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1.
鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。 相似文献
2.
不同鸡品种TYR基因遗传变异分析 总被引：3，自引：0，他引：3
采用PCR-SSCP方法,对中国宁夏固原鸡、海南文昌鸡、西藏藏鸡和国外引进海赛克斯鸡TYR基因5′侧翼区及外显子13个位点（P1、P2、P3）的遗传变异进行研究。结果表明,P2位点无多态,P1位点在3个中国鸡品种中均出现3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型;在引进的海赛克斯鸡中,只检测到BB型和AB型2种类型。4个鸡品种在该位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;P3位点在中国3个鸡品种中均检测到3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型,而海赛克斯鸡中只检测到AA和AB型,固原鸡和文昌鸡在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,藏鸡和海赛克斯鸡均处于极不平衡状态。进一步说明,中国地方鸡品种的TYR基因蕴藏丰富变异资源。经克隆测序分析,P1位点存在C→T的单碱基替换突变,P3位点存在G→A的单碱基替换突变,但未引起氨基酸突变。独立χ2分析显示,两位点基因型和等位基因分布在不同鸡品种之间存在显著或极显著差异（P〈0.05和P〈0.01）,提示TYR基因的基因型和等位基因分布与鸡品种因素显著相关。本研究为以后对鸡TYR基因5′侧翼区及外显子1的进一步研究提供基础依据。 相似文献
3.
Mx基因抗性位点在12个地方鸡种中的分布及遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过PCR-RFLP技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在我国地方鸡种中的分布差异。结果表明：PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在12个地方鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.304,敏感性等位基因G的频率平均为0.696;12个地方鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.657 2,Shannon信息指数平均为0.524 0。在该位点上,12个地方鸡种除仙居鸡显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0.01）外,其余11个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内（除白耳鸡群体外）都属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将12个地方鸡种分为3大类,聚类结果反映了12个地方鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。 相似文献
4.
采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)第2内含子部分序列和第3外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性能的遗传效应。结果表明:在该区域中,共检测到4个等位基因,10种基因型。χ2检验结果表明,除边鸡外其余3个品种群体在该座位均达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析结果显示,除开产蛋重和12周龄体重外,其他生长和繁殖性状在不同基因型间均存在显著差异(P<0.05)。因此,推测IGFBP-2基因对个体的生长和繁殖性能有一定影响,将IGFBP-2基因应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快鸡的育种进程。 相似文献
5.
6.
《中国家禽》2018,(20)
为研究不同品种间BF1基因的结构变异,B-F exon2多态性以及TAPBP、BRD2、DMA、DMB2、TAP1、TAP2基因上14个SNPs位点的多态性,以农大3号矮小鸡、白来航鸡和藏鸡三个品种为研究对象,通过PCR扩增不同品种B-F1基因检测B-F1基因及启动子序列增强子A的缺失现象。同时利用红色原鸡B-F exon2序列设计引物后测序;选择TAPBP、TAP1、TAP2、BRD2、DMA、DMB2基因上的部分SNPs利用KASP技术进行分型。结果显示:根据缺失情况,将BF1基因分为A、B和Bdel三种,从而决定了AA、AB、ABdel、BB、BBdel和BdelBdel六种基因型,农大3号矮小鸡中存在两种基因型,白来航鸡存在四种基因型;藏鸡存在三种基因型。利用测序发现农大3号矮小鸡、白来航鸡和藏鸡在B-F exon 2序列上分别存在45、37、37个突变位点。通过KASP分型技术检测TAPBP、BRD2、DMA、DMB2、TAP1、TAP2基因上14个SNPs位点的多态性,发现农大3号矮小鸡、白来航鸡、藏鸡分别存在14、9、13个突变位点。 相似文献
7.
采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6~16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。 相似文献
8.
MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6～16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。 相似文献
9.
本研究采用PCR-SSCP方法对13个鸡品种的NLRC5基因外显子8的多态性进行了SNP检测,共检测到2个等位基因,2种基因型,其中北京油鸡、固始鸡、皖南三黄鸡、大骨鸡群体中检测到AA和AB两种基因型,其余群体中只检测出AA基因型。序列分析结果显示,在NLRC5基因外显子8的43bp处存在G/A突变,将该突变翻译为氨基酸仍然为缬氨酸,因此该突变是一个同义突变;卡方适合性检验结果显示:13个鸡品种均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);根据群体遗传变异分析,13个鸡品种均处于低度多态或无多态(PIC<0.25)。本研究为NLRC5基因作为一种新兴研究的抗性基因是否能为鸡抗病性状选育工作的分子标记提供了初步的参考。 相似文献
10.
采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测POU1F1基因在京海黄鸡中的单核苷酸多态性(SNPs),并对不同基因型与京海黄鸡生长性能的相关性进行了分析.结果表明:在POU1F1基因第三外显子第5 231 bp位置有A→T碱基的点突变,在京海黄鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因的频率为0.500,B等位基因的频率为0.500.基因型与生长性能的关联分析得知:POU1F1基因不同基因型显著影响京海黄鸡各周龄体重,AB型显著高于从型和BB型(P<0.01).因此,推测POU1F1基因可能是影响鸡生长性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因,并且能够在分子标记辅助选择中用于对鸡生长性状的遗传改良和固定. 相似文献
11.
12.
Dana Nigussie van der Waaij Liesbeth H. Dessie Tadelle van Arendonk Johan A. M. 《Tropical animal health and production》2010,42(7):1519-1529
To generate information essential for the implementation of breeding schemes suitable for village poultry producers in Ethiopia,
a survey was conducted aimed at defining the socioeconomic characteristics of the production environments in different geographic
regions, understanding the important functions of chickens, identifying farmers’ choice of chicken breeds and the underlying
factors that determine the choice of genetic stock used. The survey included both questionnaire survey and a participatory
group discussion. A total of 225 households (45 households from each of five Woredas) were interviewed. The questionnaire was designed to collect data covering general information on village poultry production
such as socio-management characteristics, production objectives, population structure, breed choice and trait preferences,
market preferences of specific traits, and farmers’ selection practices. The participatory farmers’ discussions were designed
to involve stakeholders in defining the breeding objective “traits” and deriving their relative importance in the production
environment based on the different functions of chickens and “traits” identified in the interviews. The results showed that
production of eggs for consumption is the principal function of chickens in most regions followed by the use as source of
income and meat for home consumption. The production system in all geographic regions studied revealed similar features generally
characterized by extensive scavenging management, absence of immunization programs, increased risk of exposure of birds to
disease and predators, and reproduction entirely based on uncontrolled natural mating and hatching of eggs using broody hens.
Farmers’ ratings of indigenous chickens with respect to modern breeds showed the highest significance of the adaptive traits
in general, and the superior merits of indigenous chickens to high yielding exotic breeds in particular. Adaptation to the
production environment was the most important attribute of chickens in all the study areas. The high significance attributed
to reproduction traits indicates the need for maintaining broody behavior and high level of hatchability while breeding for
improved productivity of indigenous chickens for village conditions. The market price of chickens is primarily dictated by
weight, but farmers rated growth (males) and number of eggs followed by growth (females) as the production traits they would
like the most to be improved. Therefore, the ultimate breeding goal should be to develop a dual-purpose breed based on indigenous
chicken genetic resources with any of the comb types other than single for all the regions studied having the most preferred
white body plumage for farmers in the Amhara region and red body plumage for those in Oromia, Benshangul-Gumuz, and Southern
regions. 相似文献
13.
尼西鸡是云南特有的家禽品种,因产于香格里拉市尼西乡而得名,当地藏语叫"龙巴下",是云南20个地方家禽品种中典型的肉蛋兼用型品种,也是我国《国家级畜禽资源保护品种名录》中典型的地方家禽品种,是当地藏族经长期驯化饲养、选育而形成的优良品种,具有体型较小、产蛋高、肉质好、耐粗饲、灵活善飞等特点,在高海拔和气候寒冷的自然环境下适应性好,野外觅食能力强。特殊的养殖环境使尼西鸡成为肉质鲜嫩、风味独特的高原兼用型鸡种。随着这些年养殖规模的不断扩大和人们对畜禽产品的消费理念不断提升,尼西鸡成为当地人备受欢迎的禽类产品,并将成为云南地区高原生态特色农产品的典型代表。 相似文献
14.
ABSTRACT1. A previous whole-genome association analysis has identified the motilin receptor gene (MLNR), which regulates gastrointestinal motility and gastric emptying, as a candidate gene related to chicken growth.2. MLNR mRNA was expressed in all tissues tested, and the expression level in digestive tissues was greater than in other tissues. Expression levels in the pancreas, duodenum and glandular stomach at day old and one, two and three weeks of age indicated a possible correlation with the digestive system. This suggested that the MLNR gene plays a central role in gastrointestinal tract function and affects the growth and development of chickens. Moreover, there was a significant difference in expression in the glandular stomach tissue between Ross 308 and Gushi chickens at six weeks of age.3. Re-sequencing revealed an 86-bp insertion/deletion polymorphism in the downstream region of the MLNR gene. The mutation locus was genotyped in 2,261 individuals from nine different chicken breeds. MLNR expression levels in the glandular stomach of chickens with DD genotypes were greater than those in chickens with the ID and II genotypes. The DD genotype was the most dominant genotype in commercial broiler's (Ross 308 and Arbor Acres broilers), and the D allele frequency in these breeds exceeded 91%. The deletion mutation tended towards fixation in commercial broilers.4. Association with growth and carcass traits analysed in a Gushi-Anka F2 intercrossed population, showed that the DD genotype was significantly associated with the greatest growth and carcass trait values, whereas values associated with the II genotype were the lowest in the F2 reciprocal cross chickens.5. The results suggest that the mutation is strongly associated with growth related traits and it is likely to be useful for marker-assisted selection of chickens. 相似文献
15.
利用简化基因组SNPs数据分析徐海鸡及周边地方鸡种遗传多样性,为徐海鸡的保护和利用提供支持。收集徐海鸡等13个地方鸡种血液样品,提取基因组DNA,应用简化基因组测序技术进行SNP分型,获取群体遗传学参数,并以邻接法、最大似然法、贝叶斯法构建系统进化树。结果显示:徐海鸡基因组SNPs观测杂合度为0.18,期望杂合度为0.28,在受试地方鸡种中品种内遗传多样性属于中等程度。Mantel测试表明遗传距离与地理距离呈现正相关(P<0.05)。系统进化树显示多数地方鸡种间存在明显界限。研究表明:徐海鸡独立成枝,与其它地方鸡种存在遗传上差别;地方鸡种之间存在有限的基因流;与最大似然法、贝叶斯法相比,邻接法更适合利用简化基因组数据构建系统进化树。 相似文献
16.
Polymorphisms of 5' flanking region of chicken prolactin gene 总被引：9，自引：0，他引：9
17.
旨在对中国地方鸡品种的遗传多样性与种群结构进行分析。本研究使用Affymetrix Axiom 600K高密度鸡基因分型芯片对来自8个品种的157只地方鸡及233只商品鸡进行基因分型,以品种作为分组来计算各分组的观测杂合度、期望杂合度、次等位基因频率、近交系数及核苷酸多样性分析地方鸡群体的遗传多样性,利用进化树、主成分分析、群体结构、MDS等方法分析鸡群体的群体结构,基于状态同源(IBS)和群体分化系数(Fst)分析种群内部与种群之间的亲缘关系,利用长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)估算得到基于ROH的近交系数。结果表明,各群体的观测杂合度均高于期望杂合度,次等位基因频率在0.175～0.236之间,近交系数在0.018～0.205之间,核苷酸多样性在0～6×10-4之间,进化树与主成分分析表明品种间出现了明显的群体分化,地方鸡群体与商品鸡群的MDS分析发现我国地方鸡与商业肉鸡品种的遗传距离较近;IBS遗传距离在0.092 9～0.319 9之间;各品种成对Fst分析表明,群体间呈现中高分化程度(0.09～0.22);此次分析共得到了... 相似文献
18.
本研究利用PCR-RFLP技术对我国6个地方猪种、中国野猪以及杜洛克、约克夏和长白3个国外猪品种,共307头猪的磷脂爬行酶基因(PLSCRs)外显子区的遗传变异进行了研究。结果表明:PLSCR4第7外显子处存在T68C的同义突变,第8外显子处存在G4A的错义突变;在T68C突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪6个猪群优势等位基因为T,荣昌和野猪群体中优势等位基因为C;在G4A突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪群体中优势等位基因为G,藏猪、荣昌、金华及野猪群体中优势等位基因A。 相似文献
19.
1. To explore the genetic diversity of Chinese indigenous chicken breeds, a 585 bp fragment of the mitochondrial DNA (mtDNA) region was sequenced in 102 birds from the Xichuan black-bone chicken, Yunyang black-bone chicken and Lushi chicken. In addition, 30 mtDNA D-loop sequences of Silkie fowls were downloaded from NCBI. The mtDNA D-loop sequence polymorphism and maternal origin of 4 chicken breeds were analysed in this study.
2. The results showed that a total of 33 mutation sites and 28 haplotypes were detected in the 4 chicken breeds. The haplotype diversity and nucleotide diversity of these 4 native breeds were 0.916 ± 0.014 and 0.012 ± 0.002, respectively. Three clusters were formed in 4 Chinese native chickens and 12 reference breeds. Both the Xichuan black-bone chicken and Yunyang black-bone chicken were grouped into one cluster. Four haplogroups (A, B, C and E) emerged in the median-joining network in these breeds.
3. It was concluded that these 4 Chinese chicken breeds had high genetic diversity. The phylogenetic tree and median network profiles showed that Chinese native chickens and its neighbouring countries had at least two maternal origins, one from Yunnan, China and another from Southeast Asia or its surrounding area. 相似文献
20.
不同猪种肉质相关基因Hal、RN和FTO的多态性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了明确肉质相关基因氟烷基因(Hal)、酸肉基因(RN)和脂肪肥胖相关基因(FTO)在国内外不同猪种群体间的遗传变异特性,本研究以大约克、长白、杜洛克和金华猪等猪种群体为研究对象,应用PCR-RFLP技术分别检测了Hal、RN和FTO基因的多态性,并分析了FTO基因上2个多态位点g.276G＞T和c.594C＞G的遗传变异情况.结果表明:(1)在杜洛克猪中发现了Hal的基因型HalN Haln,其频率为0.166,但未发现基因型Haln Haln,其它猪种群体中仅检测到了基因型HalN HalN;(2)在已检测的所有猪种群体中只检测到RN基因的rn/rn基因型,未发现rn/RN和RN/RN基因型;(3)在FTO的g.276G＞T位点上,金华猪呈现单态,其它猪种群体均呈现多态.在FTO的c.594C＞G位点上,4个猪种群体均呈现多态,3个外来猪种群体均以CC基因型频率较高,而金华猪则以GG基因型频率较高.研究结果提示,由于Hal基因在养猪生产中的利弊双重性,因此在某些猪种群体中仍然存在较高频率的HalN Haln基因型.此外,结合FTO基因的生理功能和已有的研究结果,可在特定的猪群中将其作为影响猪肉质性状的候选基因.本研究发现FTO的基因型分布在我国优良地方猪种金华猪与国外3个种猪群间存在较大差异,为深入研究不同品种猪的肉质形成机理提供了基础数据. 相似文献