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1.
以国内主要流行的猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)QH-1、HN-7菌株的基因组DNA为模板，通过PCR方法扩增出外膜脂蛋白(OML)基因片段，然后将其克隆至pMD18-T载体中，经酶切和PCR鉴定，对阳性克隆进行序列测定。将测序结果分别与标准菌株进行比较，QH—1株的核苷酸序列与血清1、9、11、12型参考株的同源性达99．1％～99．9％；HN-7株的核苷酸序列与血清7、3、4、6型参考株的同源性达97．3％～100％，与其他血清型参考株的同源性较低。 相似文献
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通过PCR反应扩增7株鸡奇异变形杆菌和1株兔奇异变形杆菌的23SrRNA基因片段(1045bp),经克隆测序,用DNA Star分析软件将所获得的序列与GenBank中收录的奇异变形杆菌、普通变形杆菌以及其他相近属的23S rRNA基因序列进行同源性比较,并由此构建奇异变形杆菌系统进化发生树。结果表示,本实验室保存的7株鸡奇异变形杆菌核苷酸序列与GenBank中收录的奇异变形杆菌核苷酸序列同源性为99.4%～99.8%,与兔奇异变形杆菌核苷酸序列同源性为98.8%～99.3%,与普通变形杆菌的核苷酸序列同源性为95.4%～96.2%,而与其他相近属同源性只有92.9%～93.4%。结果表明,23S rRNA基因序列分析可以作为鉴定奇异变形杆菌的一种快速、简便的方法。 相似文献
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从3日龄健康小鸡肠道中分离到1株乳杆菌,用PCR方法从分离菌株扩增16S rRNA基因,获得大小为1340 bp的DNA片段,该片段的核酸序列已提交GenBank,登录号为EU290749。将分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与GenBank上其它乳杆菌进行同源性分析并建立进化树。结果表明,分离株的16S rRNA基因核苷酸序列与NCBI公布的鼠约氏乳杆菌分离株(AB295648)的同源性为99.6%,因此该分离菌株被鉴定为鸡约氏乳杆菌(chicken Lactobacillus johnsonii),命名为HN/0711。 相似文献
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将猪传染性胃肠炎病毒接种ST细胞进行增殖,待细胞出现明显的病变后,将细胞反复冻融3次收获病毒。根据GenBank中已发表的猪传染性胃肠炎病毒S基因的序列,设计合成了1对扩增S基因包含A抗原位点724bp基因片段（Sa）的引物,引物两端分别有BamHⅠ和HindⅢ的酶切位点。以感染细胞提取的病毒RNA为模板,经RT-PCR扩增得到目的片段,然后将其克隆到pMD18-T载体上,经蓝白斑筛选和酶切鉴定选择阳性克隆进行序列测定,构建成功的重组质粒命名为pMD18-T-Sa。用DNAstar软件将其与GenBank上的序列进行同源性比较,结果表明,核苷酸同源性为97%以上,氨基酸同源性为93%以上。根据猪传染性胃肠炎病毒Sa基因核苷酸序列绘制的系统进化树,结果表明,试验株与TH-98株亲缘性最近。 相似文献
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利用牛分支杆菌Hsp 65基因特异性引物,对2株牛分支杆菌广西分离菌株进行PCR扩增,产物经纯化后与载体pMD-18连接,然后转染大肠埃希菌DH5α。提取转染后大肠埃希菌的质粒进行双酶切和PCR鉴定,鉴定为阳性的质粒进行序列测定。测序后通过序列分析软件DNA Star MegAlign对Hsp 65基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,并与GenBank上已发表的牛分支杆菌的Hsp 65基因进行比较。结果显示,广西分离株mt359、mt370与已发表的7株参考株序列,其核苷酸序列同源性在98.7%～100%之间,推导的氨基酸序列同源性在98.4%～100%之间。表明广西分离的菌株与参考的其他牛分支杆菌菌株的Hsp 65基因差异不大,说明牛分支杆菌分泌蛋白Hsp 65基因十分保守,从而为检测跟踪菌株的变异,研制牛分支杆菌亚单位基因疫苗奠定基础。 相似文献
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本试验参考GenBank上发表的CAEV-63株的env基因核苷酸序列设计一对引物，以CAEV甘肃株前病毒DNA为模板，PCR扩增产物约2．9kb，与预期的目的片段大小一致。回收目的基因片段并将其克隆到pMD18-T载体上，经PCR及酶切鉴定阳性的重组质粒测序，结果表明所扩增2893个核苷酸片段含有CAEV囊膜基因的全序列，编码964个氨基酸。核苷酸和氨基酸序列分析显示，CAEV甘肃株env基因与CAEV-63美国株的env基固核苷酸和氨基酸的同源性分别为99．0％和98．1％。 相似文献
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为研究猪δ冠状病毒(PDCoV)西安株M基因的遗传特征,以分离并鉴定的PDCoV西安株(CHN-XA18-35株)为材料,根据GenBank中已发表的PDCoV M基因保守序列设计引物,经RT-PCR扩增PDCoV西安株M全基因序列并测序,应用生物信息学方法对M基因进行分析。结果显示,CHN-XA18-35株M基因序列与其他地区PDCoV参考株的核苷酸同源性为98.47%~99.54%,推导的氨基酸序列同源性为97.24%~99.08%;CHN-XA18-35株与其他地区PDCoV参考株相比,M蛋白第189位氨基酸由异亮氨酸(IIe)突变为精氨酸(Arg);CHN-XA18-35株M蛋白的10-27、34-56、66-87位氨基酸属于跨膜区;跨膜区氨基酸多为疏水性氨基酸,且存在α-螺旋;潜在的B细胞抗原表位位于M蛋白的102-107 aa(LSPESR)、149-158 aa(NGISVRNPPQ)、200-209 aa(LHTITTSKAG)。结果表明,CHN-XA18-35株M蛋白第189位氨基酸发生了突变,其B细胞抗原表位与其他PDCoV株相比未发生改变。 相似文献
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本研究旨在分析牛支原体P48基因的序列特性、蛋白的结构和功能。根据GenBank中PG45菌株P48基因序列（GenBank登录号：CP002188.1）设计特异性引物,运用Overlap-PCR扩增获得P48基因全长,其目的片段连接到pMD19-T载体上并进行测序,利用生物信息学方法分析和预测其核苷酸序列及其编码蛋白的理化性质、结构功能（信号肽、跨膜结构、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构和三级结构）。结果显示,分离株P48基因序列为1 407 bp,与Mb PG45国际标准株的同源性为100%,聚类于一支;P48基因编码467个氨基酸残基,组成一个无跨膜、稳定的亲水性蛋白;P48蛋白存在信号肽,有44个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,其二级结构是混合型,其中α-螺旋所占比例最高（41.76%）,无规则卷曲次之（37.69%）。功能预测显示,在信号转导、胁迫应答、受体等方面该蛋白存在较高概率。本研究成功克隆了分离株P48基因片段,其编码的蛋白是一个稳定可溶、亲水性蛋白,为分析分离株P48基因的特性和功能提供了一定的理论基础和科学依据。 相似文献
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猪传染性胃肠炎病毒SC-1株的分离与基因7的克隆分析 总被引：1，自引：0，他引：1
从四川某猪场采集疑似病例的腹泻粪样中分离到1株病毒,该病毒经过ST细胞传代培养盲传至第4代时出现病变。通过荧光抗体染色、病毒中和试验、TCID50试验、核酸类型鉴定,结合样品正染后在电镜下的观察结果,确定该毒株为猪传染性胃肠炎病毒,命名为TGEV SC-1株。参照GenBank中收录的TGEV基因7的序列设计了1对特异性引物,以SC-1株的细胞增殖毒的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得了大小约为303 bp的基因片段,包括完整的基因7序列片段（237 bp）,在GenBank上的登录号为DQ437507。核苷酸和推导的氨基酸序列比较分析结果表明,该毒株与其他毒株的同源性均在92.4%以上,TGEV SC-1株与美国的PURDUE和中国的TH-98毒株亲缘关系最近;与日本各分离毒株、中国TS株、美国Miller株、中国台湾TFI株和英国96-1933株的同源性较低。TGEV基因7在密码子使用的选择上,存在较大的偏向性;基因7编码蛋白在两端存在有明显的疏水性区域,在2～24和56～75位氨基酸残基处存在跨膜结构。 相似文献
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为表达猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）M蛋白主要抗原表位基因序列,参照GenBank中发表的PRRSVSCQ株M蛋白基因设计并合成一对特异性引物,通过PCR方法从重组质粒pMD18-T-M扩增得到缺失N端跨膜区的M蛋白基因片段dM（deletingM）,将其与pMD19-Tsimplevector连接,经测序正确后克隆至高效原核表达载体pGEX-4T-1,得到重组表达载体pGEX-4T-1-dM,并将其转化大肠杆菌Rosetta（DE3）,经IPTG于37℃诱导,PRRSVM基因获得表达。经SDS-PAGE分析,所表达的融合蛋白分子量约为35kDa。以纯化的重组蛋白作为抗原,经WesternBlot分析结果表明该重组蛋白可被PRRSV阳性血清所识别,可用于PRRSV的检测。 相似文献
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为表达猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)M蛋白主要抗原表位基因序列,参照GenBank中发表的PRRSV SCQ株M蛋白基因设计并合成一对特异性引物,通过PCR方法从重组质粒pMD18-T-M扩增得到缺失N端跨膜区的M蛋白基因片段dM(deleting M),将其与pMD19-T simple vector连接,经测序正确后克隆至高效原核表达载体pGEX-4T-1,得到重组表达载体pGEX-4T-1-dM,并将其转化大肠杆菌Rosetta(DE3),经IPTG于37℃诱导,PRRSV M基因获得表达。经SDS-PAGE分析,所表达的融合蛋白分子量约为35 kDa。以纯化的重组蛋白作为抗原,经Western Blot分析结果表明该重组蛋白可被PRRSV阳性血清所识别,可用于PRRSV的检测。 相似文献
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试验旨在分析牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中PG45菌株oppD/F基因序列（登录号：AF130119.1）设计1对引物,应用PCR技术扩增获得分离株oppD/F基因,将oppD/F基因片段克隆至pMD19-T载体中进行测序,在采用生物信息学方法分析其核苷酸序列的基础上对其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、可溶性、信号肽、跨膜域、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和功能等进行分析和预测。结果显示,牛支原体新疆分离株oppD/F基因序列全长1 617 bp,与Mb PG45株和Mb JF4278株的同源性均为100%,处于同一分支;该基因编码蛋白是由539个氨基酸残基组成,不存在信号肽及跨膜结构,是一种稳定的亲水性蛋白质;oppD/F蛋白存在1个AAA家族结构域,50个潜在的磷酸化位点和3个糖基化位点,其二级结构是混合型,其中α-螺旋所占比例最高（61.78%）,无规则卷曲次之（20.78%）。功能预测结果显示,oppD/F蛋白在信号传导、受体、结构蛋白、离子通道、免疫应答和胁迫应答等方面的几率均较高。本研究结果为进一步分析牛支原体oppD/F基因的功能提供了一定的理论依据。 相似文献
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鸡贫血病毒vp3基因克隆、序列分析和比较 总被引：2，自引：0，他引：2
克隆了从我国哈尔滨分离的一株鸡贫血病毒（CAV）的vp3基因，并对之进行了测序。该基因的开放读码枢由366bp组成，编码121个氨基酸，氨基酸组成具有已报道VP3的典型特点。本次克隆的基因与GenBank收录的CAV的vp3基因进行序列比较，同源性至少为98％。与国内报道的山东株SJ1的vp3基因有3个核苷酸的差异，表明国内的CAV毒株已经产生了一些分化。在EMBL中比较本次克隆的VP3蛋白一级结构，与之差异最大的是马来西亚分离株的VP3，有5个氨基酸残基不同，同源性为96％。同时收集EMBL中的CAV的VP3蛋白绘制进化树，我国哈尔滨分离的CAV毒株与CIA进化关系最近，而与Cux-1的2个衍生株QDWX1、QDWX3进化关系最远。这些结果进一步证明了CAV在遗传方面是较保守的病毒，来自哈尔滨的CAV不是CAV的一个独立分支。 相似文献
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根据国内外已发表的鹅细小病毒(GPV)B株和GD株基因序列,应用DNA Star分子生物学软件设计一对引物,应用PCR技术扩增GPV ZQ株的结构蛋白基因VP2全基因片段。将扩增得到的VP2全基因克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。结果表明ZQ株基因大小为1 764 bp,编码587个氨基酸,其基因序列与GPV参考毒株推导的氨基酸序列同源性在89.1%~99.3%之间,差异较大;与番鸭细小病毒(MDPV)参考毒株相比同源性在92.0%~92.5%之间,超过与部分GPV毒株的同源性,推测可能与该毒株来源于番鸭而不是鹅有关,另外也在基因水平上解释了GPV与MDPV在血清学上存在交叉反应的部分原因。 相似文献
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根据GenBank上公布的金黄色葡萄球菌肠毒素A（staphylococcus enterotoxin A,SEA）基因的全序列,设计一对特异性引物扩增内蒙古分离株的SEA基因序列。经基因克隆和序列测定,表明扩增的基因片段长度为582 bp,与标准菌株ATCC13565的SEA基因片段序列相似性为100%,与GenBank上公布的金黄色葡萄球菌菌株（EF520720.1）SEA基因相似性达到99.14%。本研究结果为进一步研究建立牛乳中SEA分子检测技术奠定了实验基础。 相似文献