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1.
为建立同时检测皮毛中携带的布鲁氏菌、大肠杆菌O157、金黄色葡萄球菌、乙型溶血性链球菌、丹毒杆菌、铜绿假单胞杆菌6种致病菌的基因芯片检测方法,本研究根据NCBI中细菌的16S rDNA和gyrB基因序列,分别设计通用引物和特异性寡核苷酸探针.点样制备检测基因芯片,核酸杂交后,优化并建立同时检测6种致病菌的基因芯片方法.结果表明:使用47％甲酰胺杂交液,42℃摇转杂交4h为最佳杂交条件.建立的基因芯片方法在多种致病菌之间无交叉反应,检测敏感性可达10拷贝.制备的基因芯片稳定,有效保存期为6个月.该基因芯片对临床样品的检测结果与PCR平行检测结果的符合率为100％.本研究建立的基因芯片检测皮毛中6种致病菌的方法具有高通量、灵敏和特异的特点,为临床皮毛中致病菌的检测和监控提供了新的检测方法. 相似文献
2.
为建立运用多重PCR和基因芯片技术同时检测5种猪繁殖障碍性病毒病的方法。本研究根据GenBank中登录的猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪日本乙型脑炎病毒(JEV)及猪圆环病毒2型(PCV2)的基因序列设计特异性引物与探针,制备相应的寡核苷酸芯片,检测了5种猪繁殖障碍性疾病病毒的标准毒株,并对16份临床样品进行检测。通过多重PCR扩增出带有荧光标记的5种病毒的特异性基因片段,并与固定有特异性探针的基因芯片杂交。结果显示,本研究建立的多重PCR结合基因芯片检测方法特异性强、稳定性好,灵敏度可达10~2拷贝/μL。16份临床样品检测结果显示阳性率达87.5%(14/16)。以上结果表明该方法特异性好、灵敏度高,可高效检测以上5种病毒,为其临床诊断及流行病学调查提供了有效的检测方法。 相似文献
3.
本研究从疑似大肠杆菌感染的病死禽分离3株细菌JE1、IF7和CD11,糖发酵试验、IMViC试验、三糖铁试验等生化试验结果显示符合大肠杆菌生化鉴定指标,判定为大肠杆菌.玻板凝集和试管凝集试验鉴定显示3个分离菌株的血清型分另别为O87、O78、O9.药敏试验结果显示3个分离菌株均具有很强的耐药性,分别对试验的19种药物中的16、10、12种药物具有抵抗力,这3个菌株对兽医临床以前较少使用的磷霉素均表现出了不同程度的耐药性.对磷霉素的MIC测定结果显示,JE1和CD11分别为125 mg/mL和51.2 mg/mL,远高于IF7的1.28 mg/mL.研究结果提示,目前兽医临床已经出现了磷霉素耐药菌株,在药物使用过程中要注意合理用药,防止这种耐药性在细菌中传递. 相似文献
4.
为建立运用多重PCR和基因芯片技术同时检测5种猪繁殖障碍性病毒病的方法。本研究根据GenBank中登录的猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪日本乙型脑炎病毒(JEV)及猪圆环病毒2型(PCV2)的基因序列设计特异性引物与探针,制备相应的寡核苷酸芯片,检测了5种猪繁殖障碍性疾病病毒的标准毒株,并对16份临床样品进行检测。通过多重PCR扩增出带有荧光标记的5种病毒的特异性基因片段,并与固定有特异性探针的基因芯片杂交。结果显示,本研究建立的多重PCR结合基因芯片检测方法特异性强、稳定性好,灵敏度可达10~2拷贝/μL。16份临床样品检测结果显示阳性率达87.5%(14/16)。以上结果表明该方法特异性好、灵敏度高,可高效检测以上5种病毒,为其临床诊断及流行病学调查提供了有效的检测方法。 相似文献
5.
几种主要禽疫病诊断基因芯片的制备及初步应用 总被引：5，自引：2，他引：5
进行了几种主要禽疫病诊断基因芯片制备及其初步应用研究。试验分别设计和克隆鉴定了NDV、IBV、AIV和IBDV的靶基因重组质粒。以克隆的靶基因重组质粒为模板。分别进行PCR扩增制备靶基因并纯化，以基因芯片点样仪将制备的靶基因点制在氨基化的基片上，经干燥、水合、紫外线交联和洗涤后，成功制备了NDV-IBV-AIV-IBDV诊断基因芯片。试验应用CY3荧光标记制备的探针进行芯片的检验，结果表明制备的NDV-IBV-AIV-IBDV诊断基因芯片质量好，可对NDV、IBV、AIV和IBDV进行诊断检测，具有检测灵敏性好，特异性高和芯片可重复检测的优点。试验对30个临床样品进行初步应用检测，结果表明该诊断基因芯片技术与RT—PCR检测技术检出率基本一致，并具有同步诊断检测多种疫病的优点。 相似文献
6.
奶牛乳房炎主要致病菌16S rDNA基因芯片检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究建立了快速检测奶牛乳房炎主要致病茵的基因芯片方法,试验以奶牛乳房炎4种主要致病菌的16SrDNA基因作为基因芯片检测的靶片段,设计和筛选通用性引物和特异性探针,对通用引物进行荧光标记、PCR扩增、芯片杂交和信号扫描分析,根据杂交信号强度和聚类分析结果,判定奶牛乳房炎感染的致病菌种类。实验结果显示：以16SrDNA为靶基因检测奶牛乳房炎主要致病菌（无乳链球菌、肺炎克雷伯氏菌、奇异变形杆菌、金黄色葡萄球菌）的基因芯片方法,可以快速、特异、准确地对这4种试验菌株进行检测和鉴定。该检测方法的建立将为流行病学调查、食品卫生监督、乳房炎的防控等提供快速、有效的检测方法,具有良好的市场应用前景。 相似文献
7.
基因芯片技术的应用现状及展望 总被引：2，自引：1，他引：1
基因芯片技术是20世纪90年代中期发展起来的一项尖端技术,已经成为生命科学及医学界的研究热点之一。作者阐述了基因芯片的基本概念,简述了其主要分类及其在分子生物学、兽医临床中的应用及基因芯片的制备过程,并对其发展前景作了预测及展望。 相似文献
8.
根据GenBank上蓝舌病病毒(BTV)、O型口蹄疫病毒(FMDV)、山羊痘病毒(GPV)、绵羊痘病毒(SPPV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)等5种病毒的特异性保守序列,分别设计多重荧光标记引物和相应寡核苷酸探针.使用芯片点样液稀释各探针至终浓度30μmol/L,点样制备11×11阵列芯片.核酸杂交后,建立并优化基因芯片检测方法.结果显示,使用470 mL/L甲酰胺杂交液,42℃摇转杂交4h为最佳基因芯片杂交条件.建立的基因芯片检测方法与伪狂犬病病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、禽流感病毒(AIV)和新城疫病毒(NDV)等无交叉反应,检测敏感性可达20拷贝病毒核酸.制备的基因芯片稳定,保存6个月可用.对151份临床样品进行基因芯片和商业化PCR试剂盒平行检测,两者的符合率为100％. 相似文献
9.
对伪狂犬病病毒（PRV）、猪细小病毒（PPV）和流行性乙型脑炎病毒（JEV）检测基因芯片的制备及该芯片的检测技术进行了研究。选定靶基因最佳点样质量浓度为200 mg/L,用基因芯片点样仪将其点制在氨基化基片上,经干燥、水合、紫外线交联和洗涤后,成功制备了PRV-PPV-JEV检测基因芯片。以CY3荧光素标记的dCTP经PCR扩增制备探针,对芯片的质量进行了评价。结果表明,制备的芯片质量好,探针最佳使用质量浓度为3 000μg/L,芯片系统检测灵敏度可达3μg/L。该芯片可同时检测PRV、PPV和JEV,其灵敏度高、特异性强,芯片可重复使用,室温下至少可保存4个月。 相似文献
10.
猪伪狂犬病、猪细小病毒病和猪流行性乙型脑炎检测基因芯片的制备及检测方法研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对猪伪狂犬病(Pseudorabies virus,PRV)、猪细小病毒病(Porcine parvovirus,PPV)和猪流行性乙型脑炎(Japanese encephalitis virus,JEV)检测基因芯片的制备及该芯片的检测方法进行了研究。试验克隆和鉴定了16个芯片靶基因,经筛选,取其中13个靶基因PRV gB、gG、TK和gE;PPV NS2、NS3、VP1和VP2以及JEV C、PrM/M、E、NS1和NS5制备PRV、PPV和JEV检测基因芯片,基因芯片点样系统SpotArrayTM 24将靶基因点样于氨基化玻片表面,靶基因最佳点样浓度为200 ng/μL,探针扩增标记反应体系中,Cy3-dCTP使用终浓度为2.5μmol/L,芯片杂交温度可在44℃～60℃之间任意选择。以PRRSV、CSFV、PCV1、PCV2、TGEV、HPS、PAP、E.coli和S.pp菌毒株DNA或CDNA为模板标记制备的探针均不与PRV、PPV、和JEV检测基因芯片杂交,芯片检测的灵敏度为3 pg/μL,芯片批间重复性好,同一张芯片可进行至少10次的重复杂交。该方法对8株PRV、5株PPV和JEV SA14-14-2单独或混合样品检测均为阳性,可区分伪狂犬病病毒野毒和基因缺失疫苗毒,对20份临床样品单独或混合感染的检出率分别为:单独感染PRV检出率15%(3/20),PPV 5%(1/20),JEV 0%(0/20);PRV和PPV混合感染检出率15%(3/20),PRV和JEV混合感染检出率5%(1/20),JEV和PPV混合感染检出率5%(1/20),三者混合感染的检出率5%(1/20)。与PRV、PPV和JEV多重PCR检测方法比较,芯片检测的灵敏度大大提高,同时可区分PRV野毒和基因缺失疫苗毒,对20份临床样品的检出率一致。 相似文献
11.
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13.
Sasaki Y Yamamoto K Kojima A Norimatsu M Tamura Y 《Research in veterinary science》2000,69(3):289-294
In cattle, sheep, and other ruminants, clostridial myonecrosis (gas gangrene) is mostly caused by Clostridium chauvoei, C septicum, C novyi and C sordellii. A polymerase chain reaction (PCR) system using common primers designed from multiple alignment of the 16S rRNA and 23S rRNA genes of Clostridium species was developed to identify pathogenic clostridia. The PCR was performed with total DNA from 26 strains which included seven different Clostridia species. These bacteria were differentiated at species level by the different PCR product patterns. To characterise the 16S-23S rDNA spacer regions of these clostridia further, most PCR products of these bacteria were sequenced. The smallest PCR products of each bacterium represented the fundamental 16S-23S rDNA spacer region; larger PCR products of each bacterium were caused by insertion sequences, i.e. tRNA gene sequences. The authors' observations indicate that the PCR patterns of the 16S-23S rDNA spacer regions have the potential to be used as an identification marker of pathogenic clostridia in gas gangrene. 相似文献
14.
本试验旨在对从患呼吸道感染和腹泻的仔兔血液中分离的1株疑似病原菌进行鉴定。采用分离培养、镜检、生化检测、荚膜染色、16S rDNA序列测序、药敏试验和动物体内感染等方法,对该疑似菌进行了分析。结果显示,该疑似菌呈杆状、含有丰富的荚膜多糖,其16S rDNA序列与肺炎克雷伯氏菌标准菌株序列相似性达到99%,且对链霉素、庆大霉素、氨苄青霉素、硫酸庆大霉素、硫酸卡那霉素和氯霉素均表现出不同程度的显著抗性。腹腔注射该菌(109 CFU/mL),仔兔全部死亡;而口腔灌喂,仔兔有较强的耐受性(无死亡)。结果表明,从患病仔兔血液中分离到1株肺炎克雷伯氏菌且具有致病性。 相似文献
15.
为筛选用于防制奶牛子宫炎的乳酸菌菌株,本试验选取产后30~50 d的健康奶牛,采集子宫颈口处分泌物,利用MRS选择性培养基进行乳酸菌初步筛选。纯化后的菌株进行革兰氏染色镜检,将具有乳酸球菌或乳酸杆菌典型形态的疑似菌株进行针对性生化鉴定。提取分离菌株的基因组DNA,扩增其16S rDNA全序列并测序,将所得序列与NCBI数据库中的相应序列进行同源性比对分析。采用琼脂扩散法检测分离菌株对致病性金黄色葡萄球菌和大肠杆菌的抑菌活性,并检测分离菌株对山羊上皮细胞的黏附活性。结果显示,经染色镜检、生化鉴定和16S rDNA测序分析,得到13株乳酸菌,其中5株具有较强抑菌活性,6株具有较强黏附上皮细胞的能力,7、12和23号3株兼有良好的抑菌活性和黏附上皮细胞能力。综上,本试验建立了健康奶牛子宫颈中乳酸菌的筛选方法,得到3株具有良好益生特性的乳酸菌,为制备微生态制剂提供了基础材料,对防制奶牛子宫炎具有重要意义。 相似文献
16.
利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。 相似文献
17.
A molecular technique based on the restriction fragment length polymorphism of the 16S ribosomal genes amplified by a polymerase chain reaction (PCR), referred to as amplified 16S ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA), was designed to identify 19 Avibacterium paragallinarum strains isolated from infraorbital sinus and nasal turbinate bone samples of broiler chickens, breeders, and laying hens from different regions of Peru. The 16S rDNA was amplified by PCR using a pair of bacterial universal primers and restriction analysis of 16S rDNA sequences was done to select endonucleases with the highest number of cutting points inside the 16S rDNA. The DNA patterns with DdeI and RsaI endonucleases were identical for the 19 A. paragallinarum strains, but differed from those obtained for Ornithobacterium rhinotracheale, a bacterium with a high genetic and phenotypic resemblance to A. paragallinarum, as well as from Escherichia coli, a bacterium associated with infectious coryza. The ARDRA method could prove to be valuable for molecular identification of A. paragallinarum, a microorganism implicated in respiratory diseases in commercial birds. 相似文献
18.
Wakeley PR Errington J Hannon S Roest HI Carson T Hunt B Sawyer J Heath P 《Veterinary microbiology》2006,118(3-4):247-254
A discriminatory real time PCR for the detection of Taylorella equigenitalis, the causative agent of contagious equine metritis (CEM), and the related species T. asinigenitalis was developed for the direct examination of genital swabs. The 112bp amplicons produced from the two species were discriminated from each other using TaqMan probes labelled with different fluorophores. The TaqMan PCR was shown to be specific for the 16S ribosomal DNA of the two species of taylorella and did not cross-hybridise with the 16S ribosomal DNA of other bacteria tested. Direct amplification from genital swabs was shown to be equally sensitive to that of culture methods. Prevalence in a sample set from The Netherlands was shown to be equivalent to that demonstrated by culture. A companion real time PCR that amplified a fragment of the 16S rDNA gene of equine commensal bacteria was developed to ensure bacterial DNA was extracted from swab material supplied for testing. The use of a rapid and reliable real time PCR for the organism causing CEM should aid the control of this disease. 相似文献
19.
为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。 相似文献
20.
根据鸭疫里默氏杆菌（RA）16SrDNA基因序列设计引物,对1株RA阳性株、9株临床分离鉴定的RA、3株大肠杆菌、1株多杀性巴氏杆菌和1株沙门氏菌进行PCR扩增,结果所有RA均出现643bp特异性扩增条带,其余非RA则均未扩增出特异性条带,表明该对引物及建立的PCR具有很强的特异性。优化的PCR反应体系能检出RA的最低DNA量为20pg。菌落直接PCR是增强RA快速检测鉴定的手段。应用PCR对病料组织直接进行RA检测,脑组织为首选检测对象,具有良好的实际应用意义。 相似文献