共查询到20条相似文献，搜索用时 311 毫秒
1.
为了解广西猪群中戊型肝炎病毒(HEV)基因型,利用套式RT-PCR用对南宁周边猪场采集到的104份新鲜猪粪便进行HEV检测、分离并成功扩增和克隆了11株阳性毒株的ORF2基因部分保守片段.序列测定结果表明,11株HEV ORF2序列自身核苷酸同源性为97.7%~100%,推导编码的氨基酸同源性为97.9%~100%;与4型HEV代表毒株Ch-S-1、Ch-T11、swGX40等的核苷酸同源性为84.6%~90.6%,而与其他各型之间的同源性较低.系统发育进化树结果表明,11株HEV广西株为基因4型,其中,10株HEV为4a亚型,1株毒株为4e亚型.结果表明,广西猪群中流行的HEV均为基因4型,且以4a亚型为优势流行毒株. 相似文献
2.
为进一步了解广东省近年猪戊型肝炎病毒(HEV)基因组特点及其演化情况,本研究于2010年～2011年间从广东省不同地区猪场收集的69份病猪胆汁样品中,分离得到两株猪源HEV(命名为SS19和ZS11).采用通用引物通过PCR方法扩增病毒的全基因序列.应用DNAStar和MEGA 5基因分析软件,将分离株与24株不同基因型的HEV参考序列进行核苷酸全序列比对和遗传进化分析.结果显示,分离的两株猪源HEV SS19和ZS11的核苷酸序列相似性为95.6％,两个病毒分离株与基因Ⅳ型HEV各参考病毒株核苷酸序列最为接近,其相似性分别为83.2 ％～94.5％和83.6 ％～94.6％,并且均属于基因Ⅳ型HEV.实验结果表明,广东省HEV流行病毒株仍以基因Ⅳ型为主,病毒株之间存在一定的地域局限性. 相似文献
3.
湖南地区猪戊型肝炎流行病学调查研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解湖南地区猪戊型肝炎感染情况,同时掌握该地区猪感染戊型肝炎病毒的基因型,以便进一步探讨猪戊型肝炎病毒在猪不同组织中的含量分布及组织损伤,采用ELISA技术检测猪血中抗-HEV特异性抗体水平,并用RT—nPCR检测猪粪便中HEVRNA和进行RNA核苷酸序列分析。结果表明,猪血中HEV抗体阳性率为84.3％;猪粪便样品中HEVRNA阳性率为28．9％。所得5株HEV的ORF2部分核苷酸序列与戊型肝炎病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型的同源性分别为80．7％～84．O％、78．7％。80．7％、77．3％～82．7％和86．7％～90．7％,其中与Chi-xinjiang株同源性为83.3％～84．0％,与Chi—ⅣT1亚型的同源性为87．7％～90．7％。湖南地区猪戊型肝炎感染率比较高,且戊型肝炎病毒的基因型属Ⅳ型。 相似文献
4.
摘要：通过PCR技术，从自行分离的鸭肝炎病毒Js株基因组中扩增出病毒衣壳蛋白VP1完整基因片段，并对该片段进行序列测定及分析。结果显示Js—VP1与DHV—A的VP1基因序列酸核苷酸同源性在92．7％～99．7％之间，与DHV—B的VP1基因序列酸核苷酸同源性在58．5％～58．7％之间，与DHV—C的VP1基因序列酸核苷酸同源性在61．6％-63．9％之间，分析表明Js株为鸭肝炎病毒基因A型，血清型分型为血清1型。进化树表明Js株与E53、X、R、AV2111株的亲缘关系较进。 相似文献
5.
《中国兽医杂志》2016,(11)
为弄清辽宁某蛋鸡场鸡只产蛋量突然下降,死亡率上升及部分剖检鸡只肝脏肿大出血的原因,对采集的发病鸡肝脏组织进行病理学观察,同时对肠道内容物进行禽戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)核酸片段的RT-PCR检测。肝脏的组织病理学观察发现,肝细胞坏死和汇管区周围淋巴细胞浸润;RT-PCR从肠道内容物中成功扩增到禽HEV ORF2基因的部分片段;基因序列同源性分析结果表明,其与国内禽HEV参考株的序列同源性为97.5%~99.6%,而与其他国家的HEV序列同源性为77.9%~97.6%;进化树分析表明,该序列(命名为China 15-LN)与国内其他地区及欧洲的部分分离株在同一进化分支上,同属禽HEV基因3型。 相似文献
6.
7.
鸡传染性支气管炎病毒分离株核衣壳基因克隆、序列分析和真核表达 总被引：2，自引：0，他引：2
根据GenBank公开序列自行设计一对引物，采用RT—PCR扩增出鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）W和C9001分离株完整的核衣壳（N）基因，并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定和分析。结果表明，扩增的2个IBV分离株核衣壳基因片段长度均为1230bp，编码409个氨基酸，彼此间核苷酸和氨基酸同源性分别为88．0％和89．5％，与GenBank中有代表性的参考毒株相应基因核苷酸和氨基酸序列比较显示，w株核苷酸序列与GenBank中的广东分离株（AY646283）同源性最高，为94．1％，氨基酸序列同源性为94．6％；与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．1％～88．0％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～90．7％之间；C9001株与国内部分毒株核苷酸序列同源性在86．4％～99．8％之间，氨基酸序列同源性在88．0％～99．8％之间。从核衣壳基因编码的氨基酸序列的系统进化树可见，W株与C9001株处于不同的进化分枝，亲缘关系较远。同时将核衣壳基因构建于真核表达质粒pVAX1中，用脂质体法将重组质粒转染入COS-7细胞中，间接免疫荧光检测出核衣壳蛋白的体外表达。研究结果为进一步研究IBV核衣壳蛋白的结构与功能以及基因工程疫苗的研制奠定了基础。 相似文献
8.
江西部分地区猪粪便戊型肝炎病毒核酸检测及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采集江西省A猪场2～3月龄猪粪便40份,B猪场2～3月龄猪粪便40份,利用反转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)RNA,结果表明,A猪场7份样品为阳性,阳性率17.5%.B猪场10份样品为阳性,阳性率25.0%.总阳性率21.3%.对4份PCR扩增阳性产物进行纯化并测序,利用生物学软件进行序列分析和进化树绘制,4个分离株ORF2 348 bp同源性为92.1%～97.5%,为同一基因型,与HEV1、HEV2、HEV3同源性分别为70.7%～77.4%、72.5%~75.7%和71.6%～76.8%,与HEV4型的同源性79.2%～83.9%.4个分离株与HEV4型的代表株T1在同一分支上,属基因4型.与中国大陆6株猪源HEV比较,同源性为79.0%～87.3%,提示中国大陆猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV 4型. 相似文献
9.
根据已克隆的戊型肝炎病毒株swCH189株结构蛋白基因（ORF2）的抗原性及水溶性分析,在其序列上设计套式引物,采用RT-PCR技术扩增猪戊型肝炎病毒（HEV）结构蛋白基因ORF2主要抗原基因片段,长度为728bp,将其克隆于PMD18-T载体,测序结果表明插入的片段属于猪戊型肝炎病毒结构蛋白基因ORF2部分;将该片段插入pet32a表达载体,经酶切、测序鉴定证实获得了带有目的基因的重组表达质粒。将重组质粒转化Rosetta菌,经0.3mmol/L IPTG诱导得到融合表达,得到相对分子质量为45 000的重组蛋白,以包涵体形式存在。Western blot分析表明,该蛋白可以与猪戊型肝炎阳性血清反应,表明该蛋白具有良好的反应原性。并用SDS电泳切胶纯化和透析浓缩方法进行纯化,用纯化的蛋白免疫兔子,经每2周免疫1次,连续3次免疫后,对免疫组和对照组,分别在45,60,90d采血,每只兔子采集1份。用夹心ELISA法测定免疫血清抗体,结果表明免疫组在45d后均产生具有HEV抗原结合活性的抗体。本试验对猪swCH189株CP239基因的克隆和表达研究,为进一步研究结构蛋白基因ORF2的生物学功能奠定了基础。 相似文献
10.
应用巢式PCR检测猪戊型肝炎病毒核酸及其序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank注册的AJ272108等序列,利用Oligo6应用软件设计内外2对引物,采用RT-PCR技术时本实验室分离的猪戊型肝炎病毒进行探索性扩增,并对测定的序列进行分析,结果用套式引物扩增出了目的条带,序列·分析表明该序列属于基因Ⅳ型,并与其核苷酸同源性在85.6%～94.8%之间,氨基酸同源性在99.1%～100%之间.而与基因Ⅲ型核苷酸同源性最低,与基因Ⅱ型氨基酸同源性最低. 相似文献
11.
2014年-2015年陕西杨凌地区部分商品蛋鸡场产蛋量下降了10%~40%,剖检部分鸡只发现肝脏肿大出血。为确诊该疫情的病因,从发病的6个蛋鸡场采集了337份血清和268份粪便,利用间接ELISA和套式RT-PCR分别对血清中的禽戊型肝炎病毒(HEV)抗体和粪便中的禽HEV RNA进行了实验室检测。ELISA检测结果发现,168份血清为禽HEV抗体阳性,阳性率为49.85%;套式RT-PCR检测结果发现,63份粪便为禽HEV RNA基因片段阳性,阳性率为23.51%。基因片段的序列同源性分析发现,杨凌地区的禽HEV分离株与国内的同源性为93.0%~99.2%;进化树分析表明,其与国内其他地区的分离株在同一进化分支上,同属禽HEV基因3型。 相似文献
12.
《中国兽医学报》2017,(7):1268-1273
为了解广东地区猪戊型肝炎的感染情况,本试验于2015年在广东不同猪场收集了2月龄内猪胆汁73份,RTnPCR检测、全基因组测序、同源性及进化分析结果显示:猪感染戊型肝炎的阳性率为6.8%(5/73),5个ORF2部分核苷酸序列同源性为87.2%~99.4%,属于基因4型,4b、4h亚型。对4b亚型中的1个阳性样品(GZHD)株进行全基因测序,其核苷酸序列与swGX40(EU676172)同源性最高为96.5%,与广东株SS19(JX855794)同源性为93.9%,与人源戊型肝炎病毒(HEV)株CVS-Sie10(LC042232)同源性为94.8%。结果表明:广东地区猪群间HEV流行毒株仍以基因4型为主,且为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。 相似文献
13.
《畜牧与兽医》2015,(10):10-13
为了解云南省猪群戊型肝炎感染情况,从云南省8个猪场采集166份新鲜猪粪便样品,用套式RT-PCR技术对戊型肝炎病毒(HEV)核酸进行检测,结果 21份样品阳性,阳性率为12.7%,感染率较高。通过PCR产物片段的测序分析,去除重复序列后得到11株基因序列。同源性分析结果表明,这11株毒株序列与选定的Gen Bank中基因1型、2型、3型和4型参考序列的核苷酸序列同源性分别为85.6%~87.8%,85.6%~87.8%,85.6%~95.6%和92.8%~98.9%,说明这些株毒株属于基因4型,与中国其他地区分离的毒株同源性最高,证实HEV的流行具有地理分布的特征。 相似文献
14.
4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析 总被引：6，自引：2，他引：4
对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。 相似文献
15.
从中国部分地区分离到9株新城疫病毒(NDV),采用RT-PCR方法扩增NDV F基因(535 bp),参照国内外已经发表的F基因构建系统进化树。结果:6株吉林分离株和2株山东分离株属于VIId基因型,氨基酸裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,为典型的强毒株特征。吉林分离株之间的核苷酸同源性为93.5%～99.1%,山东分离株之间的核苷酸同源性为99.3%,吉林和山东分离株之间的核苷酸同源性较高,约为93.5%～96.3%。1株安徽分离株属于Ⅰ基因型,氨基酸裂解位点序列为112G-K-Q-G-R-L117,为典型的弱毒株特征,与V4毒株核苷酸同源性为95.7%,与吉林、山东分离株存在一定差异。表明我国新城疫病毒主要以VIId基因型为主,也存在其他基因型的流行。 相似文献
16.
17.
三株鸽新城疫病毒新疆分离株F基因序列分析及遗传起源探讨 总被引：4，自引：0，他引：4
用RT-PCR方法从3株鸽新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)新疆分离株中扩增出F基因裂解位点前后482 bp片段,将其克隆至pGEM-T Easy载体并进行核苷酸序列测定。用DNAStar软件对分离株的F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明3个分离株之间核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.6%～99.8%和99.4%～100.0%,与其它鸽源NDV F基因相应部分核苷酸及氨基酸序列同源性分别为89.4%～98.1%和90.6%～98.1%,而与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为86.3%和87.6%及90.0%和92.5%。遗传发育进化树分析表明3个分离株属NDV基因型Ⅵ,与法国株(Pigeon-France-99)、意大利株(Pigeon-Italy-00)形成同一细分支,其核苷酸同源性为97.9%～98.1%,F基因的裂解位点氨基酸序列都为112R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株共有序列,新疆鸽流行株与欧洲鸽流行株有很近的遗传亲缘关系,为同一基因亚型。对疫病流行时间、新疆独特的地理位置和病毒基因遗传衍化关系等方面进行综合考虑与分析,2000年开始在新疆地区流行的鸽NDV和欧洲国家上述流行株具有共同的遗传起源,推测通过从国外引种或者候鸟迁移等途径传播的可能性较大。 相似文献
18.
猪戊型肝炎病毒大庆株DQ1全基因序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
本试验采用RT．-PCR的方法对戊型肝炎病毒大庆株（DQ1HEV株）的全基因进行分片段扩增，并对其两个末端采用末端快速扩增法（RACE）进行扩增、克隆，测序。与已报道的人的14株HEV的4个基因型的核苷酸和氨基酸进行比较，与IV型HEV的同源性最高。ORF1区与IV型HEV核苷酸的同源性为82．6％～83．6％．氨基酸同源性为93．5％，ORF2区与IV型HEV核苷酸的同源性为87．0％～88.4％，氨基酸同源性为95．8％～97．4％。ORF3区与IV型HEV核苷酸的同源性为94．4％～96．5％，氨基酸同源性为90.3％～96．5％。其结果表明DQ1 HEV株为IV型HEv。 相似文献
19.
通过已建立的动物戊型肝炎病毒（Hepatitis E virus,HEV）RT-nPCR方法,检测上海地区和新疆地区猪群样品。扩增HEV开放读码框架2（open reading frame 2,ORF2）保守区,产物为507 bp。经克隆、测序,获得20株上海株、3株新疆株序列,采用分子生物学软件与47株已知HEV进行同源性、进化关系分析。结果23株序列从同源性比对和进化关系分析均属HEVⅣ型,上海株间507 bp的核苷酸同源性为94.1%~100.0%,与上海猪源（DQ450072）、日本人源Japan1（AB369690）亲缘关系近;3株新疆株507 bp间的核苷酸同源性为86.1%~98.2%,与新疆猪源China SW1（AY594199）、中国人源T1株（AJ272108）亲缘关系近;上海株与新疆株间的核苷酸同源性为82.6%~100.0%,提示上海株与新疆株间存在差异。23株HEV在时间和地域关系分析,提示不同年份的新疆株存在差异,同年份不同猪场的新疆株进化关系存在差异,不同年份、不同区县的上海株进化关系也存在差异。 相似文献