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细菌的16S核糖体RNA(ribosome RNA,rRNA)基因以其在进化上的特征性序列,现已被广泛用于细菌分类和鉴定的分子指标。本研究用终浓度为20μg/mL的氯霉素从蜜蜂中肠筛选得到耐氯霉素的菌株,经对其16S rRNA基因片段克隆测序,再与NCBI数据库中已知细菌的16S rRNA基因片段序列相比对,结果表明经氯霉素筛选菌株的16S rRNA基因片段序列与克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)的相关序列相似度为100%,因此可将该菌株初步鉴定为克雷伯氏菌。该菌株在供试蜜蜂中肠内对氯霉素具有一定的耐药性。 相似文献
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为确定广东某竹鼠养殖场发生竹鼠死亡的原因,本研究从发病竹鼠血液和组织中分离到可疑细菌,并对分离的菌株进行革兰氏染色、生化特性分析和16S rRNA基因鉴定及序列分析,同时进行药敏试验。结果显示:分离的细菌为杆状、球状和球杆状形状不一的革兰氏阴性菌;生化特性与奇异变形杆菌基本一致;16S rRNA序列与NCBI数据库中奇异变形杆菌16S rRNA核苷酸相似性为99%以上。结果表明,该分离细菌为奇异变形杆菌将其命名为GD/ZS-01株;药敏实验显示,该菌株对头孢哌酮、丁胺卡那和左氧氟沙星高度敏感。本研究结果为竹鼠养殖场疫情的防治提供了科学参考。 相似文献
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应用16S rRNA基因序列鉴定柞蚕空胴病病原菌 总被引：1，自引：0，他引：1
20世纪70年代末,采用形态分类学方法,将引起柞蚕空胴病的致病菌鉴定为柞蚕链球菌(Streptococcus pernyi sp.nov)。分别提取已分离柞蚕空胴病的5株病原菌株的基因组DNA,PCR扩增16S rRNA基因片段,经克隆、测序后,与GenBank中登录的相关肠球菌、链球菌菌株的16S rRNA基因序列进行同源性比对并构建系统进化树。结果表明,供试的5株菌株的16S rRNA基因序列相似性在99.5%～99.9%之间,相互之间存在着10个可变位点,推测5株菌株属于同一个菌种;5株菌株的16S rRNA基因序列与肠球菌属(Enterococcus)16S rRNA基因序列的相似性较高,在92.4%～99.8%之间,而与链球菌属(Streptococcus)16S rRNA基因序列的相似性相对较低,在87.3%～87.8%之间;5株菌株与肠球菌属在系统进化树上聚为一类。基于菌株的16S rRNA基因序列分析,鉴定柞蚕空胴病的病原菌应归属于肠球菌属。 相似文献
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《中国兽医杂志》2019,(5)
为研究和开发动物新型微生态制剂,改变抗生素滥用、药物残留等现状。通过热处理从健康猪肠道内容物、粪便、土壤中分离芽孢杆菌,结合形态特征、生理生化特性及16S rRNA序列分析进行鉴定;对菌株耐胆盐性、酸性耐受性及产酶情况等特性进行研究。结果表明,分离到11株芽孢杆菌,经细菌形态学、生理生化特征和16S rRNA序列分析的结果显示,3株为枯草芽孢杆菌;特性研究结果证实菌株SR-096具有较好的耐胆盐性、酸性耐受性和产脂肪酶、淀粉酶、蛋白酶和纤维素酶的能力。说明枯草芽孢杆菌SR-096具有较强的抗逆性和潜在的益生性能,为研制微生态制剂提供了优良的菌种参考。 相似文献
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为了解引起牛肺炎的主要病原,试验从患有肺炎的牛支气管中分离获得一株巴氏杆菌,并对其进行生化鉴定、16S rRNA测序、特异性PCR鉴定及药敏试验。结果表明:分离菌株与马巴氏杆菌(Pasteurella caballi)的生化特性一致;16S rRNA序列与Pasteurella caballi参考菌株ATCC49197的同源性为100%;特异性PCR鉴定为Pasteurella caballi;分离菌株对诺氟沙星、头孢噻吩、四环素等多种抗生素敏感。说明分离菌株为Pasteurella caballi,该细菌同样可以感染牛。 相似文献
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为了解上海地区猪红斑丹毒丝菌在健康猪群中的带菌状况,本试验选择上海地区标准化屠宰场的上市猪为研究对象,采集鼻拭子、肺脏、扁桃体和下颌淋巴结等样本,进行猪红斑丹毒丝菌的分离,采用VITEK 2 Compact系统和VITEK MS快速鉴定系统进行鉴定,并设计1对16S rRNA基因引物,对分离菌株进行PCR扩增,随机选取16株分离菌进行测序及16S rRNA同源性分析。结果显示,49.07%（105/214）的样本中分离到猪红斑丹毒丝菌,分离菌株同参考菌株及疫苗株之间16S rRNA同源性为99.6%~100.0%。本试验结果表明上海地区猪群中确实存在猪红斑丹毒丝菌的健康带菌状况。 相似文献
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Dey S Singh VP Kumar AA Sharma B Srivastava SK Singh N 《Research in veterinary science》2007,83(1):1-4
The phylogenetic relationships of five isolates of Pasteurella multocida serotype B:2 belonging to buffalo, cattle, pig, sheep and goat were investigated by comparative sequence analysis of 16S rRNA gene. The 1468bp fragment of 16S rRNA gene sequence comparison showed that the isolates of cattle (PM75), pig (PM49) and sheep (PM82) shared 99.9% homology with the buffalo isolate (vaccine strain P52) whereas, the goat isolate (PM86) shared 99.8% homology with the vaccine strain. The 16S rRNA gene sequences of these isolates were also found monophyletic with type B reference strain NCTC 10323 of P. multocida subsp. multocida. The present study indicated the close relationships of haemorrhagic septicaemia causing P. multocida serotype B:2 isolates of buffalo and cattle with other uncommon hosts (pig, sheep and goat). 相似文献
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产丁二酮的嗜热链球菌的筛选和鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
从酸马奶中分离出五株链球菌，其中KM18的丁二酮的产量为20mg／mL。利用PCR扩增该菌的16SrRNA基因，将测序结果同该属内菌株的16SrRNA基因序列作多序列比较，并建立链球菌属的系统发育树。结果表明，KM18的16SrRNA基因序列同S．thermophilus的同源性百分比为98．2％。综合系统发育树的结果，将KM18鉴定为S．thermophilus。菌株KM18的16SrRNA基因序列已经在GENBANK申请国际序列注册号，为D0176426。 相似文献
14.
为了探讨鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)云南流行株的外膜蛋白A (OmpA)的基因序列差异及其与16S rRNA序列的相关性,PCR扩增18株云南流行株鸭疫里默氏杆菌OmpA基因及16S rRNA核苷酸序列,分别构建其系统进化树,分析其系统进化关系。结果表明,18株鸭疫里默氏杆菌OmpA基因分为2个群,其同源性分别为86%~99.2%和92.6%~100%。18株鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因同属1个群,同源性高达96.1%~100%。 RA-1、RA-2、RA-11和RA-39 4株分离株的OmpA基因位于进化树的同一个亚群,其16S rRNA基因也位于进化树的同一亚群,两者呈现出明显的相关关系,其他14株分离株的OmpA基因系统进化树与16S rRNA基因系统进化树无明显的相关关系。 相似文献
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CHANG Hong-tao LIU Hui-min DU Ji-mei CHEN Lu ZHAO Jun WANG Xin-wei YAO Hui-xia YANG Xia LI Hong-yan WANG Chuan-qing 《中国畜牧兽医》2013,40(11):157-160
To study the molecular genetic evolution characteristics of Haemophilus parasuis(Hps), PCR was used to determine the 16S rRNA gene of the strain XY0501 isolated from local pigs in Henan province, and genetic evolution analysis was conducted. The results showed that the amplication of 16S rRNA of the isolate XY0501 was 822 bp, the nucleotide sequence similarity among the reference strains was 97.1% to 99.3%, and 99.3% with the strain serotype 5. The phylogenetic tree based on 16S rRNA revealed that the Hps isolate XY0501 from local pigs belonged to the same branch with reference strain serotype 5. The results identified that the Hps infection could cause severe clinical symptoms in pigs, but infection source need to be further investigation,in addition, 16S rRNA of Hps of different serotypes was conserved and no species difference. 相似文献
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Aguirre E Sainz A Dunner S Amusategui I López L Rodríguez-Franco F Luaces I Cortés O Tesouro MA 《Veterinary parasitology》2004,125(3-4):365-372
This paper reports the first isolation and culture of Ehrlichia canis in Spain from a naturally infected dog using the DH82 cell line. After DNA extraction and PCR amplification, a nearly complete (1412bp) sequence of the 16S rRNA gene of the new E. canis strain was obtained. The GenBank accession number for the nucleotide sequence of this strain is AY394465. This sequence was aligned with the 16S rRNA gene sequences of other Ehrlichia strains accessible in GenBank. The 16S rRNA gene sequence of the E. canis strain reported here showed a high percentage of similarity with the 16S rRNA gene sequence of E. canis from different geographic areas including Japan, Venezuela and Israel. These data confirm the presence of E. canis in Spain. 相似文献
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根据现有细菌分类鉴定方法,采用血清学、Biolog、16S rRNA序列分析和全基因组序列分析等方法对羊败血性链球菌病疫苗生产检验用菌种CVCC 553、55001和55002进行系统鉴定。结果显示,菌种CVCC 553、55001和55002血清群为兰氏C群;Biolog鉴定为马链球菌反刍亚种;16S rRNA序列分析与马链球菌反刍亚种模式菌株CECT 5772的同源性最高(均为99.72%),且在系统发育树中位于同一分支;与马链球菌反刍亚种模式菌株CCUG 47520的DNA-DNA的杂交值大于70%,分别为80.5%、80.2%、80.5%,与马链球菌反刍亚种模式菌株CECT 5772的平均核苷酸同源性分别为97.73%、97.64%、97.77%。因此本研究认为羊败血性链球菌病疫苗生产用菌种CVCC 553、55001和55002应为马链球菌反刍亚种。 相似文献
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Byeong Joo Seo Mi Ran Mun Rejish Kumar V. J Chul-Joong Kim Insun Lee Young-Hyo Chang Yong-Ha Park 《Veterinary research communications》2010,34(4):323-333
Lactic acid producing bacterial strain Probio-16 was isolated from the swine excrements under anaerobic conditions and characterized
by morphology and biochemical characteristics. The strain was further identified by 16S rRNA gene sequencing and phylogeneitc
analysis. The antimicrobial activity of the strain was assayed by testing for growth inhibition of thirteen pathogenic microorganisms.
The strain was tested for antiviral activity against porcine rotavirus in vitro in African green monkey epithelial cell line
TF-104. Antibiotic susceptibility of the strain against 13 antibiotics was tested using disk diffusion method. Phenotypically
and through 16S rRNA gene sequences, Probio-16 was identified and named as Lactobacillus reuteri Probio-16. This strain was resistant to pH 2.0, 5% porcine bile and exhibited antimicrobial activity against all the thirteen
enteric bacterial pathogens tested. Probio-16 supernatant inhibited porcine rotavirus in vitro in TF-104 cell lines. Except
for erythromycin and penicillin G at a concentration of 4 μg/ml, Probio-16 showed resistance to all other thirteen antibiotics
tested. This study indicates L. reuteri Probio-16 as a novel strain with its tolerance to low pH and bile, antimicrobial activity, antibiotic resistance and antiviral
activity against rotavirus, and an ideal probiotic candidate for animal and human application after the proper in vivo experiments. 相似文献
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一例雏鸡铜绿假单胞菌的分离鉴定及其16SrRNA基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为对死亡雏鸡进行病因诊断,通过大体剖检、细菌分离、生化鉴定,证实为铜绿假单胞菌感染。测定了该分离株的16SrRNA基因序列,并与GenBank中收录的序列比较,结果发现所分离的铜绿假单胞茵及参考株的16SrDNA基因序列极其保守,相似性达99％～100％;与大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌的相似性差异约为9％;与鸭疫里默氏... 相似文献
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本研究采用平板对峙法从健康燕麦根际筛选能够拮抗燕麦根腐病致病菌(禾谷镰刀菌)的菌株,同时,将早期研究获得的生防菌株纳入筛选范围。采用透明圈法测定菌株产蛋白酶、纤维素酶、淀粉酶以及产铁载体的能力,对菌株进行复筛,并将产酶能力优良的菌株进行定量测定;利用酸沉淀法进行脂肽类物质粗提并验证其抑菌能力,对生防特性优良的菌株进行16S rRNA分析鉴定。结果表明,共得到4株综合特性优良的菌株,抑菌率均达到65%以上;铁载体活性34.33%～59.57%、蛋白酶活性36.88～70.12 U·mL-1、纤维素酶活性7.68～22.28 U·mL-1、淀粉酶活性80.56～167.26 U·mL-1;菌株分泌的脂肽类物质对病原菌抑菌率最高为68%。通过16S rRNA鉴定,4株菌分别为枯草芽孢杆菌、贝莱斯芽孢杆菌、萎缩芽孢杆菌和皮尔瑞俄类芽孢杆菌。本研究筛选的4株生防细菌均可分泌多种抑制菌物质,具有进一步开发为生物杀菌剂的潜力。 相似文献