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广州桑树植原体分子检测及多样性初探 总被引：3，自引：1，他引：2
采用植原体16S-23S rDNA区段的通用引物对P1/P7和巢式引物对Rm16F2/Rm16R1,建立了快速准确的桑树植原体巢式PCR检测技术。对广州的两个桑树品种资源圃中的部分桑树品种进行了植原体分子检测,结果在两个资源圃中均发现有植原体存在。对巢式PCR的扩增产物(16S rDNA片段)进行了限制性片断长度多态性(RFLP)分析,显示出3种RFLP带型,暗示桑树植原体存在多样性。对所得植原体16S rDNA片段进行序列测定,并与其它植物植原体作亲缘关系分析,结果表明该植原体的16S rDNA序列与其它植物病原植原体之间的同源性为83.3%~99.9%,并初步判断所检测到的桑树植原体属于16S rI组。 相似文献
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选用通过常规生理生化特性鉴定的疑似粪肠球菌菌株3株,采用16S rDNA的通用引物对其可变区基因进行克隆、测序和同源性比对,并用CLUSTAL和MEGA软件分析其遗传距离并构建系统进化树.结果表明,此3株菌株通过同源性比对,与GenBank数据库中粪肠球菌的同源性均大于99.8%,经遗传距离分析和系统进化树的构建均表明为粪肠球菌.肠球菌属细菌有40个种,各种之间的生化生理特性差别甚微,在无法通过生化生理特性准确鉴定到种的情况下,用粪肠球菌的16S rDNA全序列的测定及系统进化树的分析是鉴定该菌的一个科学可靠的方法. 相似文献
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本文根据已报道亚洲柑橘溃疡病菌基因组上的14个SSR位点，以分离自赣南18县（市）的508份柑橘溃疡病菌样品为材料分析赣南地区柑橘溃疡病菌遗传多样性。结果共选出7个位点用于赣南地区溃疡病菌种群多样性研究，Nei’s基因多样性指数介于0.66—0.83，表明赣南地区柑橘溃疡病菌具有丰富的遗传多样性。通过这7个位点分析赣南18县（市）不同地理来源的样品，发现大余县样品多态性较高，而定南县样品多态性较低。Structure 3.25和PowerMarker 2.3.4软件均发现赣南18县（市）的柑橘溃疡病菌样品分成两个组群，且其中某些县、区群体结构构成单一，信丰、定南和章贡区群体构成一组群，兴国、会昌、龙南和宁都群体构成另一组群，其他县区样品为两个组群菌株不同比例混合构成。本研究通过SSR分子标记的方法探索赣南地区柑橘溃疡病菌遗传多样性，为研究柑橘溃疡病的发生和流行规律提供有价值的线索。 相似文献
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【目 的】从同株柑橘黄龙病罹病植株的不同显症部位内直接检测植物内生菌群落分布情况，为筛选出对柑橘黄龙病原菌（Ca. L. asiaticus）有相互作用的伴生菌奠定理论基础。【方 法】通过 QPCR方法对脐橙和蜜柚中Clas进行验证，并利用 16S rRNA 基因高通量测序技术对同一颗树上显症和不显症枝条叶片内生菌微生物群落的结构进行研究。【结 果】显症叶与不显症叶之间无特有的内生菌，黄龙病菌是决定植物组织是否显症的关键性因素。显症叶片与不显症叶片内生菌差异显著，显症叶片多样性降低。共有18个内生菌属是不显叶片的共同优势菌群，显症叶中较弱。其中，芽孢杆菌Bacillus与黄龙病菌CLas呈负相关，芽孢杆菌属鉴定出科氏芽孢杆菌 Bacillus cohnii，贝莱斯芽胞杆菌Bacillus_velezensis和大量未培养细菌。【结 论】同一罹病5年以上的柑橘黄龙病病株中，各部位所带病菌量不均匀，是否显症与组织内柑橘黄龙病菌CLas的量呈正相关，芽孢杆菌与黄龙病菌的量呈显著负相关。在韧皮部细胞内增殖过程中的相互作用具有深入研究的价值，下步实验可进行分离柑橘黄龙病植株内生芽孢杆菌，鉴定未培养的其他芽孢杆菌种类。 相似文献
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四川白三叶根瘤菌遗传多样性及系统发育研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为阐明四川部分地区野生白三叶根瘤菌的遗传多样性及系统发育地位,对分离自四川雅安、康定、泸定、西昌、成都和乐山6个地区白三叶根瘤的69株菌进行系统研究。采用16S rDNA限制性片段长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism, RFLP)和16S rDNA基因、持家基因(recA、atpD、glnII)、结瘤基因(nodC)、固氮基因(nifH)系统发育分析的方法进行了研究。结果表明,16S rDNA PCR-RFLP中所有供试菌株产生了4种酶切图谱类型,表现出较为丰富的遗传多样性。持家基因与16S rDNA基因系统发育分析结果基本一致,9株代表菌株主要分布在α-变形菌纲(Alpha-Proteobacteria)的根瘤菌属(Rhizobium),并与豌豆根瘤菌三叶草生物型(R. leguminosarum bv. trifolii) ATCC 14480T的亲缘关系较近。PCR可扩增出nodC和nifH基因片段,但从属于土壤杆菌属(Agrobacterium)的菌株LS1105中则扩增不出这两个基因。所有供试菌株被鉴定到了种的水平,证实了68株为白三叶根瘤菌,并通过不同采样地点菌株之间的比较,发现白三叶与根瘤菌的共生关系因地理分布不同而具有多样性,对于丰富白三叶根瘤菌资源及其开发利用具有重要意义。 相似文献
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本研究从某藏猪场发病仔猪病料中分离细菌，对分离菌进行形态学、染色特性、生化特性鉴定，并分析16S rDNA基因同源性，同时进行了药敏试验。分离鉴定结果得出：分离菌呈多形性，多为革兰氏阴性短杆菌，少数为长杆状，在SS培养基上形成中心黑色、边缘白色的单菌落；生化反应对鸟氨酸脱羧酶、尿素酶、葡萄糖、柠檬酸盐、山梨醇、硫化氢等呈阳性反应；分离株16S rDNA基因的PCR扩增目的条带约为1 410 bp，在GenBank上进行同源性比对，与奇异变形杆菌的相似度为99%。从形态学、生化特性和16S rDNA序列分析结果鉴定出所分离的菌株为奇异变形杆菌。药敏试验结果显示：菌株的耐药性很强，只对头孢他啶、氧氟沙星、庆大霉素、阿米卡星、氟苯尼考、左氧氟沙星、麦迪霉素等敏感。 相似文献
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应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。 相似文献
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四川省某藏鸡场藏鸡发生以鼻腔与窦发炎、颜面肿胀、流鼻涕和打喷嚏为主要特征的疾病,通过对送检病鸡病原的分离纯化、生化鉴定、16 S rDNA基因的克隆和序列分析诊断为副鸡嗜血杆菌感染,将该株副鸡嗜血杆菌的16 S rDNA序列与GenBank中15株巴氏杆菌科菌株进行同源性分析发现,与6株副鸡嗜血杆菌同源性较高,为94.2%～97.2%,与其它菌株16 S rDNA基因的同源性较低。另外,药敏试验表明,本菌株对菌必治、阿莫西林、庆大霉素、头孢氨噻肟和阿奇霉素等药物敏感。 相似文献
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从山羊瘤胃内容物中提取瘤胃细菌总DNA,以瘤胃中两种主要纤维分解菌为目的菌种,分别依据其16S rDNA序列设计引物,利用PCR技术对其16S rDNA 进行体外扩增,对扩增产物测序后进行同源性分析.结果表明:以提取的瘤胃细菌总DNA为模板,采用PCR技术可成功地从山羊瘤胃内容物中扩增出黄色瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌16S rDNA的特异性片段;测序后与GenBank中的序列进行比对,表明黄色瘤胃球菌与原序列(AF104841)的同源性达到99.4%,产琥珀酸丝状杆菌与原序列(AJ505937)的同源性达到94.6%. 相似文献
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根据临床常见致病菌16S-23S rRNA基因间隔序列(ISR)两端的16S及23S rRNA保守序列设计PCR扩增的通用引物,对9株奇异变形杆菌和6株相近菌株应用通用引物PCR扩增16S-23S rRNA ISR序列.通过PCR长度多态性比较、RFLP分析以及部分序列测序比较,分析鉴别奇异变形杆菌.结果显示,PCR长度多态性可以将奇异变形杆菌同其余菌种进行区分;RFLP分析可以将所有试验菌种进行区分;部分序列测序可以对奇异变形杆菌进行分型.由此表明,16S 23S rRNA ISR序列PCR及RFLP分析可以简单、快速、准确的鉴定奇异变形杆菌. 相似文献
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山东蚕区桑黄化型萎缩病病原物的分子鉴定 总被引：3，自引：1，他引：2
以采自山东省宁阳市桑园的桑黄化型萎缩病发病植株叶脉组织为材料,通过PCR扩增植原体16S rRNA基因及延伸因子基因(tuf)和核糖体蛋白基因(rp),分别得到大小约为1.4、0.8和1.2 kb的目的片段并测定序列。以该病原物的16S rRNA基因与GanBank中相关的植原体16S rRNA基因序列构建系统发育树并进行RFLP分析,结果显示该病原物属于翠菊黄化组的16SⅠr-B亚组,与翠菊黄化组16SⅠr-B亚组典型成员的同源性为99.9%。进一步对延伸因子基因和核糖体蛋白基因构建系统发育树并做RFLP分析,结果显示该病原物与翠菊黄化组的tuⅠf-B亚组典型成员和rpⅠ-B亚组典型成员的同源性分别达到99.6%、99.9%。由此在3个基因水平确定该植原体的分类地位属于16SrⅠ-B、tuⅠf-B和rpⅠ-B亚组。 相似文献
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为分析珍稀雉类组织滴虫核糖体18S rRNA序列遗传变异情况,并利用18S rRNA序列分析组织滴虫与其他原虫的种群遗传关系,应用PCR技术扩增珍稀雉类异刺线虫体内组织滴虫核糖体18S rRNA基因序列,并进行测序与分析。结果表明:异刺线虫雄虫与异刺线虫雌虫体内均含有火鸡组织滴虫,且9个组织滴虫分离株核糖体18S rRNA序列片段大小基本一致,约为590 bp,各分离株之间核糖体18S rRNA序列同源性均高于99.4%,与Gen Bank中收录其他原虫相应序列同源性均低于66.8%;通过建立NJ系统发育树,9个组织滴虫分离株与Gen Bank收录的火鸡组织滴虫位于同一分支,得到明显的鉴定。核糖体18S rRNA序列种内相对保守,但种间差异明显,可作为火鸡组织滴虫的种间遗传变异研究的分子遗传标记。 相似文献
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为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。 相似文献
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试验旨在建立拉合尔钝缘蜱的分子生物学鉴定方法。从新疆地区绵羊体表采集寄生蜱,借助体视显微镜和电子显微镜对其进行形态学特征的准确鉴别,初步筛选出疑似拉合尔钝缘蜱。经PCR扩增、测序获得其18S rDNA、16S rDNA及线粒体色素氧化酶亚基Ⅰ基因（cytochrome oxidase Ⅰ,COⅠ）序列,结合GenBank数据库中参考序列,比对分析同源性并构建系统进化树,进行遗传距离评估。本研究全面、清晰地揭示了拉合尔钝缘蜱卵圆形背板、背部圆形盘窝等显微形态特征的细节。同时,在基于16S rDNA与COⅠ序列的邻位相接系统进化树中,拉合尔钝缘蜱分布于两大进化枝之一的软蜱科,同种聚类良好,且拉合尔钝缘蜱种内K2P遗传距离为0~0.3%,本研究方法可快速、准确鉴定拉合尔钝缘蜱物种。 相似文献
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《中国兽医杂志》2015,(12)
为了弄清双翅目昆虫西方角蝇(Haematobia.irritans)和截脉角蝇(Haematobia.titillans)18S rDNA基因序列及其分子进化。本研究测定了两种角蝇的18S rDNA基因序列,将其在NCBI中Blast,并将序列与GenBank中已知9种双翅目昆虫的18S rDNA基因序列进行比较分析,找出它们的同源区和多变区,利用全序列和最保守同源区分别构建系统发育树。结果表明,西方角蝇和截脉角蝇18S rDNA基因序列长度均为1 984 bp,二者同源性为96.4%,存在73个识别位点。两种角蝇与GenBank中已登陆西方角蝇的同源性分别为99.1%和95.7%。11种双翅目昆虫18S rDNA基因序列中均有三段保守程度较高的同源区,分别相当于西方角蝇18S rDNA基因序列中320 bp~693 bp,848 bp~1 181 bp和1 606 bp~1 849 bp,其中第一段同源区最为保守。本文在国内外首次报道截脉角蝇18S rDNA基因序列,并证明了西方角蝇18S rDNA基因序列高度保守。利用18S rDNA基因序列中最保守同源区构建的系统发育树,对11种双翅目昆虫分类更符合传统形态学分类结果。 相似文献
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家蚕消化道来源蒙氏肠球菌的鉴定 总被引：1，自引：1，他引：0
研究了从家蚕消化道内分离出的4株肠球菌(C1、GC、FD、A20)的生理生化特征和16S rDNA序列,并与肠球菌种特异性探针序列进行了比较。生理生化特征测定结果表明,除A20外,C1、GC和FD与蒙氏肠球菌种的特征基本一致。由16S rDNA序列分析结果可知,分离菌株均与蒙氏肠球菌(Ent.mundtiiAJ301836)有高度同源性,在系统发育树内位于同一分支。分析肠球菌种特异性探针序列,分离菌株的16S rDNA含有与蒙氏肠球菌种特异性探针完全相同的序列。因此认为家蚕消化道内存在蒙氏肠球菌。 相似文献
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16S rRNA/rDNA序列分析技术在瘤胃细菌微生态系统研究中的应用 总被引：9，自引：1，他引：8
作者指出了反刍动物瘤胃细菌微生态系统研究的难点，介绍了细菌分类学中新兴的分子生物学指标（16S rRNA/rDNA序列同源性），综述了16S rRNA/rDNA序列分析中所采用的分子生物学方法和技术，并阐述了瘤胃分子微生物学研究的流程。 相似文献