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1.
根据GenBank已发表的多株RHDV全基因组序列，设计3对扩增RHDVCD株的特异性引物，扩增了RHDV CD株包含全序列的3个片段，并分别克隆到pMD18-T载体上。根据引物上唯一的交叉酶切位点，把三个克隆片段同时克隆到pUC18载体上，获得了RHDV CD株全基因组克隆，测定了全基因组序列（GenBank accession number AY523410）。进行了CD株全序列与GenBank上已发布的其他6株全序列比较及基因进化树分析。发现除CD株外，其余6株（西班牙AST-89株、法国SD株、意大利BS89株、德国分离1株、德国分离2株、澳大利亚Czech V351株）之间的同源性均很高，在93．9％～100％之间，而CD株与其他6株之间的同源性均较低，在89．0％～89．6％之间。德国的2个分离株序列完全相同，应为同一毒株：进化树分析表明，此7株病毒可形成2个明显的分支，中国CD株形成一个分支，其余欧洲、澳大利亚分离株开成一个分支，具有明显地域差异特征． 相似文献
2.
猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组的遗传变异分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计了9对引物，用RT-PCR从猪瘟兔化弱毒疫苗株细胞培养物中扩增得到了覆盖猪瘟病毒基因组全长的9个cDNA片段，将所得cDNA片段分别克隆至pMD18-T载体中，经测序和拼接后，获得了猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列。序列分析表明，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全长12310个碱基，其5’非编码区（5＇-NCR）和3＇-NCR分别由373和239个碱基组成，在3’末端有富含T的碱基插入，其间为1个大的开放阅读框架，编码3898个氨基酸残基的多聚蛋白，与国内外已发表的另外7个猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列相比，核苷酸同源性为98．7％～99．9％，氨基酸同源性为98．6％～99．9％。基因组全序列比较显示，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组在遗传上相当稳定。 相似文献
3.
(接上期) 四、寄生虫学研究进展 (一)分子寄生虫学 1.基因组全序列:2002年发表疟原虫基因组全序列,此外对利什曼、锥虫、弓形虫、贾第虫、阿米巴、血吸虫的基因组序列研究工作已开展. 相似文献
4.
猪瘟病毒石门株基因组全长cDNA的克隆与序列分析 总被引：6，自引：1，他引：6
参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计合成了9对引物，通过RT-PCR从感染猪瘟病毒的猪全血中扩增得到了覆盖猪瘟病毒石门株基因组全长的9个cDNA片段，将所得片段分别克隆至pOK12载体和pMD18-T载体，经测序和拼接后，获得了猪瘟病毒石门株基因组全序列。序列分析表明，猪瘟病毒石门株基因组全长12297个碱基，含有一个大的开放阅读框架，编码1个由3898个氨基酸残基组成的聚合蛋白，其5’非编码区（5＇UTR）和3’非编码区3’（UTR）分别由373和227个碱基组成，与已发表的2个猪瘟病毒石门株的全序列相比，核苷酸同源性分别为99．4％和99，6％，氨基酸同源性分别为99．4％和99．7％，在3’末端第12133位T碱基发生缺失。比较了27个猪瘟病毒全序列的3’UTR，结果提示12133位碱基T缺失区域可能是猪瘟病毒的高变异区。 相似文献
5.
新型鸭肝炎病毒FS株全基因组序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本试验参考GenBank中已公布的新型鸭肝炎病毒全基因组序列,应用Primer Premier5．O软件,在序列保守区域分别设计了7对引物,通过RT-PCR方法对本实验室已鉴别纯化的新型鸭肝炎病毒Fs株进行了分段扩增,经过测序拼接整理,获得Fs株全基因组序列（GenBank中登录号为EU877916）。序列分析表明,Fs株全长7792个碱基,一个大的开放阅读框编码2251aa。将各基因与国内外已发表的新型鸭肝炎病毒参考毒株进行相似性分析,结果表明,与G株（GenBank登录号为EU755009）核苷酸相似性最高,为99．2％,而FS株与G株和C—GY株（GenBank登录号为EU352805）的氨基酸相似性最高,均为99．6％,与DHV—HS株和DHV-HSS株的相似性最低,均为83．6％。系统发育树分析发现,与G株亲缘关系最近。 相似文献
6.
参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组序列,设计合成了1对特异性引物,从山东疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）病料中提取PCV2基因组DNA,进行PCR扩增。回收PCR产物,将其插入pMD18-T载体,构建了重组质粒pMD18TPCV2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。结果表明,克隆得到的PCV2山东株的全基因组长为1767bp。应用DNAStar序列分析软件,对所测PCV2序列与GenBank中登录的国内外PCV毒株进行同源性比较。结果显示,PCV2山东株与国内外毒株的核苷酸同源性高达99．6％,推导的氨基酸同源性达95．4％。进化树分析结果显示,PCV2山东株与GZ（EF515839）株同源性最高,表明,PCV2各分离毒株在进化方面存在地域上的相关性。 相似文献
7.
基因组测序计划以及有关的转录组和蛋白质组图谱计划已经给寄生虫学的研究带来了一场革命。随着越来越多种类的寄生虫基因组序列被测定,通过系统的比较和分析基因的序列使得预测基因和功能验证的准确性越来越高,也为人们认知寄生虫的生物学特征、为人类和兽医筛选新的候选疫苗和药物靶标提供了重要数据。本文就寄生虫基因组研究进展作一简单综述。 相似文献
8.
根据GenBank已发表的猪圆环病毒2型（PCV-2）全基因组序列,设计2对特异性引物,对山东省不同地区规模化猪场采集的疑似断奶仔猪多系统消耗综合征（PMWS）组织病料进行了PCV-2全基因组克隆和序列分析。结果表明,PCV-2核苷酸序列较稳定,不同地区8个PCV-2毒株全基因组序列均由1 767 bp组成,彼此间核苷酸序列同源性达97.3%～99.8%,亲缘关系密切;与GenBank已发表的PCV-2参考毒株的同源性介于95.6%～99.8%。而ORF2的核苷酸序列同源性只有91.6%～99.9%。 相似文献
9.
犬贾第虫病毒(长春株)全基因组序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据已报道的人源蓝氏贾第虫病毒序列设计了互相重叠的6对特异性引物，以犬贾第虫（长春株）纯培养滋养体总核酸为模板进行RT—PCR。PCR产物连接到pMD18-T载体进行测序，通过BLAST在GenBank进行同源性搜索，并用DNAMAN分子生物学软件进行分析。结果测得我国犬贾第虫病毒（长春株）基因组全长为6276bp（DQ238861），编码1个有887个氨基酸残基的衣壳蛋白和1056个氨基酸残基的融合蛋白，这2个阅读框被-1核糖体移码框分开，重叠处有220nt。基因组中G＋C占49．62％。其序列与国外报道的人源蓝氏贾第虫病毒（L13218）序列同源性为94．62％，编码的氨基酸同源性为93．50％；与国内人源蓝氏贾第虫病毒（AF525216）序列同源性为98．88％，编码的氨基酸同源性为98．30％。 相似文献
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为了解塞内卡病毒分离株SVA/CH/ZZ/2016全基因组序列,设计4对相互重叠的特异性引物扩增基因片段,将扩增产物分别克隆至pCE2TA/Blunt-Zero载体并进行测序,拼接校正后获得SVA/CH/ZZ/2016株全基因组。结果显示,该毒株基因组全长7 292 bp,包括5''UTR（670 bp）、ORF（6 546 bp）以及3''UTR（76 bp）。选择国内外其他9株参考毒株序列,对编码区12个基因的核苷酸及编码氨基酸进行比对。结果显示,核苷酸同源性最高的是3B基因,最低的是VP1基因,其余基因的核苷酸序列同源性均在85.2%~100%之间。VP1基因遗传进化分析显示,SVA/CH/ZZ/2016株与美国分离株USAIL_Purdue_43_2016和USAIN_Purdue_3698_2016株亲缘关系最近,属同一进化分支,与原始毒株SVV-001株亲缘关系最远。对SVA/CH/ZZ/2016株和原始毒株SVV-001 VP1蛋白的氨基酸序列进行比对,发现共有10处氨基酸差异。本研究通过对SVA/CH/ZZ/2016株全基因组测序及分析,为进一步开展SVA分子生物学研究及流行病学调查提供了基础数据。 相似文献
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猪圆环病毒2型河北株的全基因组克隆与系统进化分析 总被引：2，自引：1，他引：1
应用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征（PMWS）的死亡仔猪组织病料中扩增出PCV-2全基因组（1767bp）,将此基因片段克隆入pMD20-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV2并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,PCV-2分离毒株与参考株的全基N组同源性介于94％～98．4％之间,ORF1的同源性介于97．0％～98．8％,ORF2的同源性略低,介于91．9％～98．4％之间。该毒株与荷兰株、广西株和上海株等在一个进化分支上。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究病毒基因功能奠定一定基础。 相似文献
12.
中国猪瘟兔化弱毒全基因组cDNA文库的构建和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
根据已发表的猪瘟病毒（CSFV）序列设计并合了26条覆盖全长基因组的套式和半套式PCR引物。应用RT－PCR、Nested PCR和Half-nested PCR技术从试验感染的兔脾中成功地扩增出了各相应的cDNA重叠片段，分别克隆和测序，构建了C株全基因组cDNA文库，采用DNAstar软件对全基因组的核苷酸和氨基酸序列进行了同源性比较分析。CSF C株全基因组cDNA文库的构建为进一步构建全长感染性cDNA奠定了基础。 相似文献
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农业部蚕桑学重点实验室研究人员继去年与中科院北京基因组研究所通力合作,完成中国家蚕基因组框架图之后,又马不停蹄地开展深入研究,经过一年来对家蚕全基因组序列进行生物学分析,共获得了18510个家蚕基因,其中大部分为新发现的基因; 相似文献
14.
根据GenBank上公布的IBV基因组序列，经多重比较后设计19对引物，用RT-PCR方法对禽传染性支气管炎病毒致肾病变型分离株SAIBk株的全基因组进行了分段扩增、克隆和序列测定。测序结果表明：SAIBk株基因组序列全长27520 bp，A＋T的含量占61．74％，具有典型的冠状病毒基因组结构。基因组内碱基的插入和缺失主要分布在3 220-3470位、20560-20810位、25310-25600位和27150—27220位。与GenBank上公布的5株IBV基因组序列Beaudette、Mass41、Ca199、BJ、KQ6的同源率分别为87．2％、87．6％、87．2％、85．6％和87．5％。SAIBk株基因组不同区域的同源性分析结果表明，3＇UTR和5＇UTR是基因组中最为保守的区域，同源率在90．9％～97．7％，而S1基因是基因组中变异最大的区域，同源率在74．8％～83．2％。系统进化分析结果表明SAIBk株与国内分离株S14、LX4、BJ的亲缘关系较近。 相似文献
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为了解牛乳头瘤病毒1型（bovine papillomavirus genotype 1,BPV-1）广西GX01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况,同时了解该毒株引起宿主产生的病理组织学变化情况,本研究选取广西贺州市患病牛皮肤肿瘤样物制作石蜡切片后镜检观察,提取病料DNA,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR扩增以确定此病毒的基因型,根据GenBank中BPV参考株设计嵌套引物,对GX01株进行全基因组扩增、克隆测序及序列分析。病理组织学检查结果显示,可在病变部位发现表皮细胞增生、肿胀,角质过度及挖空细胞等乳头瘤病毒感染的特征性病变。序列分析结果表明,GX01株为BPV-1,其全基因组长为7 945 bp,包含E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1、L2 8个开放阅读框,符合BPV-1型基因组的结构特征;GX01与BPV-1参考株全基因组核苷酸序列同源性为98.6%~99.6%,与BPV-2型参考株（M20219.1）、BPV-13型参考株（JQ798171.1）同源性分别为86.9%和87.2%。GX01株为广西地区首次经检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。本研究为广西地区乃至全国的牛乳头状瘤的病原鉴定、流行规律、遗传变异、疫源追溯及科学防控提供了基础数据。 相似文献
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广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列，设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术，成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组，将这11个基因片段克隆，并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较，核苷酸同源性分别为85．4％、84．6％、88．7％、85．7％、85．7％、85．3％、85．6％、95．3％、85．7％、85．7％85．4％、83．4％、84．3％，推定的氨基酸同源性分别为92．6％、91．7％、94．2％、93．1％、92．9％、92．3％、93．0％、97．7％、92．6％、93．0％、92．6％、90．5％、90．6％。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异，表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析，所比较的14株CSFV被分为2个群：GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ，其余的11个毒株被归为群Ⅱ，GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较，结果显示，基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。 相似文献
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人类基因组序列的发现（1ander等，2001；Venter等，2001）和其他动物基因组序列的发现（http：／／www．ncbi．nih．gov／Genomes）是科学探索历程上的主要里程碑。基因组的揭示已帮助确定了很多未知基因的功能。另外，它还能在发病机制研究中帮助确定某些基因的特殊作用。过去10年中，功能性基因组学领域经历了快速的发展，这个领域结合了基因组学、蛋白质组学、基因型鉴定、转录组学和代谢组学。各个“组学”领域所得到的大量数据给生物信息学领域提供了丰富的资源，而生物信息学反过来又被开发出新的方法获取、储存、分享、分析、呈现和管理来自各个“组学”的信息，将复杂和通常是无类似点的数据处理和综合成连续一致的可检索数据库（Brazma，2001；Desiere等，2002；Van Ommen和Stierum，2002）。随着基因组学和生物信息学等的迅猛发展及在生命科学领域的应用，营养基因组学成为营养学研究的前沿。营养基因组学具有重要的理论研究意义和非常广阔的应用前景，它主要研究营养素和植物化学物质对人与动物基因的转录、翻译表达及代谢机制。文章重点介绍营养基因组学的研究内容与现状，并展望今后在水产研究方面的前景。 相似文献
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猪繁殖与呼吸综合征病毒国内分离经典株与变异株的全基因组序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
通过分段设计引物,对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)LX、JX株基因组进行RT-PCR扩增,对各片段cDNA进行克隆和序列测定,拼接后获得全基因组序列。结果,PRRSV LX株全基因组序列长度为15 412 bp(不包括PolyA尾),PRRSV JX株全基因组序列长度为15 320 bp(不包括PolyA尾)。序列分析表明,JX株全基因组核苷酸序列与LX株、JXA1、VR2332、CH-1a、BJ-4、LV同源性分别为91.1%、98.6%、91.0%、94.6%、90.9%、61.7%;LX株全基因组核苷酸序列与JX株、JXA1、VR2332、CH-1a、BJ-4、LV同源性分别为91.1%、89.7%、99.7%、91.5%、99.7%、62.2%。对不同分离株的5′-UTR、Nsp2进行了序列比较,并根据5′-UTR、Nsp2、ORF5的基因序列和氨基酸序列,对国内外分离株进行了系统进化分析。根据5′-UTR核苷酸序列,可将PRRSV美洲型毒株分为4个亚群,LX株和JX株分别属于经典美洲型和"高热病"变异型。根据Nsp2氨基酸序列分析了不同分离株的分子进化关系,表明依据Nsp2序列美洲型分离株可初步划分为5个亚群,JX株独立于其他毒株,独自处于一个分支。依据ORF5序列也可将美洲型分离株划分为5个亚群。本研究为探讨PRRSV的分子进化奠定了基础。 相似文献