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番鸭细小病毒国内分离株主要结构蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
根据国外已发表的番鸭细小病毒 (MPV) FM株基因组核苷酸序列 ,设计了 1对引物 ,分别对国内 2株番鸭细小病毒分离株 MPV扬州 (YZ)株和 MPV佛山 (FS)株主要结构蛋白 (VP2和 VP3)基因进行 PCR扩增 ,并克隆到p CR3.1T载体 ,经酶切鉴定筛选出阳性克隆质粒并进行核苷酸序列分析比较。结果表明 ,MPV YZ和 MPV FS的VP2 - VP3基因大小均为 176 4bp,编码 5 88个氨基酸。 MPV YZ、MPV FS与 MPV FM核苷酸序列同源性分别为98.5 %和 98.6 % ,氨基酸序列同源性为 97.1%和 97.8% ;MPV YZ与 MPV FS核苷酸序列的同源性为 99.5 % ,氨基酸序列同源性为 98.8%。 相似文献
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选择60只70日龄左右、体重相似高邮鸭、樱桃谷鸭和番鸭,屠宰后取左半膛测定剪切力,用荧光实时定量PCR法,以β-actin基因为内标,检测calpain 1.5基因的表达量与嫩度的关系,并进行品种间比较.通过对3个品种鸭剪切力的测定.高邮鸭>樱桃谷鸭>番鸭,差异均不显著(P>0.05);3个品种都是胸肉<腿肉,即胸肉嫩度大于腿肉,差异显著(P<0.05).说明3个品种鸭肉嫩度由高到低依次为番鸭>樱桃谷鸭>高邮鸭.鸭胸肉与腿肉calpain 1.5基因mRNA表达量差异显著(P<0.05).肉的剪切力和calpain 1.5基因mRNA相对表达量呈对数关系(0.5相似文献
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试验探讨了北京鸭β-catenin基因的生物学功能,为进一步研究该基因对鸭皮肤毛囊的影响奠定基础。以北京鸭胚胎皮肤组织为材料,根据GenBank中发表的鸡、鹅等物种的β-catenin基因序列,设计并合成4对引物,采用RT-PCR方法,克隆北京鸭β-catenincDNA,并运用DNAMAN软件及在线工具对所得到的序列进行生物信息学分析。结果表明:北京鸭β-catenin基因cDNA长度为2996bp(Genbank登录号为FJ169885),包含由2346个碱基组成的编码区(CDs),有起始密码子ATG和终止密码子TAA,编码781个氨基酸;北京鸭β-catenin基因核苷酸序列与鸡、鹅、中华鳖、人和家猪相应区段(CDs)的同源性分别为95.06%、94.12%、90.11%、84.83%、84.31%;其氨基酸序列与鸡、鹅、中华鳖、猪、人的氨基酸同源性达99%以上,表明在进化关系上,β-catenin氨基酸序列有很高的保守性。 相似文献
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为研究填饲对鹅丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)mRNA表达水平的影响,本实验克隆了鹅MAPK14部分编码区序列,并用荧光定量PCR方法检测了填饲对四川白鹅和朗德鹅肝组织MAPK14基因表达量的影响。结果表明:获得鹅MAPK14基因cDNA 951 bp序列,可编码316个氨基酸残基。经分析,鹅MAPK14部分核苷酸序列与原鸡MAPK14基因的同源性为94.8%,对应的氨基酸同源性为99.7%;荧光定量PCR检测发现,无论在对照组还是填饲组,四川白鹅的MAPK14表达量均高于朗德鹅,填饲能显著上调MAPK14 mRNA在2个鹅品种中的表达丰度。结果提示,填饲能够引起鹅肝组织中MAPK14表达丰度显著增加,且该影响存在显著的品种差异。 相似文献
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利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群. 相似文献
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《中国家禽》2016,(1)
根据Gen Bank中的鸭极低密度脂蛋白受体(VLDLR)序列(登录号:XM_005011641.1)设计并合成引物,采用RT-PCR技术从高邮鸭肌肉组织中克隆出鸭VLDLR基因,并进行克隆和序列测定。结果表明,所获得的高邮鸭VLDLR基因长2 244 bp,编码747个氨基酸,含一个37个氨基酸信号肽。序列比较发现,VLDLR基因与Gen Bank登录的连城白鸭与白改鸭杂交二代VLDLR基因核苷酸同源性为90.9%,与斑马鱼、人、原鸡等其它动物的VLDLR氨基酸同源性为63.2%~84.5%,表明VLDLR基因存在种的多样性,且亲缘关系越近,同源性越高。鸭VLDLR蛋白质是一个亲水性跨膜蛋白,其二级结构由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲构成,在其胞外区有3个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点。信号肽分析表明,VLDLR蛋白为分泌性蛋白,最有可能的切割位点位于第36位和37位氨基酸之间。高邮鸭VLDLR基因的成功克隆为进一步研究鸭VLDLR基因表达、生物学活性等奠定基础。 相似文献
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试验旨在克隆天柱番鸭神经肽Y(neuropeptide Y,NPY)基因,并分析其在天柱番鸭不同组织中的转录水平。以天柱番鸭产蛋期组织混合cDNA为模板,通过RT-PCR扩增天柱番鸭NPY基因的完整CDS区进行克隆测序,并结合生物信息学分析工具分析其同源性及遗传进化关系,同时进行NPY蛋白理化特性、亚细胞定位、信号肽、糖基化与磷酸化位点、二级结构、三级结构等预测,并对NPY基因在天柱番鸭不同组织中的转录水平进行检测。结果表明,天柱番鸭NPY基因CDS区全长294 bp,编码97个氨基酸,核苷酸序列与氨基酸序列同源性比对显示,NPY基因在不同物种间具有一定的遗传多样性,与绿头鸭亲缘关系最近;NPY蛋白为酸性不稳定蛋白,存在1个信号肽(第1-28位氨基酸),亚细胞定位为100%位于细胞外;存在1个功能结构域PAH,同时含有2个O-糖基化和丰富的磷酸化位点,空间结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。实时荧光定量PCR结果表明,NPY基因mRNA在天柱番鸭各组织中均有分布,在大脑中表达水平相对较高,在胰腺、腺胃中表达量次之,与其他组织间差异极显著(P0.01),在肌胃中表达量最低。本试验结果为进一步研究NPY基因在调控家禽能量平衡、生长发育、脂肪沉积、繁殖性能等多种生理功能提供了参考。 相似文献
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从江苏徐州地区分离到的以引起樱桃谷鸭产蛋下降和死亡为特征的1株病毒,命名为XZ株。对该病毒进行电镜观察、血凝试验、ELD50测定、RT-PCR扩增特异性目的基因、序列比对分析和动物回归试验。结果显示,分离毒株能致死鸭胚和鸡胚,电镜下观察到球形病毒粒子,不具有血凝性,对病料和接毒鸭胚尿囊液进行RT-PCR,均可扩增出基因片段,其核苷酸序列与坦布苏病毒奉贤株的相似性最高,为98.7%,与其他坦布苏病毒的毒株也具较高同源性,为86%~98%。用鸭胚分离毒株接种健康产蛋鸭,能复制出同样的疾病。结果表明分离病毒为鸭黄病毒属的坦布苏病毒。 相似文献
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作者旨在克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区序列,并筛查克隆序列中的变异位点。采用RT-PCR法从巢湖鸭下丘脑组织中分离家鸭GHSR基因mRNA中编码区核酸序列,并选用30个个体cDNA,通过构建cDNA池对克隆编码区的序列变异测序检测。结果表明,克隆鸭GHSR基因mRNA部分编码区核酸序列长635 bp(GenBank登录号:EU005225),编码211个氨基酸,与鸡GHSR基因同源核酸相似性达到94%,氨基酸相似性为97%;cDNA池测序检测揭示克隆区段存在3个碱基变异位点,均为同义突变,未使编码氨基酸发生改变。克隆鸭GHSR基因mRNA编码区核酸、氨基酸序列与鸡同源序列的相似性,以及克隆核酸序列的变异检测结果表明,鸭GHSR基因在序列和功能上具有很高的保守性。 相似文献
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实时荧光定量PCR快速检测鸭病毒性肠炎标准方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank(登录号:EF417996)中鸭病毒性肠炎病毒U31基因的序列,设计了1对特异性引物及TaqMan探针,扩增片段长度为76 bp.以鸭病毒性肠炎弱毒疫苗株DNA为阳性标准品模板,建立了实时荧光定量PCR检测鸭病毒性肠炎病毒的方法.该方法能在鸭病毒性肠炎病毒DNA样本中检出荧光信号,定量范围为:2.1×109～2.1×100个拷贝数,最小检出量为2.1×100个拷贝;用该方法对人工感染试验的4只鸭组织器官、粪便、血液等样品重复测定3次,病毒模板DNA的检出率为100%,对鸭正常组织、巴氏杆菌、大肠杆菌、沙门菌和鸭病毒性肝炎、鹅源禽流感H5毒株、新城疫、小鹅瘟病毒等DNA检测不出现特异性荧光信号.经过重复性和实际临床样本检验证实,该方法真实可靠,而且从核酸提取到报告检测结果耗时不超过4 h,不仅实现了对鸭病毒性肠炎的快速诊断,也实现了对该病毒DNA由定性到定量的检测. 相似文献
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2011年4月份,河北省某地一些鸭场饲养的20～45日龄的樱桃谷肉鸭发生了以腹腔中充满大量清亮、茶色或啤酒样腹水为主要病变特征的疾病,即鸭腹水综合征。采集两个不同日龄的病死鸭肝脏样品,接种SPF鸭胚进行病毒分离,获得两个病毒分离物（HB01和HB02）。这两个病毒分离物对鸡、鸭和鹅的红细胞均无血凝活性。RT-PCR或PCR检测表明,HB01和HB02中鸭肝炎病毒检测为阳性,而鸭呼肠孤病毒、鸭圆环病毒、鸭黄病毒等检测均为阴性。将HB02接种5日龄SPF鸭,致死率为40%;对20日龄的鸭不致死。HB02分离物中鸭肝炎病毒的序列分析表明其与鸭肝炎病毒NA株及弱毒疫苗株C80和F64遗传距离较近。根据试验结果,推测鸭肝炎病毒可能是诱发本次鸭腹水综合症的因素之一。 相似文献
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根据GenBank上发表的鸭呼肠孤病毒基因组序列,利用生物学软件设计合成内外2对引物,建立了检测番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)的套式RT-PCR检测方法,并运用建立的检测方法对分离病毒与其他禽病病毒进行检测。结果显示,该方法能从MDRV中扩增到与预期大小相符的特异性目的片段,检测灵敏度达到0.1 pg病毒RNA,对禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)、鸡传染性法氏囊病病毒(infectious bursal disease virus,IBDV)、番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)、鹅细小病毒(goose parvovirus,GPV)、鸭病毒性肝炎病毒(duck hepatitis virus,DHV)等病毒样品的扩增结果均为阴性。因此,本研究为番鸭呼肠孤病毒病的快速检测及诊断研究提供参考。 相似文献
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为建立一种快速鸭疱疹病毒1型(Anatid herpesvirus 1,AHV-1),又名鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)病原检测方法,本研究根据GenBank上登录的DEV基因序列,设计合成内、外2对引物,建立了检测DEV的套式PCR方法。该方法对正常鸭胚、健康鸭肝肠组织、鸡传染性喉气管炎病毒、伪狂犬病病毒、减蛋综合征病毒、鸭肝炎病毒和新城疫病毒的扩增结果均为阴性;该方法第1次扩增的敏感性是10 ng,第2次扩增的敏感性是0.1 ng,第2次比第1次扩增的敏感性高100倍。建立的套式PCR方法具有良好的特异性、敏感性,可以准确快速检测出极低含量的DEV,将为鸭病毒性肠炎的病原检测及分子流行病学调查等提供一种高效、快速、特异、灵敏的检测方法。 相似文献
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本试验旨在检验基于仿生消化系统估测肉鸭饲料原料代谢能(ME)的有效性。首先,通过仿生消化法测定玉米、高粱、豆粕、菜籽粕和小麦麸的鸡、鸭酶水解物能值(EHGE),计算鸭/鸡EHGE比值,并参考肉鸡饲料原料ME计算肉鸭ME。其次,选择21日龄番鸭2400只,随机分为8个组,每组6个重复,每个重复50只鸭。各组随机饲喂不同ME水平的试验饲粮。测定21~50日龄、51~75日龄、21~75日龄肉鸭的平均日增重、平均日采食量和料重比,将肉鸭各阶段的料重比与饲粮ME进行回归分析。结果表明:1)玉米的鸭/鸡EHGE比值为1.06,高粱、饼粕类和麸皮的鸭/鸡EHGE比值为1.14~1.21。2)饲粮ME水平对肉鸭各阶段的平均日增重无显著影响(P>0.05),但对料重比和平均日采食量存在极显著影响(P<0.01)。3)肉鸭各阶段料重比对鸭ME回归方程的相关系数(R^2)均高于其对鸡ME回归方程的R^2。由此可见,应用鸭ME估测数据配制肉鸭饲粮较恰当,采用仿生消化法建立肉鸭饲料原料ME数据库是可行的。 相似文献
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根据GenBank中新城疫病毒(NDV)L基因和番鸭细小病毒(MDPV)Vp3基因的保守序列,采用Primer Premier 5.0软件设计并合成了2对引物。通过优化反应条件及特异性、敏感性评价,建立了能同时检测鸭源NDV和MDPV的二重PCR方法。该方法对鸭源NDV和MDPV的检测敏感性分别为30和16 fg。同时使用该方法对鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭圆环病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭黄病毒、沙门氏菌、大肠杆菌和禽多杀性巴氏杆菌进行检测,结果显示全为阴性。本研究建立的鸭源NDV和MDPV的二重PCR检测方法,具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于鸭源NDV和MDPV感染的快速鉴别检测。 相似文献
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本研究旨在探讨鸭脂肪型脂肪酸结合蛋白(Adipocyte Fatty Acid-Binding Protein,A-FABP)基因部分序列多态与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量关系。根据鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增鸭A-FABP基因内含子1序列。同时根据扩增产物设计4对引物,利用PCR-SSCP对鸭A-FABP基因部分序列进行多态性研究并探究序列多态性与鸭肌内脂肪和血清甘油三酯含量的关系。结果表明:克隆序列包含鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与鸡A-FABP基因内含子1同源性为75.1%;经SS-CP检测,发现引物P1扩增片段有3处碱基突变,引物P3有6处碱基突变,这些突变分别产生了3种和8种基因型。在P1位点樱桃谷鸭和苏牧麻鸭偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01),金定鸭基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),在P3位点3个群体均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。同时,这些基因型在不同群体中分布存在显著或极显著差异(P0.05或P0.01)。最小二乘分析显示,肌内脂肪和血清甘油三酯含量在各群体中有显著差异(P0.05),P1和P3位点各基因型对肌内脂肪含量无显著影响(P0.05),仅在P3位点CD基因型个体血清甘油三酯含量显著高于其他基因型个体(P0.05)。结果提示,鸭A-FABP基因内含子1多态对血清甘油三酯含量有一定影响,但是否影响鸭肌内脂肪沉积,还需进一步研究。 相似文献