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1.
利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术及RACE方法扩增得到鸭肝炎病毒(DHV)浙江分离株Z10的全基因(5',3'末端序列用RACE法扩增)及4株DHV分离株的VP1基因.结果表明,分离株Z10的全基因片段长7689 bp,有1个大的开放读码框(ORF),ORF位于626～7326位核苷酸,编码2249个氨基酸.Z10分离株全基因序列与GenBank登录的6株具有代表性的DHV核苷酸序列比对,同源性94.5%～98.4%;所测得的DHV分离株的VP1基因的序列与目前GenBank上发表的具有代表性的DHv-Ⅰ VP1基因进行比对分析,结果4株Ⅰ型DHV的VP1基因cDNA长度均为714 bp,编码238个氨基酸.4株DHV-Ⅰ之间VP1基因的核苷酸序列同源性为93%～99.7%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;与参考毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为92.2%～100%,氨基酸序列同源性为95.0%～100%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,属于同一基因群. 相似文献
2.
通过克隆鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)分离株VP1-V3非重叠区基因,并对其进行序列分析,为鹅细小病毒感染与疫苗免疫的鉴别诊断奠定理论基础.进行鹅胚病毒增殖,收集尿囊液,提取基因组,参考发表的B株序列,设计合成一对引物,经PCR扩增,克隆VP1-VP3基因,筛选阳性克隆,对其进行序列测定及同源性分析.结果表明,克隆的基因片段为901 bp,VP1-VP3基因共594 bp,编码198个氨基酸;弱毒株之间亲缘关系很近,核苷酸同源性99.5％～100％,氨基酸同源性98.5％～100％;强毒株与B株亲缘关系较近,核苷酸同源性96.6％,氨基酸同源性97.5％;弱毒株与强毒株亲缘关系较远,核苷酸同源性92％～93％,氨基酸同源性96％～97.5％;弱毒株与B株亲缘关系最远,核苷酸同源性92.5％～93％,氨基酸同源性93.9％～95.5％.说明强毒株与弱毒株之间核苷酸序列存在差异. 相似文献
3.
为了对鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的13个地方分离株与3个商品疫苗株的VP1-b基因(756 bp～1 522 bp)进行同源性和遗传进化分析,本研究对其进行RT-PCR扩增和序列测定.结果表明,获得的VP1-b基因长度均为767 bp; 13个分离株VP1-b节段核苷酸和氨基酸同源性分别为90.7 ％～100％和72.9％～100％,其中10株超强毒分离株与经典株、弱毒株、疫苗株的同源性较高,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7％～100％和94.5％～100％,所有12个超强毒分离株与超强毒参考病毒株的同源性均较低,核苷酸同源性仅为68.2％～79.2％;在遗传进化分析中,所有病毒株被分为3个分支,与相应病毒株的基于IBDV-VP2高变区(vVP2)序列的遗传进化树比较并结合同源性分析结果表明,除了弱毒株HUN0804之外,其它12个分离株可能均为重组病毒.据此推测,基因重组可能是目前IBDV流行的新趋势. 相似文献
4.
根据基因库中新城疫病毒M基因核苷酸序列,设计一对特异性引物,对2000年-2003年期间广西分离的11个NDV毒株的M基因进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定.结果表明,11个NDV广西分离株的M基因都为1 223个核苷酸,含有1个1 095 bp核苷酸阅读框(ORF),编码364个氨基酸.序列分析结果表明,这11个NDV分离株核苷酸的同源性在86%～99.9%之间,推导氨基酸的同源性在89.3%～99.7%之间;11个毒株与国内外其他7个NDV毒株比较核苷酸的同源性在83.3%～98.5%之间,推导氨基酸的同源性在87.4%～98.6%之间. 相似文献
5.
根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株的ORF2-6基因的核苷酸序列,设计合成4对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出PRRSV河南地方株(命名为HN-2株)的ORF 2～6片段,克隆到pUC-57T栽体并进行测序.应用DNAStar序列分析软件对分离株的ORF 2～6基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的9个PRRSV毒株进行了同源性比较,结果表明:该分离株的ORF 2～6基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89.1%～98.1%和81.4%～96.1%,而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46.9%～61.9%和44.2%～45.0%;同时将分离株ORF 2～6基因的推导氨基酸序列与7个美洲型PRRSV毒株进行变异分析比较,证实了该分离株ORF 2-6基因发生了变异. 相似文献
6.
PRRSV流行株Nsp2、ORF5和ORF3基因序列的分析 总被引：1，自引：1，他引：0
采用RT-PCR方法扩增2006年--2007年从江西、湖南、海南、广东等4省的不同猪场病猪体内分离的11株猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行株的Nsp2、ORF5和ORF3基因,并进行序列分析。结果表明,11个PRRSV流行株的Nsp2均发生30个氨基酸的不连续缺失,缺失位置与JXA1毒株相同;11个PRRSV流行株的ORF5、ORF3基因和JXA1相应序列的核苷酸同源性分别为99．2％～99．8％、99．1％～99．6％,氨基酸同源性分别为98．0％～99．5％、98．4％～99．6％;11个PRRSV流行株之间ORF5基因的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为98．8％～100．0oA、98．0oA～100．0％,其中5个流行株的ORF3基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为99．0％～99．6％、98．8％～99．69,6。根据Nsp2所建立的遗传系统发育树可知这11个PRRSV流行株与JXA1株的亲缘关系很近。 相似文献
7.
从山东济南某非典型新城疫发病鸡群中分离到一株新城疫病毒株（ShD-5—06）,研究其生物学特性表明,该病毒具有新城疫强毒株的一些特征。从该分离株扩增出其F和HN基因,并与标准株进行同源性比较,为探讨NDV是否发生变异提供理论依据。本试验通过RT—PCR法特异性地扩增出F和HN基因全基因序列,并对其与已经发表的序列进行核苷酸序列测定和分析。结果表明,ShD-5—06株的F和HN基因开放性阅读框架（ORF）为1662bp和1716bp,分别编码489个和571个氨基酸。与国外发表的部分新城疫病毒强毒株和弱毒株之间相应序列进行比较,F基因核苷酸序列的同源性在84．1％～88．7％之间,氨基酸同源性在88．1％～93．3％之间;HN基因核苷酸序列的同源性在82．19,5～87．4％之间,氨基酸同源性在88．6％～90．9%之间;F蛋白裂解位点区（112～117）氨基酸组成与强毒株一致,说明NDV山东分离株（ShD-5—06）为新城疫强毒株。 相似文献
8.
6株猪圆环病毒2型流行毒株全基因组克隆及序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
参考GenBank发表的PCV-2全基因组序列,设计1对引物,通过反向PCR技术扩增出6株PCV-2流行株的全基因,并进行了序列测定分析。结果表明,6个分离株基因组全长为1 768 bp或1 767 bp,同源性比较发现,分离株之间的核苷酸同源性为95.5%~100%,与GenBank上已发表的PCV-2分离株之间的同源性为93.0%~100%,与法国分离株同源性最高。6株分离株的ORF2核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为92.9%~100%和92.3%~100%,存在较大的变异。 相似文献
9.
猪生殖与呼吸综合征病毒广东株ORF3和ORF5基因的克隆与分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用RT-PCR方法扩增了猪生殖与呼吸综合征病毒广东株的糖蛋白基因ORF3、ORF5，并对其进行了克隆和序列分析。用Blast分析软件比较分析了其与VR-2332株以及流行的欧洲株之间的同源性，并对其编码氨基酸序列的分子质量、等电点、穿膜区、糖基化位点进行了分析。结果显示，PRRSV广东株ORF3与美洲株的同源性达90％，而与欧洲株只是在318～393bp、502～697bp之间有77％左右的同源性；ORF5与美洲株的同源性为88％，与欧洲株仅在133～209bp区间有77％左右的同源性。 相似文献
10.
应用RT PCR方法从实验室分离的两株高致病性PRRSV SX、ZQ株中扩增出ORF6和ORF7,将其分别克隆、测序。用DNAStar 软件分析所测序列,并与VR 2332株、LV株、周边国家及国内分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树,结果ORF6、ORF7核苷酸与北美洲型的同源性为91.1％～100％,与欧洲型的同源性为66.2％～70.7％,推导氨基酸与北美洲型的同源性为91.2％～100％,与欧洲型的同源性为62.3％～82.3％。证明新分离到的PRRSV SX株、ZQ株仍属北美洲型。SX株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.8%、100%;ZQ株ORF6、ORF7核苷酸与国内新分离到的高致病性PRRSV JXA1株同源性分别为99.6%、99.7%。 相似文献
11.
Xiang QW Wang X Xie ZJ Sun YN Zhu YL Wang SJ Liu HJ Jiang SJ 《Veterinary microbiology》2012,159(1-2):251-256
Duck circovirus (DuCV) is classified in the genus Circovirus of the Circoviridae family. Two major open reading frames (ORFs), encoding the replicase (ORF1/rep) and the capsid protein (ORF2/cap), have been recognized for DuCV. Sequence analysis show that another major conserved ORF (named ORF3) is located in the complementary strand of ORF1/rep of DuCV, and its function remains to be investigated. In this study, the ORF3 of DuCV was expressed in recombinant baculovirus-infected Sf9 cells. By IFA and Western blot analysis, the ORF3 protein was positive for the sera from ducks infected with DuCV. The percentages of apoptotic cells of the Sf9 cells infected with the recombinant baculovirus encoding ORF3 of DuCV were significantly higher than (P<0.05) that of the Sf9 cells infected with wild-type baculovirus at 24, 48 and 72 h postinfection. Based on our knowledge, we deduced that the ORF3 protein of DuCV might play an important role in viral pathogenesis via its apoptotic activity. 相似文献
12.
To investigate the genetic diversity and genotype of duck circovirus (DuCV), nine full-length DuCV genomes were determined from clinical samples. Multiple sequence alignment and phylogenetic analyses were performed on the nine viral genome sequences as well as on 27 genome sequences retrieved from the GenBank database. Pairwise analysis showed that the determined genome sequences have a genome organization identical to the 27 sequences and share 83.3%-99.8% identity among themselves and 82.6%-99.9% with the other 27 sequences. Phylogenetic analysis revealed that all 36 viral genome sequences are divided into two lineages, DuCV1 and DuCV2, in which the nucleotide diversity between genome sequences in these two lineages ranged from 13.2%-17.4%; these may be regarded as two types of viruses. Viruses under DuCV1 and DuCV2 are further clustered into different sublineages. When analyzed using the method for genotype definition proposed by Grau-Roma et al, these different sublineages can be defined as genotypes DuCV1a, DuCV1b, DuCV2a, DuCV2b, and DuCV2c. In addition, the viral sequences obtained from mainland China are different in genomic size and share a diversity of no less than 13.2%, including the sequences that came from all genotypes. This suggests that the DuCVs prevalent in domestic duck flocks in China are ecologically divergent. 相似文献
13.
Development of a polymerase chain reaction procedure for detection and differentiation of duck and goose circovirus 总被引：1，自引：0，他引：1
This article reports the complete nucleotide sequences of four duck circovirus (DuCV) isolates from sick ducks in Taiwan and development of a polymerase chain reaction (PCR) for detection and differentiation of goose circovirus (GoCV) and DuCV. Sequence comparison showed that Taiwanese DuCV isolates had 82.5%-83.8% nucleotide sequence identity to the German and North American DuCV isolates. This is the first report on the presence of DuCV and its associated diseases outside Germany. A PCR test was developed using a universal primer pair based on conserved sequences present in the genomes of GoCV and DuCV. This PCR test could detect and differentiate between GoCV and DuCV by the size of PCR product each virus produced (256 bp for GoCV and 228 bp for DuCV). Application of this PCR test to samples of bursa of Fabricius from sick birds in the field showed that 9 of 26 goose samples contained GoCV, while 13 of 34 duck samples contained DuCV. This PCR test could serve as a fast and sensitive method for detection and differentiation of DuCV and GoCV. 相似文献
14.
我国部分地区猪圆环病毒2型分离株的遗传变异分析 总被引：4，自引：1，他引：3
为了解我国猪圆环病毒2型(PCv2)流行毒株遗传变异情况,本研究对本实验室分离到的19株PCV2分离株通过病毒全基因组克隆和测序分析,将其分为2个大基因群和3个亚群,其基因组分别为1 766 nt、1 767 nt和l 768 nt,各占15.8%、73.7%和10.5%.以1 767 nt毒株为基准,其基因组第39或1 039位有1个碱基缺失后突变成1 766 nt毒株;第1 040位有1个碱基插入后突变成1 768 nt毒株.对19株病毒ORF2编码的Cap蛋白分析发现,有4株病毒编码基因发生了突变,出现了705 nt和708 nt两种突变型,使ORF2编码的Cap蛋白C末端分别有1和2个氨基酸增加.同时,本实验选用Acc I和Fba I内切酶对19株病毒基因组PCR产物进行了限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析,其结果可作为流行毒株分型鉴别依据. 相似文献
15.
鸭圆环病毒PT07基因组序列测定与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究采用PCR方法从临床健康的番鸭法氏囊组织中分段扩增获得鸭圆环病毒(DuCV)PT07全长基因组,将扩增片段分别克隆,获得重组质粒,测序结果表明,DuCV基因组全长为1988nt。经基因组结构分析发现,DuCVPT07的基因组有3个开放阅读框(ORF),其中V1/rep和C1/cap是2个主要的ORF,分别编码Rep蛋白和Cap蛋白;在V1/rep和C1/cap的5'起始端之间存在与启动滚环复制有关的1个茎环结构和1个正向重复序列。遗传进化分析发现,DuCV可分为2个群,PT07与TC1/2002～TC4/2002和FJ0604同处一个进化分支,而与Ger、33753-52和MH25关系较远。 相似文献
16.
柑橘衰退病毒（Citrus tristeza virus,CTV）是对柑橘产业具有毁灭性危害的病原之一。为了明确JY基因型分离株在我国的发生及其分子特征,本研究对4个地区的野生柑橘和9个柑橘产区的栽培柑橘进行JY基因检测,并克隆测序JY 基因型分离物的ORF1b、p33、p25、p23基因进行分析。结果显示仅来自湖南江永自然生态中的46个道县野橘样品中检出12个阳性样品,说明JY 基因型在我国的发生分布并不广泛。ORF1b、p33、p25、p23基因序列多样性、遗传分化、分子变异分析表明,JY 基因型12个分离物间核苷酸和氨基酸序列相似性极高（>96.8%）,但JY 基因型分离物与CTV其他基因型分离物存在明显的遗传分化：ORF1b、p33、p25、p23基因序列的平均核苷酸和氨基酸序列相似性分别为79.2%-92.7%、80.8%-85.9%、90.5%-93.6%、87.5%-91.8%和89.5%-98.1%、80.8%-84.4%、93.7%-97.3%、85.4%-91.6%;Fst均明显高于0.25;CTV JY基因型种群与其他基因型种群的差异非常大（分子变异大于43%,P值为0.001）,且基因交流小（Nm=0.396）。ORF1b、p33、p25、p23基因单独及4个基因联合系统发育分析,表明JY 基因型12个分离物均与JY-2 聚集在同一簇,且独立于现有CTV基因型之外,进一步证实JY 基因型与CTV其他基因型分离物存在明显的遗传分化,可能为我国特有CTV基因型株系。 相似文献
17.
通过PCR方法扩增鸭圆环病毒(Duck circorirus,DuCV)FJ0601株Rep基因的完整ORF,按正确的阅读框架将其克隆入原核表达载体pGEX-6P-1中,重组质粒转化BL21宿主菌后,经IPTG诱导表达。诱导菌体裂解物经SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)后,将表达产物从凝胶中回收,免疫4周龄小鼠,3次免疫后,采血分离血清。所得抗GST-Rep多克隆抗血清分别与经PCR检验为阳性的病鸭脾脏、胸腺、法氏囊组织的冰冻切片进行间接免疫荧光试验(IFA),结果在感染DuCV的发病鸭3种免疫器官中均可检测到由阳性细胞组成的局部病灶,表明大肠杆菌表达的Rep融合蛋白至少保留了部分天然Rep蛋白的抗原性。 相似文献
18.
为调查广东省鸭圆环病毒(DuCV)流行情况,本研究根据已报道的PCR方法,对2018年12月-2020年7月采自广东省9个不同地区的910份临床鸭组织病料进行鸭圆环病毒(DuCV)、大肠杆菌(E.coli)、腺病毒(FAV)、细小病毒(DPV)、禽流感病毒(AIV)和鸭坦布苏病毒(DTUMV)检测。结果表明:DuCV总检出率为23.18%(211/910);2019年第三季度较高,为34.61%;DuCV单重感染为16.24%(32/197),二重感染和三重感染分别为62.43%(132/197)和21.31%(42/197)。研究结果表明,DuCV在广东省鸭养殖场中存在不同程度的流行,夏季和冬季为多发,DuCV的感染会造成免疫抑制进而导致其他病原的感染,加重疾病的严重程度和死亡率。本研究调查结果为广东省养殖户了解广东地区DuCV的流行态势提供可支撑的数据。 相似文献
19.
鸭圆环病毒基因组序列分析及其C1截短基因的原核表达 总被引：1，自引：1，他引：0
本试验参照GenBank登录的鸭圆环病毒(DuCV)基因组序列,设计2对DuCV特异性引物,运用PCR方法从病死番鸭法氏囊中分段扩增出DuCV LJ07株基因组,将扩增片段分别克隆获得重组质粒,测序后得到全长为1 995nt的DuCV LJ07株全基因组序列,与GenBank登录的DuCV基因组序列的同源性迭83.6%～96.5%.经基因结构分析发现,DuCV LJ07株的基因组有6个开放阅读框(ORF),其中V1、C1是2个最主要的ORF,分别编码Rep蛋白和Cap蛋白;在V1和C1的5'起始端之间有与启动滚环复制有关的一茎环结构和2个正向重复序列.本试验同时还构建了去除核定位信号的C1截短基因的原核表达载体,诱导表达后经SDS-PAGE和Western-blotting分析表明C1截短基因已成功地在大肠杆菌中表达出Cap截短蛋白,为建立DuCV抗体血清学检测方法和开展DuCV感染的血清学调查奠定了基础. 相似文献
20.
为了解广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株ORF5基因遗传变异情况,采用RT-PCR对2018年采自广东部分地区疑似患有PRRS的猪肺组织样品进行PRRSV ORF5基因扩增以及克隆测序,并进行生物信息学分析。结果表明,成功扩增出18株PRRSV流行毒株的ORF5基因片段。ORF5基因序列分析表明,18株PRRSV流行毒株ORF5基因核苷酸同源性为83.7%~99.8%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性为62.1%~99.8%。基于ORF5基因的遗传进化树分析表明,18株PRRSV流行株均为美洲型毒株。其中,10株与以JXA1为代表的高致病性毒株亲缘较近,2株与新型高致病性毒株FZ16A相似;1株与以NT1为代表的疫苗返强毒株亲缘较近,1株与以R98为代表的疫苗毒株亲缘性较近,4株与广东新报道的GM2和QYYZ毒株亲缘性较近。DNA推导氨基酸序列分析表明,18株流行株的氨基酸序列与国内已报道的代表株相比发生不同程度的变异,GP5抗原表位上存在着差异。研究结果揭示了广东地区PRRSV有新型强毒株、重组毒株以及疫苗返强毒株的流行,提示养殖者谨慎、合理使用疫苗,防止疫苗毒株返强和毒株重组,为该地区防控PRRS提供参考。 相似文献