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以牛蛙皮肤组织为材料获得总RNA,用偶联Oligo(dT)的磁珠纯化mRNA后,利用含Sfi Ⅰ酶切位点的CDSⅢ引物在逆转录酶的作用下合成cDNA的第1链,以含Sfi Ⅰ酶切位点的CDSⅢ引物和SMART引物,利用LD-PCR合成双链cDNA,双链cDNA经Sfi Ⅰ酶切,通过T4DNA连接酶连接到经过相同酶切的λTripIEx2载体,体外包装后转染E.coli XLI-Blue 宿主菌,进行滴度测试和文库扩增.结果构建的牛蛙皮肤cDNA 文库原始库容量为1.42×106 PFU/mL,插入片段长度在0.5～1.5 kb,重组率为89.5%,扩增后的文库滴度为1.35×109 PFU/mL,构建的文库质量符合要求,可用于大规模的功能基因分析. 相似文献
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柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序 总被引：1，自引：0，他引：1
采用RNA转录5′末端转换(SMART)技术构建了柞蚕(Antheraea pernyi)蛹的全长cDNA文库。所构建cDNA文库的容量为5×105个独立克隆,插入片段长800~2500 bp,且90%的插入片段大于1 kb。随机挑取288个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为250条,根据EST测序结果计算文库重组率达95%。经序列拼接得到175个unigenes,通过序列比对发现其中97个unigenes与GenBank中的已知基因高度同源,且有88条全长序列,基因的完整性比率达90%。在随机EST测序中获得了具有5′端和3′端非编码区的延伸因子-1α基因(Gen-Bank登录号:FJ788508),该基因cDNA全长1743 bp,有一个1392 bp的开放阅读框,编码含463个氨基酸残基的蛋白,蛋白的理论分子质量为50.4 kD,等电点8.96。EST测序分析表明,柞蚕蛹cDNA文库符合构建基因文库的质量要求,该文库的构建将有助于柞蚕功能基因的克隆和研究。 相似文献
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以豫南黑猪心脏为供试材料,采用改进的异硫氰酸胍法提取心脏总RNA。通过SMART技术反转录合成全长cDNA,经LD-PCR扩增后与pMD18-T载体连接并转化细菌DH5α,测定滴度和重组率,构建成豫南黑猪心脏全长cDNA文库。经初步检测,原始文库的滴度为1.8×10^5cfu/mL,重组率约为94.4%。从原始文库随机挑取13个单菌落过夜培养,提取质粒,经HindⅢ和EcoRⅠ双酶切,凝胶电泳显示插入片段大小在0.3～2.0kb之间。 相似文献
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为克隆柔嫩艾美耳球虫裂殖子阶段的功能基因的全长序列,利用SMART技术,采用Clontech公司的Creator TMSMARTTMcDNA Library Construction Kit构建了鸡球虫裂殖子的全长cDNA文库。用试剂盒提取mRNA后,以cDNA合成试剂盒合成cDNA。连接至pDNR-LIB载体,用电转化法将重组质粒转化到E.coli DH10B内得到原始文库,扩增后保存于-80℃冰箱内;最后以文库为模板,分别以研究室已成功克隆序列(EtSAG2、EtMIC-2、EtMCAT)及Sanger的部分EST序列(Contig1218)设计引物,进行PCR扩增并测序检验文库的实用性。经测定,构建的初级cDNA文库约含有8.72×107个重组子,插入的片段多在1kb～3kb之间,平均插入片段长度约1.8kb,扩增后文库保存的滴度为2.4×104 cfu/mL;通过文库的PCR扩增,不仅可以成功扩增出研究室已成功克隆的序列(EtSAG2、EtMIC-2),并成功获得EtMCAT和EST序列(Contig1218)的全长cDNA序列,经比对分析Contig1218所编码的蛋白为组织蛋白酶B样半胱氨酸蛋白酶(Cathepsin B)。结果表明,已成功构建了柔嫩艾美耳球虫裂殖子高质量的全长cDNA文库,从而为筛选鸡球虫的功能基因全长序列奠定了基础。 相似文献
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应用LD-PCR法构建大片吸虫成虫cDNA表达文库 总被引：3，自引：1，他引：2
为构建大片吸虫成虫cDNA表达文库,用Trizol试剂提取大片吸虫成虫总RNA,经反转录合成cDNA第一链,应用LD-PCR扩增方法,合成双链cDNA。用SfiⅠ内切酶修饰此双链cDNA,使形成两端分别带有SfiⅠA和SfiⅠB的黏性末端。经CHROMA SPIN-400柱纯化,收集400 bp以上的双链cDNA片段,将其连接于带有SfiⅠA和SfiⅠB末端的λTriplEx2噬菌体载体,经体外包装后,以XL1-Blue为受体菌构建cDNA表达文库。经测定,库容量为1.08×106PFU/mL,重组率为96.6%。扩增后的文库滴度为2.41×109PFU/mL,插入片段平均大小约为1 000 bp。这些结果表明已成功构建大片吸虫成虫cDNA表达文库,适合进一步筛选大片吸虫新基因。 相似文献
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成熟虫卵是血吸虫病的主要致病因素和传播的唯一因子,抗卵免疫对于预防血吸虫病和阻断传播流行均具有重要意义。应用SMART cDNA文库构建技术,构建日本血吸虫虫卵全长cDNA文库。文库容量为7.55×106,滴度为7.2×1010,重组比率为97%。应用三个已知全长基因(SjPP,SjTEGT and SjeIF 5)引物在文库中成功钓取到相应的全长基因。另外还由文库直接扩增到一个日本血吸虫新基因烯醇酶基因。高质量的虫卵全长cDNA文库的构建,为抗病疫苗尤其是抗卵抗原的筛选和研究提供了重要资源。 相似文献
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在鸽脑垂体全长cDNA文库构建成功和泛素(Ubiquitin,UB)和泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,UBE2)基因全长cDNA克隆成功的基础上,通过生物信息学方法对UBE2基因序列进行分析.预测UBE2基因编码蛋白的理化特性、功能域、二级结构及三级结构等.该序列的GenBank登录号为Eu914824.UBE2基因编码的蛋白为胞内蛋白,其二级结构预测结果中α螺旋约占26.39%、β延伸链约占18.75%、无规则卷曲约占54.86%.通过对UBE2基因的cDNA序列并对其进行的生物信息学分析,结果有望能为UBE2相关功能研究提供理论参考. 相似文献
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桑树幼叶cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析 总被引：2，自引：2，他引：0
基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为32条,经UniGene数据库归并后为32条,UniGene比率为100%;与NCBI核酸数据库进行比对、查询和注释,在32条序列中有29条序列具有同源性,其中16条为全长序列,完整性比率为55.2%;初步发现具有已知功能基因的ESTs 6个,具有推测功能基因的ESTs 5个,未命名或未知功能基因的ESTs 21个。 相似文献
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为了快速、经济和有效地寻找新基因,利用大规模测序及分析技术构建羊驼皮肤组织的基因表达谱,实验构建了羊驼皮肤cDNA文库。Trizol提取皮肤总RNA后,用SMART法构建文库：经反转录反应合成第一链eDNA,用LDPCR法将第一链产物再合成第二链和双链cDNA;经蛋白酶K和Sfi消化后,用CHROM AAPIN-400分离双链cDNA;将合适大小的ds cDNA通过16℃过夜孵育使其转入到载体中,将重组产物在22℃下用λ-phage孵育2h进行包装,制成文库。该cDNA文库的特征为：包装效率为10^6（pfu／mL）,重组率在80％以上。该cDNA文库质量可达到进行后续研究的要求。 相似文献
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目的大片吸虫cDNA文库的构建及组织蛋白酶L1(Fasciola gigantica Cathepsin L1,FgCL1)基因的克隆。方法提取大片吸虫成虫总RNA,运用SMART技术构建大片吸虫cDNA文库。根据文献设计并合成PCR引物,从上述文库中克隆大片吸虫FgCL1基因,定向克隆至原核表达载体pET28a中。结果文库容量为2.08×106pfu/mL,重组率为98%。扩增后的文库滴度为6.23×109 pfu/mL,插入片段平均大小约为1 000 bp。应用两个已知基因(FgCL1 FgGST)从文库中成功钓取到相应的全长基因。将含有FgCL1的阳性克隆测序,用Genebank Blast进行序列比较,证实为FgCL1基因。结论成功构建了cDNA文库,提供筛选大片吸虫基因资源;从该文库中克隆出FgCL1,为进一步表达该基因,研制诊断试剂盒创造了条件。 相似文献
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在无RNA酶污染的环境下摘取半饱血青海血蜱唾液腺、马氏管和卵巢等器官,从中提取RNA,进而纯化mRNA,采用oligo(dT)引物合成双链cDNA,并在其两端加EcoRⅠ/HindⅢ定向接头。将所产生的cDNA分子定向克隆到具有EcoRⅠ/HindⅢ黏性末端的λSCREEN载体的两臂之间。用PhageMaker extract对以上连接产物进行体外包装以形成完整的噬菌体,并用之转染大肠杆菌ER1647,从而构建成青海血蜱的cDNA表达文库。经测定,所构建青海血蜱cDNA文库的库容量约为2×106PFU/mL,重组率为100%,扩增后文库的滴度为8×109PFU/mL。通过对该文库的免疫学筛选,获得一个编码青海血蜱肌球蛋白碱性轻链的全长cDNA序列。所有结果显示,青海血蜱cDNA表达文库已成功构建。 相似文献
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根据发表的鹅副粘病毒SF02株全基因组序列,分别设计合成一对引物和二对引物,分别采用RT-PCR方法和RT-套式PCR扩增出与预期设计大小相符的F基因和HN基因特异性条带.将扩增出的DNA片段克隆到pMD18-T载体中,转化TGI感受态细胞,经AMP/IPTG/X-Gal平板筛选,酶切鉴定,获得阳性重组质粒.对重组质粒进行序列测定,结果表明:鹅副粘病毒JS/1/97/Go株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸残基;F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符.HN基因全长1716bp,编码571个氨基酸残基.将F基因插入到原核表达质粒pGEX-6P-1的EcoR Ⅰ、Xho I多克隆位点之间,转化到TGI感受态细胞中,获得了表达F基因的阳性亚克隆重组质粒;将HN堪因插入原核表达质粒pProEX HTb的XBaⅠ、XhoⅠ多克隆位点之间,转化到TGI感受态细胞中,获得了表达HN基因的阳性亚克隆重组质粒. 相似文献
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为构建鸡胚成纤维细胞cDNA真核表达文库并对文库质量进行鉴定,从鸡胚成纤维细胞中直接提取mRNA,用紫外分光光度计测定含量.经电泳确定mRNA的质量,反转录合成第一、二链cDNA,经苯酚氯仿抽提后与EcoR Ⅰ接头连接,经Not Ⅰ酶切后用spin column除去小于500 bp的cDNA片段,与经EcoR Ⅰ和Not Ⅰ双酶切的真核表达质粒连接,连接产物电转化感受态细胞,测定文库的容量大小并通过colony PCR鉴定插入cDNA片段的大小.构建成含8.8×105个重组子的鸡胚成纤维细胞cDNA文库,重组子中平均插入外源片段长度大于1.0 kb的约占85.7%.从结果看构建的文库合格,适合用于筛选目的cDNA克隆. 相似文献
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分离和鉴定扩展莫尼茨绦虫(Moniezia expansa)新基因,为进一步研究该基因的功能奠定基础。构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获取其全长cDNA序列;采用生物信息学等分析技术对该cDNA序列进行开放阅读框(ORF)的寻找、编码氨基酸的推导、核苷酸和氨基酸同源性比较及蛋白质二级结构的初步预测。获得了1个扩展莫尼茨绦虫新基因——引发酶蛋白,全长1269 bp,编码422个氨基酸,属于AE_Prim_S家族。编码蛋白的理论分子质量为47.1598 ku,等电点为4.83。获得了扩展莫尼茨绦虫反应结合蛋白的全长cDNA序列,为该基因功能的试验性鉴定工作奠定基础。 相似文献
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鸡柔嫩艾美耳球虫微线蛋白(Etmic-2)与鸡泛素融合蛋白基因的DNA疫苗表达载体的构建 总被引：5，自引：1，他引：4
本文用RT－PCR技术从鸡的肌肉组织中扩增出泛素（ubiquitin-Ub）编码基因，再将其定向克隆到真核表达载体pCMV－Script中多克隆位点的BanHⅠ、HindⅢ之间，构建成重组质粒pCMV-Ub。经酶切和测序确定为正确后，再将来源于E．teela裂殖子的Etmic-2基因克隆到pCMV－Ub质粒中Ub基因下游的SalⅠ位点上，经酶切鉴定，获得编码Etimc-2基因的真核表达载体pMV-Ub-mic-2。该载体中的Etmic-2基因与Ub融合表达，并将用于DNA疫苗疫鸡，希望融合了Ub的Etmic－2蛋白能更有效的进入MHC－Ⅰ循环，刺激允产生更强烈的细胞免疫反应。 相似文献
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应用Gibson Assembly连接法精确快速构建狂犬病病毒SRV9株重组感染性cDNA克隆,为狂犬病病毒感染性cDNA克隆的构建提供新的方法。应用Gibson Assembly连接法在同一反应体系内,将多个片段和经限制性内切酶线性化的载体,按设计的顺序进行连接,实现多个片段的一步组装。设计带有20bp~30bp重叠序列的PCR引物,扩增得到带有重叠序列的狂犬病病毒5个结构蛋白基因和增强型荧光蛋白基因。扩增的片段和线性化的载体经胶回收纯化后,与Gibson连接液混合后,50℃反应60min,连接产物转化Stbl3感受态细胞,提取重组质粒,经PCR、酶切和测序鉴定,缺失了病毒伪基因Ψ区和糖蛋白基因的跨膜区并且将增强型荧光蛋白基因插入糖蛋白基因终止密码子前,构建了全长17 600bp的重组质粒,完成了重组全长感染性cDNA克隆的构建。 相似文献
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采用RT-PCR的方法从猪脾脏组织中扩增猪CXCL12、CXCR4基因的cDNA,对编码区核苷酸序列分析后,将扩增产物经BamHⅠ和EcoRⅠ双酶切后再克隆至真核表达载体pcDNA3.1/V5HisA,构建了pcDNA3.1-CXCL12和pcDNA3.1 -CXCR4重组质粒,经酶切及测序鉴定后,进行核苷酸同源性分析.结果表明RT-PCR分别获得获得长度为386bp、1019bp的阳性产物,酶切鉴定及序列分析后,证实真核表达质粒pcDNA3.1-CXCL12和pcDNA3.1-CXCR4构建成功,为进一步研究猪CXCL12、CXCR4基因的功能奠定基础. 相似文献