RHDV CD株VP60主要抗原表位基因的克隆与序列分析     

隋慧  杨金生 《中国动物检疫》2010,27(8):27-29,48

本实验用RHDV CD株人工感染家兔,发病死亡后,取肝脏匀浆,用Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒RNA。根据Genbank已发表序列保守区设计并合成引物,采用RT-PCR方法扩增了RHDV衣壳蛋白VP60主要抗原表位基因。PCR产物纯化后,进行序列测定。测序结果表明,VP60主要抗原表位基因长525bp。该序列与已发表的其它13株RHDV VP60同一核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性比较。结果显示,CD株核酸序列与WX-84株同源性最高为97.5%,与其它毒株的同源性在92.0%～96.6%之间。氨基酸序列与WX-84株、墨西哥Mexi-co-89株同源性最高为99.4%,与其它毒株的同源性在96.6%～98.3%之间。  相似文献   

兔出血症病毒RC株VP60基因扩增与序列分析     

陈铭  程方俊  宋振辉  邹丽娟 《四川畜牧兽医》2009,36(3):31-33

本实验应用RT—PCR方法从兔出血症病毒荣昌分离株（RHDV—RC）中扩增出衣壳蛋白VP60基因并测序,从GenBank下载已发表的16株RHDVVP60序列,运用生物信息学软件分析并构建系统进化树和氨基酸序列同源性表。结果表明。RC株的VP60基因大小为506bp,GC含量为56．35％．与其它16株RHDVVP60基因核苷酸序列的同源性较高,最高达98.2％;而氨基酸序列的同源性达80％左右。  相似文献   

鹅细小病毒VP1-VP3非重叠区基因的克隆与序列分析     

王志强  刘力威  杨旭东  李洪彬  黄芳芳  邹跃  陈亮  黄宇翔 《中国家禽》2011,33(19)

通过克隆鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)分离株VP1-V3非重叠区基因,并对其进行序列分析,为鹅细小病毒感染与疫苗免疫的鉴别诊断奠定理论基础.进行鹅胚病毒增殖,收集尿囊液,提取基因组,参考发表的B株序列,设计合成一对引物,经PCR扩增,克隆VP1-VP3基因,筛选阳性克隆,对其进行序列测定及同源性分析.结果表明,克隆的基因片段为901 bp,VP1-VP3基因共594 bp,编码198个氨基酸;弱毒株之间亲缘关系很近,核苷酸同源性99.5％～100％,氨基酸同源性98.5％～100％;强毒株与B株亲缘关系较近,核苷酸同源性96.6％,氨基酸同源性97.5％;弱毒株与强毒株亲缘关系较远,核苷酸同源性92％～93％,氨基酸同源性96％～97.5％;弱毒株与B株亲缘关系最远,核苷酸同源性92.5％～93％,氨基酸同源性93.9％～95.5％.说明强毒株与弱毒株之间核苷酸序列存在差异.  相似文献   

三株鸡传染性法氏囊病毒弱毒株的分离与分子鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1  

袁维峰  吴保明  张鑫宇  夏晓丽  孙怀昌 《中国兽医寄生虫病》2009,17(1):29-33

本试验在江苏省鸡场分离获得3株鸡传染性法氏囊病病毒（IBDV）,采用RT—PCR法扩增VP2基因,将产物克隆入pMD18T载体,经测序,并与IBDV代表株VP2基因的高变区序列进行分析比较。结果显示,3个分离株与超强毒株、强毒株、突变株及弱毒株的核苷酸同源性在89．5％～98．9％之间,与弱毒株Cu-1和疫苗株PBG-98同源性最高,为98．9％;推导出的氨基酸序列与代表性毒株的同源性在98．2％～99．5％之间。其中,七肽区的第三个丝氨酸残基突变为精氨酸或苏氨酸,279和284位氨基酸残基突变为天冬氨酸和苏氨酸,222、294和299位氨基酸残基分别突变为脯氨酸、亮氨酸和天冬氨酸。上述试验表明3株分离株均为临床弱毒株。  相似文献   

兔出血症病毒CD株衣壳蛋白(VP60)基因的克隆、核酸及氨基酸序列比较分析   总被引：6，自引：0，他引：6  

向华  宣华  王文成  李尚波  魏广森 《中国兽医学报》2004,24(4):323-326

以兔出血症病毒 CD株人工感染家兔 ,发病死亡后 ,取肝脏匀浆 ,用 Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒 RNA。根据 Gen Bank已发表序列保守区设计并合成引物 ,采用 RT- PCR方法扩增了 RHDV衣壳蛋白 VP6 0基因。将所扩增片段克隆到 p MD18- T载体上 ,并进行了序列测定 ,测序结果表明 ,CD株 VP6 0基因全长 174 0 bp。该序列与已发表的其他分布于世界各地的 14株 RHDV序列进行了比较和基因进化树分析。无毒株与各强毒株之间的同源性为 85 .3%～86 .5 % ,强毒株间的同源性较高 ,为 92 .1%～ 10 0 %。根据进化树可把强毒株分为 2大群 ,一群为 CD株、Iowa2 0 0 0株、0 0 - 139株、99- 0 5株 ,其余的为另一群。进一步细分 ,还可以分为 4个亚群和 7个组。但毒株之间的地域性差异并不明显。同时根据 15株 RHDV VP6 0基因的核苷酸序列推导了其所编码的氨基酸序列 ,并进行氨基酸序列的比较和亲水性、柔性区、抗原性和表面结构的比较分析。结果显示 ,各毒株氨基酸之间的的同源性在 90 .5 %～ 10 0 %之间 ,其中无毒株与各强毒株之间的同源性为 90 .5 %～ 91.9% ,强毒株间的同源性在 95 %～ 10 0 %之间 ;氨基酸变异分析未发现突变造成的 VP6 0蛋白高级结构的根本性变化  相似文献   

猪轮状病毒L1株VP7基因克隆及序列分析     

陈晓春 《中国兽药杂志》2014,48(1):6-10

根据GenBank已发表的猪轮状病毒VP7基因保守序列,设计特异性引物扩增猪轮状病毒L1株VP 7全基因序列并进行序列测定及分析。结果显示, L1株猪轮状病毒VP 7基因全长为1062 bp,包含一个982 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸,与G5型参考毒株核苷酸同源性和推导的氨基酸同源性分别为88．8％～93．7％和93．3％～94．2％,系统进化树分析结果亦显示L1株与G5型参考毒株处于同一个群,由此确定L1株为G5型。与我国近几年流行的G9型毒株NMTL进行抗原表位分析结果显示,两个毒株在 aa25～aa29、aa86～aa102、aa142～aa152、aa211～aa226、aa263～aa286等区域存在明显差异,可能对其免疫保护性存在一定的影响。  相似文献   

狂犬病病毒野毒株糖蛋白基因序列测定及分析比较   总被引：3，自引：0，他引：3  

赵云蛟  钱爱东  胡桂学  王利民  李影  尹殿明 《中国预防兽医学报》2003,25(5):338-341

对我国河南某地野鼠体内分离的狂犬病病毒野毒株MRV糖蛋白全基因进行序列测定，与已发表的代表性毒株糖蛋白基因进行核苷酸和推导氨基酸序列的比较分析，结果表明在同一基因型中，MRV和国际标准攻毒株CVS的同源性最高(96．5％)，和中国减毒株CTN的同源性最低(79．8％)；在G基因的四个功能区中，氨基酸同源性最高的是抗原区，同源性最低的是膜内区；MRV的抗原部位和糖基化位点氨基酸均有变异；建立了各毒株的系统进化树。  相似文献   

猪脑心肌炎病毒的分离与鉴定   总被引：24，自引：0，他引：24  

盖新娜  杨汉春  郭鑫  吕艳丽  王芳  陈艳红  查振林 《畜牧兽医学报》2007,38(1):59-65

从规模化猪场疑似病例组织病料中分离到5株脑心肌炎病毒（EMCV），对其中的2株（EMCV BJC3和EMCV HB1）进行了系统鉴定。结果表明，病毒粒子大小约为27nm，呈圆形；2株病毒均不耐酸，对氯仿不敏感，对胰蛋白酶敏感性有所不同，60℃加热1h可被灭活，二价阳离子对病毒没有明显的保护作用。用EMCV多克隆抗体作间接免疫荧光，分离毒株感染的BHK-21细胞的胞浆中可见特异性荧光。对分离毒株进行了VP1和3D基因的扩增和序列测定，结果表明，2个毒株VP1基因的核苷酸序列同源性为99．49％，氨基酸序列的同源性为98．46％，与GenBank中EMCV毒株的核苷酸序列同源性介于81．61％～99．59％，氨基酸序列同源性在95．5％以上；3D基因扩增片段序列与其它毒株的核苷酸与氨基酸序列同源性均为100％。基于VP1基因的系统进化树表明，2株分离毒均位于进化树的主干上，变异度不大。由此表明，EMCV感染已在我国猪场存在。  相似文献   

兔出血症病毒JL株分离鉴定及VP60基因主要抗原表位分析     

金明兰  侯继波  郑其升  鲁会军  韩松  南文龙  金宁一 《兽医大学学报》2012,(6):833-838

采用血凝试验、电镜观察、RT－PCR方法分离鉴定了1株JL株兔出血症病毒（RHDV），扩增衣壳蛋白VP60基因，将扩增片段克隆到pMDl8－T载体上，经酶切鉴定后测序。结果显示，VP60基因全长1740bp，编码580个氨基酸；JL株与其他RHDV分离株比较，核苷酸同源性为93．7％－99．2％，氨基酸同源性在97．3％－99．5％，在VP606个区中，A、B、D、F是稳定区，氨基酸变异多发生在衣壳蛋白C、E区，表明毒株具有高度保守性；将JL株与国内外标准株蛋白氨基酸变畀及其亲水性、柔性区、抗原区和表面结构进行比较分析，预测RHDV VP60细胞表位。  相似文献   

A群猪轮状病毒JS株VP6基因序列分析     

高秀春  时洪艳  佟有恩  吴波平  孙东波  白兴华  陈建飞  冯力 《黑龙江畜牧兽医》2007,(7):27-29

参考GenBank中发表PRV OSU毒株VP6序列ORF两端保守区,设计1对特异引物,以PRVJS株反转录cDNA为模板,通过PCR方法获得约1.3 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:获得了VP6的1 320 bp全基因序列;将其ORF与国内外9株PRV VP6基因的ORF进行核苷酸和氨基酸同源性比较,核苷酸同源性在77.1%~91.1%之间,氨基酸的同源性在89.7%~99.5%之间;在氨基酸系统发育进化树中,JS毒株与A131、OSU、CN86毒株亲缘关系较近,为一个进化群。  相似文献   

山西猪瘟野毒株E_2基因序列测定与遗传变异多样性分析     

姚敬明  ;孟帆  ;雷宇平  ;吴忻  ;王娟萍  ;刘文俊  ;韩一超  ;樊振华  ;张瑞琴  ;米瑞娟 《兽医大学学报》2014,(9):1405-1410

为了解山西地区猪瘟病毒（CSFV）流行毒株的遗传变异情况,采用RT-PCR方法,2013年从山西部分地区分离出5株CSFV流行毒株,并进行了E2全基因扩增、克隆与序列测定,应用DNAStar分析软件对所测定的5株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析,绘制系统发育进化树。结果表明：5株CSFV流行毒株之间E2基因核苷酸序列与所推导氨基酸序列的同源性分别为81.4%~100%和87.9%~100%,与CSFV石门毒株（Shimen株）的核苷酸与氨基酸的同源性分别为82.9%~94.8%和89.0%~94.9%,与CSFV兔化弱毒株（HCLV株）的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.6%~99.6%和87.9%~99.5%,与17株来自各国不同地区的CSFV参考毒株的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.5%~99.6%和86.3%~99.7%。经系统发育关系分析,4株属于基因2群,且705、713、725、729、734和738位氨基酸发生置换,另外1株属于基因1群。本研究揭示了山西猪瘟流行毒株的遗传变异多样性现状。  相似文献   

北京部分地区猪瘟病毒流行株E2基因序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

傅彩霞  郑瑞峰  郭峰  靳兴军  吴惠明  李佳  陈立本  王玉田 《动物医学进展》2012,(1):61-66

为了解北京地区猪瘟病毒(CSFV)流行毒株的遗传变异情况,采用套式RT-PCR方法,对从北京部分地区近期分离的7株CSFV流行毒株的E2基因主要抗原编码区进行了扩增、克隆与序列测定,并应用DNA Star分析软件对所测定的7株毒株与国内外参考毒株的相应序列进行了同源性分析及氨基酸序列比对。结果表明,7株CSFV流行毒株之间核苷酸与氨基酸的同源性分别为96.3%～99.3%和95.6%～100%,与CSFV石门毒株(Shimen株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为81.7%～83.5%和82.4%～84.6%,与CSFV兔化弱毒株(HCLV株)的核苷酸与氨基酸的同源性分别为80.6%～81.7%和78.0%～80.2%,7株CSFV流行毒株均属于基因2群,且705、713、729和734位氨基酸发生置换。本研究初步揭示了北京部分地区目前流行的CSFV毒株与Shimen株和HCLV株在E2基因主要抗原区上存在较大差异。  相似文献   

欧洲型PRRSV RT-PCR检测方法的建立及ORF7基因序列比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

张战峰  李肖梁  张莹  查云侠  方维焕 《动物医学进展》2007,28(5):26-29

根据PRRSV(LV株)ORF7基因设计一对引物,建立了欧洲型PRRSV的RT-PCR检测方法.通过对50份组织病料检测及其ORF7基因序列分析,结果表明,有4份组织病料扩增出欧洲型PRRSV 576bp特异性片段,阳性率为8%,其ORF7基因序列和氨基酸推导序列与欧洲型PRRSV弱毒疫苗株(AMERVAC-PRRS)的同源性分别在99.0%～99.7%和98.5%～100%之间,而与标准毒株(LV)的同源性分别在95.9%～96.6%和96.9%～97.7%之间.表明该PT-PCR体系适合组织病料中欧洲型PRRSV的直接检测,同时也证实了欧洲型PRRSV在我国的存在,并且与疫苗株之间具有较高的同源性.  相似文献   

长角血蜱甘肃株肌钙蛋白基因P27/30的克隆和序列分析     

田占成  刘光远  李知新  谢俊仁  王路  张林 《中国预防兽医学报》2007,29(6):413-416

参照GenBank中长角血蜱致病性Okayama株肌钙蛋白P27/30基因的核苷酸序列,设计合成一对引物,从本实验室保藏的干净长角血蜱卵中快速提取总RNA,通过RT-PCR扩增出607 bp的肌钙蛋白基因,将其克隆于PGEM-T-Easy载体,对其进行序列分析,并推导出氨基酸序列,将这一序列与国内外已发表的长角血蜱肌钙蛋白基因进行比较分析。结果表明本实验室保藏的长角血蜱甘肃株与上述已发表的Okayama株核苷酸序列同源性为92.1%,氨基酸同源性为86%。长角血蜱甘肃株与Okayama株、四川孤雌生殖株的发育有一定差异。经RT-PCR分析表明,该基因在长角血蜱的卵、幼蜱、若蜱和饥饿成蜱这几个阶段均有表达。  相似文献   

兔出血症病毒(RHDV)全基因组克隆与分子流行病学分析     

向华  宣华  隋慧  王贵平  王文成  李尚波  卫广森 《中国预防兽医学报》2006,28(5):592-595

根据GenBank已发表的多株RHDV全基因组序列，设计3对扩增RHDVCD株的特异性引物，扩增了RHDV CD株包含全序列的3个片段，并分别克隆到pMD18-T载体上。根据引物上唯一的交叉酶切位点，把三个克隆片段同时克隆到pUC18载体上，获得了RHDV CD株全基因组克隆，测定了全基因组序列（GenBank accession number AY523410）。进行了CD株全序列与GenBank上已发布的其他6株全序列比较及基因进化树分析。发现除CD株外，其余6株（西班牙AST-89株、法国SD株、意大利BS89株、德国分离1株、德国分离2株、澳大利亚Czech V351株）之间的同源性均很高，在93．9％～100％之间，而CD株与其他6株之间的同源性均较低，在89．0％～89．6％之间。德国的2个分离株序列完全相同，应为同一毒株：进化树分析表明，此7株病毒可形成2个明显的分支，中国CD株形成一个分支，其余欧洲、澳大利亚分离株开成一个分支，具有明显地域差异特征．  相似文献   

犬瘟热病毒YD株的分离鉴定及其H基因序列分析     

张建普  马丽利  周利锋 《畜牧与兽医》2021,(4):69-75

从疑似犬瘟热(CD)病犬的脏器中分离到1株病毒,经间接免疫荧光试验、RT-PCR鉴定、红细胞凝集试验和对不同动物致病性试验,证实该病毒为犬瘟热病毒(CDV)强毒株,命名为CDV YD株。对H基因序列的测定和分析表明,YD株H基因与国内强毒株更接近,核苷酸同源性为98.4%~99.7%,氨基酸同源性为97.8%~99.7%,而与疫苗株核苷酸同源性较远为91.2%~91.5%,氨基酸同源性为90.3%~91.2%。推导的H蛋白氨基酸序列中有9个潜在的N连接糖基化位点(N-X-S/T),可能与病毒体外复制和中和抗体有关,另外有12个保守的半胱氨酸(Cys)残基,对H蛋白二级结构起重要作用;根据H基因核苷酸序列绘制的进化树表明,CDV YD株属于国内流行基因型:Asia-1型。该研究为了解当前中国CDV流行变异情况和犬瘟热疫苗的研发提供了数据。  相似文献   

兔出血症病毒镇江株的分离鉴定及VP60蛋白活性表达     

杨慧  于雪  孙培娇  王艳  刘吉山  王玉茂  沈志强  肖跃强 《中国畜牧兽医》2018,45(12):3545-3554

试验旨在分离兔出血症病毒（rabbit hemorrhagic disease virus,RHDV）镇江株,分析其遗传进化变异,并表达具有良好活性的重组VP60蛋白。通过排除细菌感染、血凝（HA）和血凝抑制（HI）检测、动物攻毒试验与病毒传代、LD₅₀测定等方法,自江苏省镇江市某兔场发病死亡动物肝脏组织样品中分离病原并鉴定;RT-PCR方法获得VP60基因,通过分析VP60基因核苷酸及氨基酸序列研究其遗传进化;将VP60基因与pCold-Sumo载体连接,构建低温诱导、融合Sumo标签原核表达载体,15℃、IPTG诱导表达重组VP60蛋白并对表达产物进行反应原性鉴定。结果显示,分离鉴定获得RHDV ZJ2015毒株,该毒株能凝集人"O"型红血球,HA效价为11log2,其血凝性能被RHDV （AV33）抗血清抑制,该毒株的LD₅₀为10^-6.38/mL,具有较强的毒力;RT-PCR扩增得到大小约为1 740 bp的特异性条带,系统进化树分析显示,该毒株属于RHDV1抗原遗传变异株（RHDVa）,与RHDV1和RHDV2 VP60基因核苷酸序列同源性分别为89.4%~97.6%和81.1%~81.5%,氨基酸序列同源性分别为93.8%~98.3%和87.4%~87.6%。构建的低温原核融合表达质粒pCold-VP60在大肠杆菌Rosetta （DE3）中成功表达,通过SDS-PAGE及Western blotting分析,在分子质量74 ku处有特异性表达蛋白条带,且与抗血清发生特异性抗原抗体结合反应,说明重组蛋白具有良好的反应原性。本研究为开展兔病毒性出血症流行病学研究、开发新型重组疫苗与诊断试剂提供参考依据。  相似文献