隆家蚕sps1基因序列.家蚕sps1基因cDNA长1817bp(登录号:ABA43639.1).利用BLASTN进行同源性分析表明与果蝇的同源性为94%,与大肠杆菌序列同源性最差为46%.Bmsps1基因在家蚕基因组中是单拷贝的,只有一个外显子.推导3'UTR序列包含AATAA终止信号和Poly(A).同时我们对Bm sps1进行了原核表达研究. 相似文献
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魏静 《四川畜牧兽医学院学报》2009,(4):28-32
在现代法律秩序中,商会自治规范是制定法的基础和必要的补充,甚至在某些方面替代了制定法;商会自治规范主要包括商会组织规范、行为规范、惩罚规范以及争端解决规范等;其效力仅及于其内部成员;商会自治规范和制定法之间存在冲突,但也存在整合的基础。 相似文献
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本文概述了猪的毛色类型、猪的毛色遗传模式,着重综述了猪毛色基因分子基础的研究进展,指出存在问题并就未来发展方向做了思考。 相似文献
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以国际标准强毒Ｒ株人工感染非免疫产蛋鸡,定时扑杀,分别从鼻窦、眶下孔、气管、肺、气囊、卵巢和输卵管分离ＭＧ,并收集感染鸡所产蛋分离ＭＧ。结果表明,人工感染４８小时后上、下呼吸道及肺已被全面感染,９６小时气囊已被感染,１２０小时输卵管已能分离到ＭＧ,卵巢始终分离不到ＭＧ。人工感染鸡自１４４小时便能在其所产蛋中分离出ＭＧ。药物治疗能在７２小时内消除感染,油乳剂苗则需２４天后逐渐降低蛋内ＭＧ分离率,药物卵内注射、种蛋药浴、高温处理均能杀死卵内ＭＧ,但以研制的种蛋浸泡剂药浴效果为最好。 相似文献
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REASONS FOR PERFORMING STUDY: Centesis of the bicipital bursa using an 8.9 cm long spinal needle has been reported but the alternative of employing a 3.8 cm long hypodermic needle requires validation. OBJECTIVE: To compare the efficacy of 2 different methods of centesis of the bicipital bursa and to evaluate the usefulness of ultrasonographic imaging to determine the location of solution administered when centesis of the bursa is attempted. METHODS: For Trial 1, 6 clinicians, who had no previous experience of centesis of the bicipital bursa, attempted to inject a solution composed of an aqueous radiopaque contrast medium and physiological saline solution (PSS) into the bicipital bursae of 2/12 horses using the previously described distal approach to inject one bursa and a proximal approach to inject the contralateral bursa. The bicipital tendon and bursa were examined ultrasonographically before and after injection; and both shoulders were examined radiographically to identify the location of the medium. In Trial 2, another 6 clinicians, also with no previous experience of centesis, repeated Trial 1, using 6 horses, but the radiopaque contrast medium was mixed with air instead of PSS. RESULTS: Accuracy of centesis using the proximal approach was 39% and that of the distal approach 28%. Ultrasonographic examination of the shoulder allowed the location of solution and air to be accurately predicted in all 12 shoulders examined. CONCLUSIONS: Clinicians who have had no previous experience performing centesis of the bicipital bursa are unlikely to be successful in centesis using either approach. Radiographic examination after injecting a radiopaque contrast medium may be necessary to assess the success of centesis especially if bursal fluid is not obtained during centesis. Injecting air along with the radiopaque contrast medium provides more accurate ultrasonographic confirmation of centesis and better radiographic definition than does injection without air. 相似文献
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Effects of size of ingestively masticated fragments of plant tissues on kinetics of digestion of NDF
Ingestively masticated fragments were collected and sized via sieving. Different sizes of esophageal masticate and ruminal digesta fragments, and ground fragments of larger masticated pieces were incubated in vitro, and undigested NDF remaining at intervals of up to 168 h of incubation was determined. The ruminal age-dependent time delay (tau) for onset of digestion of NDF was positively correlated (P < 0.004) with the mean sieve aperture estimated to retain 50% of the fragments between successive sieve apertures (MRA). Degradation rate of potentially degradable NDF (PDF) and level of indigestible NDF were not related (P > 0.10) to MRA of masticated and ground fragments. Estimates of tau were positively related to MRA, with slopes of bermudagrass < corn silage < ruminal fragments of corn silage. It was concluded that fragment size-, and consequently, ruminal age-dependent onset of PDF degradation of a mixture of different fragment sizes results in an age-dependent rate of degradation of the more rapidly degrading of two subentities of PDF. Models are proposed that assume a tau before onset of simultaneous degradation of PDF from two pools characterized as having gamma-modeled age-dependency and age-constant rates. The ruminal age-dependent pool seems to be associated with the faster-degrading pool, and its rate parameter increases with range in MRA in the population of fragments. Conceptually, the ruminal age-dependent rate parameter for PDF degradation seems to represent a composite of several effects: 1) effects of the size-dependent tau; 2) range in MRA of the population of ingestively masticated fragments; and 3) subentities of PDF that degrade via more rapid age-dependent rates compared with subentities of PDF that degrade via age-constant rates. The estimated fractional rates of ruminative comminution of ingestively masticated fragments (0.060 to 0.075/h) were of a magnitude similar to the mean fractional rates of PDF digestion (0.030 to 0.085/h), which implies that ruminative comminution may be first-limiting to fractional rate of PDF digestion. The in vivo roles of ingestive and ruminative mastication of fragments on PDF degradation must be considered in any kinetic system for estimating PDF digestion in the rumen. These results and others in the literature suggest that the rate of surface area exposure rather than intrinsic chemical attributes of PDF may be first-limiting to degradation rate of PDF in vivo. 相似文献